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A_1腺苷受体的同源模建及其结构验证
被引量：
4
1
作者
柯艳蓉
金宏威
+1 位作者
刘振明
张亮仁
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第10期2833-2839,共7页
采用同源模建的方法构建了A1腺苷受体的三维结构,并与拮抗剂分子DPCPX对接,将得到的复合物结构进行5 ns的分子动力学模拟,以最后2 ns的平均结构和平衡后抽取的11帧构象共12个蛋白结构为研究对象,用包含52个活性分子和1000个诱饵分子的...
采用同源模建的方法构建了A1腺苷受体的三维结构,并与拮抗剂分子DPCPX对接,将得到的复合物结构进行5 ns的分子动力学模拟,以最后2 ns的平均结构和平衡后抽取的11帧构象共12个蛋白结构为研究对象,用包含52个活性分子和1000个诱饵分子的测试库,分别通过DOCK、VINA和GOLD三种对接软件进行评价,最终得出合理的蛋白质模型.根据top10%的富集因子(EF)和ROC曲线下面积(AU-ROC)的计算结果,我们认为GOLD是最适合A1腺苷受体的对接软件,而12个蛋白质结构中F5和Favg的三维结构模型比较合理,可以作为进一步大规模虚拟筛选的模型.
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关键词
分子动力学模拟
A1腺苷受体
同源模建
GOLD
虚拟筛选
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职称材料
题名
A_1腺苷受体的同源模建及其结构验证
被引量：
4
1
作者
柯艳蓉
金宏威
刘振明
张亮仁
机构
北京大学医学部药学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第10期2833-2839,共7页
基金
国家科技重大专项关键技术基金(2009ZX09501-002)资助项目~~
文摘
采用同源模建的方法构建了A1腺苷受体的三维结构,并与拮抗剂分子DPCPX对接,将得到的复合物结构进行5 ns的分子动力学模拟,以最后2 ns的平均结构和平衡后抽取的11帧构象共12个蛋白结构为研究对象,用包含52个活性分子和1000个诱饵分子的测试库,分别通过DOCK、VINA和GOLD三种对接软件进行评价,最终得出合理的蛋白质模型.根据top10%的富集因子(EF)和ROC曲线下面积(AU-ROC)的计算结果,我们认为GOLD是最适合A1腺苷受体的对接软件,而12个蛋白质结构中F5和Favg的三维结构模型比较合理,可以作为进一步大规模虚拟筛选的模型.
关键词
分子动力学模拟
A1腺苷受体
同源模建
GOLD
虚拟筛选
Keywords
Molecular dynamics simulation
Adenosine A1 receptor
Homology modeling
GOLD
Virtual screening
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
A_1腺苷受体的同源模建及其结构验证
柯艳蓉
金宏威
刘振明
张亮仁
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010
4
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