目的研究基于rpoC1序列分析,建立山药物种鉴定的新方法。方法利用DNA条形码技术对收集到的7个山药样本提取基因组DNA,以rpoC1基因引物进行PCR扩增、测序,将所得序列在美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Informati...目的研究基于rpoC1序列分析,建立山药物种鉴定的新方法。方法利用DNA条形码技术对收集到的7个山药样本提取基因组DNA,以rpoC1基因引物进行PCR扩增、测序,将所得序列在美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库中进行BLAST比对,从GenBank获取薯蓣属、木薯属和番薯属rpoC1序列,应用MEGA 7.0软件计算种内和种间的(K2P)遗传距离,并构建邻接(neighbor joining,NJ)系统聚类树。结果7个山药样本rpoC1基因获得成功扩增和测序。山药样本最大种内K2P遗传距离为0.009,远远小于山药与木薯、番薯的种间K2P遗传距离0.104~0.118,也小于山药与盾叶薯蓣和穿龙薯蓣的种间K2P遗传距离0.026~0.035,构建的系统发育树显示山药与盾叶薯蓣、穿龙薯蓣、木薯和番薯单独聚为一类。结论rpoC1序列作为DNA条形码候选序列,能够实现对山药和混伪品的鉴定,同时也适用于食用山药和药用山药物种的区分,rpoC1序列可为山药物种鉴定提供新的分子鉴定方法。展开更多
文摘目的研究基于rpoC1序列分析,建立山药物种鉴定的新方法。方法利用DNA条形码技术对收集到的7个山药样本提取基因组DNA,以rpoC1基因引物进行PCR扩增、测序,将所得序列在美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库中进行BLAST比对,从GenBank获取薯蓣属、木薯属和番薯属rpoC1序列,应用MEGA 7.0软件计算种内和种间的(K2P)遗传距离,并构建邻接(neighbor joining,NJ)系统聚类树。结果7个山药样本rpoC1基因获得成功扩增和测序。山药样本最大种内K2P遗传距离为0.009,远远小于山药与木薯、番薯的种间K2P遗传距离0.104~0.118,也小于山药与盾叶薯蓣和穿龙薯蓣的种间K2P遗传距离0.026~0.035,构建的系统发育树显示山药与盾叶薯蓣、穿龙薯蓣、木薯和番薯单独聚为一类。结论rpoC1序列作为DNA条形码候选序列,能够实现对山药和混伪品的鉴定,同时也适用于食用山药和药用山药物种的区分,rpoC1序列可为山药物种鉴定提供新的分子鉴定方法。
