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山苍子全基因组SSR特征及其SSR-PCR反应体系优化
1
作者
王轶钥
蒋丽娟
+7 位作者
唐扬
李培旺
陈景震
陈韵竹
刘强
郁培义
周宵
杨艳
《南方农业学报》
北大核心
2025年第3期720-730,共11页
[目的]分析山苍子全基因组数据,开发SSR分子标记并优化SSR-PCR反应体系,为研究山苍子种质资源遗传多样性,分子标记辅助育种及构建核心种质等提供参考依据。[方法]基于山苍子全基因组序列,利用MISA(1.0)挖掘SSR位点,对其进行特征分析;对...
[目的]分析山苍子全基因组数据,开发SSR分子标记并优化SSR-PCR反应体系,为研究山苍子种质资源遗传多样性,分子标记辅助育种及构建核心种质等提供参考依据。[方法]基于山苍子全基因组序列,利用MISA(1.0)挖掘SSR位点,对其进行特征分析;对山苍子全基因组不同重复类型的SSR数量进行相关分析;并采用4因素3水平正交试验优化山苍子SSR-PCR反应体系。[结果]山苍子全基因组中共检测到303202个SSR,平均长度为25.95 bp。山苍子基因组全长1.3 Gb,1号染色体最长,12号染色体最短,分别为161.20、55.35 Mb。染色体上完全型核苷酸SSR共259695个,以单核苷酸丰富度最高,六核苷酸最低,其中SSR≤20 bp共202278个(77.89%),各染色体上SSR位点的频度密度为172~231个/Mb。山苍子12对染色体中2号染色体上分布的SSR数量最多,为36366个(14.00%),12号染色体SSR数量最少,共有9499个(3.66%)。完全型核苷酸不同重复类型和不同重复基序类型分别有4471和2091种,单核苷酸~六核苷酸分别有262、459、494、543、1011、1702种不同重复类型,分别有4、12、60、219、586、1210种不同重复基序类型,其优势重复单元依次为T、AT、AAT、AAAT、TTGGT、TGTATT,具明显的A/T碱基偏好性。不同SSR类型重复频次范围在4~240,分布在4~10的SSR位点数最多,共计134725个(51.88%),不同染色体中重复基序频次主要集中在4~20。对山苍子全基因组不同重复类型的SSR数量进行相关分析,发现不同重复类型SSR位点间均呈极显著正相关(P<0.01),其中单核苷酸与二核苷酸的相关系数最大(0.997)。正交试验下5号条带清晰明亮,为最佳条带。[结论]山苍子基因组SSR数量及类型较为丰富,且具有明显的A/T碱基偏好性。山苍子SSR-PCR反应体系优化的最佳组合:DNA模板浓度50 ng/μL、引物量1.5μL、退火温度60℃、进行28次循环。
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关键词
山苍子
柠檬醛
SSR分子标记
核心种质
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职称材料
题名
山苍子全基因组SSR特征及其SSR-PCR反应体系优化
1
作者
王轶钥
蒋丽娟
唐扬
李培旺
陈景震
陈韵竹
刘强
郁培义
周宵
杨艳
机构
湖南省林业科学院木本油料资源利用全国重点实验室
中南林业科技大学生命科学与技术学院
国家林业和草原局南方木本油料利用科学重点实验室
山西电子科技学院
出处
《南方农业学报》
北大核心
2025年第3期720-730,共11页
基金
湖南省重大科技创新平台项目(2024PT0001)
长沙市科技计划—“揭榜挂帅”重大科技项目(kq2301004)
+1 种基金
郴州国家可持续发展议程创新示范区建设专项(2022sfq53)
湖南农业大学长沙现代食品创新研究院科研项目(2023ZSJYF002)。
文摘
[目的]分析山苍子全基因组数据,开发SSR分子标记并优化SSR-PCR反应体系,为研究山苍子种质资源遗传多样性,分子标记辅助育种及构建核心种质等提供参考依据。[方法]基于山苍子全基因组序列,利用MISA(1.0)挖掘SSR位点,对其进行特征分析;对山苍子全基因组不同重复类型的SSR数量进行相关分析;并采用4因素3水平正交试验优化山苍子SSR-PCR反应体系。[结果]山苍子全基因组中共检测到303202个SSR,平均长度为25.95 bp。山苍子基因组全长1.3 Gb,1号染色体最长,12号染色体最短,分别为161.20、55.35 Mb。染色体上完全型核苷酸SSR共259695个,以单核苷酸丰富度最高,六核苷酸最低,其中SSR≤20 bp共202278个(77.89%),各染色体上SSR位点的频度密度为172~231个/Mb。山苍子12对染色体中2号染色体上分布的SSR数量最多,为36366个(14.00%),12号染色体SSR数量最少,共有9499个(3.66%)。完全型核苷酸不同重复类型和不同重复基序类型分别有4471和2091种,单核苷酸~六核苷酸分别有262、459、494、543、1011、1702种不同重复类型,分别有4、12、60、219、586、1210种不同重复基序类型,其优势重复单元依次为T、AT、AAT、AAAT、TTGGT、TGTATT,具明显的A/T碱基偏好性。不同SSR类型重复频次范围在4~240,分布在4~10的SSR位点数最多,共计134725个(51.88%),不同染色体中重复基序频次主要集中在4~20。对山苍子全基因组不同重复类型的SSR数量进行相关分析,发现不同重复类型SSR位点间均呈极显著正相关(P<0.01),其中单核苷酸与二核苷酸的相关系数最大(0.997)。正交试验下5号条带清晰明亮,为最佳条带。[结论]山苍子基因组SSR数量及类型较为丰富,且具有明显的A/T碱基偏好性。山苍子SSR-PCR反应体系优化的最佳组合:DNA模板浓度50 ng/μL、引物量1.5μL、退火温度60℃、进行28次循环。
关键词
山苍子
柠檬醛
SSR分子标记
核心种质
Keywords
Litsea cubeba
citral
SSR molecular markers
core germplasm
分类号
S573.8 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
山苍子全基因组SSR特征及其SSR-PCR反应体系优化
王轶钥
蒋丽娟
唐扬
李培旺
陈景震
陈韵竹
刘强
郁培义
周宵
杨艳
《南方农业学报》
北大核心
2025
0
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