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金针菇凝集素基因Fv-mJRL1的生物信息学分析及其共表达
被引量：
7
1
作者
陈仁良
王威
+2 位作者
严俊杰
熊宏民
谢宝贵
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期323-329,共7页
Jacalin凝集素(jacalin-related lectins,JRLs)是一类含有一个或多个JRL结构域的蛋白质,参与生物或非生物环境刺激应答.本研究基于金针菇(Flammulina velutipes)基因组数据,注释筛选到其中一个JRL基因Fv-mJRL1,对其基因结构、蛋白质性...
Jacalin凝集素(jacalin-related lectins,JRLs)是一类含有一个或多个JRL结构域的蛋白质,参与生物或非生物环境刺激应答.本研究基于金针菇(Flammulina velutipes)基因组数据,注释筛选到其中一个JRL基因Fv-mJRL1,对其基因结构、蛋白质性质进行了生物信息学分析,并利用其上游调控序列进一步预测到该基因潜在的转录因子Fv-Mbp1.通过实时荧光定量PCR分析得知,无论是在不同栽培基质培养的金针菇菌丝还是在金针菇各发育时期的组织中,Fv-mJRL1基因与潜在的转录因子基因Fv-Mbp1之间都存在极强的共表达规律.生物信息学及实时荧光定量PCR分析为筛选挖掘基因潜在的转录因子提供便利,后期仍需利用下游分子实验进行更为精确的验证.
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关键词
jacalin凝集素
子实体形成
潜在转录因子
皮尔森相关系数
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职称材料
金针菇疏水蛋白Fv-Hyd1及其潜在的转录因子Fv-Rtg3的共表达分析
被引量：
2
2
作者
陈仁良
李肖
+5 位作者
龙莹
张磊
严俊杰
黄千慧
熊宏民
谢宝贵
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期313-320,共8页
疏水蛋白(hydrophobin,Hyd)普遍存在于真菌的气生菌丝、侵染结构或子实体表面,且存在时空性高丰度表达。不同真菌疏水蛋白在其各个发育阶段发挥不同的功能,如气生菌丝的生长、子实体原基的形成及其形态分化等。虽然已有众多报道指出Hyd...
疏水蛋白(hydrophobin,Hyd)普遍存在于真菌的气生菌丝、侵染结构或子实体表面,且存在时空性高丰度表达。不同真菌疏水蛋白在其各个发育阶段发挥不同的功能,如气生菌丝的生长、子实体原基的形成及其形态分化等。虽然已有众多报道指出Hyd与生物或非生物环境刺激所产生的抗逆性有关,但是对它与细胞分裂分化等生物学功能及其信号转导调控的关系仍了解甚少。通过培养金针菇(Flammulina velutipes)菌丝以及金针菇出菇实验,结合基因组及转录组数据、蛋白结构预测、系统发育进化树聚类分析等生物信息学分析鉴定金针菇中一个编码疏水蛋白基因Fv-Hyd1,并利用其上游序列预测该疏水蛋白基因潜在的调控转录因子,辅以实时荧光定量PCR(real time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)数据和皮尔森相关系数鉴定它们的表达关系。结果表明,Fv-Hyd1与金针菇菌丝扭结和子实体原基的形成具有一定的相关性,与其潜在的转录因子Fv-Rtg3之间存在较强的共表达规律,并以此结合蛋白磷酸化位点预测,推测基因Fv-Hyd1的表达调控机制。
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关键词
金针菇
扭结
原基
荧光定量PCR
共表达
皮尔森相关系数
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职称材料
题名
金针菇凝集素基因Fv-mJRL1的生物信息学分析及其共表达
被引量：
7
1
作者
陈仁良
王威
严俊杰
熊宏民
谢宝贵
机构
福建农林大学生命科学学院菌物研究中心
出处
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期323-329,共7页
基金
国家重点基础研究发展计划(973计划)(2014CB138302)
文摘
Jacalin凝集素(jacalin-related lectins,JRLs)是一类含有一个或多个JRL结构域的蛋白质,参与生物或非生物环境刺激应答.本研究基于金针菇(Flammulina velutipes)基因组数据,注释筛选到其中一个JRL基因Fv-mJRL1,对其基因结构、蛋白质性质进行了生物信息学分析,并利用其上游调控序列进一步预测到该基因潜在的转录因子Fv-Mbp1.通过实时荧光定量PCR分析得知,无论是在不同栽培基质培养的金针菇菌丝还是在金针菇各发育时期的组织中,Fv-mJRL1基因与潜在的转录因子基因Fv-Mbp1之间都存在极强的共表达规律.生物信息学及实时荧光定量PCR分析为筛选挖掘基因潜在的转录因子提供便利,后期仍需利用下游分子实验进行更为精确的验证.
关键词
jacalin凝集素
子实体形成
潜在转录因子
皮尔森相关系数
Keywords
jacalin-related lectin（JRL）
sporophore formation
potential transcription factor
Pearson correlation coefficient
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
金针菇疏水蛋白Fv-Hyd1及其潜在的转录因子Fv-Rtg3的共表达分析
被引量：
2
2
作者
陈仁良
李肖
龙莹
张磊
严俊杰
黄千慧
熊宏民
谢宝贵
机构
福建农林大学生命科学学院菌物研究中心
福建农林大学园艺学院
出处
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期313-320,共8页
基金
国家重点基础研究发展计划(973)项目(2014CB138302)
国家现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS24)
文摘
疏水蛋白(hydrophobin,Hyd)普遍存在于真菌的气生菌丝、侵染结构或子实体表面,且存在时空性高丰度表达。不同真菌疏水蛋白在其各个发育阶段发挥不同的功能,如气生菌丝的生长、子实体原基的形成及其形态分化等。虽然已有众多报道指出Hyd与生物或非生物环境刺激所产生的抗逆性有关,但是对它与细胞分裂分化等生物学功能及其信号转导调控的关系仍了解甚少。通过培养金针菇(Flammulina velutipes)菌丝以及金针菇出菇实验,结合基因组及转录组数据、蛋白结构预测、系统发育进化树聚类分析等生物信息学分析鉴定金针菇中一个编码疏水蛋白基因Fv-Hyd1,并利用其上游序列预测该疏水蛋白基因潜在的调控转录因子,辅以实时荧光定量PCR(real time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)数据和皮尔森相关系数鉴定它们的表达关系。结果表明,Fv-Hyd1与金针菇菌丝扭结和子实体原基的形成具有一定的相关性,与其潜在的转录因子Fv-Rtg3之间存在较强的共表达规律,并以此结合蛋白磷酸化位点预测,推测基因Fv-Hyd1的表达调控机制。
关键词
金针菇
扭结
原基
荧光定量PCR
共表达
皮尔森相关系数
Keywords
Flammulina velutipes
knot
primordium
qRT-PCR
co-expression
Pearson correlation coefficient
分类号
Q785 [生物学—分子生物学]
S646.15 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
金针菇凝集素基因Fv-mJRL1的生物信息学分析及其共表达
陈仁良
王威
严俊杰
熊宏民
谢宝贵
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
金针菇疏水蛋白Fv-Hyd1及其潜在的转录因子Fv-Rtg3的共表达分析
陈仁良
李肖
龙莹
张磊
严俊杰
黄千慧
熊宏民
谢宝贵
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
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职称材料
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引证文献
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