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扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用
1
作者
张真真
蒋礼玲
+3 位作者
李婉炘
王谨凡
贾举庆
黄胜雄
《合肥工业大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2023年第2期261-267,共7页
实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-...
实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-seq数据,挖掘和注释了694个稳定表达的候选内参基因;随机挑选出Knr4、Isy1、Spt5、Nucb、Hp1、Hp2、Whth、Hp3、Gph3、Pwi、Taf4、Hp4、Asy、GTPase在内的14个基因,以4、25℃条件下PDB培养基生长6、12、24、36 h的扩展青霉菌为材料,进行实时定量PCR实验。实时定量PCR数据基于geNorm和NormFinder 2种软件的综合分析,表明Isy1、Spt5、Nucb、Hp1适合作为内参基因。以Isy1和Spt5分别作为内参基因,检测Gh30基因在4、25℃条件下扩展青霉菌生长发育过程中的基因表达,显示出一致的基因表达水平,进一步验证了挖掘得到的内参基因的可靠性。该研究为扩展青霉菌的分子生物学研究提供了优良的内参基因,同时提供了一种高效的内参基因的挖掘和鉴定方法。
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关键词
内参基因
扩展青霉菌
RNA-seq数据
实时定量聚合酶链式反应(PCR)
稳定性
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职称材料
题名
扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用
1
作者
张真真
蒋礼玲
李婉炘
王谨凡
贾举庆
黄胜雄
机构
合肥工业大学食品与生物工程学院
青海大学农林科学院
山西农业大学农学院
出处
《合肥工业大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2023年第2期261-267,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(31461143008)
农业农村部农业资源环境保护资助项目(125A0605)
徐州医科大学开放基金资助项目(XYKF202104)
文摘
实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-seq数据,挖掘和注释了694个稳定表达的候选内参基因;随机挑选出Knr4、Isy1、Spt5、Nucb、Hp1、Hp2、Whth、Hp3、Gph3、Pwi、Taf4、Hp4、Asy、GTPase在内的14个基因,以4、25℃条件下PDB培养基生长6、12、24、36 h的扩展青霉菌为材料,进行实时定量PCR实验。实时定量PCR数据基于geNorm和NormFinder 2种软件的综合分析,表明Isy1、Spt5、Nucb、Hp1适合作为内参基因。以Isy1和Spt5分别作为内参基因,检测Gh30基因在4、25℃条件下扩展青霉菌生长发育过程中的基因表达,显示出一致的基因表达水平,进一步验证了挖掘得到的内参基因的可靠性。该研究为扩展青霉菌的分子生物学研究提供了优良的内参基因,同时提供了一种高效的内参基因的挖掘和鉴定方法。
关键词
内参基因
扩展青霉菌
RNA-seq数据
实时定量聚合酶链式反应(PCR)
稳定性
Keywords
internal reference gene
Penicillium expansum
RNA-seq data
quantitative real-time polymerase chain reaction(qRT-PCR)
stability
分类号
Q786 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用
张真真
蒋礼玲
李婉炘
王谨凡
贾举庆
黄胜雄
《合肥工业大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2023
0
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