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基于线粒体COⅠ基因序列的江苏省4个太湖新银鱼群体遗传多样性分析 被引量：12
1
作者 李大命 唐晟凯 +7 位作者 刘燕山 谷先坤 刘小维 殷稼雯 王彬 马昊 张彤晴 潘建林 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2020年第3期277-286,共10页
为了解江苏省主要湖泊内太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的遗传背景,利用PCR扩增江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体153尾样本的COⅠ基因序列,并进行测序和分析。经比对获得630 bp的基因序列片段,检出7个变异位点,其中简约位... 为了解江苏省主要湖泊内太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的遗传背景,利用PCR扩增江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体153尾样本的COⅠ基因序列,并进行测序和分析。经比对获得630 bp的基因序列片段,检出7个变异位点,其中简约位点3个,单一位点4个。153尾个体共定义9个单倍型,单倍型多样性为0.580±0.022(0.050±0.047~0.361±0.103),核苷酸多样性为0.00106±0.00007(0.00008±0.00007~0.00062±0.00020),呈现出较低的单倍型多样性和核苷酸多样性的特点。4个群体间的遗传距离为0.00012~0.00183。AMOVA分子方差分析表明,太湖新银鱼群体间的遗传差异(76.84%)大于群体内遗传差异(23.16%),遗传变异主要来自群体间。种群间遗传分化系数统计检验表明,太湖和洪泽湖群体及高邮湖和骆马湖群体之间差异不显著。中性检验和歧点分布分析表明,4个太湖新银鱼种群偏离中性进化,历史上经历过种群扩张。研究可为太湖新银鱼种质资源科学保护和合理利用提供理论依据。 展开更多
关键词 太湖新银鱼 COⅠ基因 遗传多样性 遗传结构
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江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析 被引量：7
2
作者 李大命 唐晟凯 +5 位作者 刘燕山 谷先坤 刘小维 殷稼雯 张彤晴 潘建林 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第5期52-60,共9页
太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类,主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊,近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景,本研究采用线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因序列,分析了江苏省太... 太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类,主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊,近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景,本研究采用线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因序列,分析了江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个太湖新银鱼野生群体共144尾样本的遗传多样性及遗传结构。结果显示,太湖新银鱼Cyt b基因序列共发现29个变异位点,定义25个单倍型;平均单倍型多样性(Hd)为0.682±0.037,核苷酸多样性(π)为0.00231±0.00021;4个群体中,高邮湖群体的遗传多样性最高(Hd:0.609±0.078;π:0.00094±0.00027),太湖群体的遗传多样性最低(Hd:0.343±0.107;π:0.00075±0.00033)。分子方差分析(AMOVA)显示,太湖新银鱼群体间遗传差异(71.53%)大于群体内遗传差异(28.47%),遗传变异主要来自于群体间。遗传分化指数Fst值统计检验表明,骆马湖群体与太湖、高邮湖和洪泽湖群体之间有显著性差异。分子系统树和单倍型网络进化图分析显示,25个单倍型形成2个明显的地理分支,一支由太湖群体、高邮湖群体和洪泽湖群体组成,另一支由骆马湖群体组成。中性检验和错配分布图分析表明,太湖新银鱼历史上发生过群体扩张。整体来看,太湖新银鱼野生种群遗传多样性较低,应加强种质资源保护。建议将太湖、高邮湖群体和洪泽湖群体作为整体进行管理和保护,骆马湖群体单独管理和保护。 展开更多
关键词 太湖新银鱼 细胞色素B 遗传多样性 遗传结构
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基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析 被引量：4
3
作者 李大命 唐晟凯 +7 位作者 刘燕山 谷先坤 殷稼雯 蒋琦辰 朱凛 李春宁 张彤晴 潘建林 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2021年第2期149-159,共11页
为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,... 为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_(st))为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_(st)显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。 展开更多
