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敖汉细毛羊的粗毛返祖性状相关lncRNA-mRNA的联合测序分析
1
作者
罗睿杰
王建魁
曹素英
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第6期2685-2700,共16页
本研究从长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)切入,旨在探究敖汉细毛羊群体中粗毛返祖(ancestral-like coarse,ALC)个体的转录组特性。本研究采集了3只30日龄ALC羔羊和3只30日龄非返祖(称为MF)细毛羔羊的皮肤样本,进行RNA测序(RN...
本研究从长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)切入,旨在探究敖汉细毛羊群体中粗毛返祖(ancestral-like coarse,ALC)个体的转录组特性。本研究采集了3只30日龄ALC羔羊和3只30日龄非返祖(称为MF)细毛羔羊的皮肤样本,进行RNA测序(RNA-seq),挖掘与细毛羊“返祖”现象存在潜在关联的mRNA和lncRNA,通过生物信息学分析探究lncRNA在细毛羊毛囊发育中的作用,并进行lncRNA与mRNA的联合分析。本研究筛选出1540个差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DE-lncRNA)和513个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),富集到Wnt、PPAR、MAPK等多个与毛囊发育相关的信号通路中,均存在显著下调。对差异显著(P<0.05)的DE-lncRNA进行分析,其中包含被认为与初级毛囊早期发育密切相关的lncRNA,如GTL 2等。对DE-lncRNA靶向基因和DEGs进行GO和KEGG富集分析,DE-lncRNA靶基因和DEGs富集到WNT、PPAR、MAPK等多个与毛囊发育相关的信号通路,以及与TGF-β负调控相关的生物学过程。此外,DE-lncRNA和DEGs富集分析都显示,ALC羔羊有多个物质和能量代谢通路上调。DEGs与DE-lncRNA相关性分析筛选出90个可能受DE-lncRNA调控的基因,ADIPOQ、BRCA1、CCAR2、KIF 20B、SOAT 1等基因涉及与细胞增殖、细胞命运决定、细胞周期调节、物质结合、催化活性等有关的过程。结果显示,ALC羔羊在毛囊相关的lncRNA方面与MF羔羊存在显著差异,ALC羔羊的初级毛囊可能处在全面退化的初始阶段;MAPK和PI3K/AKT信号通路在ALC绵羊幼龄返祖现象比较重要;ALC羔羊代谢相较于MF羔羊更旺盛,GTL 2等DE-lncRNA可能与ALC羊较强的适应性存在关联。本研究通过挖掘细毛羊ALC性状相关的lncRNA,为后期深入研究细毛羊毛囊发育机制提供参考线索,对细毛羊抗逆育种有重要参考价值。
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关键词
敖汉细毛羊
粗毛返祖性状
lncRNA
MRNA
生物信息学
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职称材料
进口百合种球携入植物线虫数量风险初探
被引量:
3
2
作者
边勇
刘奇志
+4 位作者
赵纪文
王建魁
种焱
林伟
赵汗青
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第3期93-96,共4页
对荷兰和新西兰进口的8种百合种球入境时所携带的植物线虫种类和数量进行了检测,并进行了灭菌土栽培,以监测和探讨携入的线虫数量在花卉一个生长周期后的变化,进而为评价携入的植物线虫的数量风险提供科学依据。研究结果表明栽培前种球...
对荷兰和新西兰进口的8种百合种球入境时所携带的植物线虫种类和数量进行了检测,并进行了灭菌土栽培,以监测和探讨携入的线虫数量在花卉一个生长周期后的变化,进而为评价携入的植物线虫的数量风险提供科学依据。研究结果表明栽培前种球内的优势植物线虫——拟滑刃属和滑刃属线虫数量在百合一个生长周期结束后均以几何级数的速率增长;栽培前检出数量极少的垫刃属线虫,生长周期结束后却大量出现;栽培前少量检出的短体属、矮化属、根结属、丝尾垫刃属和伪垫刃属的线虫,周期结束后,均未再检测到。本研究结果初步表明拟滑刃属、滑刃属和垫刃属线虫具有较高的潜在危险性,其他检出的植物线虫类群潜在风险较小。
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关键词
进口百合
植物线虫
检疫线虫
潜在风险
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职称材料
多头带绦虫成虫和幼虫的iTRAQ蛋白质组学分析
3
作者
李文卉
王建魁
+4 位作者
张念章
曲自刚
刘垠鞠
贾万忠
付宝权
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第12期1051-1056,共6页
目的分析多头带绦虫成虫和幼虫样本中的差异蛋白定量结果,为筛选调节寄生虫发育和生长的特定蛋白奠定基础。方法提取多头带绦虫成虫与脑多头蚴原头节蛋白质样本进行SDS-PAGE电泳分析后,采用同位素标记相对与绝对定量技术(iTRAQ)技术和...
