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硝化抑制剂的微生物抑制机理及其应用
被引量:
58
1
作者
张苗苗
沈菊培
+1 位作者
贺纪正
张丽梅
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期2077-2083,共7页
硝化作用是导致我国农业氮肥利用率低以及地表水和地下水污染的主要原因,且对温室气体氧化亚氮(N2O)的排放具有显著影响。硝化抑制剂可通过选择性抑制土壤硝化微生物的活动,有效减缓土壤中铵态氮向硝态氮的转化,是农业生产中常用的提高...
硝化作用是导致我国农业氮肥利用率低以及地表水和地下水污染的主要原因,且对温室气体氧化亚氮(N2O)的排放具有显著影响。硝化抑制剂可通过选择性抑制土壤硝化微生物的活动,有效减缓土壤中铵态氮向硝态氮的转化,是农业生产中常用的提高氮肥利用率和减少硝化作用负面效应的一种有效管理方式。近年来,分子生态学技术的迅速发展使人们可以从分子水平上认识和研究硝化作用及抑制机理。本文综合论述了农业生产中常用的硝化抑制剂(双氰胺、3,4-甲基吡唑磷酸盐、2-氯-6-三氯甲基吡啶和乙炔等)的作用机理和特征,特别是不同抑制剂对氨氧化细菌和氨氧化古菌的影响差异,同时总结了利用硝化抑制剂(双氰胺、乙炔和烯丙基硫脲等)在硝化作用及其相关功能微生物研究中所取得的重要进展,以期为深刻认识和理解土壤硝化作用和硝化抑制剂作用机理,合理利用硝化抑制剂提供参考。
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关键词
硝化作用
硝化抑制剂
氨氧化细菌
氨氧化古菌
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职称材料
土壤宏基因组学研究方法与进展
被引量:
45
2
作者
贺纪正
袁超磊
+1 位作者
沈菊培
张丽梅
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期155-164,共10页
土壤微生物驱动着土壤中的物质循环和养分转化。在土壤学的研究中,长期将土壤作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。土壤中绝大部分微生物目前尚难以分离培养,因此基于传统的培养方法对于认识土壤微生...
土壤微生物驱动着土壤中的物质循环和养分转化。在土壤学的研究中,长期将土壤作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。土壤中绝大部分微生物目前尚难以分离培养,因此基于传统的培养方法对于认识土壤微生物群落组成和功能有其局限性。宏基因组学直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,或通过测序探究环境中微生物的群落结构和功能(序列驱动),或构建宏基因组文库,筛选新的基因或生物活性物质(功能驱动),克服了传统培养方法的缺陷,极大地丰富了对土壤微生物多样性及其功能的认知。本文在综述土壤宏基因组学研究基本流程的基础上,重点介绍了日益重要的第二代测序平台在土壤宏基因组学研究中的应用及其产生的海量数据的分析处理方法,并简要探讨了宏基因组学在土壤微生物生态学中的应用。最后,作者建议在国家层面上展开相关土壤宏基因组学研究,调查微生物群落及其变化,为生物资源开发、农业生产和环境保护作出应有的贡献。
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关键词
宏基因组学
研究方法
第二代测序平台
微生物生态学
土壤环境
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职称材料
一个红壤剖面微生物群落的焦磷酸测序法研究
被引量:
15
3
作者
袁超磊
贺纪正
+2 位作者
沈菊培
戴宇
张丽梅
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期138-149,共12页
利用定量PCR和454焦磷酸测序法,研究了湖南湘阴县一典型红壤剖面微生物相关基因的多度及微生物(古菌、细菌、真菌)群落结构。结果显示,随剖面深度增加,土壤黏粒含量增多,有机质和全氮含量、碳氮比则下降。每克干土微生物基因拷贝数也趋...
