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基于纳米孔Cas9靶向测序的金黄色葡萄球菌快速检测与分型
1
作者
潘抒凡
杨栋磊
王鹏飞
《上海交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第6期774-783,共10页
目的·利用纳米孔Cas9靶向测序(nanopore Cas9-targeted sequencing,nCATS)技术实现金黄色葡萄球菌的快速检测,并同时进行葡萄球菌蛋白A(staphylococcal protein A,spa)分型和葡萄球菌盒式染色体mec(staphylococcal cassette chromo...
目的·利用纳米孔Cas9靶向测序(nanopore Cas9-targeted sequencing,nCATS)技术实现金黄色葡萄球菌的快速检测,并同时进行葡萄球菌蛋白A(staphylococcal protein A,spa)分型和葡萄球菌盒式染色体mec(staphylococcal cassette chromosome mec,SCCmec)分型。方法·以spa基因和SCCmec基因元件作为靶向测序的2个目标区域(region of interest,ROI),设计4种CRISPR RNA(crRNA),使其构成的Cas9核糖核蛋白(ribonucleoprotein,RNP)能够靶向切割2个ROI两侧的序列;针对每种crRNA设计42 bp的模拟靶标DNA。通过Cas9 RNP切割效率测试,筛选合适的crRNA,优化切割体系,选择切割反应时间和Cas9 RNP合成温度。提取耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)菌株基因组DNA,末端去磷酸化,在切割后的ROI两侧末端加上dA尾,与测序接头连接后利用纳米孔机器进行测序。对测序结果数据的质量值进行分析,并将测得的核酸序列分别与mecA、spa和SCCmec数据库进行比对,根据比对结果判断样本中是否含有金黄色葡萄球菌,是否为MRSA,并同时获得其spa分型和SCCmec分型。结果·共设计出2组crRNA,经电泳图灰度分析,筛选出切割效率更高的一组用于后续实验。切割效率优化结果显示,Cas9 RNP与靶标DNA比例为1∶1,切割反应时间为15 min,Cas9 RNP合成温度为25℃时,Cas9 RNP切割效率可达87.41%。nCATS测序质量值集中在15(Q15)和20(Q20)之间,表明测序准确度约为99%。测序结果与mecA、spa和SCCmec数据库比对后得出菌株样本的spa分型为t2,并且是SCCmecⅡ型。相同菌株样本经PCR扩增后测序和多重PCR验证,结果均与nCATS结果一致。结论·利用nCATS技术能够实现金黄色葡萄球菌的快速检测,并能同时获得spa分型和SCCmec分型。
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关键词
金黄色葡萄球菌
纳米孔Cas9靶向测序
细菌分型
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职称材料
以金纳米溶胶为中间体同时制备阳离子及反相模式整体柱
被引量：
1
2
作者
王雪
高超
+1 位作者
杨栋磊
杨长龙
《分析科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期55-58,共4页
本文以甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)为单体,二甲基丙烯酸乙二酯(EDMA)为交联剂,环己醇和十二醇为致孔剂,过氧化苯甲酰(BPO)为引发剂,制备了有机聚合整体材料基质,利用金纳米粒子(AuNPs)易与巯基基团(-SH)共价键合的特点和有机聚合整体柱...
本文以甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)为单体,二甲基丙烯酸乙二酯(EDMA)为交联剂,环己醇和十二醇为致孔剂,过氧化苯甲酰(BPO)为引发剂,制备了有机聚合整体材料基质,利用金纳米粒子(AuNPs)易与巯基基团(-SH)共价键合的特点和有机聚合整体柱的优点,以半胱胺和金纳米溶胶(AuNPs)为中间体,依次采用2-巯乙基磺酸钠和正十八烷硫醇修饰该柱,制备了表面具有阳离子交换和疏水作用两种模式的整体柱,拓宽了有机聚合物整体柱的应用领域。制备的整体柱适用于不同色谱模式下蛋白质或多肽混合物的分离。
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关键词
有机聚合物整体柱
金纳米粒子
2-巯乙基磺酸钠
正十八烷硫醇
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职称材料
丙烯酸接枝红薯渣/PLA可降解材料的制备及性能研究
被引量：
2
3
作者
杨栋磊
李昭
杨长龙
《化工新型材料》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期164-166,共3页
以丙烯酸(AA)接枝红薯渣(SPS)制得改性红薯渣,再与聚乳酸(PLA)在二甲基亚砜为溶剂的条件下进行共混,制备了一种新型廉价的生物可降解材料。通过红外光谱、X射线衍射、熔融指数及扫描电镜等测试对共聚物进行了表征。通过正交试验优化接...
