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玉米TGA转录因子家族全基因组鉴定及盐胁迫相关表达分析
被引量:
1
1
作者
孟新超
殷恒梅
+4 位作者
张兴政
汪林林
曹昆
朴京培
刘剑锋
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期631-642,共12页
[目的]TGA基因家族是玉米中的一类转录因子,是植物生长发育、响应生物胁迫和非生物胁迫的关键调控因子。玉米是我国重要粮食作物,其胁迫响应分子机制的研究对于玉米生产具有重要理论意义。[方法]利用生物信息学方法对玉米TGA基因家族的...
[目的]TGA基因家族是玉米中的一类转录因子,是植物生长发育、响应生物胁迫和非生物胁迫的关键调控因子。玉米是我国重要粮食作物,其胁迫响应分子机制的研究对于玉米生产具有重要理论意义。[方法]利用生物信息学方法对玉米TGA基因家族的理化性质、亚细胞定位、进化关系、染色体定位与共线性、基因结构和基因表达进行分析。利用高通量转录组数据,明确各基因在玉米不同组织、不同发育时期的表达水平以及盐胁迫条件下的响应,利用qRT-PCR对盐胁迫响应的TGA基因进行表达验证。[结果]通过同源比对在玉米全基因组中共筛选到21个TGAs同源序列,都包含bZIP结构域和DOG1结构域,蛋白定位的预测均定位于细胞核。进化分析显示ZmTGA家族基因可划分为5个群组。共线性分析显示ZmTGA家族成员中有7对基因在进化过程中存在共线性关系,玉米ZmTGA家族与单子叶植物(水稻)TGA基因组成共线性基因数量大于其与双子叶植物(大豆和拟南芥)对比的数量。转录组数据分析结果显示,ZmTGAs在不同组织中表达模式不同,ZmTGAs家族基因普遍在根中表达。基因表达分析显示ZmTGA7和ZmTGA11受盐胁迫诱导表达。[结论]利用生物信息学等方法在玉米全基因组中共筛选到21个ZmTGA同源序列,并分析了基因、蛋白结构及理化性质等。共线性分析也发现7对基因在进化过程中存在共线性关系。组织特异性表达分析表明在不同组织中表达模式不同,暗示ZmTGAs在玉米生长发育过程中对不同组织起调控作用。盐胁迫转录组及表达水平分析结果显示ZmTGA7和ZmTGA11其表达受高盐胁迫诱导,可能参与玉米盐胁迫响应调控。
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关键词
玉米
TGA
进化分析
表达分析
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职称材料
题名
玉米TGA转录因子家族全基因组鉴定及盐胁迫相关表达分析
被引量:
1
1
作者
孟新超
殷恒梅
张兴政
汪林林
曹昆
朴京培
刘剑锋
机构
吉林师范大学生命科学学院/吉林省植物资源科学与绿色生产重点实验室
出处
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期631-642,共12页
基金
吉林省自然科学基金项目(YDZJ202201ZYTS447)。
文摘
[目的]TGA基因家族是玉米中的一类转录因子,是植物生长发育、响应生物胁迫和非生物胁迫的关键调控因子。玉米是我国重要粮食作物,其胁迫响应分子机制的研究对于玉米生产具有重要理论意义。[方法]利用生物信息学方法对玉米TGA基因家族的理化性质、亚细胞定位、进化关系、染色体定位与共线性、基因结构和基因表达进行分析。利用高通量转录组数据,明确各基因在玉米不同组织、不同发育时期的表达水平以及盐胁迫条件下的响应,利用qRT-PCR对盐胁迫响应的TGA基因进行表达验证。[结果]通过同源比对在玉米全基因组中共筛选到21个TGAs同源序列,都包含bZIP结构域和DOG1结构域,蛋白定位的预测均定位于细胞核。进化分析显示ZmTGA家族基因可划分为5个群组。共线性分析显示ZmTGA家族成员中有7对基因在进化过程中存在共线性关系,玉米ZmTGA家族与单子叶植物(水稻)TGA基因组成共线性基因数量大于其与双子叶植物(大豆和拟南芥)对比的数量。转录组数据分析结果显示,ZmTGAs在不同组织中表达模式不同,ZmTGAs家族基因普遍在根中表达。基因表达分析显示ZmTGA7和ZmTGA11受盐胁迫诱导表达。[结论]利用生物信息学等方法在玉米全基因组中共筛选到21个ZmTGA同源序列,并分析了基因、蛋白结构及理化性质等。共线性分析也发现7对基因在进化过程中存在共线性关系。组织特异性表达分析表明在不同组织中表达模式不同,暗示ZmTGAs在玉米生长发育过程中对不同组织起调控作用。盐胁迫转录组及表达水平分析结果显示ZmTGA7和ZmTGA11其表达受高盐胁迫诱导,可能参与玉米盐胁迫响应调控。
关键词
玉米
TGA
进化分析
表达分析
Keywords
maize
TGA
phylogenetic analysis
expression analysis
分类号
S513 [农业科学—作物学]
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1
玉米TGA转录因子家族全基因组鉴定及盐胁迫相关表达分析
孟新超
殷恒梅
张兴政
汪林林
曹昆
朴京培
刘剑锋
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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