利用定量PCR和454焦磷酸测序法,研究了湖南湘阴县一典型红壤剖面微生物相关基因的多度及微生物(古菌、细菌、真菌)群落结构。结果显示,随剖面深度增加,土壤黏粒含量增多,有机质和全氮含量、碳氮比则下降。每克干土微生物基因拷贝数也趋于下降,其值为:107.09~109.30(古菌16S rDNA),108.10~109.70(细菌16S rDNA),106.54~107.95(真菌18S rDNA),107.24~108.61(古菌amoA基因),104.76~106.25(细菌amoA基因),105.94~107.88(nirK基因),106.81~109.21(nirS基因),107.03~109.46(nosZ基因)。焦磷酸测序得到了6 459条古菌16S rRNA基因序列,平均长度为496 bp;28 626条细菌16S rRNA基因序列,平均长度为448 bp;4 683条真菌18S rRNA基因序列,平均长度为534 bp。OTU(97%相似度)分析表明,微生物群落α-多样性与所测土壤理化性质均无显著相关。Jaccard差异度分析表明同一剖面各土壤层次间微生物群落结构更为相似,而不同位点的三个表层土之间的差异较大;Mantel检验发现,与微生物群落变化相关的主要土壤因子是黏粒含量。在所有土样中,古菌以泉古菌门中的热变形菌纲(89%)为主,其分布与土壤黏粒含量相关。细菌的主要类群为酸杆菌门(33%)、变形菌门(17%)、绿弯菌门(12%)、厚壁菌门(10%)和放线菌门(7%),分类地位不明确的细菌约占11%。其中,酸杆菌门和变形菌门的相对多度在表层土中高于非表层土;而绿弯菌门和厚壁菌门的相对多度则在非表层土中更高,与土壤深度呈显著正相关。所有真菌序列分属于三个门,即子囊菌门(87%)、担子菌门(9%)和球囊菌门(4%),在纲一级的分类水平上,各样品间群落结构无明显差异。
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关键词
红壤
焦磷酸测序
微生物多样性
古菌
细菌
真菌
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职称材料
模拟水位下降与刈割对高寒湿地土壤氨氧化与反硝化微生物的影响
被引量:
3
4
作者
孙翼飞
沈菊培
+2 位作者
张翠景
孙书存
贺纪正
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期2356-2364,共9页
湿地土壤是温室气体重要的源和汇,认识湿地生态系统氮循环过程有助于预测氮循环对未来气候变化的响应与反馈机制。为探讨硝化作用和反硝化作用对土壤水位变化和刈割的响应机制,依托于2013年在青藏高原东部若尔盖泥炭地南部湿地设置的野...
湿地土壤是温室气体重要的源和汇,认识湿地生态系统氮循环过程有助于预测氮循环对未来气候变化的响应与反馈机制。为探讨硝化作用和反硝化作用对土壤水位变化和刈割的响应机制,依托于2013年在青藏高原东部若尔盖泥炭地南部湿地设置的野外实验,通过在样地周围挖掘不同深度的排水沟模拟水位下降,结合刈割处理,研究水位下降和刈割对泥炭地土壤氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea,AOA)、氨氧化细菌(Ammonia-oxidizing bacteria,AOB)和反硝化细菌(Denitrifying bacteria)丰度的影响。2014年7月取样分析结果表明:水位下降显著降低土壤含水量,水位下降与刈割均显著降低土壤呼吸;氨氧化及反硝化微生物功能基因丰度在各处理间无显著差异,但刈割及其与水位下降的交互作用显著影响AOA-amo A与AOB-amo A基因丰度比。刈割处理显著增加AOB-amo A基因相对丰度,但对AOA-amo A基因丰度无显著影响,揭示AOB可能在湿地土壤硝化过程中占主导地位。土壤nir S基因丰度显著高于nir K基因,表明nir S基因对水位下降及刈割的响应更为敏感。随着土壤水位的下降,刈割促进了由AOB主导的氨氧化过程,而反硝化微生物丰度的增加削减了氨氧化产物硝酸盐的积累,继而降低了土壤硝酸盐含量。
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关键词
水位下降
氨氧化细菌
氨氧化古菌
反硝化微生物
若尔盖湿地
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职称材料
土壤脲酶酶促反应对3种有机氮肥施用的响应
被引量:
6
5
作者
李佳旺
徐嘉
+5 位作者
于航
罗慧
沈菊培
陈超
白鑫
岳中辉
《中国生态农业学报(中英文)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期1033-1042,共10页
土壤脲酶(URE)是催化土壤氮素转化的重要酶类,其酶促反应的动力学和热力学特性能够反映土壤氮素转化的方向和强度,研究不同形式有机氮肥施用后的土壤脲酶酶促反应过程,对于维持农田土壤氮素的供应有积极意义。通过为期60 d的小麦盆栽试...
