目的筛选并分析孕中期羊水游离RNA(AfcfRNA)中的泌尿系统发育关键基因。方法从GEO数据库获取胎儿AfcfRNA的芯片检测数据。对56例AfcfRNA的芯片检测结果进行基因共表达网络(WGCNA)分析,建立共表达网络模块。从Human Protein Atlas数据库...目的筛选并分析孕中期羊水游离RNA(AfcfRNA)中的泌尿系统发育关键基因。方法从GEO数据库获取胎儿AfcfRNA的芯片检测数据。对56例AfcfRNA的芯片检测结果进行基因共表达网络(WGCNA)分析,建立共表达网络模块。从Human Protein Atlas数据库中筛选在泌尿组织中表达量高于平均表达量10倍的基因为泌尿组织特异基因。以泌尿组织特异基因和共表达模块为基础,建立泌尿系统特异基因共表达模块。对泌尿组织特异共表达模块中的基因进行GO分析,阐述其生物学功能。利用STRING数据库进行基因编码蛋白的蛋白-蛋白相互作用网络分析,设定combine_score为150、degree为20,并删除表达量偏低(<P25)的基因,筛选得到泌尿系统发育关键基因。结果通过WGCNA分析共建立20个共表达模块,在Human Protein Atlas数据库中筛选到270个泌尿组织特异基因。brown、green及turquoise模块中的基因与中肾发生和发育、肾泡的发育、肾单位发生、肾小管生成、肾脏发育及泌尿生殖系统发生密切相关。共筛选出13个泌尿系统发育关键基因,其中brown模块5个(CLCNKB、SLC6A18、NAT8、MIOX及SLC3A1)、turquoise模块8个(AQP2、CYP4A11、SLC7A9、SLC13A3、FXYD2、TRPV5、SLC17A1及BSND)。结论获得13个与泌尿系统发育密切相关的关键基因,基因功能涉及中肾发生和发育、肾泡的发育、肾单位发生、肾小管生成、肾脏发育及泌尿生殖系统发生等。这些关键基因有望成为产前诊断中评估泌尿系统发育的标志物。展开更多
文摘目的筛选并分析孕中期羊水游离RNA(AfcfRNA)中的泌尿系统发育关键基因。方法从GEO数据库获取胎儿AfcfRNA的芯片检测数据。对56例AfcfRNA的芯片检测结果进行基因共表达网络(WGCNA)分析,建立共表达网络模块。从Human Protein Atlas数据库中筛选在泌尿组织中表达量高于平均表达量10倍的基因为泌尿组织特异基因。以泌尿组织特异基因和共表达模块为基础,建立泌尿系统特异基因共表达模块。对泌尿组织特异共表达模块中的基因进行GO分析,阐述其生物学功能。利用STRING数据库进行基因编码蛋白的蛋白-蛋白相互作用网络分析,设定combine_score为150、degree为20,并删除表达量偏低(<P25)的基因,筛选得到泌尿系统发育关键基因。结果通过WGCNA分析共建立20个共表达模块,在Human Protein Atlas数据库中筛选到270个泌尿组织特异基因。brown、green及turquoise模块中的基因与中肾发生和发育、肾泡的发育、肾单位发生、肾小管生成、肾脏发育及泌尿生殖系统发生密切相关。共筛选出13个泌尿系统发育关键基因,其中brown模块5个(CLCNKB、SLC6A18、NAT8、MIOX及SLC3A1)、turquoise模块8个(AQP2、CYP4A11、SLC7A9、SLC13A3、FXYD2、TRPV5、SLC17A1及BSND)。结论获得13个与泌尿系统发育密切相关的关键基因,基因功能涉及中肾发生和发育、肾泡的发育、肾单位发生、肾小管生成、肾脏发育及泌尿生殖系统发生等。这些关键基因有望成为产前诊断中评估泌尿系统发育的标志物。
