牦牛卵巢小RNA高通量测序及生物信息学分析 被引量：8

1

作者 熊显荣 兰道亮 +3 位作者 李键 字向东 林亚秋 马力 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期55-63,共9页

本研究旨在利用高通量测序技术描绘牦牛卵巢sRNA图谱,为探析牦牛繁殖性能提供基础。以牦牛卵巢组织作为研究对象,构建牦牛sRNA文库,进行高通量测序和生物信息学分析,最后利用RT-qPCR技术验证miRNA在牦牛卵巢组织中的表达。经测序后得到... 本研究旨在利用高通量测序技术描绘牦牛卵巢sRNA图谱,为探析牦牛繁殖性能提供基础。以牦牛卵巢组织作为研究对象,构建牦牛sRNA文库,进行高通量测序和生物信息学分析,最后利用RT-qPCR技术验证miRNA在牦牛卵巢组织中的表达。经测序后得到包含12 126 208条clean reads,其中特异序列为212 757条;比对分析显示,只有7 383 536(60.89%)条总序列及80 981(38.06%)条特异序列能与牦牛基因组匹配。与黄牛相比,牦牛sRNA中有56个表达量上调,其中miR-135a表达上调最显著;有33个表达下调,其中miR-2316表达下调最显著。RT-qPCR验证6个miRNA在牦牛卵巢组织中的表达情况,定量结果和测序结果基本一致。与牦牛EST序列信息比对后共预测出5个新miRNA。本研究成功绘制牦牛卵巢sRNA图谱,同时证实RNA-Seq高通量测序技术在完善sRNA信息及挖掘新miRNA方面的优势,对研究sRNA在牦牛遗传育种以及以牦牛为重要高原动物模型来进行高原适应性和抗逆性等相关领域的研究具有重要意义。 展开更多

关键词 牦牛 卵巢 高通量测序 小RNA 生物信息学

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SIRT1对牦牛卵母细胞体外成熟与老化的影响 被引量：5

2

作者 熊显荣 王艳 +3 位作者 李键 熊燕 字向东 邱翔 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2440-2448,共9页

旨在探索SIRT1在牦牛卵母细胞体外成熟与老化过程中的作用。本研究在体外成熟液中分别添加SIRT1特异性激动剂SRT2104(SRT组)和特异性抑制剂Inauhzin(INZ组),牦牛卵丘卵母细胞复合体(COCs)体外培养24h后,观察卵丘细胞的扩展和第一极体的... 旨在探索SIRT1在牦牛卵母细胞体外成熟与老化过程中的作用。本研究在体外成熟液中分别添加SIRT1特异性激动剂SRT2104(SRT组)和特异性抑制剂Inauhzin(INZ组),牦牛卵丘卵母细胞复合体(COCs)体外培养24h后,观察卵丘细胞的扩展和第一极体的排出情况;利用免疫荧光检测体外培养24与36h后卵母细胞内的ROS水平;采用实时荧光定量PCR法检测体外培养24与36h后卵母细胞内SIRT1、FOXO3a、SOD2以及Bax的表达水平;体外培养24与36h后的牦牛卵母细胞进行体外受精,观察并统计其卵裂率与囊胚形成率。结果显示,体外培养24h,SRT组的卵丘细胞扩展程度显著高于对照组(P<0.05),而INZ组的卵丘细胞扩展程度和第一极体排出率显著低于对照组(P<0.05)。随着体外培养时间的增加,卵母细胞内的ROS水平显著增加(P<0.05);添加SRT2104能显著抑制卵母细胞中ROS水平的积累(P<0.05),而添加Inauhzin则显著上调卵母细胞内的ROS水平(P<0.05)。体外培养24h后,SRT组SIRT1、FOXO3a与SOD2的表达水平显著高于对照组(P<0.05),但Bax的表达水平显著降低(P<0.05);INZ组的SIRT1、FOXO3a与SOD2表达均显著低于对照组(P<0.05),但Bax的表达水平显著上调(P<0.05)。牦牛卵母细胞体外培养24h后,SRT组的卵裂率与囊胚形成率显著高于INZ组和对照组(P<0.05);卵母细胞体外培养36h后,INZ组的卵裂率和囊胚形成率显著低于其他组(P<0.05)。综上表明,SIRT1参与了牦牛卵母细胞的体外成熟,在体外培养液中适当添加SIRT1激动剂,有利于卵母细胞体外成熟及缓解老化,同时改善早期胚胎的发育能力。 展开更多

关键词 SIRT1 卵母细胞 成熟 老化 牦牛

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利用流式细胞仪建立牦牛X、Y精子分选体系的研究 被引量：6

3

作者 熊显荣 张雁 +5 位作者 熊燕 闵星宇 吴锦波 郝振宇 张贺 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期399-407,共9页

