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牛乳头状瘤病毒贵州株L1基因克隆及生物信息学分析
被引量：
8
1
作者
张海
周碧君
+6 位作者
杨忠成
廖梅
王开功
文明
程振涛
王伟
冯旭芳
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016年第11期2834-2843,共10页
为分析牛乳头状瘤病毒贵州株(BPV-GZ01株)L1基因的分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,本试验对BPV-GZ01株L1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件及方法对BPV-GZ01株L1基因进行序列分析,并对其编码蛋白进行二级...
为分析牛乳头状瘤病毒贵州株(BPV-GZ01株)L1基因的分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,本试验对BPV-GZ01株L1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件及方法对BPV-GZ01株L1基因进行序列分析,并对其编码蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,L1基因序列全长为1 494bp,编码497个氨基酸;与BPV2、BPV2-SW01、BPV2-AKS01、BPV13、BPV1株相应序列核苷酸同源性分别为99.1%、99.8%、99.4%、87.6%和82.8%,氨基酸同源性分别为98.6%、99.4%、98.4%、94.4%和91.3%;系统进化树显示,BPV-GZ01株与BPV2-SW01株亲缘关系最近;L1蛋白二级结构以无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋区域所占比例较大,预测此蛋白可能存在6个B细胞优势抗原表位,无跨膜区域,无信号肽区域;三级结构呈弯曲状螺旋结构。本研究结果将为贵州省BPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。
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关键词
牛乳头状瘤病毒
L1基因
生物信息学分析
蛋白结构预测
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职称材料
题名
牛乳头状瘤病毒贵州株L1基因克隆及生物信息学分析
被引量：
8
1
作者
张海
周碧君
杨忠成
廖梅
王开功
文明
程振涛
王伟
冯旭芳
机构
贵州大学动物科学学院
贵州省动物疫病研究室
贵州省畜禽遗传资源管理站
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016年第11期2834-2843,共10页
基金
贵州省农业委员会科技专项<动物疫病防控能力提升专项>(黔农财[2015]149号)
"贵州省动物疫病防控与兽医公共卫生保障科技创新人才团队"(黔科合人才团队[2015]4016号)
+1 种基金
贵州省黔南州社会发展科技重大计划项目<喀斯特石漠化林草牧综合治理技术研究与示范>[黔南社发科(20140325)]
贵州现代肉牛产业技术体系专项(GZCYTX2015-0302-02)
文摘
为分析牛乳头状瘤病毒贵州株(BPV-GZ01株)L1基因的分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,本试验对BPV-GZ01株L1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件及方法对BPV-GZ01株L1基因进行序列分析,并对其编码蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,L1基因序列全长为1 494bp,编码497个氨基酸;与BPV2、BPV2-SW01、BPV2-AKS01、BPV13、BPV1株相应序列核苷酸同源性分别为99.1%、99.8%、99.4%、87.6%和82.8%,氨基酸同源性分别为98.6%、99.4%、98.4%、94.4%和91.3%;系统进化树显示,BPV-GZ01株与BPV2-SW01株亲缘关系最近;L1蛋白二级结构以无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋区域所占比例较大,预测此蛋白可能存在6个B细胞优势抗原表位,无跨膜区域,无信号肽区域;三级结构呈弯曲状螺旋结构。本研究结果将为贵州省BPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。
关键词
牛乳头状瘤病毒
L1基因
生物信息学分析
蛋白结构预测
Keywords
bovine papillomavirus（BPV）
L1gene
bioinformatics analysis
protein structure prediction
分类号
Q785 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牛乳头状瘤病毒贵州株L1基因克隆及生物信息学分析
张海
周碧君
杨忠成
廖梅
王开功
文明
程振涛
王伟
冯旭芳
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016
8
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