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石斑鱼转录因子NR1D1和NR1D2在冷胁迫中的调控作用
1
作者
苗奔奔
林楚
+4 位作者
曹文科
梁燕珊
吴仁协
牛素芳
梁镇邦
《应用海洋学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期147-159,共13页
NR1D1和NR1D2转录因子属于核受体转录因子家族,二者通过调控靶基因表达参与众多生物学过程,尤其在昼夜节律调节中发挥重要作用。本研究通过分析NR1D1和NR1D2的蛋白质分子特征以及在冷胁迫下珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus♀&...
NR1D1和NR1D2转录因子属于核受体转录因子家族,二者通过调控靶基因表达参与众多生物学过程,尤其在昼夜节律调节中发挥重要作用。本研究通过分析NR1D1和NR1D2的蛋白质分子特征以及在冷胁迫下珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus♀×Epinephelus lanceolatus♂)的基因调控关系以及它们所参与的通路,揭示它们在鱼类低温环境中的功能作用。生物信息学比较分析显示NR1D1和NR1D2基因序列均有23个开放阅读框,编码的蛋白质均属于不稳定的亲水性蛋白质。NR1D1和NR1D2蛋白质均含有ZF-C4类锌脂蛋白结构域和Hormone_Recep核激素受体的配体结合域,主要配体为含铁原卟啉IX。这两种蛋白主要在细胞核中发挥调控基因表达的作用,且与昼夜节律通路的多个关键基因有直接作用关系。结果表明,在冷胁迫下NR1D1和NR1D2作为转录因子可通过调控靶基因的表达,参与昼夜节律调节并促进糖脂代谢、线粒体氧化等过程,为珍珠龙胆石斑鱼提供必要的能量,有助于增强其耐寒性。
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关键词
海洋生物学
珍珠龙胆石斑鱼
冷胁迫
核受体转录因子家族
昼夜节律调节
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职称材料
竹?鱼微卫星标记开发及跨物种扩增
被引量：
1
2
作者
梁镇邦
吴仁协
+1 位作者
牛素芳
罗惠桂
《广东海洋大学学报》
CAS
2019年第4期5-12,共8页
【目的】筛选高多态性竹?鱼(Trachurus japonicus)微卫星(SSR)标记,并验证其在鲹科鱼类中的通用性。【方法】采用SLAF-seq技术识别竹?鱼基因组SSR标记,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点,并进行跨物种PCR扩增。【结...
【目的】筛选高多态性竹?鱼(Trachurus japonicus)微卫星(SSR)标记,并验证其在鲹科鱼类中的通用性。【方法】采用SLAF-seq技术识别竹?鱼基因组SSR标记,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点,并进行跨物种PCR扩增。【结果与结论】识别出43264个二至六碱基重复SSR标记,二、三碱基重复SSR标记较多(90.33%)。筛选出37个多态性的二、三碱基SSR位点,各位点的等位基因数为4~26,期望杂合度为0.481~0.935,多态信息含量为0.440~0.934。有30个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡现象。共有28个竹.鱼SSR标记可在1种以上鲹科鱼类中有效扩增,分别有24、21、20、19和11个SSR位点可在蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、颌圆鲹(Decapterus macarellus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中稳定扩增,可为竹?鱼遗传资源评估和部分鲹科鱼类的系统进化分析提供重要遗传物质基础及有力的分析手段。
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关键词
竹.鱼
微卫星标记
跨物种扩增
SLAF-Seq技术
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职称材料
题名
石斑鱼转录因子NR1D1和NR1D2在冷胁迫中的调控作用
1
作者
苗奔奔
林楚
曹文科
梁燕珊
吴仁协
牛素芳
梁镇邦
机构
广东海洋大学水产学院
南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)
出处
《应用海洋学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期147-159,共13页
基金
南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)项目(ZJW-2019-06)。
文摘
NR1D1和NR1D2转录因子属于核受体转录因子家族,二者通过调控靶基因表达参与众多生物学过程,尤其在昼夜节律调节中发挥重要作用。本研究通过分析NR1D1和NR1D2的蛋白质分子特征以及在冷胁迫下珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus♀×Epinephelus lanceolatus♂)的基因调控关系以及它们所参与的通路,揭示它们在鱼类低温环境中的功能作用。生物信息学比较分析显示NR1D1和NR1D2基因序列均有23个开放阅读框,编码的蛋白质均属于不稳定的亲水性蛋白质。NR1D1和NR1D2蛋白质均含有ZF-C4类锌脂蛋白结构域和Hormone_Recep核激素受体的配体结合域,主要配体为含铁原卟啉IX。这两种蛋白主要在细胞核中发挥调控基因表达的作用,且与昼夜节律通路的多个关键基因有直接作用关系。结果表明,在冷胁迫下NR1D1和NR1D2作为转录因子可通过调控靶基因的表达,参与昼夜节律调节并促进糖脂代谢、线粒体氧化等过程,为珍珠龙胆石斑鱼提供必要的能量,有助于增强其耐寒性。
关键词
海洋生物学
珍珠龙胆石斑鱼
冷胁迫
核受体转录因子家族
昼夜节律调节
Keywords
marine biology
pearl gentian grouper
cold stress
nuclear receptor transcription factor family
circadian rhythm regulation
分类号
P735 [天文地球—海洋生物学]
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职称材料
题名
竹?鱼微卫星标记开发及跨物种扩增
被引量：
1
2
作者
梁镇邦
吴仁协
牛素芳
罗惠桂
机构
广东海洋大学水产学院
出处
《广东海洋大学学报》
CAS
2019年第4期5-12,共8页
基金
广东省自然科学基金-博士启动资助项目(2016A030310329)
广东海洋大学优秀青年骨干教师培养计划资助项目(HDYQ2017002)
+2 种基金
广东海洋大学科研启动费资助项目(R17040)
广东省科技计划资助项目(2017A030303077)
广东省海洋和渔业发展专项(科技攻关与研发,A201708D07)
文摘
【目的】筛选高多态性竹?鱼(Trachurus japonicus)微卫星(SSR)标记,并验证其在鲹科鱼类中的通用性。【方法】采用SLAF-seq技术识别竹?鱼基因组SSR标记,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点,并进行跨物种PCR扩增。【结果与结论】识别出43264个二至六碱基重复SSR标记,二、三碱基重复SSR标记较多(90.33%)。筛选出37个多态性的二、三碱基SSR位点,各位点的等位基因数为4~26,期望杂合度为0.481~0.935,多态信息含量为0.440~0.934。有30个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡现象。共有28个竹.鱼SSR标记可在1种以上鲹科鱼类中有效扩增,分别有24、21、20、19和11个SSR位点可在蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、颌圆鲹(Decapterus macarellus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中稳定扩增,可为竹?鱼遗传资源评估和部分鲹科鱼类的系统进化分析提供重要遗传物质基础及有力的分析手段。
关键词
竹.鱼
微卫星标记
跨物种扩增
SLAF-Seq技术
Keywords
Trachurus japonicus
microsatellite loci
cross-species amplification
SLAF-seq
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
Q959.483.3 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
石斑鱼转录因子NR1D1和NR1D2在冷胁迫中的调控作用
苗奔奔
林楚
曹文科
梁燕珊
吴仁协
牛素芳
梁镇邦
《应用海洋学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
竹?鱼微卫星标记开发及跨物种扩增
梁镇邦
吴仁协
牛素芳
罗惠桂
《广东海洋大学学报》
CAS
2019
1
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