旨在探索与优化牦牛精子分选条件,建立高效的牦牛X、Y精子分选技术体系。本研究制备了牦牛精液细胞悬液,采用不同量的DNA染料Hoechst33342和诱惑红共孵育精子细胞。利用流式细胞仪分选牦牛X、Y精子,通过比较分选效率、分选后精子活力及... 旨在探索与优化牦牛精子分选条件,建立高效的牦牛X、Y精子分选技术体系。本研究制备了牦牛精液细胞悬液,采用不同量的DNA染料Hoechst33342和诱惑红共孵育精子细胞。利用流式细胞仪分选牦牛X、Y精子,通过比较分选效率、分选后精子活力及发育潜能,优化分选条件。运用RT-PCR检测分选精子的纯度,利用精子分析系统检测分选后精子的活力。将分选后的精子与体外成熟的卵母细胞进行体外受精,统计分选后精子的发育潜力,并采用SRY片段的PCR法检测早期胚胎的性别。结果显示,10μL Hoechst33342染色40 min后的分选效果最佳,其分选产物的准确度和分选效率显著优于其他组,分选后的X、Y精子活力与20μL Hoechest33342染色20 min组相当,显著高于其他组(P<0.05)。添加5μmol·L^-1的诱惑红对分选的纯度无显著影响(P>0.05),但能显著提高分选后精子的活力(P<0.05)。分选后X、Y精子分别与卵母细胞进行体外受精,受精率和囊胚形成率与未分选组差异不显著(P>0.05),且胚胎性别比例与分选后精子纯度吻合。综上,本研究建立并优化了流式细胞仪分选牦牛X、Y精子的方法,添加诱惑红有助于改善分选后牦牛精子的活力,为后期牦牛性控精液的制备及生产奠定了基础。 展开更多

关键词 牦牛 流式细胞仪 分选 精子活力 胚胎性别

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金川多肋牦牛Hoxa6和Hoxa10基因甲基化与mRNA差异表达研究 被引量：4

4

作者 熊显荣 张雁 +4 位作者 兰道亮 李键 字向东 李善蓉 杨建梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1532-1539,共8页

本研究旨在通过检测金川多肋牦牛与普通牦牛中Hoxa6和Hoxa10基因的转录水平和启动子区甲基化状态,为揭示Hox基因在金川多肋牦牛多1对肋骨性状形成中的转录调控机制奠定基础。通过实时荧光定量PCR技术检测Hoxa6和Hoxa10基因在多肋牦牛和... 本研究旨在通过检测金川多肋牦牛与普通牦牛中Hoxa6和Hoxa10基因的转录水平和启动子区甲基化状态,为揭示Hox基因在金川多肋牦牛多1对肋骨性状形成中的转录调控机制奠定基础。通过实时荧光定量PCR技术检测Hoxa6和Hoxa10基因在多肋牦牛和普通牦牛中的mRNA表达水平,同时采用重亚硫酸盐测序PCR(Bisulfite-sequencing PCR,BSP)法对Hoxa6和Hoxa10启动子区进行甲基化修饰与克隆测序,分析甲基化状态。结果显示,多肋牦牛中Hoxa6基因表达量显著高于普通牦牛(P<0.05),而Hoxa10基因表达量显著低于普通牦牛(P<0.05)。Hoxa6启动子区域的CpG2,在普通牦牛中的DNA甲基化显著高于多肋牦牛(P<0.05),尤其是第3、4、8、20和21位CpG位点;Hoxa10启动子区域的CpG1在普通牦牛中的DNA甲基化状态显著低于多肋牦牛(P<0.05),普通牦牛的第9和12位CpG位点几乎未甲基化。多肋牦牛中Hoxa10高甲基化在一定程度上抑制了Hoxa10基因的表达,Hoxa6低甲基化水平促进了Hoxa6基因的表达。启动子区域的甲基化在一定程度上影响Hox基因的转录调控,且与多肋性状的形成可能存在一定的联系。 展开更多

关键词 牦牛 HOX基因 甲基化 表达

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“双一流”建设背景下高校畜牧兽医人才培养模式创新——以西南民族大学动物科学专业为例 被引量：7

5

作者 熊显荣 熊燕 +2 位作者 李志雄 付伟 李键 《安徽农业科学》 CAS 2023年第4期279-282,共4页

在“双一流”本科专业建设的背景下,高校的人才培养面临新的机遇与挑战。西南民族大学动物科学专业历史悠久,主要围绕西南民族地区畜牧业可持续发展面临的重大科学问题开展人才培养与科学研究,形成了较完善的人才培养体系,是学校的传统... 在“双一流”本科专业建设的背景下,高校的人才培养面临新的机遇与挑战。西南民族大学动物科学专业历史悠久,主要围绕西南民族地区畜牧业可持续发展面临的重大科学问题开展人才培养与科学研究,形成了较完善的人才培养体系,是学校的传统优势专业。但从招生并轨改革起,招生范围逐步扩大到全国各地,高等教育从精英教育向大众化教育转变,毕业生就业市场竞争也日趋激烈。传统的畜牧兽医人才培养模式已无法满足新形势下多样化的人才要求和社会发展需求。因此,以“双一流”本科专业建设和新“国标”为契机,探索建立适应当前我国畜牧业发展需要和民族地区需求的畜牧兽医专业复合型人才培养模式,以满足当下产业发展需求,加快实现办学目标。 展开更多

关键词 高校 畜牧兽医 “双一流”建设 创新 复合型人才

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牦牛发情期卵巢比较转录组学研究 被引量：9

6

作者 兰道亮 熊显荣 +3 位作者 柴志欣 艾鷖 黄偲 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1830-1839,共10页