土壤脲酶(URE)是催化土壤氮素转化的重要酶类,其酶促反应的动力学和热力学特性能够反映土壤氮素转化的方向和强度,研究不同形式有机氮肥施用后的土壤脲酶酶促反应过程,对于维持农田土壤氮素的供应有积极意义。通过为期60 d的小麦盆栽试验,测定尿素(UR)、猪粪(PM)和白星花金龟子虫粪(BM)施用后土壤脲酶活性在不同温度和底物浓度下的变化,运用公式计算酶动力学和热力学参数,并分析其与土壤碳氮组分的关系。结果表明:氮肥对土壤脲酶动力学和热力学参数均有显著影响(P<0.05);而升温及其与氮肥的交互作用仅对土壤URE活性、土壤脲酶动力学参数和热力学参数ΔG有显著影响(P<0.05)。随温度升高,3种氮肥处理土壤脲酶动力学和热力学参数都显著增加(P<0.05),在35℃或45℃达到峰值。在各温度下,UR施用后土壤脲酶酶促米氏常数(K_m)显著增加(P<0.05),BM施用后无显著变化,PM在不同温度下无规律性变化;3种氮肥施用后土壤脲酶最大反应速率(V_(max))与米氏常数的比值(V_(max)/K_m)不变或显著降低(P<0.05);除UR施用35℃、PM施用35℃和45℃以及BM施用5℃和45℃外,土壤脲酶V_(max)均显著升高(P<0.05)。UR和BM施用后酶促反应活化能(E_(a))、热力学参数ΔH显著降低和ΔS显著增加(P<0.05),而PM施用后无显著变化。统计分析结果表明,氮肥施用后土壤URE活性及其动力学和热力学参数与土壤碳氮组分间存在一定的相关关系,脲酶动力学和热力学参数是土壤氮素转化的主要因子。综上所述,3种氮肥处理对土壤脲酶酶促反应的影响存在差异,可以利用土壤脲酶酶促反应参数来指示氮肥施用后的土壤氮素变化;与UR和PM相比,BM能够维持土壤脲酶与底物的结合能力,降低反应所需的能量,提高反应自发程度,更有利于土壤氮素的转化。
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关键词
氮肥
脲酶
酶促反应动力学参数
酶促反应热力学参数
尿素
猪粪
金龟子虫粪
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职称材料
题名
硝化抑制剂的微生物抑制机理及其应用
被引量:
58
1
作者
张苗苗
沈菊培
贺纪正
张丽梅
机构
中国科学院生态环境研究中心
中国科学院大学
出处
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期2077-2083,共7页
基金
国家自然科学基金(41171217)
科技部973(2013CB956300)资助项目
文摘
硝化作用是导致我国农业氮肥利用率低以及地表水和地下水污染的主要原因,且对温室气体氧化亚氮(N2O)的排放具有显著影响。硝化抑制剂可通过选择性抑制土壤硝化微生物的活动,有效减缓土壤中铵态氮向硝态氮的转化,是农业生产中常用的提高氮肥利用率和减少硝化作用负面效应的一种有效管理方式。近年来,分子生态学技术的迅速发展使人们可以从分子水平上认识和研究硝化作用及抑制机理。本文综合论述了农业生产中常用的硝化抑制剂(双氰胺、3,4-甲基吡唑磷酸盐、2-氯-6-三氯甲基吡啶和乙炔等)的作用机理和特征,特别是不同抑制剂对氨氧化细菌和氨氧化古菌的影响差异,同时总结了利用硝化抑制剂(双氰胺、乙炔和烯丙基硫脲等)在硝化作用及其相关功能微生物研究中所取得的重要进展,以期为深刻认识和理解土壤硝化作用和硝化抑制剂作用机理,合理利用硝化抑制剂提供参考。
关键词
硝化作用
硝化抑制剂
氨氧化细菌
氨氧化古菌
Keywords
nitrification
nitrification inhibitors
ammonia-oxidizing bacteria
ammonia-oxidizing archaea
分类号
S153 [农业科学—土壤学]
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职称材料
题名
土壤宏基因组学研究方法与进展
被引量:
45
2
作者
贺纪正
袁超磊
沈菊培
张丽梅
机构
中国科学院生态环境研究中心
中国科学院研究生院
出处
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期155-164,共10页
基金
国家自然科学基金项目(41025004
41090281
40871129)资助
文摘
土壤微生物驱动着土壤中的物质循环和养分转化。在土壤学的研究中,长期将土壤作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。土壤中绝大部分微生物目前尚难以分离培养,因此基于传统的培养方法对于认识土壤微生物群落组成和功能有其局限性。宏基因组学直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,或通过测序探究环境中微生物的群落结构和功能(序列驱动),或构建宏基因组文库,筛选新的基因或生物活性物质(功能驱动),克服了传统培养方法的缺陷,极大地丰富了对土壤微生物多样性及其功能的认知。本文在综述土壤宏基因组学研究基本流程的基础上,重点介绍了日益重要的第二代测序平台在土壤宏基因组学研究中的应用及其产生的海量数据的分析处理方法,并简要探讨了宏基因组学在土壤微生物生态学中的应用。最后,作者建议在国家层面上展开相关土壤宏基因组学研究,调查微生物群落及其变化,为生物资源开发、农业生产和环境保护作出应有的贡献。