目的分析多头带绦虫成虫和幼虫样本中的差异蛋白定量结果,为筛选调节寄生虫发育和生长的特定蛋白奠定基础。方法提取多头带绦虫成虫与脑多头蚴原头节蛋白质样本进行SDS-PAGE电泳分析后,采用同位素标记相对与绝对定量技术(iTRAQ)技术和液相串联质谱(LC-MS/MS)分析,当两种样品蛋白的差异倍数达到1.5倍以上,且经检验有统计学意义时,视为差异蛋白。结果本研究共鉴定了684个蛋白,其中130个差异表达蛋白,相对于幼虫,成虫上调蛋白69个,分别为副肌球蛋白,果糖-1,6-二磷酸酶,钙结合蛋白,六钩蚴蛋白Tso22c,热休克蛋白70,8 kDa糖蛋白,肌球蛋白轻链,钙调蛋白等;成虫下调蛋白61个,分别是抗原cC1,钙蛋白酶,膜联蛋白B3,皮层蛋白,糖脂转移蛋白,微管相关蛋白,乳酸脱氢酶B,xpa-结合蛋白等。通过实时定量PCR验证了10个差异明显的蛋白。另外,差异蛋白路径注释中约30%的蛋白参与了代谢途径和次生代谢物的生物合成。结论本研究为多头带绦虫发育、生活史及寄生虫-宿主的互作机制研究提供了基线资料。
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关键词
多头带绦虫
脑多头蚴
蛋白质组学
iTRAQ技术
液相色谱串联质谱
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职称材料
门头沟区村镇志编修工作调查
4
作者
王建魁
《北京农业职业学院学报》
2015年第6期65-70,共6页
随着城市化建设步伐加快,一些传统村落即将消失,优秀村落文化资源面临失传或消失的危险。挖掘和整理镇情村史资料,保护弥足珍贵的村落文化资源显得十分必要。门头沟区乡镇基层编修村镇志涌现出一批传世佳作,村镇志编修有益于传承文明、...
随着城市化建设步伐加快,一些传统村落即将消失,优秀村落文化资源面临失传或消失的危险。挖掘和整理镇情村史资料,保护弥足珍贵的村落文化资源显得十分必要。门头沟区乡镇基层编修村镇志涌现出一批传世佳作,村镇志编修有益于传承文明、弘扬正气、服务社会,更有益于新型城镇化发展,浸润人们的心灵世界,对于存史、资治、育人,有着重要的历史意义和不可替代的现实作用。
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关键词
村镇志
编修
门头沟区
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职称材料
题名
敖汉细毛羊的粗毛返祖性状相关lncRNA-mRNA的联合测序分析
1
作者
罗睿杰
王建魁
曹素英
机构
北京农学院动物科学技术学院
中国农业大学动物科学技术学院
出处
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第6期2685-2700,共16页
基金
羊多能干细胞建系及其向配子定向诱导分化研究(2023ZD040750406)
农业生物育种重大项目-优质绒毛羊新品种设计与培育(2023ZD04051)。
文摘
本研究从长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)切入,旨在探究敖汉细毛羊群体中粗毛返祖(ancestral-like coarse,ALC)个体的转录组特性。本研究采集了3只30日龄ALC羔羊和3只30日龄非返祖(称为MF)细毛羔羊的皮肤样本,进行RNA测序(RNA-seq),挖掘与细毛羊“返祖”现象存在潜在关联的mRNA和lncRNA,通过生物信息学分析探究lncRNA在细毛羊毛囊发育中的作用,并进行lncRNA与mRNA的联合分析。本研究筛选出1540个差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DE-lncRNA)和513个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),富集到Wnt、PPAR、MAPK等多个与毛囊发育相关的信号通路中,均存在显著下调。对差异显著(P<0.05)的DE-lncRNA进行分析,其中包含被认为与初级毛囊早期发育密切相关的lncRNA,如GTL 2等。对DE-lncRNA靶向基因和DEGs进行GO和KEGG富集分析,DE-lncRNA靶基因和DEGs富集到WNT、PPAR、MAPK等多个与毛囊发育相关的信号通路,以及与TGF-β负调控相关的生物学过程。此外,DE-lncRNA和DEGs富集分析都显示,ALC羔羊有多个物质和能量代谢通路上调。DEGs与DE-lncRNA相关性分析筛选出90个可能受DE-lncRNA调控的基因,ADIPOQ、BRCA1、CCAR2、KIF 20B、SOAT 1等基因涉及与细胞增殖、细胞命运决定、细胞周期调节、物质结合、催化活性等有关的过程。结果显示,ALC羔羊在毛囊相关的lncRNA方面与MF羔羊存在显著差异,ALC羔羊的初级毛囊可能处在全面退化的初始阶段;MAPK和PI3K/AKT信号通路在ALC绵羊幼龄返祖现象比较重要;ALC羔羊代谢相较于MF羔羊更旺盛,GTL 2等DE-lncRNA可能与ALC羊较强的适应性存在关联。本研究通过挖掘细毛羊ALC性状相关的lncRNA,为后期深入研究细毛羊毛囊发育机制提供参考线索,对细毛羊抗逆育种有重要参考价值。
关键词
敖汉细毛羊
粗毛返祖性状
lncRNA
MRNA
生物信息学
Keywords
Aohan fine wool sheep
ancestral-like coarse
lncRNA
mRNA
bioinformatics
分类号
S826.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
进口百合种球携入植物线虫数量风险初探
被引量:
3
2
作者
边勇
刘奇志
