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电子圆二色光谱图的模拟与软件开发
1
作者
许范
苏俊奎
+1 位作者
文燕
甘礼社
《光谱学与光谱分析》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期434-438,共5页
有机小分子化合物,尤其是天然产物具有复杂和多样的结构,且一般含有多个手性中心,确定其绝对构型一直是结构鉴定的难点之一。电子圆二色光谱(ECD)具有样品无损、曲线简洁等优势,是鉴定绝对构型的强有力的手段之一。利用密度泛函理论(DFT...
有机小分子化合物,尤其是天然产物具有复杂和多样的结构,且一般含有多个手性中心,确定其绝对构型一直是结构鉴定的难点之一。电子圆二色光谱(ECD)具有样品无损、曲线简洁等优势,是鉴定绝对构型的强有力的手段之一。利用密度泛函理论(DFT)和含时密度泛函理论(TDDFT)等量子化学理论以及计算机技术,对化合物的理论ECD计算模拟,与实验值对比确定绝对构型是目前主流技术。计算模拟流程如下:首先确定化合物的相对构型,其次运用构象搜索软件对化合物进行构象分析,然后对搜索得到的多个最低能量态构象(如能量阈值在2.0 kcal·mol^(-1)以内)进行几何优化和振动分析,将已经优化完成的优势构象投入ECD计算,计算ECD相关参数,得到电子激发能(eV)和转子强度(10^(-40) erg-esu-cm)等数据,最终根据数据进行多构象谱图拟合。该研究主要对ECD曲线的模拟方法、ECD计算结果的评价标准进行了全面总结。在此基础上,运用Python语言开发了一款自动化处理高斯ECD计算结果、模拟ECD曲线的软件,该软件能够对计算得到的输出文件进行定位,对于化合物几何优化和振动分析得到的输出文件,可以抓取各个构象的吉布斯自由能数据,并且依据此数据进行玻尔兹曼分布的加权,对于计算ECD相关性质的输出文件,可以抓取ECD计算相关的电子激发能和转子强度的数据,依据以上数据得到的ECD计算理论光谱图,能够进行实时模拟参数调节并与实测曲线对比,方便了计算ECD的数据处理和结果评价。
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关键词
天然产物
电子圆二色光谱(ECD)
曲线模拟
PYTHON语言
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职称材料
鳢肠化学成分和抗神经炎活性研究
2
作者
刘春
姚敏
+4 位作者
金静维
甘礼社
昂松
吴日辉
李冬利
《天然产物研究与开发》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期1330-1338,共9页
研究醴肠的化学成分和抗神经炎活性。本文采用D101大孔树脂、硅胶、Sephadex LH-20葡聚糖凝胶等柱色谱和半制备液相色谱等技术对鳢肠Eclipta prostrata 95%乙醇提取物的化学成分进行系统分离纯化,并结合核磁共振波谱数据以及与文献数据...
研究醴肠的化学成分和抗神经炎活性。本文采用D101大孔树脂、硅胶、Sephadex LH-20葡聚糖凝胶等柱色谱和半制备液相色谱等技术对鳢肠Eclipta prostrata 95%乙醇提取物的化学成分进行系统分离纯化,并结合核磁共振波谱数据以及与文献数据比对进行化合物的结构鉴定得到20个单体化合物,分别鉴定为:3,4-seco-olean-12-en-4-ol-3,28-dioic acid(1)、刺囊酸(2)、eclalbasaponinⅡ(3)、eclalbasaponinⅠ(4)、ecliptasaponin B(5)、eclalbasaponinⅣ(6)、eclalbasaponinⅥ(7)、eclalbasaponinⅦ(8)、香豌豆酚(9)、芹黄素(10)、蓟黄素(11)、川陈皮素(12)、木犀草素-7-O-β-D-葡萄糖苷(13)、金色鲜胺醇酯(14)、plantagoguanidinic acid(15)、plumbagine B(16)、蟛蜞菊内酯(17)、松脂醇(18)、α-醛基三聚噻吩(19)、α-terthienylmethanol(20)。化合物1、14、15为首次从该植物中分离得到。之后利用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导小鼠小胶质BV2细胞模型评价了部分化合物的抗神经炎活性,发现化合物15能显著减少LPS诱导BV2细胞中的NO释放量,IC 50值为37.3μmol/L,且无细胞毒性。胍类生物碱化合物15对LPS诱导的BV2细胞炎症具有一定的抗炎活性,且其抗炎活性为首次报道。
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关键词
鳢肠
化学成分
抗炎活性
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职称材料
题名
电子圆二色光谱图的模拟与软件开发
1
作者
许范
苏俊奎
文燕
甘礼社
机构
五邑大学生物科技与大健康学院
浙江大学药学院现代中药研究所
出处