旨在进一步了解牦牛发情期卵巢的分子机制,解析牦牛繁殖的特殊性。本研究应用RNA-seq技术对牦牛和平原黄牛发情期卵巢进行转录组高通量测序及全基因组差异表达模式比对分析。通过比较分析牦牛和黄牛卵巢转录组数据,共筛选出1 307个差异... 旨在进一步了解牦牛发情期卵巢的分子机制,解析牦牛繁殖的特殊性。本研究应用RNA-seq技术对牦牛和平原黄牛发情期卵巢进行转录组高通量测序及全基因组差异表达模式比对分析。通过比较分析牦牛和黄牛卵巢转录组数据,共筛选出1 307个差异表达基因,其中661个基因表达量上调和646个基因表达量下调。进一步功能分析表明,这些差异基因涉及多种GO分类及KEGG通路。其中GO分类注释显示,差异基因与细胞粘附、激素调控等生物学过程存在密切关联,同时钙离子结合、阳离子跨膜转运等分子事件表现活跃。KEGG通路分析显示,补体和凝血级联通路的富集水平最高,其次为细胞色素P450相关通路。昼夜节律等一些新型通路,尽管与生殖功能没有明显关联,但也表现出显著富集。本研究首次对比牦牛和黄牛发情期卵巢转录组数据,筛选并分析相关差异基因。该研究结果为进一步阐述牦牛卵巢的基本分子机理提供基础,同时也为全面理解牦牛繁殖特异性提供新的思路。 展开更多

关键词 牦牛 发情期卵巢 转录组 比较分析 分子机制

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小鼠卵巢组织定量PCR分析中内参基因的筛选 被引量：8

7

作者 杨显英 熊显荣 +4 位作者 韩杰 黄向月 王艳 阿果约达 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期446-453,共8页

旨在选择小鼠卵巢组织中合适的内参基因,为研究卵巢发育过程中基因表达提供可靠数据。以不同年龄(0日龄、3周龄、5周龄、8周龄)小鼠卵巢组织为试验材料,Trizol法提取样本总RNA,并合成cDNA,根据已报道的小鼠(Mus musculus)各组织中相对... 旨在选择小鼠卵巢组织中合适的内参基因,为研究卵巢发育过程中基因表达提供可靠数据。以不同年龄(0日龄、3周龄、5周龄、8周龄)小鼠卵巢组织为试验材料,Trizol法提取样本总RNA,并合成cDNA,根据已报道的小鼠(Mus musculus)各组织中相对稳定表达的8个常见内参基因(Gapdh、β-actin、β-tubulin、18S rRNA、16S rRNA、H2afz、Ubc、Rpl13a)的GenBank登录序列设计引物,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法构建卵巢cDNA等梯度(1∶10)稀释后的标准曲线;利用geNorm分析候选内参基因的表达稳定性(M);NormFinder筛选表达最稳定的内参基因;BestKeeper计算qRT-PCR结果的标准差(SD)和变异系数(CV),从而预测候选内参基因的稳定性。结果表明,8个内参基因的引物特异性较强,具有良好的线性关系;候选内参基因的表达稳定度排序:Gapdh=β-actin>18S rRNA>Ubc>16S rRNA> H2afz>Rpl13a>β-tubulin;其中Gapdh表达稳定性最好,且标准差及方差系数最小(SD:0.32,CV:1.95),H2afz标准差及方差系数最大(SD>1.0,CV:5.76)。综上表明,本研究成功获得出生后小鼠卵巢发育过程中稳定表达的内参基因(Gapdh和β-actin),可作为其基因表达研究中的最佳候选内参。 展开更多

关键词 小鼠 卵巢 QRT-PCR 内参基因 表达稳定性

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NOBOX基因在麦洼牦牛卵母细胞、早期胚胎及胎儿卵巢的表达 被引量：5

8

作者 符梅 陈亚冰 +2 位作者 李键 熊显荣 兰道亮 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1746-1751,共6页

旨在研究牦牛胚胎发育过程中NOBOX基因表达与卵母细胞、胚胎发育及胎儿卵巢的关系。利用RTPCR技术检测NOBOX基因在颗粒细胞、牦牛胎儿卵巢及牦牛各组织中的表达;并采用荧光定量PCR技术检测NOBOX基因在卵母细胞体外受精胚胎发育过程中(G... 旨在研究牦牛胚胎发育过程中NOBOX基因表达与卵母细胞、胚胎发育及胎儿卵巢的关系。利用RTPCR技术检测NOBOX基因在颗粒细胞、牦牛胎儿卵巢及牦牛各组织中的表达;并采用荧光定量PCR技术检测NOBOX基因在卵母细胞体外受精胚胎发育过程中(GV期、MII期、2-细胞、4-细胞、8-细胞、16-细胞、桑椹胚和囊胚)的相对表达变化。结果表明,NOBOX基因在牦牛各组织中均有表达,其中肾表达量最高。在GV期卵泡中,NOBOX基因仅在卵母细胞中有表达,颗粒细胞中未检测到表达。早期胚胎发育过程中,随着胚胎发育,其表达量逐渐降低,在GV期时表达量最高(P<0.05),随后逐渐降低,在16-细胞表达量最低并趋于稳定。胎牛发育成长过程中,NOBOX基因在胎儿卵巢中表达量随着胎儿年龄的增长表达呈上升趋势。综上表明,NOBOX基因在牦牛早期胚胎发育过程中mRNA表达量存在差异性,可能与早期胚胎的正常发育和不同的生理活动有关。 展开更多

