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基于RT-RAA的禽流感H5亚型核酸CRISPR-Cas13a检测方法的建立
被引量：
2
1
作者
杨芷翊
王新凯
+4 位作者
史玉婷
付思源
张钰炘
曹琛福
贾伟新
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期3803-3811,共9页
采用逆转录-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)和成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)检测系统,建立一种快速、高灵敏度和高特异性的禽流感病毒(AIV)H5亚型核酸检测新方法。通过分析342条禽流感病毒H5亚型的HA基因序列,选取保守...
采用逆转录-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)和成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)检测系统,建立一种快速、高灵敏度和高特异性的禽流感病毒(AIV)H5亚型核酸检测新方法。通过分析342条禽流感病毒H5亚型的HA基因序列,选取保守性区域设计具有强特异性的CRISPR RNA(crRNA)序列以及RT-RAA引物,并对检测体系中的主要成分LwaCas13a蛋白、crRNA、TaqMan探针、T7 RNA Polymerase、NTP Buffer Mix含量进行优化,建立了基于RT-RAA的AIV H5亚型核酸CRISPR-Cas13a检测方法。取105~1 copies·μL^(-1)含有目的基因的质粒标准品和其他亚型禽流感病毒以及其他禽病病毒分别验证和评价该方法的灵敏性和特异性。结果表明,本文设计的RT-RAA引物与crRNA特异且灵敏,其最佳反应体系中主要成分用量分别为LwaCas13a蛋白(60μg·mL^(-1))2.0μL、crRNA(100μmol·L^(-1))3.2μL、TaqMan探针(50μmol·L^(-1))1.28μL、T7 RNA Polymerase 0.25μL、NTP Buffer Mix 2.0μL。该方法检测灵敏度可达1 copy·μL^(-1),且与AIV H3、H6、H7、H9、H10亚型以及NDV、IBV、IBDV、DTMUV无交叉反应。对56份已知的临床样品进行检测,检测结果与荧光定量RT-PCR符合率为98.2%。综上,本研究通过RT-RAA等温扩增技术结合CRISPR-Cas13a基因编辑技术建立了针对AIV H5亚型的快速检测平台,该方法从样本的核酸抽提到获得检测结果的时间控制在1 h 20 min以内,为AIV H5亚型高灵敏度和高特异性的临床快速检测提供了新的技术手段,具有良好的应用前景。
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关键词
H5亚型禽流感病毒
CRISPR
等温扩增
核酸检测
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职称材料
非洲猪瘟病毒CD2v胞内区蛋白间接ELISA方法的建立及初步应用
被引量：
2
2
作者
王新凯
杨芷翊
+4 位作者
周华亮
唐金明
黄超华
曹琛福
贾伟新
《中国动物检疫》
CAS
2023年第3期97-104,共8页
近年来,在全球范围内出现了EP402R基因(编码CD2v蛋白)缺失的ASFV突变毒株,因此需要开发一种检测方法来区分CD2v缺失的自然突变株和野生型ASFV毒株。对ASFV国内分离株WUHAN 2019-1株的EP402R基因序列,利用生物信息学分析其亲水性,选取可...
近年来,在全球范围内出现了EP402R基因(编码CD2v蛋白)缺失的ASFV突变毒株,因此需要开发一种检测方法来区分CD2v缺失的自然突变株和野生型ASFV毒株。对ASFV国内分离株WUHAN 2019-1株的EP402R基因序列,利用生物信息学分析其亲水性,选取可溶性较强部分(232~333 aa),根据大肠杆菌密码子偏嗜性对该段基因进行优化并人工合成,插入原核表达载体pET-28a进行低温表达,获得带有HIS标签的可溶性CD2v胞内区重组蛋白,将其命名为pET-28a-CD2v-IS,大小约15 ku。Western-blot鉴定结果显示,该重组蛋白抗原性良好。利用纯化后的CD2v重组蛋白建立了间接ELISA方法。经反应条件优化,最终确定最佳包被质量浓度为0.5μg/mL,封闭时间为1 h,样本最佳稀释度为1:10,样本最佳孵育时间为1 h,二抗最佳稀释度为1:20000,最佳孵育时间为45 min,底物孵育最佳时间为5 min;确定建立的间接ELISA方法的S/N临界判定值为1.61。试验灵敏性可达1:1280;批内变异系数小于4.15%,批间变异系数小于9.84%;只与ASFV全病毒株阳性血清发生反应,与ASFV(CD2v)缺失株、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)等其他病毒阳性血清均无交叉反应;在检测46份背景清晰与54份背景未知的血清时,与商用试剂盒符合率分别达到100%与90.7%。结果表明,本研究建立的间接ELISA方法具有良好的特异性、敏感性与重复性,检测结果与商品化试剂盒和WOAH推荐的间接ELISA方法一致,如果结合其他ASFV结构蛋白制成的ELISA检测试剂盒,可区分ASFV野毒与CD2v缺失株感染。
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关键词
非洲猪瘟病毒
原核表达
CD2v
间接ELISA
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职称材料
题名
基于RT-RAA的禽流感H5亚型核酸CRISPR-Cas13a检测方法的建立
被引量：
2
1
作者
杨芷翊
王新凯
史玉婷
付思源
张钰炘
曹琛福
贾伟新
机构