关键词
宏基因组学
研究方法
第二代测序平台
微生物生态学
土壤环境
Keywords
metagenomics research methods next-generation sequencing microbial ecology soil environment
分类号
Q938.13 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
一个红壤剖面微生物群落的焦磷酸测序法研究
被引量:
15
3
作者
袁超磊
贺纪正
沈菊培
戴宇
张丽梅
机构
中国科学院生态环境研究中心
中国科学院大学
出处
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期138-149,共12页
基金
国家自然科学基金项目(41090281和41025004)资助
文摘
利用定量PCR和454焦磷酸测序法,研究了湖南湘阴县一典型红壤剖面微生物相关基因的多度及微生物(古菌、细菌、真菌)群落结构。结果显示,随剖面深度增加,土壤黏粒含量增多,有机质和全氮含量、碳氮比则下降。每克干土微生物基因拷贝数也趋于下降,其值为:107.09~109.30(古菌16S rDNA),108.10~109.70(细菌16S rDNA),106.54~107.95(真菌18S rDNA),107.24~108.61(古菌amoA基因),104.76~106.25(细菌amoA基因),105.94~107.88(nirK基因),106.81~109.21(nirS基因),107.03~109.46(nosZ基因)。焦磷酸测序得到了6 459条古菌16S rRNA基因序列,平均长度为496 bp;28 626条细菌16S rRNA基因序列,平均长度为448 bp;4 683条真菌18S rRNA基因序列,平均长度为534 bp。OTU(97%相似度)分析表明,微生物群落α-多样性与所测土壤理化性质均无显著相关。Jaccard差异度分析表明同一剖面各土壤层次间微生物群落结构更为相似,而不同位点的三个表层土之间的差异较大;Mantel检验发现,与微生物群落变化相关的主要土壤因子是黏粒含量。在所有土样中,古菌以泉古菌门中的热变形菌纲(89%)为主,其分布与土壤黏粒含量相关。细菌的主要类群为酸杆菌门(33%)、变形菌门(17%)、绿弯菌门(12%)、厚壁菌门(10%)和放线菌门(7%),分类地位不明确的细菌约占11%。其中,酸杆菌门和变形菌门的相对多度在表层土中高于非表层土;而绿弯菌门和厚壁菌门的相对多度则在非表层土中更高,与土壤深度呈显著正相关。所有真菌序列分属于三个门,即子囊菌门(87%)、担子菌门(9%)和球囊菌门(4%),在纲一级的分类水平上,各样品间群落结构无明显差异。
关键词
红壤
焦磷酸测序
微生物多样性
古菌
细菌
真菌
Keywords
Red soil
Pyrosequencing
Microbial diversity
Arehaea
Bacteria
Fungi
分类号
Q938.13 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
模拟水位下降与刈割对高寒湿地土壤氨氧化与反硝化微生物的影响
被引量:
3
4
作者
孙翼飞
沈菊培
张翠景
孙书存
贺纪正
机构
中国科学院生态环境研究中心
中国科学院大学
南京大学生命科学学院
出处
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期2356-2364,共9页
基金
国家重点基础研究发展规划(973)项目(2013CB956300)
国家自然科学基金项目(41371265)~~
文摘
湿地土壤是温室气体重要的源和汇,认识湿地生态系统氮循环过程有助于预测氮循环对未来气候变化的响应与反馈机制。为探讨硝化作用和反硝化作用对土壤水位变化和刈割的响应机制,依托于2013年在青藏高原东部若尔盖泥炭地南部湿地设置的野外实验,通过在样地周围挖掘不同深度的排水沟模拟水位下降,结合刈割处理,研究水位下降和刈割对泥炭地土壤氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea,AOA)、氨氧化细菌(Ammonia-oxidizing bacteria,AOB)和反硝化细菌(Denitrifying bacteria)丰度的影响。2014年7月取样分析结果表明:水位下降显著降低土壤含水量,水位下降与刈割均显著降低土壤呼吸;氨氧化及反硝化微生物功能基因丰度在各处理间无显著差异,但刈割及其与水位下降的交互作用显著影响AOA-amo A与AOB-amo A基因丰度比。刈割处理显著增加AOB-amo A基因相对丰度,但对AOA-amo A基因丰度无显著影响,揭示AOB可能在湿地土壤硝化过程中占主导地位。土壤nir S基因丰度显著高于nir K基因,表明nir S基因对水位下降及刈割的响应更为敏感。随着土壤水位的下降,刈割促进了由AOB主导的氨氧化过程,而反硝化微生物丰度的增加削减了氨氧化产物硝酸盐的积累,继而降低了土壤硝酸盐含量。
关键词
水位下降
氨氧化细菌
氨氧化古菌
反硝化微生物
若尔盖湿地
Keywords
water table lowering
ammonia-oxidizing bacteria(AOB )