关键词 牦牛 卵母细胞成熟 早期胚胎发育 胎儿卵巢 NOBOX基因表达

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犏牛体外受精胚胎的发育转录组分析 被引量：2

9

作者 字向东 刘霜 +8 位作者 夏威 熊显荣 黄林 张正帆 李志雄 李键 钟金城 王利 朱江江 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期92-101,共10页

本研究旨在探讨犏牛早期胚胎发育调控机制,为提高犏牛胚胎体外生产效率提供理论基础。以娟珊牛精子体外受精(IVF)牦牛卵母细胞获得的2-、4-、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个阶段的杂种胚胎分别提取总RNA,采用Smart-Seq2扩增、构建测序文库,应... 本研究旨在探讨犏牛早期胚胎发育调控机制,为提高犏牛胚胎体外生产效率提供理论基础。以娟珊牛精子体外受精(IVF)牦牛卵母细胞获得的2-、4-、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个阶段的杂种胚胎分别提取总RNA,采用Smart-Seq2扩增、构建测序文库,应用RNA-Seq技术进行高通量测序分析。对HiSeqTM2500测序所得的Raw Reads进行数据过滤后,得到5个发育阶段的犏牛早期胚胎的Clean Reads为47 791 850~63 332 216条,有80.00%~91.13%比对上参考基因的序列。4-细胞期表达的基因数最多(15 400),而桑椹胚表达的基因数最少(9 604)。以log2ratio≥1,Q-value<0.05为阈值,获得2-~4-细胞、4-~8-细胞、8-细胞~桑椹胚及桑椹胚~囊胚4个发育阶段的差异表达基因(DEGs)分别为3 690、6 332、8 965和10 298个。GO分析表明,4个发育阶段的DEGs归类注释都涉及生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3大类67个二级条目。KEGG分析表明,牦牛早期胚胎发育过程中DEGs富集的主要通路有剪接体(Spliceosome)、神经活性配体-受体互作(Neuroactive ligand-receptor interaction)、细胞因子及其受体相互作用(Cytokine-cytokine receptor interactions)、泛素介导的蛋白水解(Ubiquitin mediated proteolysis)、RNA转运(RNA transport)等通路。本研究利用RNA-Seq技术对犏牛体外受精胚胎在发育不同阶段转录组进行了分析,获得了众多差异基因和有关通路的富集,为完善犏牛胚胎体外生产技术提供了理论基础。 展开更多

关键词 犏牛 体外受精 胚胎 转录组 RNA-SEQ

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基于微量RNA高通量测序技术的牦牛MⅡ期卵母细胞转录组研究 被引量：2

10

作者 兰道亮 熊显荣 +4 位作者 林宝山 陈亚冰 胡敏 苏小珊 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期722-732,共11页

旨在现有高通量测序的基础上,建立一种针对牦牛卵母细胞等微量样本的RNA高通量测序方法,为进一步研究牦牛卵母细胞的转录组学提供基础。以微量MII期牦牛卵母细胞RNA(10ng)作为研究样本,应用SMART cDNA PCR扩增技术对样本进行富集并构建... 旨在现有高通量测序的基础上,建立一种针对牦牛卵母细胞等微量样本的RNA高通量测序方法,为进一步研究牦牛卵母细胞的转录组学提供基础。以微量MII期牦牛卵母细胞RNA(10ng)作为研究样本,应用SMART cDNA PCR扩增技术对样本进行富集并构建测序文库,再应用改进的RNA高通量测序技术对其进行高通量测序分析。经Illumina-Solexa深度测序后,得到了一个包含47 619 254条测序序列,4Gb大小数据量的微量MII期牦牛卵母细胞测序文库。质量控制(Quality control,QC)及基本结果分析表明测序文库质量良好。基因组比对分析显示,共有15 626个牦牛基因被映射。此外,还获得了7 348个新的转录本。GO分类注释结果显示,共有13 795个比对上的基因参与了生物过程、细胞组分及分子功能3大主要类别。进一步富集分析显示,分别有333 134及113个GO类别在上述3大类中得到富集。KEGG通路分析结果显示,共有13 496个比对上的基因参与了258条通路,其中101条通路得到有效富集。本研究以牦牛卵母细胞为样本成功建立了一种起始RNA量可低至10ng的微量转录组测序方法。该研究结果为进一步研究牦牛基因组提供了基础,同时也为研究牦牛MII期卵母细胞的分子机理提供了新的视角。 展开更多

关键词 牦牛 卵母细胞 MII期 转录组 微量 高通量测序

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牦牛IGF-Ⅱ干扰载体的构建及其转染对睾丸支持细胞的影响 被引量：2

11

作者 张磊 阿果约达 +3 位作者 谢拉准 吴锦波 李键 熊显荣 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期2138-2146,共9页

