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DNA小沟结合二脒:水分子的识别作用
1
作者
马国正
求亚芳
+1 位作者
南俊民
肖信
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008年第10期1917-1921,共5页
采用分子动力学模拟了DB921-DNA复合物,通过7ns的模拟研究表明:DB921一端的氨基氮原子与一个水分子形成氢键,同时,水分子又与DNA的5位A碱基的氮原子形成一个氢键.水分子在DB921与DNA小沟结合中起了桥连的作用,使得直线型的芳香二脒化合...
采用分子动力学模拟了DB921-DNA复合物,通过7ns的模拟研究表明:DB921一端的氨基氮原子与一个水分子形成氢键,同时,水分子又与DNA的5位A碱基的氮原子形成一个氢键.水分子在DB921与DNA小沟结合中起了桥连的作用,使得直线型的芳香二脒化合物DB921通过水桥与DNA小沟结合,水分子诱导DB921分子与DNA的小沟域构型相适应,与DNA小沟域的AATTC碱基有较强的结合作用.在分子水平上提供了DB921与双螺旋DNA相互作用的结构及复合物的动态变化情况,指出水分子在DNA小沟结合二脒化合物中的识别作用,为设计出更高生物活性的DNA小沟结合剂提供一定的理论依据.
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关键词
小沟结合
二脒
水分子
分子识别
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职称材料
题名
DNA小沟结合二脒:水分子的识别作用
1
作者
马国正
求亚芳
南俊民
肖信
机构
华南师范大学化学与环境学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008年第10期1917-1921,共5页
基金
广东省自然科学基金(07300160)资助项目
文摘
采用分子动力学模拟了DB921-DNA复合物,通过7ns的模拟研究表明:DB921一端的氨基氮原子与一个水分子形成氢键,同时,水分子又与DNA的5位A碱基的氮原子形成一个氢键.水分子在DB921与DNA小沟结合中起了桥连的作用,使得直线型的芳香二脒化合物DB921通过水桥与DNA小沟结合,水分子诱导DB921分子与DNA的小沟域构型相适应,与DNA小沟域的AATTC碱基有较强的结合作用.在分子水平上提供了DB921与双螺旋DNA相互作用的结构及复合物的动态变化情况,指出水分子在DNA小沟结合二脒化合物中的识别作用,为设计出更高生物活性的DNA小沟结合剂提供一定的理论依据.
关键词
小沟结合
二脒
水分子
分子识别
Keywords
Minor grove binding
Diamidine
Water molecule
Molecular recognition
分类号
O641.1 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
DNA小沟结合二脒:水分子的识别作用
马国正
求亚芳
南俊民
肖信
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008
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