关键词 湖鲚 线粒体控制区 遗传多样性 遗传结构
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基于线粒体COI序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性和遗传结构分析 被引量：5
4
作者 李大命 杨子萍 +5 位作者 刘燕山 谷先坤 殷稼雯 蔡永久 唐晟凯 张彤晴 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2023年第4期3-11,共9页
本研究采用线粒体COI序列为分子标记,探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术,获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示:COI序列片段长度为630 bp,243条COI序列共检出2... 本研究采用线粒体COI序列为分子标记,探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术,获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示:COI序列片段长度为630 bp,243条COI序列共检出23个变异位点,定义14种单倍型,平均单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(P_(i))分别为0.692和0.00512。8个群体的单倍型多样性为0.508~0.803,核苷酸多样性为0.00241~0.00694,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自于群体内,遗传分化指数(F_(ST))为0.0083,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示,单倍型分化为2个分支,但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明,鲢群体没有显著偏离中性选择,群体大小保持相对稳定。 展开更多
关键词 鲢(Hypophthalmichthys molitrix) COI基因 遗传多样性 遗传结构
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基于Cytb基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析 被引量：3
5
作者 李大命 刘燕山 +5 位作者 唐晟凯 殷稼雯 谷先坤 蒋琦辰 蔡永久 张彤晴 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2023年第4期423-433,共11页
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的... 鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示,鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点,定义24种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低,分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005~0.015;分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数Fst值为0.019 97;两两群体间Fst值统计表明,长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示,单倍型划分为2个谱系,但没有形成明显的地理聚群。歧点分布曲线与中性检验结果表明,鲢群体进化过程中较为稳定,没有经历过种群扩张事件。研究结果表明,应将长江水系和淮河水系鲢群体作为不同的管理单元进行保护。 展开更多
关键词 鲢 细胞色素B基因 遗传多样性 遗传结构
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江苏省内陆水域国家级水产种质资源保护区建设现状及展望 被引量：5
6
作者 李大命 唐晟凯 +4 位作者 钟立强 刘燕山 谷先坤 殷稼雯 蒋琦辰 《水产科技情报》 2023年第4期259-264,共6页
水产种质资源是水生生物资源的重要组成部分和渔业发展的物质基础,属于国家的重要战略资源,划定水产种质资源保护区是保护水产种质资源及其栖息环境的重要措施之一。文章概述了江苏省内陆水域国家级水产种质资源保护区建设过程及现状,... 水产种质资源是水生生物资源的重要组成部分和渔业发展的物质基础,属于国家的重要战略资源,划定水产种质资源保护区是保护水产种质资源及其栖息环境的重要措施之一。文章概述了江苏省内陆水域国家级水产种质资源保护区建设过程及现状,总结了水产种质资源保护区的水域类型、面积大小及保护对象种类,指出水产种质资源保护区建设和管理中存在的一些问题,并就水产种质资源保护区的未来发展提出了措施建议。 展开更多
关键词 国家级水产种质资源保护区 保护对象 保护区建设 措施建议
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基于线粒体Ctyb基因的滆湖3种黄颡鱼遗传多样性分析 被引量：2
7
作者 李大命 刘洋 +3 位作者 刘燕山 唐晟凯 谷先坤 殷稼雯 《安徽农业科学》 CAS 2023年第21期105-108,121,共5页