《光谱学与光谱分析》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期434-438,共5页
基金
国家自然科学基金项目(22077111,81872756)资助。
文摘
有机小分子化合物,尤其是天然产物具有复杂和多样的结构,且一般含有多个手性中心,确定其绝对构型一直是结构鉴定的难点之一。电子圆二色光谱(ECD)具有样品无损、曲线简洁等优势,是鉴定绝对构型的强有力的手段之一。利用密度泛函理论(DFT)和含时密度泛函理论(TDDFT)等量子化学理论以及计算机技术,对化合物的理论ECD计算模拟,与实验值对比确定绝对构型是目前主流技术。计算模拟流程如下:首先确定化合物的相对构型,其次运用构象搜索软件对化合物进行构象分析,然后对搜索得到的多个最低能量态构象(如能量阈值在2.0 kcal·mol^(-1)以内)进行几何优化和振动分析,将已经优化完成的优势构象投入ECD计算,计算ECD相关参数,得到电子激发能(eV)和转子强度(10^(-40) erg-esu-cm)等数据,最终根据数据进行多构象谱图拟合。该研究主要对ECD曲线的模拟方法、ECD计算结果的评价标准进行了全面总结。在此基础上,运用Python语言开发了一款自动化处理高斯ECD计算结果、模拟ECD曲线的软件,该软件能够对计算得到的输出文件进行定位,对于化合物几何优化和振动分析得到的输出文件,可以抓取各个构象的吉布斯自由能数据,并且依据此数据进行玻尔兹曼分布的加权,对于计算ECD相关性质的输出文件,可以抓取ECD计算相关的电子激发能和转子强度的数据,依据以上数据得到的ECD计算理论光谱图,能够进行实时模拟参数调节并与实测曲线对比,方便了计算ECD的数据处理和结果评价。
关键词
天然产物
电子圆二色光谱(ECD)
曲线模拟
PYTHON语言
Keywords
Natural products
Electronic circular dichroism(ECD)
Curve simulation
Python language
分类号
O657.61 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
鳢肠化学成分和抗神经炎活性研究
2
作者
刘春
姚敏
金静维
甘礼社
昂松
吴日辉
李冬利
机构
五邑大学药学与食品工程学院
江门市大健康国际创新研究院
出处
《天然产物研究与开发》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期1330-1338,共9页
基金
国家自然科学基金(22077111,82304323)
广东省基础与应用基础研究基金(2023A1515012904)。
文摘
研究醴肠的化学成分和抗神经炎活性。本文采用D101大孔树脂、硅胶、Sephadex LH-20葡聚糖凝胶等柱色谱和半制备液相色谱等技术对鳢肠Eclipta prostrata 95%乙醇提取物的化学成分进行系统分离纯化,并结合核磁共振波谱数据以及与文献数据比对进行化合物的结构鉴定得到20个单体化合物,分别鉴定为:3,4-seco-olean-12-en-4-ol-3,28-dioic acid(1)、刺囊酸(2)、eclalbasaponinⅡ(3)、eclalbasaponinⅠ(4)、ecliptasaponin B(5)、eclalbasaponinⅣ(6)、eclalbasaponinⅥ(7)、eclalbasaponinⅦ(8)、香豌豆酚(9)、芹黄素(10)、蓟黄素(11)、川陈皮素(12)、木犀草素-7-O-β-D-葡萄糖苷(13)、金色鲜胺醇酯(14)、plantagoguanidinic acid(15)、plumbagine B(16)、蟛蜞菊内酯(17)、松脂醇(18)、α-醛基三聚噻吩(19)、α-terthienylmethanol(20)。化合物1、14、15为首次从该植物中分离得到。之后利用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导小鼠小胶质BV2细胞模型评价了部分化合物的抗神经炎活性,发现化合物15能显著减少LPS诱导BV2细胞中的NO释放量,IC 50值为37.3μmol/L,且无细胞毒性。胍类生物碱化合物15对LPS诱导的BV2细胞炎症具有一定的抗炎活性,且其抗炎活性为首次报道。
关键词
鳢肠
化学成分
抗炎活性
Keywords
Eclipta prostrata
chemical component
anti-inflammatory activity
分类号
R931.71 [医药卫生—生药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
电子圆二色光谱图的模拟与软件开发
许范
苏俊奎
文燕
甘礼社
《光谱学与光谱分析》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
鳢肠化学成分和抗神经炎活性研究
刘春
姚敏
金静维
甘礼社
昂松
吴日辉
李冬利
《天然产物研究与开发》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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