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基于TCGA和ICGC构建和验证肝细胞癌肿瘤微环境相关基因的预后风险模型
被引量：
1
1
作者
李绍智
梁维仁
+1 位作者
郭金友
郑家平
《浙江临床医学》
2022年第11期1585-1589,共5页
目目的探讨肿瘤微环境(TME)相关基因与肝细胞癌(HCC)预后的相关性,构建和验证HCC患者预后风险评估模型,寻找HCC预后相关的潜在生物标志物。方法收集来自癌症基因图谱(TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(ICGC,LIRI-JP)中HCC患者的转录组表达...
目目的探讨肿瘤微环境(TME)相关基因与肝细胞癌(HCC)预后的相关性,构建和验证HCC患者预后风险评估模型,寻找HCC预后相关的潜在生物标志物。方法收集来自癌症基因图谱(TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(ICGC,LIRI-JP)中HCC患者的转录组表达矩阵。对4,061个TME相关基因行Cox回归、Lasso回归等筛选TME相关关键基因并构建风险预测模型(TMEScore),在多个数据集中检验其预测性能。结果非负矩阵分解结果揭示HCC可以分成两个分子亚群。通过Lasso回归,两个关键的TME预后基因(CDCA8和CBX2)被过滤和筛选。基于这两个基因构建的风险模型能良好区分训练集、测试集、整个TCGA集和ICGC数据集中的患者预后。该TMEScore在亚组分析中也展现较好的预后价值。整合临床参数和TMEScore的列线图对预测患者的预后展现出良好的拟合性。TMEScore与免疫检查点、DNA复制、错配修复和上皮-间质转化相关基因呈正相关,且TMEScore与免疫细胞水平也明显相关。结论基于CDCA8和CBX2建立的TMEScore可以作为HCC的独立预后指标,且这两个基因可能是HCC治疗的潜在靶点。
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关键词
肝细胞癌
肿瘤微环境预后
癌症基因图谱
国际肿瘤基因组协作组
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职称材料
题名
基于TCGA和ICGC构建和验证肝细胞癌肿瘤微环境相关基因的预后风险模型
被引量：
1
1
作者
李绍智
梁维仁
郭金友
郑家平
机构
浙江省玉环市第二人民医院
中国科学院大学附属肿瘤医院(浙江省肿瘤医院)
出处
《浙江临床医学》
2022年第11期1585-1589,共5页
文摘
目目的探讨肿瘤微环境(TME)相关基因与肝细胞癌(HCC)预后的相关性,构建和验证HCC患者预后风险评估模型,寻找HCC预后相关的潜在生物标志物。方法收集来自癌症基因图谱(TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(ICGC,LIRI-JP)中HCC患者的转录组表达矩阵。对4,061个TME相关基因行Cox回归、Lasso回归等筛选TME相关关键基因并构建风险预测模型(TMEScore),在多个数据集中检验其预测性能。结果非负矩阵分解结果揭示HCC可以分成两个分子亚群。通过Lasso回归,两个关键的TME预后基因(CDCA8和CBX2)被过滤和筛选。基于这两个基因构建的风险模型能良好区分训练集、测试集、整个TCGA集和ICGC数据集中的患者预后。该TMEScore在亚组分析中也展现较好的预后价值。整合临床参数和TMEScore的列线图对预测患者的预后展现出良好的拟合性。TMEScore与免疫检查点、DNA复制、错配修复和上皮-间质转化相关基因呈正相关,且TMEScore与免疫细胞水平也明显相关。结论基于CDCA8和CBX2建立的TMEScore可以作为HCC的独立预后指标,且这两个基因可能是HCC治疗的潜在靶点。
关键词
肝细胞癌
肿瘤微环境预后
癌症基因图谱
国际肿瘤基因组协作组
Keywords
Hepatocellular carcinoma
Tumor microenvironment
Prognosis
TCGA
ICGC
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于TCGA和ICGC构建和验证肝细胞癌肿瘤微环境相关基因的预后风险模型
李绍智
梁维仁
郭金友
郑家平
《浙江临床医学》
2022
1
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