旨在构建干扰胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor-Ⅱ, IGF-Ⅱ)的重组质粒载体,研究IGF-Ⅱ对牦牛睾丸支持细胞的影响。本研究设计并合成针对牦牛IGF-Ⅱ的shRNA寡核苷酸,并将其克隆至pLKO.1质粒载体上,转染牦牛睾丸支持细胞后... 旨在构建干扰胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor-Ⅱ, IGF-Ⅱ)的重组质粒载体,研究IGF-Ⅱ对牦牛睾丸支持细胞的影响。本研究设计并合成针对牦牛IGF-Ⅱ的shRNA寡核苷酸,并将其克隆至pLKO.1质粒载体上,转染牦牛睾丸支持细胞后经嘌呤霉素筛选获得稳定的细胞株,并采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和蛋白免疫印迹法检测IGF-Ⅱ基因和蛋白的表达,采用细胞生长分析仪分析支持细胞的增殖凋亡情况。结果显示,干扰牦牛IGF-Ⅱ表达的pLKO.1质粒载体构建成功,其可在睾丸支持细胞中稳定表达,且能有效抑制IGF-Ⅱ基因的表达。与对照组相比,pLKO.1-shRNA2的干扰效率最显著,IGF-Ⅱ的表达量下调至19.1%(P<0.05),且pLKO.1-shRNA2可使内源性IGF-Ⅱ蛋白的表达量减少76.3%(P<0.05)。pLKO.1-shRNA2质粒转染及筛选得到的稳定细胞株培养48 h后的细胞分裂增殖活性显著低于对照组(P<0.05)。qRT-PCR结果显示,干扰内源性IGF-Ⅱ后,睾丸支持细胞中的IGF-Ⅰ和IGF-ⅡR基因表达出现了显著的上调(P<0.05),IGF-IR与Bcl-2的表达出现了显著的下调(P<0.05)。综上表明,牦牛IGF-Ⅱ干扰质粒构建成功,其转染至牦牛睾丸支持细胞有效抑制了IGF-Ⅱ的表达,改变了IGF-IR与Bcl-2的表达模式,潜在影响了牦牛支持细胞的分裂增殖,具体作用机制有待进一步研究。 展开更多

关键词 牦牛 支持细胞 IGF-Ⅱ 干扰 细胞增殖

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牦牛HDAC1基因克隆及其在组织和卵母细胞减数分裂过程中的表达研究 被引量：1

12

作者 王斌 殷实 +3 位作者 熊显荣 秦文昌 黄向月 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1997-2004,共8页

旨在克隆牦牛组蛋白去乙酰化酶1(histone deacetylases 1,HDAC 1)基因,并检测其在牦牛不同组织及卵母细胞减数分裂过程中的表达水平,从而为研究HDAC1在牦牛生殖发育中的作用机制提供理论依据。本试验采用牦牛为研究对象,通过RT-PCR技术... 旨在克隆牦牛组蛋白去乙酰化酶1(histone deacetylases 1,HDAC 1)基因,并检测其在牦牛不同组织及卵母细胞减数分裂过程中的表达水平,从而为研究HDAC1在牦牛生殖发育中的作用机制提供理论依据。本试验采用牦牛为研究对象,通过RT-PCR技术获得牦牛HDAC1基因CDS序列,使用相关生物信息学软件分析其结构和功能,通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测HDAC1基因在牦牛脑、心、肌肉、卵巢、肾、脾、小肠、肝、肺和子宫组织中的表达谱及在卵母细胞减数分裂过程中mRNA的表达水平。结果表明,HDAC 1基因开放阅读框为1 302 bp,编码433个氨基酸,与黄牛、山羊和绵羊的同源性较高;HDAC1基因在牦牛的各个组织中均有表达,其中在脾、肾和小肠中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01)。在牦牛减数第一次分裂中期(MⅠ)和减数第二次分裂中期(MⅡ)卵母细胞中,HDAC 1基因的表达水平极显著高于生发泡(germinal vesicle,GV)期(P<0.01)。提示,HDAC 1基因参与牦牛卵母细胞减数分裂过程。本试验为进一步研究HDAC 1基因在高寒、低氧环境下的牦牛生殖繁育中的作用提供了理论依据。 展开更多

关键词 组蛋白去乙酰化 HDAC1 牦牛 卵母细胞 减数分裂

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KDM2B在小鼠卵母细胞及早期胚胎发育过程中的表达分析 被引量：1

13

作者 杨显英 熊显荣 +4 位作者 韩杰 黄向月 王艳 阿果约达 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期86-93,共8页

本研究旨在分析KDM2B在小鼠卵母细胞和早期胚胎中的表达规律,为KDM2B在卵母细胞减数分裂及胚胎发育过程中的生物学作用奠定基础。选择20只6～8周龄小鼠为试验动物,收集GV期、MⅡ期卵母细胞、2-细胞、4-细胞、8-细胞、囊胚各阶段胚胎,根... 本研究旨在分析KDM2B在小鼠卵母细胞和早期胚胎中的表达规律,为KDM2B在卵母细胞减数分裂及胚胎发育过程中的生物学作用奠定基础。选择20只6～8周龄小鼠为试验动物,收集GV期、MⅡ期卵母细胞、2-细胞、4-细胞、8-细胞、囊胚各阶段胚胎,根据GenBank上已公布的小鼠(Mus musculus)KDM2B序列设计引物,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测KDM2B在胚胎各阶段mRNA的表达水平;通过免疫荧光染色定位KDM2B蛋白在胚胎各阶段的分布。结果显示,GV期卵母细胞KDM2B mRNA的表达量极显著高于MⅡ期(P<0.01);在2-细胞、4-细胞和8-细胞mRNA表达量较低,囊胚期其表达量极显著升高(P<0.01);卵母细胞成熟过程中,KDM2B在GV期主要表达于细胞核中,MⅡ期卵母细胞核中的荧光信号极显著减弱(P<0.01),早期胚胎发育过程中,KDM2B蛋白在2-细胞、4-细胞、8-细胞胚胎中均不表达,囊胚期重新表达于细胞核。综上表明,本研究成功建立KDM2B在小鼠卵母细胞及胚胎细胞中的时空及时序表达模式,关于KDM2B参与调控减数分裂与胚胎发育过程具体的作用机制有待进一步研究。 展开更多