ammonia-oxidizing archaea(AOA )
denitrifiers
Zoige peatland
分类号
S154.3 [农业科学—土壤学]
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职称材料
题名
土壤脲酶酶促反应对3种有机氮肥施用的响应
被引量:
6
5
作者
李佳旺
徐嘉
于航
罗慧
沈菊培
陈超
白鑫
岳中辉
机构
哈尔滨师范大学生命科学与技术学院/黑龙江省普通高等学校植物生物学重点实验室
福建师范大学地理科学学院
出处
《中国生态农业学报(中英文)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期1033-1042,共10页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(32001454)
哈尔滨师范大学硕士研究生创新科研项目(HSDSSCX2020-10)资助。
文摘
土壤脲酶(URE)是催化土壤氮素转化的重要酶类,其酶促反应的动力学和热力学特性能够反映土壤氮素转化的方向和强度,研究不同形式有机氮肥施用后的土壤脲酶酶促反应过程,对于维持农田土壤氮素的供应有积极意义。通过为期60 d的小麦盆栽试验,测定尿素(UR)、猪粪(PM)和白星花金龟子虫粪(BM)施用后土壤脲酶活性在不同温度和底物浓度下的变化,运用公式计算酶动力学和热力学参数,并分析其与土壤碳氮组分的关系。结果表明:氮肥对土壤脲酶动力学和热力学参数均有显著影响(P<0.05);而升温及其与氮肥的交互作用仅对土壤URE活性、土壤脲酶动力学参数和热力学参数ΔG有显著影响(P<0.05)。随温度升高,3种氮肥处理土壤脲酶动力学和热力学参数都显著增加(P<0.05),在35℃或45℃达到峰值。在各温度下,UR施用后土壤脲酶酶促米氏常数(K_m)显著增加(P<0.05),BM施用后无显著变化,PM在不同温度下无规律性变化;3种氮肥施用后土壤脲酶最大反应速率(V_(max))与米氏常数的比值(V_(max)/K_m)不变或显著降低(P<0.05);除UR施用35℃、PM施用35℃和45℃以及BM施用5℃和45℃外,土壤脲酶V_(max)均显著升高(P<0.05)。UR和BM施用后酶促反应活化能(E_(a))、热力学参数ΔH显著降低和ΔS显著增加(P<0.05),而PM施用后无显著变化。统计分析结果表明,氮肥施用后土壤URE活性及其动力学和热力学参数与土壤碳氮组分间存在一定的相关关系,脲酶动力学和热力学参数是土壤氮素转化的主要因子。综上所述,3种氮肥处理对土壤脲酶酶促反应的影响存在差异,可以利用土壤脲酶酶促反应参数来指示氮肥施用后的土壤氮素变化;与UR和PM相比,BM能够维持土壤脲酶与底物的结合能力,降低反应所需的能量,提高反应自发程度,更有利于土壤氮素的转化。
关键词
氮肥
脲酶
酶促反应动力学参数
酶促反应热力学参数
尿素
猪粪
金龟子虫粪
Keywords
Nitrogenous fertilizers
Urease
Kinetic parameters of enzymatic reaction
Thermodynamic parameters of enzymatic reac-tion
Urea
Pig manure
Potosa brevitarsis manure
分类号
S154.2 [农业科学—土壤学]
S141.3 [农业科学—肥料学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
硝化抑制剂的微生物抑制机理及其应用
张苗苗
沈菊培
贺纪正
张丽梅
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
58
在线阅读
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职称材料
2
土壤宏基因组学研究方法与进展
贺纪正
袁超磊
沈菊培
张丽梅
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012
45
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
一个红壤剖面微生物群落的焦磷酸测序法研究
袁超磊
贺纪正
沈菊培
戴宇
张丽梅
《土壤学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
15
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职称材料
4
模拟水位下降与刈割对高寒湿地土壤氨氧化与反硝化微生物的影响
孙翼飞
沈菊培
张翠景
孙书存
贺纪正
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
3
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职称材料
5
土壤脲酶酶促反应对3种有机氮肥施用的响应
李佳旺
徐嘉
于航
罗慧
沈菊培
陈超
白鑫
岳中辉
《中国生态农业学报(中英文)》
CAS
CSCD
北大核心
2024
6
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