以丙烯酸(AA)接枝红薯渣(SPS)制得改性红薯渣,再与聚乳酸(PLA)在二甲基亚砜为溶剂的条件下进行共混,制备了一种新型廉价的生物可降解材料。通过红外光谱、X射线衍射、熔融指数及扫描电镜等测试对共聚物进行了表征。通过正交试验优化接枝的最佳条件分别为:M_(AA)/M_(SPS)=3/1,反应温度80℃,反应时间1.5h,硝酸铈铵加入量10mmol/L。对改性SPS/PLA材料分析表明,AA改性后的SPS与PLA的相容性大大提高,SPS含量为50%时混合物熔融指数最高,分子量和黏度都相对较大,混合程度也较均匀。
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关键词
改性红薯渣
接枝共聚
PLA
生物降解材料
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职称材料
题名
基于纳米孔Cas9靶向测序的金黄色葡萄球菌快速检测与分型
1
作者
潘抒凡
杨栋磊
王鹏飞
机构
上海交通大学医学院附属仁济医院
上海交通大学医学院分子医学研究院
出处
《上海交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第6期774-783,共10页
基金
上海地方高水平大学创新团队项目(SHSMU-ZLCX20212602)。
文摘
目的·利用纳米孔Cas9靶向测序(nanopore Cas9-targeted sequencing,nCATS)技术实现金黄色葡萄球菌的快速检测,并同时进行葡萄球菌蛋白A(staphylococcal protein A,spa)分型和葡萄球菌盒式染色体mec(staphylococcal cassette chromosome mec,SCCmec)分型。方法·以spa基因和SCCmec基因元件作为靶向测序的2个目标区域(region of interest,ROI),设计4种CRISPR RNA(crRNA),使其构成的Cas9核糖核蛋白(ribonucleoprotein,RNP)能够靶向切割2个ROI两侧的序列;针对每种crRNA设计42 bp的模拟靶标DNA。通过Cas9 RNP切割效率测试,筛选合适的crRNA,优化切割体系,选择切割反应时间和Cas9 RNP合成温度。提取耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)菌株基因组DNA,末端去磷酸化,在切割后的ROI两侧末端加上dA尾,与测序接头连接后利用纳米孔机器进行测序。对测序结果数据的质量值进行分析,并将测得的核酸序列分别与mecA、spa和SCCmec数据库进行比对,根据比对结果判断样本中是否含有金黄色葡萄球菌,是否为MRSA,并同时获得其spa分型和SCCmec分型。结果·共设计出2组crRNA,经电泳图灰度分析,筛选出切割效率更高的一组用于后续实验。切割效率优化结果显示,Cas9 RNP与靶标DNA比例为1∶1,切割反应时间为15 min,Cas9 RNP合成温度为25℃时,Cas9 RNP切割效率可达87.41%。nCATS测序质量值集中在15(Q15)和20(Q20)之间,表明测序准确度约为99%。测序结果与mecA、spa和SCCmec数据库比对后得出菌株样本的spa分型为t2,并且是SCCmecⅡ型。相同菌株样本经PCR扩增后测序和多重PCR验证,结果均与nCATS结果一致。结论·利用nCATS技术能够实现金黄色葡萄球菌的快速检测,并能同时获得spa分型和SCCmec分型。
关键词
金黄色葡萄球菌
纳米孔Cas9靶向测序
细菌分型
Keywords
Staphylococcus aureus
nanopore Cas9-targeted sequencing(nCATS)
bacterial typing
分类号
R446.5 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
以金纳米溶胶为中间体同时制备阳离子及反相模式整体柱
被引量：
1
2
作者
王雪
高超
杨栋磊
杨长龙
机构
齐齐哈尔大学化学与化学工程学院
出处
《分析科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期55-58,共4页
