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病原宏基因组测序DNA检测流程性能验证及结果分析
1
作者
杨尚栋
肖洋
+3 位作者
习文
刘哲
王方
王晓琴
《西安交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第1期162-168,共7页
目的 建立病原宏基因组测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)DNA检测流程的性能验证方案。方法 设计参考品并收集临床样本,从检测限、重复性、稳健性、抗干扰能力、特异性和准确性等维度评价mNGS分析性能,以及对不同建...
目的 建立病原宏基因组测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)DNA检测流程的性能验证方案。方法 设计参考品并收集临床样本,从检测限、重复性、稳健性、抗干扰能力、特异性和准确性等维度评价mNGS分析性能,以及对不同建库方式及测序仪性能参数进行评估。结果 参考品内各物种均能稳定检出,mNGS检测限为(5.0E+02)CFU/mL(copies/mL)。重复性符合率100%,批内变异系数(coefficient of variation, CV)介于8.53%~38.73%。病原投入浓度与检出序列数的线性相关系数|r|>0.9,mNGS检测系统具有良好的稳定性。抗干扰实验结果显示,人源核酸浓度越高,mNGS检出病原序列数越少。近缘物种检出序列数比值与实际病原浓度比值接近,具有良好的检测特异性。零病原投入组D0检测结果为阴性。临床样本病原检出准确率为90.9%(10/11)。自动化移液工作站与手工建库的文库质控结果均合格。三台测序仪运行性能参数均满足或优于出厂标准。结论 初步建立了包含参考品设计、不同建库方式比较和测序仪性能参数评价等多方面在内的mNGS DNA检测流程的性能验证方案,可用于mNGS临床实验室分析性能评价及实验过程中的质量保障。
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关键词
病原宏基因组测序(mNGS)
DNA检测
性能验证
参考品
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职称材料
2023—2024年西安市某医院儿童呼吸道病原体流行病学特征分析
2
作者
肖洋
杨尚栋
+2 位作者
习文
刘军辉
王方
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期999-1006,共8页
目的分析2023年7月—2024年6月西安交通大学第一附属医院疑似急性呼吸道感染(ARIS)儿童的病原类型及流行病学特征,为儿童呼吸道感染疾病的精确诊疗及预防控制提供依据。方法采集研究时间段内来院就诊的患儿咽拭子标本共计12169例,其中...
目的分析2023年7月—2024年6月西安交通大学第一附属医院疑似急性呼吸道感染(ARIS)儿童的病原类型及流行病学特征,为儿童呼吸道感染疾病的精确诊疗及预防控制提供依据。方法采集研究时间段内来院就诊的患儿咽拭子标本共计12169例,其中男性患儿6535例,女性患儿5634例,年龄M(Q1,Q3)为6(3,9)岁,应用多重实时荧光定量PCR技术对样本进行6种呼吸道病原体核酸检测。按照性别和年龄进行分组研究,采用χ^(2)检验进行各组间的差异分析,并从时间维度和感染类型角度探究呼吸道病原体的流行特征。结果12169例样本中共检出呼吸道病原体8241例(67.72%),其中病原体单一感染检出6823例(56.07%),多重感染检出1418例(11.65%)。肺炎支原体(MP)检出率位居首位,为21.81%。6种病原体中,仅鼻病毒(HRV)在性别差异上有统计学意义(P=0.003)。不同年龄组病原体检出率差异具有统计学意义(P<0.001),6~14岁组检出率最高(72.49%)。在每月病原体检出率方面,各病原体检出率在不同月份之间均具有统计学差异(均P<0.001),除HRV全年具有2个检出率高峰外,其他5种病原体仅具有1个检出率高峰且高峰月份并不完全重叠。各年龄组每月病原体检出率表现出与总体基本一致的变化趋势,但在全年各个月份,腺病毒(ADV)和MP在3~14岁年龄段均表现出较高的检出率,与之相反呼吸道合胞病毒(RSV)在<3岁年龄段表现出较高的检出率。在8241例呼吸道病原体感染的患儿中,15种双重感染类型的占比情况具有统计学差异(P<0.001),其中ADV+MP双重感染类型占比最高(4.02%)。各年龄组在双重感染类型占比中具有明显差异,HRV+RSV在<1岁组(1.55%)和1~<3岁组(1.77%)均为占比最高的双重感染类型,而ADV+MP则在3~<6岁组(2.94%)和6~14岁组(5.26%)为占比最高的双重感染类型。结论2023—2024年西安地区儿童呼吸道感染以单一病原体感染类型为主,其中MP检出率最高。随着患儿年龄的增长,ADV、乙型流感病毒(FluB)和MP检出率呈增长趋势,而RSV呈现下降趋势;全年除HRV在春秋两季分别具有2个检出率高峰外,其他5种病原体均呈现出在冬春季节“错峰暴发”的趋势。患儿多重感染类型以双重感染多见,HRV+RSV双重感染在婴幼儿群体(<3岁)为优势感染类型,而ADV+MP双重感染在学龄儿童群体(3~14岁)为优势感染类型。
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关键词
急性呼吸道感染(ARIS)
呼吸道病原体
儿童
流行病学特征
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职称材料
题名
病原宏基因组测序DNA检测流程性能验证及结果分析
1
作者
杨尚栋
肖洋
习文
刘哲
王方
王晓琴
机构
西安交通大学第一附属医院检验科
出处
《西安交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025年第1期162-168,共7页