为掌握滆湖3种黄颡鱼野生资源的种质遗传状况,采用线粒体Ctyb基因探索黄颡鱼、光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的遗传多样性和进化历史动态。通过PCR扩增、测序和序列分析,获得3种黄颡鱼的Ctyb基因全序列,长度均为1 138 bp。3种黄颡鱼Cytb基因... 为掌握滆湖3种黄颡鱼野生资源的种质遗传状况,采用线粒体Ctyb基因探索黄颡鱼、光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的遗传多样性和进化历史动态。通过PCR扩增、测序和序列分析,获得3种黄颡鱼的Ctyb基因全序列,长度均为1 138 bp。3种黄颡鱼Cytb基因的碱基组成具有偏倚性,碱基A+T的含量(55.6%)高于G+C的含量(44.4%)。49尾黄颡鱼的Cytb基因序列有23个多态位点,定义17种单倍型,单倍型多样性为0.903,核苷酸多样性为0.002 40;40尾光泽黄颡鱼的Cytb基因序列有25个多态位点,定义17种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.936和0.004 59;32尾长须黄颡鱼的Cytb基因序列有20个多态位点,定义11种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.829和0.002 25。整体来看,3种黄颡鱼的单倍型多样性较为丰富,但核苷酸多样性较低。黄颡鱼、光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的种内遗传距离分别为0~0.006、0~0.012和0~0.008。3种黄颡鱼的种间遗传距离为0.078~0.138,长须黄颡鱼与黄颡鱼的亲缘关系较近、与光泽黄颡鱼的亲缘关系较远。Tajima’s D和Fu’s F_s中性检验值均为负值,且核苷酸不配对分布图呈现单峰型,表明3种黄颡鱼经历过明显的种群扩张过程。该研究结果可为滆湖3种黄颡鱼的种质资源保护及开发利用提供参考依据。 展开更多
关键词 遗传多样性 CYTB基因 黄颡鱼 光泽黄颡鱼 长须黄颡鱼
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基于Cytb基因的滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌鱼的遗传多样性分析 被引量：9
8
作者 李大命 刘洋 +6 位作者 唐晟凯 刘燕山 蔡永久 谷先坤 殷稼雯 蒋琦辰 张彤晴 《水产科技情报》 2022年第1期1-7,共7页
为研究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象的种质遗传状况,通过PCR和测序技术,获得保护区翘嘴鲌(Culter alburnus)、达氏鲌(Culter dabryi)、蒙古鲌(Culter mongolicus)等3种鲌属鱼类的细胞色素b(Cytb)基因序列,并分析了其... 为研究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象的种质遗传状况,通过PCR和测序技术,获得保护区翘嘴鲌(Culter alburnus)、达氏鲌(Culter dabryi)、蒙古鲌(Culter mongolicus)等3种鲌属鱼类的细胞色素b(Cytb)基因序列,并分析了其遗传多样性和群体结构。结果显示,3种鲌鱼的Cytb基因全长为1141 bp,碱基组成相似,均表现为A+T的含量(56.4%)高于G+C的含量(43.6%)。翘嘴鲌的Cytb基因有16个变异位点,定义14种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.907和0.0024;蒙古鲌的Cytb基因有8个变异位点,定义6种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.863和0.0024;达氏鲌的Cytb基因有10个变异位点,定义7种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.573和0.0012。整体来看,3种鲌鱼均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的遗传多样性模式,暗示3种鲌鱼群体在历史上经历过种群扩张,与中性检验结果和歧点分布图分析结果相一致。翘嘴鲌和蒙古鲌的种内遗传距离为0~0.006,达氏鲌的种内遗传距离为0~0.004,3种鲌类种间遗传距离为0.053~0.072。从单倍型组成来看,3种鲌鱼的遗传结构趋于单一化。本研究结果可为滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区水产种质资源的科学保护和合理利用提供重要依据。 展开更多
关键词 鲌属 线粒体DNA 遗传变异 群体结构 资源保护
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骆马湖国家级水产种质资源保护区20种鱼类的COI条形码构建和分析
9
作者 李大命 刘洋 +5 位作者 刘燕山 张彤晴 殷稼雯 张伟 穆新武 蒋琦辰 《安徽农业科学》 CAS 2022年第19期102-105,共4页
通过PCR扩增和测序,获得骆马湖国家级水产种质资源保护区20种鱼类的201条线粒体COI条形码,并对20种鱼类的COI条形码进行分析。结果显示,COI基因序列碱基的平均含量分别为A 24.4%、C 28.3%、T 28.5%和G 18.8%,碱基AT含量(52.9%)大于GC含... 通过PCR扩增和测序,获得骆马湖国家级水产种质资源保护区20种鱼类的201条线粒体COI条形码,并对20种鱼类的COI条形码进行分析。结果显示,COI基因序列碱基的平均含量分别为A 24.4%、C 28.3%、T 28.5%和G 18.8%,碱基AT含量(52.9%)大于GC含量(47.1%)。20种鱼类的种内和种间遗传距离分别为0~0.0177和0.0080~0.3088,遗传距离平均值分别为0.0029和0.2025,种间遗传距离为种内遗传距离的69.8倍。科内属间、目内科间和目间的遗传距离分别为0.1503、0.2061和0.2364,表明遗传距离随着分类界元上升有增加趋势。分子系统学分析结果显示,20种鱼类在系统进化树上均为单系,与形态学分类结果一致。该研究首次构建了骆马湖国家级水产种质资源保护区20种鱼类的COI条形码,可为保护区渔业资源管理及生物多样性保护提供科学依据。 展开更多
关键词 DNA条形码 COI基因 遗传距离 物种鉴定 骆马湖
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