基金
黑龙江省自然科学基金(No.B200802)
黑龙江省博士后科研启动金(No.LBH-Q08004)
+3 种基金
常州市科技局项目(No.CE20120061)
齐齐哈尔市科委项目(No.GYGG-090013-1)
常州市生物及高分子材料工程技术研究中心项目(No.CM20119079)
齐齐哈尔大学创新创业计划
文摘
本文以甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)为单体,二甲基丙烯酸乙二酯(EDMA)为交联剂,环己醇和十二醇为致孔剂,过氧化苯甲酰(BPO)为引发剂,制备了有机聚合整体材料基质,利用金纳米粒子(AuNPs)易与巯基基团(-SH)共价键合的特点和有机聚合整体柱的优点,以半胱胺和金纳米溶胶(AuNPs)为中间体,依次采用2-巯乙基磺酸钠和正十八烷硫醇修饰该柱,制备了表面具有阳离子交换和疏水作用两种模式的整体柱,拓宽了有机聚合物整体柱的应用领域。制备的整体柱适用于不同色谱模式下蛋白质或多肽混合物的分离。
关键词
有机聚合物整体柱
金纳米粒子
2-巯乙基磺酸钠
正十八烷硫醇
Keywords
Monolithic column
AuNPs
Sodium-2-mercaptoethanesulfonate
1-Octadec anethiol
分类号
O657.72 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
丙烯酸接枝红薯渣/PLA可降解材料的制备及性能研究
被引量：
2
3
作者
杨栋磊
李昭
杨长龙
机构
齐齐哈尔大学化学与化学工程学院
出处
《化工新型材料》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期164-166,共3页
基金
黑龙江省博士后科研启动金(LBH-Q08004)
常州市科技局领军型创业人才创业计划项目(CE20120061)
+2 种基金
齐齐哈尔市科委科学技术计划项目(GYGG-090013-1)
常州市生物基高分子材料工程技术研究中心领军型创业人才创业计划项目(CM20119079)
齐齐哈尔大学创新创业计划(201510221043)
文摘
以丙烯酸(AA)接枝红薯渣(SPS)制得改性红薯渣,再与聚乳酸(PLA)在二甲基亚砜为溶剂的条件下进行共混,制备了一种新型廉价的生物可降解材料。通过红外光谱、X射线衍射、熔融指数及扫描电镜等测试对共聚物进行了表征。通过正交试验优化接枝的最佳条件分别为:M_(AA)/M_(SPS)=3/1,反应温度80℃,反应时间1.5h,硝酸铈铵加入量10mmol/L。对改性SPS/PLA材料分析表明,AA改性后的SPS与PLA的相容性大大提高,SPS含量为50%时混合物熔融指数最高,分子量和黏度都相对较大,混合程度也较均匀。
关键词
改性红薯渣
接枝共聚
PLA
生物降解材料
Keywords
modified sweet potato residue
graft copolymerization
PLA
biodegradable material
分类号
TB34 [一般工业技术—材料科学与工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于纳米孔Cas9靶向测序的金黄色葡萄球菌快速检测与分型
潘抒凡
杨栋磊
王鹏飞
《上海交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
以金纳米溶胶为中间体同时制备阳离子及反相模式整体柱
王雪
高超
杨栋磊
杨长龙
《分析科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
丙烯酸接枝红薯渣/PLA可降解材料的制备及性能研究
杨栋磊
李昭
杨长龙
《化工新型材料》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
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职称材料
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