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“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和结构分析中的应用效力研究
1
作者
王梦燏
周成浩
+5 位作者
薛倩
殷建玫
蒋一秀
张会永
李国辉
韩威
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期640-648,共9页
我国地方鸡品种资源丰富,且在长期的选择进化过程中形成了各异的种质特性。科学评估群体遗传多样性,明确品种间遗传结构,对地方鸡品种资源的保护与创新利用具有重要价值。为了评估23K SNP芯片“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和遗传结构...
我国地方鸡品种资源丰富,且在长期的选择进化过程中形成了各异的种质特性。科学评估群体遗传多样性,明确品种间遗传结构,对地方鸡品种资源的保护与创新利用具有重要价值。为了评估23K SNP芯片“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和遗传结构分析中的应用效力,本文利用RADseq鉴定21个地方鸡种基因组遗传变异,并研发23K芯片“酉芯一号”。基于两组SNP数据集计算各品种的遗传统计量,开展相关性、拟合及系统发育分析,以评估芯片的应用效力。结果表明,基于两组SNP数据集计算的观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)、近交系数(F_(ROH))和遗传分化系数(F_(st)),在21个地方鸡种中趋势基本一致。琅琊鸡(LA)、瓢鸡(PJ)、文昌鸡(WC)的遗传多样性较为丰富;边鸡(BJ)、狼山鸡(LS)、固始鸡(GS)、东乡绿壳蛋鸡(DX)和北京油鸡(BY)的遗传多样性相对匮乏,两组Ho、PIC、F_(ROH)和平均Fst的相关系数分别为0.794、0.901、0.926和0.984,均达到极显著水平(P<0.01),且拟合度较高(P<0.001),R^(2)分别为0.644、0.827、0.916和0.927。针对两组SNP数据集,采用邻接法(NJ)和极大似然法(ML)构建的进化树较为合理,将21个地方鸡种总体上分为6大类,与品种的形成历史和地理分布相吻合;23K芯片对5个新增品种亦实现有效聚类,没有出现个体偏离。利用不同密度的SNP估算遗传统计量会存在一定差异,需要进行数据和分析方法的标准化,23K芯片在地方鸡遗传多样性和结构分析中具有较好的效力。
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关键词
RADseq
SNP芯片
遗传多样性
遗传结构
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题名
“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和结构分析中的应用效力研究
1
作者
王梦燏
周成浩
薛倩
殷建玫
蒋一秀
张会永
李国辉
韩威
机构
中国农业科学院家禽研究所
江苏省家禽科学研究所
江苏省家禽科学研究所科技创新有限公司
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期640-648,共9页
基金
国家重点研发计划项目(编号:2021YFD1200302)
江苏省种业振兴揭榜挂帅项目(编号:JBGS[2021]029)
江苏省自然科学基金面上项目(编号:BK20221285)资助。
文摘
我国地方鸡品种资源丰富,且在长期的选择进化过程中形成了各异的种质特性。科学评估群体遗传多样性,明确品种间遗传结构,对地方鸡品种资源的保护与创新利用具有重要价值。为了评估23K SNP芯片“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和遗传结构分析中的应用效力,本文利用RADseq鉴定21个地方鸡种基因组遗传变异,并研发23K芯片“酉芯一号”。基于两组SNP数据集计算各品种的遗传统计量,开展相关性、拟合及系统发育分析,以评估芯片的应用效力。结果表明,基于两组SNP数据集计算的观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)、近交系数(F_(ROH))和遗传分化系数(F_(st)),在21个地方鸡种中趋势基本一致。琅琊鸡(LA)、瓢鸡(PJ)、文昌鸡(WC)的遗传多样性较为丰富;边鸡(BJ)、狼山鸡(LS)、固始鸡(GS)、东乡绿壳蛋鸡(DX)和北京油鸡(BY)的遗传多样性相对匮乏,两组Ho、PIC、F_(ROH)和平均Fst的相关系数分别为0.794、0.901、0.926和0.984,均达到极显著水平(P<0.01),且拟合度较高(P<0.001),R^(2)分别为0.644、0.827、0.916和0.927。针对两组SNP数据集,采用邻接法(NJ)和极大似然法(ML)构建的进化树较为合理,将21个地方鸡种总体上分为6大类,与品种的形成历史和地理分布相吻合;23K芯片对5个新增品种亦实现有效聚类,没有出现个体偏离。利用不同密度的SNP估算遗传统计量会存在一定差异,需要进行数据和分析方法的标准化,23K芯片在地方鸡遗传多样性和结构分析中具有较好的效力。
关键词
RADseq
SNP芯片
遗传多样性
遗传结构
Keywords
RADseq
SNP chip
genetic diversity
genetic structure
分类号
S831 [农业科学—畜牧学]
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作者
出处
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1
“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和结构分析中的应用效力研究
王梦燏
周成浩
薛倩
殷建玫
蒋一秀
张会永
李国辉
韩威
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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