赵纪文
王建魁
种焱
林伟
赵汗青
机构
中国农业大学农学与生物技术学院
北京出入境检验检疫局
国家质量监督检验检疫总局
出处
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第3期93-96,共4页
基金
国家质量监督检验检疫总局项目(2005IK062)
文摘
对荷兰和新西兰进口的8种百合种球入境时所携带的植物线虫种类和数量进行了检测,并进行了灭菌土栽培,以监测和探讨携入的线虫数量在花卉一个生长周期后的变化,进而为评价携入的植物线虫的数量风险提供科学依据。研究结果表明栽培前种球内的优势植物线虫——拟滑刃属和滑刃属线虫数量在百合一个生长周期结束后均以几何级数的速率增长;栽培前检出数量极少的垫刃属线虫,生长周期结束后却大量出现;栽培前少量检出的短体属、矮化属、根结属、丝尾垫刃属和伪垫刃属的线虫,周期结束后,均未再检测到。本研究结果初步表明拟滑刃属、滑刃属和垫刃属线虫具有较高的潜在危险性,其他检出的植物线虫类群潜在风险较小。
关键词
进口百合
植物线虫
检疫线虫
潜在风险
Keywords
imported lily corm
phytoparasitic nematodes
quarantine nematodes
potential risk
分类号
S432.45 [农业科学—植物病理学]
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职称材料
题名
多头带绦虫成虫和幼虫的iTRAQ蛋白质组学分析
3
作者
李文卉
王建魁
张念章
曲自刚
刘垠鞠
贾万忠
付宝权
机构
中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室
甘肃省兰州市七里河区动物疫病预防与控制中心
江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第12期1051-1056,共6页
基金
国家重点研发计划项目(政府间国际科技创新合作)(No.2021YFE0191600)
国家自然科学基金(No.31702228)联合资助。
文摘
目的分析多头带绦虫成虫和幼虫样本中的差异蛋白定量结果,为筛选调节寄生虫发育和生长的特定蛋白奠定基础。方法提取多头带绦虫成虫与脑多头蚴原头节蛋白质样本进行SDS-PAGE电泳分析后,采用同位素标记相对与绝对定量技术(iTRAQ)技术和液相串联质谱(LC-MS/MS)分析,当两种样品蛋白的差异倍数达到1.5倍以上,且经检验有统计学意义时,视为差异蛋白。结果本研究共鉴定了684个蛋白,其中130个差异表达蛋白,相对于幼虫,成虫上调蛋白69个,分别为副肌球蛋白,果糖-1,6-二磷酸酶,钙结合蛋白,六钩蚴蛋白Tso22c,热休克蛋白70,8 kDa糖蛋白,肌球蛋白轻链,钙调蛋白等;成虫下调蛋白61个,分别是抗原cC1,钙蛋白酶,膜联蛋白B3,皮层蛋白,糖脂转移蛋白,微管相关蛋白,乳酸脱氢酶B,xpa-结合蛋白等。通过实时定量PCR验证了10个差异明显的蛋白。另外,差异蛋白路径注释中约30%的蛋白参与了代谢途径和次生代谢物的生物合成。结论本研究为多头带绦虫发育、生活史及寄生虫-宿主的互作机制研究提供了基线资料。
关键词
多头带绦虫
脑多头蚴
蛋白质组学
iTRAQ技术
液相色谱串联质谱
Keywords
Taenia multiceps
Coenurus cerebralis
proteomics
iTRAQ
LC-MS/MS
分类号
R383.3 [医药卫生—医学寄生虫学]
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职称材料
题名
门头沟区村镇志编修工作调查
4
作者
王建魁
机构
北京市门头沟区雁翅镇人民政府
出处
《北京农业职业学院学报》
2015年第6期65-70,共6页
文摘
随着城市化建设步伐加快,一些传统村落即将消失,优秀村落文化资源面临失传或消失的危险。挖掘和整理镇情村史资料,保护弥足珍贵的村落文化资源显得十分必要。门头沟区乡镇基层编修村镇志涌现出一批传世佳作,村镇志编修有益于传承文明、弘扬正气、服务社会,更有益于新型城镇化发展,浸润人们的心灵世界,对于存史、资治、育人,有着重要的历史意义和不可替代的现实作用。
关键词
村镇志
编修
门头沟区
分类号
TU-098.4 [建筑科学—建筑理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
敖汉细毛羊的粗毛返祖性状相关lncRNA-mRNA的联合测序分析
罗睿杰
王建魁
曹素英
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
进口百合种球携入植物线虫数量风险初探
边勇
刘奇志
赵纪文
王建魁
种焱
林伟
赵汗青
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2007
3
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职称材料
3
多头带绦虫成虫和幼虫的iTRAQ蛋白质组学分析
李文卉
王建魁
张念章
曲自刚
刘垠鞠
贾万忠
付宝权
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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职称材料
4
门头沟区村镇志编修工作调查
王建魁
《北京农业职业学院学报》
2015
0
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职称材料
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