华南农业大学兽医学院国家禽流感专业实验室(广州)/广东省人兽共患病防控制剂工程实验室/人兽共患病防控制剂国家地方联合工程实验室/农业农村部人畜共患病重点实验室/广东省动物源性人兽共患病防控重点实验室
深圳海关动植物检验检疫技术中心
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期3803-3811,共9页
基金
广东省科技计划项目(2021B1212030015)
国家现代农业产业技术体系(CARS-41)。
文摘
采用逆转录-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)和成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)检测系统,建立一种快速、高灵敏度和高特异性的禽流感病毒(AIV)H5亚型核酸检测新方法。通过分析342条禽流感病毒H5亚型的HA基因序列,选取保守性区域设计具有强特异性的CRISPR RNA(crRNA)序列以及RT-RAA引物,并对检测体系中的主要成分LwaCas13a蛋白、crRNA、TaqMan探针、T7 RNA Polymerase、NTP Buffer Mix含量进行优化,建立了基于RT-RAA的AIV H5亚型核酸CRISPR-Cas13a检测方法。取105~1 copies·μL^(-1)含有目的基因的质粒标准品和其他亚型禽流感病毒以及其他禽病病毒分别验证和评价该方法的灵敏性和特异性。结果表明,本文设计的RT-RAA引物与crRNA特异且灵敏,其最佳反应体系中主要成分用量分别为LwaCas13a蛋白(60μg·mL^(-1))2.0μL、crRNA(100μmol·L^(-1))3.2μL、TaqMan探针(50μmol·L^(-1))1.28μL、T7 RNA Polymerase 0.25μL、NTP Buffer Mix 2.0μL。该方法检测灵敏度可达1 copy·μL^(-1),且与AIV H3、H6、H7、H9、H10亚型以及NDV、IBV、IBDV、DTMUV无交叉反应。对56份已知的临床样品进行检测,检测结果与荧光定量RT-PCR符合率为98.2%。综上,本研究通过RT-RAA等温扩增技术结合CRISPR-Cas13a基因编辑技术建立了针对AIV H5亚型的快速检测平台,该方法从样本的核酸抽提到获得检测结果的时间控制在1 h 20 min以内,为AIV H5亚型高灵敏度和高特异性的临床快速检测提供了新的技术手段,具有良好的应用前景。
关键词
H5亚型禽流感病毒
CRISPR
等温扩增
核酸检测
Keywords
avian influenza virus H5 subtype
CRISPR
isothermal amplification
nucleic acid testing
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
非洲猪瘟病毒CD2v胞内区蛋白间接ELISA方法的建立及初步应用
被引量：
2
2
作者
王新凯
杨芷翊
周华亮
唐金明
黄超华
曹琛福
贾伟新
机构
华南农业大学兽医学院
深圳海关动植物检验检疫技术中心
深圳市龙岗区吉华街道公共事务中心
出处
《中国动物检疫》
CAS
2023年第3期97-104,共8页
基金
广东省科技计划项目(2021B1212030015)
广东省重点领域研发计划资助项目(2019B2021003)。
文摘
近年来,在全球范围内出现了EP402R基因(编码CD2v蛋白)缺失的ASFV突变毒株,因此需要开发一种检测方法来区分CD2v缺失的自然突变株和野生型ASFV毒株。对ASFV国内分离株WUHAN 2019-1株的EP402R基因序列,利用生物信息学分析其亲水性,选取可溶性较强部分(232~333 aa),根据大肠杆菌密码子偏嗜性对该段基因进行优化并人工合成,插入原核表达载体pET-28a进行低温表达,获得带有HIS标签的可溶性CD2v胞内区重组蛋白,将其命名为pET-28a-CD2v-IS,大小约15 ku。Western-blot鉴定结果显示,该重组蛋白抗原性良好。利用纯化后的CD2v重组蛋白建立了间接ELISA方法。经反应条件优化,最终确定最佳包被质量浓度为0.5μg/mL,封闭时间为1 h,样本最佳稀释度为1:10,样本最佳孵育时间为1 h,二抗最佳稀释度为1:20000,最佳孵育时间为45 min,底物孵育最佳时间为5 min;确定建立的间接ELISA方法的S/N临界判定值为1.61。试验灵敏性可达1:1280;批内变异系数小于4.15%,批间变异系数小于9.84%;只与ASFV全病毒株阳性血清发生反应,与ASFV(CD2v)缺失株、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)等其他病毒阳性血清均无交叉反应;在检测46份背景清晰与54份背景未知的血清时,与商用试剂盒符合率分别达到100%与90.7%。结果表明,本研究建立的间接ELISA方法具有良好的特异性、敏感性与重复性,检测结果与商品化试剂盒和WOAH推荐的间接ELISA方法一致,如果结合其他ASFV结构蛋白制成的ELISA检测试剂盒,可区分ASFV野毒与CD2v缺失株感染。
关键词
非洲猪瘟病毒
原核表达
CD2v
间接ELISA
Keywords
ASFV
prokaryotic expression
CD2v
indirect ELISA
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RT-RAA的禽流感H5亚型核酸CRISPR-Cas13a检测方法的建立
杨芷翊
王新凯
史玉婷
付思源
张钰炘
曹琛福
贾伟新
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
非洲猪瘟病毒CD2v胞内区蛋白间接ELISA方法的建立及初步应用
王新凯
杨芷翊
周华亮
唐金明
黄超华
曹琛福
贾伟新
《中国动物检疫》
CAS
2023
2
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