关键词 KDM2B 卵母细胞 着床前胚胎 表达谱

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犏牛雄性不育相关lncRNA的鉴定与分析 被引量：11

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作者 阿果约达 熊显荣 +4 位作者 王艳 杨显英 韩杰 王斌 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期551-561,共11页

旨在分析成年健康牦牛和犏牛(3～4岁)睾丸组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,从而探究lncRNA与犏牛雄性不育机制的关联性,为解释犏牛雄性不育的机理提供理论依据。采集成年(3～4岁)健康牦牛、犏牛各3头的睾丸组... 旨在分析成年健康牦牛和犏牛(3～4岁)睾丸组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,从而探究lncRNA与犏牛雄性不育机制的关联性,为解释犏牛雄性不育的机理提供理论依据。采集成年(3～4岁)健康牦牛、犏牛各3头的睾丸组织,构建cDNA文库后进行高通量测序,筛选出差异的lncRNA,通过对差异显著的lncRNA与mRNA位置关系以及结合能的判定预测顺式作用(cis)和反式作用(tran)的靶基因,并进行GO、KEGG功能分析。结果表明,共得到牦牛和犏牛候选lncRNA转录本分别为20 363和24 133个,两个文库筛选出6 178个显著差异lncRNA,其中有2 470个在犏牛睾丸组织与牦牛比较上调,3 708个下调。筛选得到差异显著lncRNA的候选靶基因2 676个,这些基因参与58个功能分类,共涉及306条通路;其中主要富集的通路包括轴突指导、内吞、Hedgehog等信号通路。综上表明,部分lncRNA介导的靶基因PTGDS、IGF2、MEST、GLIS3、NOTCH2、HOXA10、HOXA11与犏牛雄性不育相关,lncRNA在犏牛的生殖发育中对其雄性不育具有重要的调控作用。利用RNA-Seq技术筛选出成年牦牛和犏牛睾丸组织lncRNA,并进行差异分析,为探讨犏牛雄性不育的机制提供更完善的转录组数据。 展开更多

关键词 牦牛 犏牛 雄性不育 转录组 lncRNA

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KDM2B基因克隆及其在牦牛组织和卵母细胞减数分裂过程中的表达研究 被引量：5

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作者 蔡雯祎 熊显荣 +4 位作者 陈通 杨显英 韩杰 阿果约达 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期534-541,共8页

本研究旨在克隆牦牛组蛋白去甲基化酶2B(Lysine-specific histone demethylase 2B,KDM2B)基因,检测其在牦牛不同组织及其在卵母细胞减数分裂过程中的表达水平,从而为研究KDM2B基因在牦牛减数分裂中的作用机制提供试验依据。牦牛屠宰后,... 本研究旨在克隆牦牛组蛋白去甲基化酶2B(Lysine-specific histone demethylase 2B,KDM2B)基因,检测其在牦牛不同组织及其在卵母细胞减数分裂过程中的表达水平,从而为研究KDM2B基因在牦牛减数分裂中的作用机制提供试验依据。牦牛屠宰后,采集心、肝、脾、肺、肾、脑、小肠、胃、肌肉、卵巢、睾丸和子宫组织样品,分别提取各个样本的总RNA。另选择3~5周岁的健康牦牛,采集卵巢后,抽取卵丘-卵母细胞复合体(Cumulus-oocyte complex,COCs),透明质酸酶作用后,获得卵母细胞和颗粒细胞,利用RT-PCR扩增得到KDM2B基因CDS区序列,实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测KDM2B基因在不同组织中的表达水平。体外培养获得GV、MI、MII 3个时期COCs,用qRT-PCR法检测KDM2B基因在卵母细胞减数分裂过程中的表达规律。结果表明,KDM2B基因CDS区长为3 930bp,编码1 309个氨基酸,与牦牛已有预测序列相比,属于长型转录本。与牛、绵羊、山羊的同源性较高,与斑马鱼和鸡的同源性较低。KDM2B基因在牦牛的各个组织中均有表达,其中脾、子宫、睾丸和卵巢的表达量较高。在MI期卵母细胞中,KDM2B基因的表达水平显著高于GV期和MII期(P<0.01)。在卵丘颗粒细胞中,KDM2B基因的表达水平随减数分裂的进行而显著增加(P<0.01)。本研究为进一步研究牦牛卵母细胞减数分裂机制及改善牦牛繁殖效率提供基础资料。 展开更多

关键词 牦牛 KDM2B基因 组织表达 卵母细胞 减数分裂

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牦牛KDM1A基因克隆及其在不同发育时期睾丸中的表达规律 被引量：9

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作者 韩杰 熊显荣 +4 位作者 王艳 杨显英 阿果约达 黄向月 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期2777-2785,共9页

