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题名一株猪丹毒丝菌的全基因组测序及SpaA基因分析
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作者
彭凌
林锦铨
李玲慧
刘博婷
蔡巩林
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机构
韶关学院英东生物与农业学院
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出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2021年第3期694-698,共5页
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基金
广东省自然科学基金项目(2017A030307041)
国家级大学生创新创业训练计划项目(201910576002)。
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文摘
本研究测定猪丹毒丝菌临床毒株SG7的全基因组序列,并运用生物信息学方法对测定的全基因组序列及猪丹毒丝菌表面保护性抗原A基因(SpaA)进行分析。SG7菌株的基因组全长为1834291.00 bp,G+C含量为36.3%,基因总数1846个。将SG7菌株与GenBank中8条完整的猪丹毒丝菌全基因组序列进行比较,发现国内外不同菌株间基因组的基本信息存在不同程度差异。基于全基因组单核苷酸多态性(SNPs)的系统发育分析结果表明,9株菌株聚为3个分支,国内菌株并不完全处于同一分支,SG7菌株与国内常见菌株不属于同一进化分支。SpaA基因高变区的分析结果显示,9株菌株亦可分为3个SpaA型,SG7菌株为携带Met203的高致病性菌株。除SG7菌株外,其他8株菌株的SpaA基因分型结果与基于全基因组SNPs分析的结果一致,说明SG7菌株的遗传背景复杂。本研究结果可为猪丹毒丝菌基因组整体水平研究和疫苗的研发奠定基础。
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关键词
猪丹毒丝菌
全基因组测序
表面保护性抗原A(SpaA)
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Keywords
Erysipelothrix rhusiopahiae
whole-genome sequencing
surface protective antigen A(SpaA)
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分类号
S852.61
[农业科学—基础兽医学]
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