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牛嵴病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
被引量：
1
1
作者
赵润涛
特木尔巴根
+7 位作者
郭宇
武娅楠
王旭芬
侯琳
张贺
赵洋
张志丹
周伟光
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期851-856,共6页
【目的】建立一种快速、准确且能定量分析牛嵴病毒(Bovine kobuvirus,BKoV)的检测方法。【方法】根据GenBank上发布的牛嵴病毒3D基因序列设计合成一对特异性引物和一条探针,通过优化反应体系建立牛嵴病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法...
【目的】建立一种快速、准确且能定量分析牛嵴病毒(Bovine kobuvirus,BKoV)的检测方法。【方法】根据GenBank上发布的牛嵴病毒3D基因序列设计合成一对特异性引物和一条探针,通过优化反应体系建立牛嵴病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法,并对临床样品进行检测。【结果】该方法最佳上下游引物浓度均为300nmol·L^(-1),探针浓度为400 nmol·L^(-1),在1×10^(1)~1×10^(8)copies·μL^(-1)呈现良好的线性关系,线性相关系数R^(2)=0.999,扩增效率为103%;特异性较强,在多个犊牛腹泻相关病原中,只检测出牛嵴病毒;敏感性较高,对BKoV质粒标准品最低检测下限为1×10^(1)copies·μL^(-1),而普通RT-PCR对BKoV质粒标准品最低检测下限为1×10^(2)copies·μL^(-1);重复性较好,组内变异系数和组间变异系数均小于3%。2021年3~5月采自内蒙古地区牧场的37份犊牛粪样中BKoV的检出率为24.3%,通过标准曲线计算其病毒载量,其中腹泻粪样平均病毒载量为3.7×10^(5)copies·μL^(-1),健康犊牛粪样平均病毒载量为8.65×10^(3)copies·μL^(-1)。【结论】建立的牛嵴病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、稳定性好、灵敏度高,为BKoV的检测和分子流行病学调查提供了有力的手段。
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关键词
牛嵴病毒
荧光定量RT-PCR
犊牛腹泻
特异性
敏感性
重复性
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职称材料
犊牛轮状病毒RT-LAMP检测方法的建立与应用
被引量：
1
2
作者
韩子阳
赵洋
+8 位作者
唐欣如
张榕兰
冯静萱
王嘉羽
特木尔巴根
郭宇
武娅楠
张志丹
周伟光
《当代畜禽养殖业》
2023年第6期7-12,共6页
为能够现场快速检测出牛场牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV),本试验根据GenBank中BRV NSP5基因序列,针对其保守区域设计了一套RT-LAMP引物,通过对反应体系中Mg2+、dNTPs、内引物的用量以及反应时间和温度进行优化,建立一种能够快速检测...
为能够现场快速检测出牛场牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV),本试验根据GenBank中BRV NSP5基因序列,针对其保守区域设计了一套RT-LAMP引物,通过对反应体系中Mg2+、dNTPs、内引物的用量以及反应时间和温度进行优化,建立一种能够快速检测BRV的反转录-环介导等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)方法,并验证该方法的特异性、敏感性和重复性,选择出最优检测方法应用于后续临床样品的检验。结果表明:RT-LAMP方法的最佳反应温度为64℃、反应时间为45 min,Mg2+(100 mmol/L)和dNTPs(10 mmol/L)的最佳用量为1.2和1.5μL,内引物最佳用量为2μL;该方法从多种牛腹泻与呼吸道疾病的病原中只检测到BRV,其灵敏度为1×102 copies/μL,而普通RT-PCR的灵敏度为1×103 copies/μL,且重复性高;利用本试验建立的BRV RT-LAMP检测法和普通RT-PCR对38份临床样品进行检测,阳性率分别为47.4%和15.7%。综上所述,本试验建立的RT-LAMP检测方法具有检测速度快、特异性强、灵敏度高和可信度高等优点,且结果易于判定、便于现场检测,在BRV检测方面具有良好的应用前景,为BRV的流行病学调查及检测提供重要的技术支撑。
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关键词
牛轮状病毒
环介导等温扩增
敏感性
特异性
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职称材料
题名
牛嵴病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
被引量：
1
1
作者
赵润涛
特木尔巴根
郭宇
武娅楠
王旭芬
侯琳
张贺
赵洋
张志丹
