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可口革囊星虫cDNA文库的构建及蚯蚓血红蛋白基因序列的分析 被引量:6
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作者 王孟前 李晔 +4 位作者 苏秀榕 李太武 贺静静 王中华 周君 《台湾海峡》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期20-26,共7页
提取可口革囊星虫血总RNA,反转录成cDNA,将大于500bp的cDNA片段连接入载体pBluescriptII SK(+),电转化至DH10B宿主菌中,得到原始文库.对cDNA文库的滴度、重组率和插入片段的大小进行检测,并挑取500个单菌落进行测序.结果表明,cDNA文库... 提取可口革囊星虫血总RNA,反转录成cDNA,将大于500bp的cDNA片段连接入载体pBluescriptII SK(+),电转化至DH10B宿主菌中,得到原始文库.对cDNA文库的滴度、重组率和插入片段的大小进行检测,并挑取500个单菌落进行测序.结果表明,cDNA文库的库容量为3.06×105cfu,重组率达97.2%.经测序共得到437条序列,分析得到211个单基因簇(unigene),其中115条序列有相关同源性.测序得到蚯蚓血红蛋白cDNA全长序列为823bp,ORF编码120个氨基酸,蛋白分子量为13.63kD,等电点为5.78.NCBI上同源性比对结果则表明,与Siphonosoma cumanense的蚯蚓血红蛋白同源性最高为67%.可口革囊星虫cDNA文库的构建为今后克隆和研究可口革囊星虫的相关功能基因奠定了坚实的基础. 展开更多
关键词 海洋生物学 可口革囊星虫 CDNA文库 序列分析 蚯蚓血红蛋白
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泥蚶(Tegillarca granosa)cDNA文库的构建及铁结合蛋白基因(Ferritin)序列分析 被引量:14
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作者 贺静静 李晔 +6 位作者 李太武 苏秀榕 王孟前 李松伟 周军 马斌 李强芳 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期289-295,共7页
取正常泥蚶肌肉组织获得总RNA,纯化mRNA后,利用含SfiⅠ酶切位点的CDSⅢ引物逆转录合成cDNA第一链,通过LD-PCR合成cDNA双链,经胶回收除去短片段,与pDNR-LIB载体进行连接,电转化到大肠杆菌DH10B中,构建形成原始文库,进行滴度测试和重组率... 取正常泥蚶肌肉组织获得总RNA,纯化mRNA后,利用含SfiⅠ酶切位点的CDSⅢ引物逆转录合成cDNA第一链,通过LD-PCR合成cDNA双链,经胶回收除去短片段,与pDNR-LIB载体进行连接,电转化到大肠杆菌DH10B中,构建形成原始文库,进行滴度测试和重组率鉴定。结果表明原始文库的滴度为3.17×105cfu/ml,重组率为86.3%,插入片段多在500—2500bp间。随机挑选458个克隆测序,经分析获得94种已知基因及87种未知基因。其中包括铁结合蛋白(Ferritin)的全长cDNA序列。该基因序列全长895bp,5'-端非编码区为163bp,3'-非编码区为213bp,开放阅读框为519bp,编码172个氨基酸。推测其蛋白分子量和等电点分别为20kDa和4.89。氨基酸序列与皱纹盘鲍、太平洋牡蛎、血红扇头蜱、文昌鱼、中华蟾蜍、非洲爪蟾、小家鼠以及人等的同源性有62%—82%。比对结果表明,铁结合蛋白基因在动物进化中高度保守。 展开更多
关键词 CDNA文库 序列分析 泥蚶 铁结合蛋白基因
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缢蛏(Sinonovacula constricta)cDNA文库的构建及肌动蛋白基因的研究 被引量:11
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作者 秦玉明 苏秀榕 +5 位作者 李晔 马斌 李惠 王孟前 贺静静 李太武 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期54-60,共7页
采用SMART(switching metchanism at 5’end of RNA transcript)技术构建缢蛏cDNA基因文库。并对cDNA文库的滴度,重组率和插入片段的大小进行了检测。结果表明,该cDNA文库的滴度为5.50×104cfu/ml,重组率为92.5%,插入片段的长度大多... 采用SMART(switching metchanism at 5’end of RNA transcript)技术构建缢蛏cDNA基因文库。并对cDNA文库的滴度,重组率和插入片段的大小进行了检测。结果表明,该cDNA文库的滴度为5.50×104cfu/ml,重组率为92.5%,插入片段的长度大多在1kb以上。对478个克隆子进行了测序,共得到430个有效序列,其中166个序列无同源性,264条序列具有同源性。从中得到肌动蛋白(actin)cDNA的全长1538bp,开放阅读框(ORF)为1131bp,编码376个氨基酸,其预测蛋白的分子量为41.78kD,等电点为5.30。该氨基酸序列与其它物种的同源性大都在90%以上。 展开更多
关键词 缢蛏 CDNA文库 序列分析 肌动蛋白基因
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海地瓜的分子分类学研究 被引量:4
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作者 李慧 李太武 +6 位作者 苏秀榕 秦玉明 王孟前 贺静静 胡广洲 黄尚锋 周君 《水产科学》 CAS 北大核心 2009年第12期733-736,共4页
应用分子系统发育学的方法,以浙江沿海一海地瓜的18S rDNA和COI片段序列为分子标记,自行设计引物,进行了克隆,结合来自GenBank中10种海参的18S rDNA和COI同源序列,用邻接法和最大简约法构建系统进化树,并结合形态学特征对它们的分类地... 应用分子系统发育学的方法,以浙江沿海一海地瓜的18S rDNA和COI片段序列为分子标记,自行设计引物,进行了克隆,结合来自GenBank中10种海参的18S rDNA和COI同源序列,用邻接法和最大简约法构建系统进化树,并结合形态学特征对它们的分类地位进行了探讨。初步分析结果,基于此海地瓜的各形态学的研究,可以认为它属于海参纲芋参目;鉴于18S rDNA基因的分析,此海地瓜与拟刺参遗传距离为0.017亲缘关系非常近,可以认为它属于海参纲;从COI基因的角度分析,它虽然与怀玉参在系统树上聚成一枝,但支持率很低;仅为49%,遗传距离比较大,为0.223,不足以作为分析的依据。 展开更多
关键词 海地瓜 18S RDNA COI 系统进化树
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