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棉花纤维发育早期RNA-Seq转录组分析
被引量：
8
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作者
李锡花
吴嫚
+5 位作者
于霁雯
张金发
范术丽
宋美珍
庞朝友
喻树迅
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2013年第3期189-196,共8页
为了揭示棉花纤维发育早期基因表达变化情况,本研究以纤维长度存在显著差异的两个陆海回交近交系NMGA-062(32.58 mm)和NMGA-105(27.06 mm)为材料,利用Illumina HiSeqTM 2000对0、3 DPA(Dayspost anthesis)的胚珠及10 DPA的纤维进行RNA-...
为了揭示棉花纤维发育早期基因表达变化情况,本研究以纤维长度存在显著差异的两个陆海回交近交系NMGA-062(32.58 mm)和NMGA-105(27.06 mm)为材料,利用Illumina HiSeqTM 2000对0、3 DPA(Dayspost anthesis)的胚珠及10 DPA的纤维进行RNA-Seq测序。六个文库进行拼接,共得到长度大于200 bp的Unigene 98464个,总长度约为88.2 Mb。对10 DPA的纤维转录组数据进行差异表达分析,共筛选到1931个差异表达基因,1536个Unigene上调,395个Unigene下调。GO(Gene ontology)功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在脂质转移活性(Lipid transport activity)分子功能组和脂质代谢通路(Lipid metabolism pathway),由此推测脂类相关基因可能在纤维伸长发育过程中起重要作用。通过对棉纤维发育10 DPA基因转录水平差异比较分析,为深入开展纤维伸长相关功能基因的克隆和功能验证提供了丰富的资源,并为揭示棉花纤维伸长的机制打下了坚实的基础。
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关键词
棉纤维发育早期
RNA-SEQ
QRT-PCR
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职称材料
不敢买书
2
作者
李锡花
《职业技术教育》
北大核心
1999年第12期59-59,共1页
关键词
好书
精神
描写
人生哲学
妓女生活
享乐主义
感官刺激
内容层次
政府官员
藏书
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职称材料
题名
棉花纤维发育早期RNA-Seq转录组分析
被引量：
8
1
作者
李锡花
吴嫚
于霁雯
张金发
范术丽
宋美珍
庞朝友
喻树迅
机构
西北农林科技大学
中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2013年第3期189-196,共8页
基金
国家973计划(2010CB126006)
国家863计划(2012AA101108-02-03)
文摘
为了揭示棉花纤维发育早期基因表达变化情况,本研究以纤维长度存在显著差异的两个陆海回交近交系NMGA-062(32.58 mm)和NMGA-105(27.06 mm)为材料,利用Illumina HiSeqTM 2000对0、3 DPA(Dayspost anthesis)的胚珠及10 DPA的纤维进行RNA-Seq测序。六个文库进行拼接,共得到长度大于200 bp的Unigene 98464个,总长度约为88.2 Mb。对10 DPA的纤维转录组数据进行差异表达分析,共筛选到1931个差异表达基因,1536个Unigene上调,395个Unigene下调。GO(Gene ontology)功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在脂质转移活性(Lipid transport activity)分子功能组和脂质代谢通路(Lipid metabolism pathway),由此推测脂类相关基因可能在纤维伸长发育过程中起重要作用。通过对棉纤维发育10 DPA基因转录水平差异比较分析,为深入开展纤维伸长相关功能基因的克隆和功能验证提供了丰富的资源,并为揭示棉花纤维伸长的机制打下了坚实的基础。
关键词
棉纤维发育早期
RNA-SEQ
QRT-PCR
Keywords
early developing cotton fiber
RNA-Seq
qRT-PCR
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
不敢买书
2
作者
李锡花
机构
兰州职业技术学校
出处
《职业技术教育》
北大核心
1999年第12期59-59,共1页
关键词
好书
精神
描写
人生哲学
妓女生活
享乐主义
感官刺激
内容层次
政府官员
藏书
分类号
I267 [文学—中国文学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
棉花纤维发育早期RNA-Seq转录组分析
李锡花
吴嫚
于霁雯
张金发
范术丽
宋美珍
庞朝友
喻树迅
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2013
8
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职称材料
2
不敢买书
李锡花
《职业技术教育》
北大核心
1999
0
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职称材料
已选择
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参考文献
引证文献
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