本研究旨在克隆牦牛组蛋白去甲基化酶1A(lysine-specific histone demethylase 1A,KDM1A)基因,检测其在牦牛不同组织及睾丸发育过程中的表达水平。采集4～5岁健康牦牛心、脾、肝、卵巢、肺、大脑、肾、子宫、大肠、睾丸和胃,提取各组织... 本研究旨在克隆牦牛组蛋白去甲基化酶1A(lysine-specific histone demethylase 1A,KDM1A)基因,检测其在牦牛不同组织及睾丸发育过程中的表达水平。采集4～5岁健康牦牛心、脾、肝、卵巢、肺、大脑、肾、子宫、大肠、睾丸和胃,提取各组织样的总RNA,另采集不同发育时期睾丸组织:胎牛(5～6月)、幼年时期(1～2岁)、性成熟时期(4～5岁),老年时期(9～10岁)。利用RT-PCR方法获取牦牛KDM1A的CDS区基因序列,并使用生物信息软件分析其结构和功能。采用实时荧光定量PCR(quantative real-time PCR,RT-qPCR)检测KDM1A在不同组织中的表达水平,并探究不同发育时期睾丸中KDM1A的表达规律。结果表明,本研究克隆获得牦牛KDM1A基因2 401 bp的cDNA序列。牦牛KDM1A核苷酸序列与野牦牛、黄牛的同源性较高,表明该基因在进化过程中较为保守。牦牛KDM1A基因CDS区为2 331 bp,编码776个氨基酸残基。KDM1A在各组织中均有表达,其中睾丸和肝中表达量最高。KDM1A mRNA的表达水平呈先上升(从胎牛～性成熟时期)再下降(性成熟～老年时期)的趋势。综上表明,本研究成功克隆了KDM1A基因,其在不同发育时期睾丸中表达规律不同,KDM1A基因可能参与牦牛睾丸的发育。 展开更多

关键词 牦牛 KDM1A 表达 睾丸

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牦牛KDM4A基因克隆、组织表达谱及其在卵母细胞和颗粒细胞中的表达 被引量：6

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作者 韩杰 熊显荣 +4 位作者 蔡雯祎 杨显英 阿果约达 张燕红 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期291-299,共9页

本研究旨在阐明牦牛KDM4A基因的表达特性及其在牦牛卵母细胞和颗粒细胞中的作用。采集牦牛心、肝、脾、卵巢、肺、肾、睾丸、小肠、子宫、胃、大脑组织,以GenBank上已发布的黄牛KDM4A基因序列设计引物,利用RT-PCR方法扩增克隆牦牛KDM4A... 本研究旨在阐明牦牛KDM4A基因的表达特性及其在牦牛卵母细胞和颗粒细胞中的作用。采集牦牛心、肝、脾、卵巢、肺、肾、睾丸、小肠、子宫、胃、大脑组织,以GenBank上已发布的黄牛KDM4A基因序列设计引物,利用RT-PCR方法扩增克隆牦牛KDM4A基因及检测其在牦牛各组织中的表达谱,并使用在线软件ExPASY分析KDM4A基因的结构和功能。采用实时荧光定量PCR法检测牦牛不同时期卵母细胞和颗粒细胞中KDM4A基因的表达水平。结果表明,本研究克隆得到牦牛KDM4A基因3 289bp的cDNA序列。牦牛KDM4A核苷酸序列与其它哺乳动物的遗传距离较近,表明KDM4A基因在进化中较为保守。牦牛KDM4A基因CDs区为3 201bp,编码1 066个氨基酸残基,相对分子质量122.48ku。KDM4A蛋白为亲水不稳定的酸性蛋白,无跨膜区和信号肽,二级结构主要包含α-螺旋和无规卷曲,与三级结构分析结果一致。KDM4A基因在所选牦牛组织样本中均有表达,其中在卵巢、脾和睾丸中表达量最高。牦牛KDM4A mRNA在MII期颗粒细胞中表达量显著高于在MI期和GV期颗粒细胞中的表达量(P<0.05),GV期卵母细胞中,KDM4A mRNA的表达水平显著高于在MI期和MII期卵母细胞中的表达量(P<0.05)。综上表明,本研究成功克隆了KDM4A基因及其在牦牛卵母细胞和颗粒细胞成熟过程中mRNA表达水平的差异,表明KDM4A基因在卵母细胞及颗粒细胞成熟过程中发挥一定作用。 展开更多

关键词 牦牛 KDM4A 生物信息学 卵母细胞 颗粒细胞

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糖对牦牛卵母细胞体外成熟及其发育能力的影响 被引量：6

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作者 石仙 熊显荣 +4 位作者 兰道亮 胡嘉嘉 蔡雯祎 张大伟 李键 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第1期155-160,共6页

