运用网络药理学和分子对接方法,探讨熟地、牛膝、茯苓、肉苁蓉和菟丝子等高频调髓中药治疗股骨头坏死(Osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的作用机制。借助TCMSP平台,获取高频调髓中药的活性成分与潜在作用靶点,将上述药物作用靶...运用网络药理学和分子对接方法,探讨熟地、牛膝、茯苓、肉苁蓉和菟丝子等高频调髓中药治疗股骨头坏死(Osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的作用机制。借助TCMSP平台,获取高频调髓中药的活性成分与潜在作用靶点,将上述药物作用靶点在Uniprot数据库中进行标准化处理。通过GeneCards和OMIM两大疾病数据库,获取得到ONFH疾病相关基因靶点,对所得到的已规范化的药物活性成分与疾病靶点进行整理合并,得到交集基因靶点。通过Cytoscape软件和String数据库,绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络和构建蛋白互作网络,分析网络中关键活性成分和蛋白靶点。利用R软件对交集基因进行基因本体(Geneontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopediaof Genesand Genomes,KEGG)通路富集分析,得到交集基因富集的功能与信号通路。为了验证药物活性成分与作用靶点结合的稳定性,使用AutoDockTools和AutoDock Vina软件进行分子对接验证,并在PyMOL软件中进行可视化分析,共得到5味调髓中药54个活性成分,1074个药物靶点,195个作用基因靶点,ONFH相关疾病靶点1219个。调髓中药有效作用靶点与疾病交集靶点39个。GO功能分析得到1619个条目,包括1517个生物过程,10个细胞组成及92个分子功能,其主要与血管生成、骨、脂质代谢和炎症反应等过程相关。KEGG通路富集分析得到119条通路,主要有AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路和IL-17信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、汉黄芩素和山柰酚等关键活性成分与IL6、P53和VEGF等核心蛋白具有良好的亲和力。本研究表明,高频调髓中药可通过调节免疫炎症反应、血管生成和骨代谢等过程,而达到治疗ONFH的作用,其具有多成分、多靶点和多途径的综合治疗作用特性。展开更多
文摘运用网络药理学和分子对接方法,探讨熟地、牛膝、茯苓、肉苁蓉和菟丝子等高频调髓中药治疗股骨头坏死(Osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的作用机制。借助TCMSP平台,获取高频调髓中药的活性成分与潜在作用靶点,将上述药物作用靶点在Uniprot数据库中进行标准化处理。通过GeneCards和OMIM两大疾病数据库,获取得到ONFH疾病相关基因靶点,对所得到的已规范化的药物活性成分与疾病靶点进行整理合并,得到交集基因靶点。通过Cytoscape软件和String数据库,绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络和构建蛋白互作网络,分析网络中关键活性成分和蛋白靶点。利用R软件对交集基因进行基因本体(Geneontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopediaof Genesand Genomes,KEGG)通路富集分析,得到交集基因富集的功能与信号通路。为了验证药物活性成分与作用靶点结合的稳定性,使用AutoDockTools和AutoDock Vina软件进行分子对接验证,并在PyMOL软件中进行可视化分析,共得到5味调髓中药54个活性成分,1074个药物靶点,195个作用基因靶点,ONFH相关疾病靶点1219个。调髓中药有效作用靶点与疾病交集靶点39个。GO功能分析得到1619个条目,包括1517个生物过程,10个细胞组成及92个分子功能,其主要与血管生成、骨、脂质代谢和炎症反应等过程相关。KEGG通路富集分析得到119条通路,主要有AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路和IL-17信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、汉黄芩素和山柰酚等关键活性成分与IL6、P53和VEGF等核心蛋白具有良好的亲和力。本研究表明,高频调髓中药可通过调节免疫炎症反应、血管生成和骨代谢等过程,而达到治疗ONFH的作用,其具有多成分、多靶点和多途径的综合治疗作用特性。
