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珍稀植物日本荚蒾遗传多样性的ISSR分析 被引量:11
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作者 蒋明 应梦豪 +5 位作者 徐丽娜 马佳莹 邬张颖 杨如棉 朱欣 李彦蓉 《浙江大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期100-106,共7页
日本荚蒾是浙江省重点保护野生植物,种群数量极为稀少,仅零星分布于部分海岛。在野外调查的基础上,对8个居群共125份日本荚蒾样品进行了ISSR遗传多样性分析。从100条ISSR通用引物中筛选出7条引物用于ISSR-PCR,共扩增得到240个谱带,其中... 日本荚蒾是浙江省重点保护野生植物,种群数量极为稀少,仅零星分布于部分海岛。在野外调查的基础上,对8个居群共125份日本荚蒾样品进行了ISSR遗传多样性分析。从100条ISSR通用引物中筛选出7条引物用于ISSR-PCR,共扩增得到240个谱带,其中多态性谱带232个。在物种水平上,日本荚蒾的多态性位点百分比(PPB)达96.67%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.2273,Shannon’s信息指数(I)为0.3581,具有较高的遗传多样性;在居群水平上,日本荚蒾的PPB为32.61%,H为0.0731~0.1363,均值为0.1088;I为0.1092~0.2051,均值为0.1642;居群间基因分化系数(Gst)为0.5271,基因流(Nm)为0.4487,遗传距离为0.0982~0.2540;聚类分析结果表明,同一地理来源的日本荚蒾大多聚为一类,呈一定的地域分布规律。日本荚蒾遗传多样性水平高,但主要存在于居群间,岛屿之间的地理隔离可能是遗传分化的主要原因。 展开更多
关键词 日本荚蒾 ISSR 珍稀濒危植物 遗传多样性
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一株甘蓝内生枯草芽孢杆菌16S rDNA序列的克隆与分析 被引量:1
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作者 蒋明 朱欣 +5 位作者 杨如棉 邬张颖 应梦豪 马佳莹 王佳怡 张慧娟 《贵州农业科学》 CAS 2019年第3期73-77,共5页
台州学院生命科学学院实验室前期从甘蓝健康植株中分离到一株内生细菌GL06,为甘蓝内生枯草芽孢杆菌GL06的功能研究和生产应用奠定基础,利用PCR法克隆其16S rDNA序列,并进行生物信息学分析。结果表明:以27F/1492R为PCR引物,扩增到长度为1... 台州学院生命科学学院实验室前期从甘蓝健康植株中分离到一株内生细菌GL06,为甘蓝内生枯草芽孢杆菌GL06的功能研究和生产应用奠定基础,利用PCR法克隆其16S rDNA序列,并进行生物信息学分析。结果表明:以27F/1492R为PCR引物,扩增到长度为1 510bp的16S rDNA序列,序列的GC含量为54%;GL06 16S与枯草芽孢杆菌16S的相似性最高,达99%,仅存在3个碱基差异;GL06与枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌的系统发育树聚为一组。 展开更多
关键词 甘蓝内生细菌 枯草芽孢杆菌 16SrDNA 克隆
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青花菜钙依赖蛋白激酶基因BoCDPK1的克隆与表达 被引量:4
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作者 邬菲帆 王佳怡 +5 位作者 戴晨宇 杨如棉 徐鹏杰 管铭 张慧娟 蒋明 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期624-631,共8页
钙依赖蛋白激酶(calcium-dependent protein kinase,CDPK)为Ca^2+传感蛋白,在植物生长发育和逆境响应中起着重要作用。在克隆青花菜BoCDPK1基因的基础上,开展序列分析、系统发育分析和表达分析,为后续的基因功能鉴定和抗逆育种奠定基础... 钙依赖蛋白激酶(calcium-dependent protein kinase,CDPK)为Ca^2+传感蛋白,在植物生长发育和逆境响应中起着重要作用。在克隆青花菜BoCDPK1基因的基础上,开展序列分析、系统发育分析和表达分析,为后续的基因功能鉴定和抗逆育种奠定基础。该研究以青花菜为材料,利用PCR法克隆1个CDPK基因,利用生物信息学对序列进行分析,并采用qRT-PCR研究该基因在霜霉菌和核盘菌侵染下的表达模式。测序结果表明,BoCDPK1的基因组DNA全长为2 414 bp,具6个内含子,编码区全长为1 647 bp,编码548个氨基酸;BoCDPK1有1个STKc和4个EF手性结构域。多序列比对结果表明,BoCDPK1与芸薹属植物同源序列的相似性最高,仅个别氨基酸残基存在差异,它们在系统发育树上聚于一组。qRT-PCR结果表明,BoCDPK1的表达受霜霉菌和核盘菌的诱导,表达量均呈现先上升后下降的规律。在霜霉菌的诱导下,BoCDPK1的表达量在72 h达最大值,为对照的3.4倍;而在核盘菌侵染下,BoCDPK1的表达量在36 h达最大值。该研究明确了青花菜BoCDPK1基因的序列特点、系统发育关系和表达特征。 展开更多
关键词 青花菜 BoCDPK1 表达 霜霉菌 核盘菌
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日本荚蒾ITS序列的克隆与分析 被引量:1
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作者 应梦豪 马佳莹 +6 位作者 邬张颖 戴晨宇 徐丽娜 杨如棉 朱欣 李彦蓉 蒋明 《贵州农业科学》 CAS 2020年第4期104-109,共6页
为日本荚蒾的分子鉴定及遗传多样性研究提供参考,在克隆日本荚蒾rDNA ITS全长的基础上,利用生物信息学手段明确其序列特征和系统发育关系。结果表明:日本荚蒾的ITS全长为617bp,ITS1、ITS2和5.8S序列长度分别为226bp、227bp和164bp;荚蒾... 为日本荚蒾的分子鉴定及遗传多样性研究提供参考,在克隆日本荚蒾rDNA ITS全长的基础上,利用生物信息学手段明确其序列特征和系统发育关系。结果表明:日本荚蒾的ITS全长为617bp,ITS1、ITS2和5.8S序列长度分别为226bp、227bp和164bp;荚蒾属18种植物的ITS全长为607~617bp,其中ITS1为224~230bp,ITS2为219~227bp;ITS1和ITS2的变异位点各有86个和74个,其中信息位点分别为41个和29个;荚蒾属植物的平均遗传距离为0.062,日本荚蒾和宜昌荚蒾之间的遗传距离最小,在系统发育树上处于同一分支,支持率达99%。 展开更多
关键词 日本荚蒾 内转录间隔区 克隆 序列分析
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