周伟光
机构
内蒙古农业大学兽医学院/农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室
内蒙古自治区动物疫病预防控制中心
出处
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期851-856,共6页
基金
内蒙古自治区科技重大专项(2020ZD0006)。
文摘
【目的】建立一种快速、准确且能定量分析牛嵴病毒(Bovine kobuvirus,BKoV)的检测方法。【方法】根据GenBank上发布的牛嵴病毒3D基因序列设计合成一对特异性引物和一条探针,通过优化反应体系建立牛嵴病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法,并对临床样品进行检测。【结果】该方法最佳上下游引物浓度均为300nmol·L^(-1),探针浓度为400 nmol·L^(-1),在1×10^(1)~1×10^(8)copies·μL^(-1)呈现良好的线性关系,线性相关系数R^(2)=0.999,扩增效率为103%;特异性较强,在多个犊牛腹泻相关病原中,只检测出牛嵴病毒;敏感性较高,对BKoV质粒标准品最低检测下限为1×10^(1)copies·μL^(-1),而普通RT-PCR对BKoV质粒标准品最低检测下限为1×10^(2)copies·μL^(-1);重复性较好,组内变异系数和组间变异系数均小于3%。2021年3~5月采自内蒙古地区牧场的37份犊牛粪样中BKoV的检出率为24.3%,通过标准曲线计算其病毒载量,其中腹泻粪样平均病毒载量为3.7×10^(5)copies·μL^(-1),健康犊牛粪样平均病毒载量为8.65×10^(3)copies·μL^(-1)。【结论】建立的牛嵴病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、稳定性好、灵敏度高,为BKoV的检测和分子流行病学调查提供了有力的手段。
关键词
牛嵴病毒
荧光定量RT-PCR
犊牛腹泻
特异性
敏感性
重复性
Keywords
Bovine kobuvirus
fluorescence qRT-PCR
calf diarrhea
specificity
sensitivity
repeatability
分类号
S852.62 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
犊牛轮状病毒RT-LAMP检测方法的建立与应用
被引量：
1
2
作者
韩子阳
赵洋
唐欣如
张榕兰
冯静萱
王嘉羽
特木尔巴根
郭宇
武娅楠
张志丹
周伟光
机构
内蒙古农业大学兽医学院农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室
中美冠科生物技术有限公司
内蒙古自治区动物疫病预防控制中心
出处
《当代畜禽养殖业》
2023年第6期7-12,共6页
基金
内蒙古自治区科技重大专项(2020ZD0006)。
文摘
为能够现场快速检测出牛场牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV),本试验根据GenBank中BRV NSP5基因序列,针对其保守区域设计了一套RT-LAMP引物,通过对反应体系中Mg2+、dNTPs、内引物的用量以及反应时间和温度进行优化,建立一种能够快速检测BRV的反转录-环介导等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)方法,并验证该方法的特异性、敏感性和重复性,选择出最优检测方法应用于后续临床样品的检验。结果表明:RT-LAMP方法的最佳反应温度为64℃、反应时间为45 min,Mg2+(100 mmol/L)和dNTPs(10 mmol/L)的最佳用量为1.2和1.5μL,内引物最佳用量为2μL;该方法从多种牛腹泻与呼吸道疾病的病原中只检测到BRV,其灵敏度为1×102 copies/μL,而普通RT-PCR的灵敏度为1×103 copies/μL,且重复性高;利用本试验建立的BRV RT-LAMP检测法和普通RT-PCR对38份临床样品进行检测,阳性率分别为47.4%和15.7%。综上所述,本试验建立的RT-LAMP检测方法具有检测速度快、特异性强、灵敏度高和可信度高等优点,且结果易于判定、便于现场检测,在BRV检测方面具有良好的应用前景,为BRV的流行病学调查及检测提供重要的技术支撑。
关键词
牛轮状病毒
环介导等温扩增
敏感性
特异性
分类号
S858.23 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牛嵴病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
赵润涛
特木尔巴根
郭宇
武娅楠
王旭芬
侯琳
张贺
赵洋
张志丹
周伟光
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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职称材料
2
犊牛轮状病毒RT-LAMP检测方法的建立与应用
韩子阳
赵洋
唐欣如
张榕兰
冯静萱
王嘉羽
特木尔巴根
郭宇
武娅楠
张志丹
周伟光
《当代畜禽养殖业》
2023
1
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