基金
西安市重点产业链技术攻关集群项目(No.24LLRHZDZX0028)。
文摘
目的 建立病原宏基因组测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)DNA检测流程的性能验证方案。方法 设计参考品并收集临床样本,从检测限、重复性、稳健性、抗干扰能力、特异性和准确性等维度评价mNGS分析性能,以及对不同建库方式及测序仪性能参数进行评估。结果 参考品内各物种均能稳定检出,mNGS检测限为(5.0E+02)CFU/mL(copies/mL)。重复性符合率100%,批内变异系数(coefficient of variation, CV)介于8.53%~38.73%。病原投入浓度与检出序列数的线性相关系数|r|>0.9,mNGS检测系统具有良好的稳定性。抗干扰实验结果显示,人源核酸浓度越高,mNGS检出病原序列数越少。近缘物种检出序列数比值与实际病原浓度比值接近,具有良好的检测特异性。零病原投入组D0检测结果为阴性。临床样本病原检出准确率为90.9%(10/11)。自动化移液工作站与手工建库的文库质控结果均合格。三台测序仪运行性能参数均满足或优于出厂标准。结论 初步建立了包含参考品设计、不同建库方式比较和测序仪性能参数评价等多方面在内的mNGS DNA检测流程的性能验证方案,可用于mNGS临床实验室分析性能评价及实验过程中的质量保障。
关键词
病原宏基因组测序(mNGS)
DNA检测
性能验证
参考品
Keywords
metagenomic next-generation sequencing(mNGS)
DNA detection
performance verification
reference material
分类号
R446.5 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
2023—2024年西安市某医院儿童呼吸道病原体流行病学特征分析
2
作者
肖洋
杨尚栋
习文
刘军辉
王方
机构
西安交通大学第一附属医院检验科
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期999-1006,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.81600134)。
文摘
目的分析2023年7月—2024年6月西安交通大学第一附属医院疑似急性呼吸道感染(ARIS)儿童的病原类型及流行病学特征,为儿童呼吸道感染疾病的精确诊疗及预防控制提供依据。方法采集研究时间段内来院就诊的患儿咽拭子标本共计12169例,其中男性患儿6535例,女性患儿5634例,年龄M(Q1,Q3)为6(3,9)岁,应用多重实时荧光定量PCR技术对样本进行6种呼吸道病原体核酸检测。按照性别和年龄进行分组研究,采用χ^(2)检验进行各组间的差异分析,并从时间维度和感染类型角度探究呼吸道病原体的流行特征。结果12169例样本中共检出呼吸道病原体8241例(67.72%),其中病原体单一感染检出6823例(56.07%),多重感染检出1418例(11.65%)。肺炎支原体(MP)检出率位居首位,为21.81%。6种病原体中,仅鼻病毒(HRV)在性别差异上有统计学意义(P=0.003)。不同年龄组病原体检出率差异具有统计学意义(P<0.001),6~14岁组检出率最高(72.49%)。在每月病原体检出率方面,各病原体检出率在不同月份之间均具有统计学差异(均P<0.001),除HRV全年具有2个检出率高峰外,其他5种病原体仅具有1个检出率高峰且高峰月份并不完全重叠。各年龄组每月病原体检出率表现出与总体基本一致的变化趋势,但在全年各个月份,腺病毒(ADV)和MP在3~14岁年龄段均表现出较高的检出率,与之相反呼吸道合胞病毒(RSV)在<3岁年龄段表现出较高的检出率。在8241例呼吸道病原体感染的患儿中,15种双重感染类型的占比情况具有统计学差异(P<0.001),其中ADV+MP双重感染类型占比最高(4.02%)。各年龄组在双重感染类型占比中具有明显差异,HRV+RSV在<1岁组(1.55%)和1~<3岁组(1.77%)均为占比最高的双重感染类型,而ADV+MP则在3~<6岁组(2.94%)和6~14岁组(5.26%)为占比最高的双重感染类型。结论2023—2024年西安地区儿童呼吸道感染以单一病原体感染类型为主,其中MP检出率最高。随着患儿年龄的增长,ADV、乙型流感病毒(FluB)和MP检出率呈增长趋势,而RSV呈现下降趋势;全年除HRV在春秋两季分别具有2个检出率高峰外,其他5种病原体均呈现出在冬春季节“错峰暴发”的趋势。患儿多重感染类型以双重感染多见,HRV+RSV双重感染在婴幼儿群体(<3岁)为优势感染类型,而ADV+MP双重感染在学龄儿童群体(3~14岁)为优势感染类型。
关键词
急性呼吸道感染(ARIS)
呼吸道病原体
儿童
流行病学特征
Keywords
acute respiratory tract infection(ARIS)
respiratory pathogen
child
epidemiological characteristic
分类号
R183.3 [医药卫生—流行病学]
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病原宏基因组测序DNA检测流程性能验证及结果分析
杨尚栋
肖洋
习文
刘哲
王方
王晓琴
《西安交通大学学报(医学版)》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
2023—2024年西安市某医院儿童呼吸道病原体流行病学特征分析
肖洋
杨尚栋
习文
刘军辉
王方
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
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