试验旨在研究不同种类、不同浓度的糖对牦牛卵母细胞体外成熟和发育能力的影响,进一步探索和优化牦牛卵母细胞培养体系,提高卵母细胞体外成熟和胚胎生产效率。在牦牛卵母细胞成熟液中添加不同浓度(0、5和10mmol/L)的葡萄糖或蔗糖,培养24... 试验旨在研究不同种类、不同浓度的糖对牦牛卵母细胞体外成熟和发育能力的影响,进一步探索和优化牦牛卵母细胞培养体系,提高卵母细胞体外成熟和胚胎生产效率。在牦牛卵母细胞成熟液中添加不同浓度(0、5和10mmol/L)的葡萄糖或蔗糖,培养24h或预培养2h后移入无糖培养基中继续培养22h,统计卵母细胞体外成熟率及体外受精(IVF)后的胚胎卵裂率和囊胚率。结果显示,与对照组(0mmol/L)相比,5和10mmol/L葡萄糖组牦牛卵母细胞核成熟率和体外受精胚胎卵裂率均显著提高(P<0.05),10mmol/L葡萄糖组的囊胚率最高,且与对照组相比差异显著(P<0.05)。添加10mmol/L蔗糖可以显著提高牦牛卵母细胞核成熟率(P<0.05),但胚胎囊胚率与对照组相比差异不显著(P>0.05)。此外,用10mmol/L葡萄糖预处理牦牛卵母细胞后其核成熟率、胚胎卵裂率和囊胚率最高,且均显著高于对照组(P<0.05)。由此可见,糖对牦牛卵母细胞体外成熟和发育有一定的影响,在成熟过程中添加适当浓度的糖能提高卵母细胞成熟率及体外受精胚胎发育能力。 展开更多

关键词 卵母细胞 糖 体外成熟 牦牛

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microRNA调控动物皮下脂肪组织和肌内脂肪沉积的研究进展 被引量：4

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作者 岳永起 华永琳 +3 位作者 熊燕 林亚秋 熊显荣 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期2698-2709,共12页

脂肪组织是动物机体重要的能量代谢及内分泌器官,选择性的脂肪沉积对动物肉类的感官品质、风味性和加工特性具有至关重要的作用,因此动物不同部位脂肪沉积的特异性调控因子及其作用分子机理备受研究者的关注。microRNA(miRNA)是一类长度... 脂肪组织是动物机体重要的能量代谢及内分泌器官,选择性的脂肪沉积对动物肉类的感官品质、风味性和加工特性具有至关重要的作用,因此动物不同部位脂肪沉积的特异性调控因子及其作用分子机理备受研究者的关注。microRNA(miRNA)是一类长度为22 nt左右的非编码小RNA,近年来采用组学技术对具有表型差异的脂肪组织和脂肪细胞进行高通量测序,筛选发现了许多差异表达的miRNAs,这些miRNAs可通过与靶基因mRNA相结合发挥生物学功能,对不同部位脂肪沉积调控具有重要作用。鉴于此,本文将从miRNA在动物皮下脂肪组织和肌内脂肪的调控作用等方面进行综述,为后续研究miRNA调控动物脂肪组织沉积的作用及机制提供理论参考和新的思路。 展开更多

关键词 MIRNA 脂肪沉积 皮下脂肪组织 肌内脂肪

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牦牛肺转录组图谱绘制及特有正选择遗传进化基因探究 被引量：3

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作者 杨琦玥 陈通 +3 位作者 兰道亮 熊显荣 候定超 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1202-1211,共10页

旨在利用RNA-Seq的高通量测序技术从基因组转录水平解析牦牛低氧适应及相关遗传机制。本研究以牦牛和黄牛肺为样本,经Illumina HiSeq2 500平台测序并进行生物信息学分析。结果表明,在黄牛转录测序文库中共获得了54 720 968条序列,包含4 ... 旨在利用RNA-Seq的高通量测序技术从基因组转录水平解析牦牛低氧适应及相关遗传机制。本研究以牦牛和黄牛肺为样本,经Illumina HiSeq2 500平台测序并进行生物信息学分析。结果表明,在黄牛转录测序文库中共获得了54 720 968条序列,包含4 924 882 170bp,在牦牛中共获得了51 641 282条序列,包含4 647 715 380bp。牦牛基本转录组分析发现,8 123条mRNA的5′-或3′-末端在原有基础上发生了延伸,同时还发现了7 059个新转录本,预测其中2 795个新转录本具有编码蛋白的能力;GO分析表明,共有14 764个基因得到分类注释,涉及细胞组分、生物学过程及分子功能3个大类59个小类,其中细胞、细胞过程及绑定类别最为富集;KEGG分析表明,14 485个基因涉及到258个通路,代谢途径通路最为富集,其次为粘着斑通路及阿米巴病通路。将牦牛肺转录组与黄牛进行比较,Ka/Ks分析筛选出39个正选择基因,这些基因的GO分类注释结果显示,在细胞组分TOP10中与核糖体相关的类别所占比例最大(4/10),生物学过程TOP10中与免疫细胞相关的类别所占比例最大(7/10),分子功能TOP10中与酶活性相关的类别所占比例最大(5/10);KEGG注释结果表明,这些基因共涉及56个通路,最为富集的前10个通路中涉及糖类能量、维生素、核酸等相关代谢的通路占到了7/10。同时发现,最为富集前10个通路中有3个涉及到疾病,推测这与牦牛的自我保护机制有关。本研究通过RNA-Seq转录组测序技术获得了牦牛肺正常转录组数据库,描绘出了牦牛肺正常转录组图谱,为进一步的完善牦牛基因组数据库提供了有价值的数据。同时通过与黄牛转录组的比较,筛选出了相关的正选择基因,为进一步在分子水平揭示牦牛高原低氧适应的独特进化过程及遗传分子机制提供了参考依据。 展开更多

关键词 牦牛 肺 转录组 正选择基因 RNA-SEQ

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