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猪miR-149靶基因预测及生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
张家庆
武松霞
+5 位作者
任巧玲
王献伟
陈俊峰
王璟
白献晓
邢宝松
《河南农业科学》
北大核心
2019年第3期123-131,144,共10页
通过对猪miR-149进行靶基因预测及相关生物信息学分析,探索其影响猪颗粒细胞凋亡和卵泡闭锁的作用机制。首先利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测ssc-miR-149在氧化应激组和正常组表达量的变化,通过转染miR-149 mimic并利用MTT和qRT-PCR...
通过对猪miR-149进行靶基因预测及相关生物信息学分析,探索其影响猪颗粒细胞凋亡和卵泡闭锁的作用机制。首先利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测ssc-miR-149在氧化应激组和正常组表达量的变化,通过转染miR-149 mimic并利用MTT和qRT-PCR检测细胞活性和凋亡基因的表达情况,同时预测ssc-miR-149与细胞凋亡相关基因的靶向关系;然后利用JASPAR、PROMO、TargetScan、miRanda、RNAhybrid、DAVID等软件和NCBI、miRBase、Ensembl等数据库对ssc-miR-149进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果表明,氧化应激组ssc-miR-149的表达量极显著下调;但过表达ssc-miR-149时,能极显著提高细胞活性,并抑制H_2O_2诱导的凋亡相关基因(Caspase-3、PUMA和FAS)的表达;ssc-miR-149启动子区域具有SP1、p53等多个转录因子结合位点,其靶基因显著富集于TNF信号通路、Rap1信号通路和NOD样受体信号通路等。由此推测,ssc-miR-149受到SP1等多种转录因子调控,它可能通过抑制TNF、Rap1和NOD信号通路中的靶基因PUMA、Caspase-9和FAF-1来调控猪颗粒细胞的凋亡,进而影响猪的卵泡发育。
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关键词
ssc-miR-149
靶基因
生物信息学
颗粒细胞凋亡
卵泡闭锁
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职称材料
流感的研究概况
2
作者
高彬文
武松霞
《贵州畜牧兽医》
2009年第6期11-13,共3页
关键词
流感病毒
呼吸道传染病
人畜共患
人类
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职称材料
题名
猪miR-149靶基因预测及生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
张家庆
武松霞
任巧玲
王献伟
陈俊峰
王璟
白献晓
邢宝松
机构
河南省农业科学院畜牧兽医研究所
河南省标准化研究院
河南省畜牧总站
出处
《河南农业科学》
北大核心
2019年第3期123-131,144,共10页
基金
河南省自然科学基金项目(162300410161)
河南省农业科学院自主创新基金项目(2018ZC53)
河南省重点研发与推广专项(182102110063)
文摘
通过对猪miR-149进行靶基因预测及相关生物信息学分析,探索其影响猪颗粒细胞凋亡和卵泡闭锁的作用机制。首先利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测ssc-miR-149在氧化应激组和正常组表达量的变化,通过转染miR-149 mimic并利用MTT和qRT-PCR检测细胞活性和凋亡基因的表达情况,同时预测ssc-miR-149与细胞凋亡相关基因的靶向关系;然后利用JASPAR、PROMO、TargetScan、miRanda、RNAhybrid、DAVID等软件和NCBI、miRBase、Ensembl等数据库对ssc-miR-149进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果表明,氧化应激组ssc-miR-149的表达量极显著下调;但过表达ssc-miR-149时,能极显著提高细胞活性,并抑制H_2O_2诱导的凋亡相关基因(Caspase-3、PUMA和FAS)的表达;ssc-miR-149启动子区域具有SP1、p53等多个转录因子结合位点,其靶基因显著富集于TNF信号通路、Rap1信号通路和NOD样受体信号通路等。由此推测,ssc-miR-149受到SP1等多种转录因子调控,它可能通过抑制TNF、Rap1和NOD信号通路中的靶基因PUMA、Caspase-9和FAF-1来调控猪颗粒细胞的凋亡,进而影响猪的卵泡发育。
关键词
ssc-miR-149
靶基因
生物信息学
颗粒细胞凋亡
卵泡闭锁
Keywords
ssc-miR-149
Target gene
Bioinformatics
Granulosa cell apoptosis
Follicular atresia
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
流感的研究概况
2
作者
高彬文
武松霞
机构
河南农业科学院畜牧兽医研究所
河南花花牛乳业有限公司
出处
《贵州畜牧兽医》
2009年第6期11-13,共3页
关键词
流感病毒
呼吸道传染病
人畜共患
人类
分类号
S855.3 [农业科学—临床兽医学]
S858.286.3 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
猪miR-149靶基因预测及生物信息学分析
张家庆
武松霞
任巧玲
王献伟
陈俊峰
王璟
白献晓
邢宝松
《河南农业科学》
北大核心
2019
1
在线阅读
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职称材料
2
流感的研究概况
高彬文
武松霞
《贵州畜牧兽医》
2009
0
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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