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基于高通量测序技术探究糖尿病足与健康人组织DNA中的5-羟甲基胞嘧啶变化
被引量：
1
1
作者
马睿瑶
赵景会
+3 位作者
储金林
铁璐
李念东
李琳琳
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2022年第12期1268-1273,共6页
目的 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)作为表观遗传物质被广泛研究,但在糖尿病足的研究中较少。文中旨在研究糖尿病足患者(DFU)和健康志愿者组织基因组DNA中的5hmC的差异变化。方法 收集2021年1~12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者组织6...
目的 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)作为表观遗传物质被广泛研究,但在糖尿病足的研究中较少。文中旨在研究糖尿病足患者(DFU)和健康志愿者组织基因组DNA中的5hmC的差异变化。方法 收集2021年1~12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者组织6例(DFU组)和Normal组织3例(对照组)。提取组织DNA,使用5hmC-Seal技术建立文库和Illumina高通量测序技术测序,筛选差异羟甲基化修饰基因(DhMGs)。采用STRING数据库构建蛋白互作网络,通过Cytoscape3.9.0软件绘制DhMGs的调控网络,并通过CytoHubba功能筛选出关键枢纽基因(Hub基因),采用DAVID数据库对Hub基因进行GO及KEGG富集分析,最后使用qRT-PCR和免疫组化进行验证。结果 共有166个上调基因和262个下调基因,其中包括NDUFB6、GALR1、GDAP1等已知的与糖尿病并发症相关的基因。DhMGs主要分布在内含子、基因间和启动子区域。通过CytoHubba分析可得到10个Hub DhMGs,分别是MAPK14、MAPK11、CDC42、MAP3K1、NCOA1、RAP1B、AGO4、RUNX1、HIF1A、PHC3。对10个Hub基因进行富集分析,在生物过程中涉及到VEGFR信号通路、Ras蛋白信号转导、肌细胞分化的正向调节以及与免疫相关的白细胞介素12分泌的正向调节等;在细胞成分中主要与细胞质、胞液等相关;在分子功能中主要有细分化调控、血管内皮生长因子受体信号通路、髓样细胞分化调控等功能。KEGG分析显示Hub基因主要富集于白细胞跨内皮细胞迁移、有丝分裂原活化蛋白激酶信号通路等。最后通过qRT-PCR和免疫组化实验得出MAPK11和CDC42在DFU组织中的表达水平均明显升高(P<0.05)。结论 糖尿病足和健康人组织DNA的5hmC修饰具有差异,MAPK11和CDC42可能成为DFU潜在的治疗靶点。
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关键词
糖尿病足
5-羟甲基胞嘧啶
有丝分裂原活化蛋白激酶14
有丝分裂原活化蛋白激酶11
细胞分裂周期因子42
在线阅读
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职称材料
“我以我绿荐轩辕”
2
作者
李念东
《林业经济》
CSSCI
北大核心
2003年第2期58-60,共3页
那一抹令人心醉的绿色 2002年9月,恰逢'一年好景君须记,最是橙黄橘绿时'.大庆市政府代表团从祖国的东北角来到西北边陲的乌鲁木齐.此行的一个主要考察点就是新疆山川秀丽生物有限公司董事长兼总经理唐天成所引种培育的天香2000...
那一抹令人心醉的绿色 2002年9月,恰逢'一年好景君须记,最是橙黄橘绿时'.大庆市政府代表团从祖国的东北角来到西北边陲的乌鲁木齐.此行的一个主要考察点就是新疆山川秀丽生物有限公司董事长兼总经理唐天成所引种培育的天香2000速生草和它即将'引爆'的一场绿色革命.
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关键词
新疆山川秀丽生物有限公司
唐天成
天香2000速生草
畜牧业
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职称材料
德州市农作物病虫害专业化防控体系建设探讨
3
作者
张淑华
战德亮
+1 位作者
李念东
王昭
《现代农业科技》
2020年第18期123-124,共2页
在介绍农作物病虫害专业化防控体系建设必要性的基础上,提出主要研究内容、技术路线、具体措施,并对具体应用效果进行了测定,以期为农作物病虫害的统防统治提供参考。
关键词
农作物病虫害
统防统治
必要性
技术路线
具体措施
山东德州
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职称材料
题名
基于高通量测序技术探究糖尿病足与健康人组织DNA中的5-羟甲基胞嘧啶变化
被引量：
1
1
作者
马睿瑶
赵景会
储金林
铁璐
李念东
李琳琳
机构
新疆医科大学药学院
北京大学第三附属医院伤口治疗中心
北京大学基础医学院
新疆医科大学医学工程学院
出处
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2022年第12期1268-1273,共6页
基金
新疆维吾尔自治区高校科研计划(XJEDU2021I017)。
文摘
目的 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)作为表观遗传物质被广泛研究,但在糖尿病足的研究中较少。文中旨在研究糖尿病足患者(DFU)和健康志愿者组织基因组DNA中的5hmC的差异变化。方法 收集2021年1~12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者组织6例(DFU组)和Normal组织3例(对照组)。提取组织DNA,使用5hmC-Seal技术建立文库和Illumina高通量测序技术测序,筛选差异羟甲基化修饰基因(DhMGs)。采用STRING数据库构建蛋白互作网络,通过Cytoscape3.9.0软件绘制DhMGs的调控网络,并通过CytoHubba功能筛选出关键枢纽基因(Hub基因),采用DAVID数据库对Hub基因进行GO及KEGG富集分析,最后使用qRT-PCR和免疫组化进行验证。结果 共有166个上调基因和262个下调基因,其中包括NDUFB6、GALR1、GDAP1等已知的与糖尿病并发症相关的基因。DhMGs主要分布在内含子、基因间和启动子区域。通过CytoHubba分析可得到10个Hub DhMGs,分别是MAPK14、MAPK11、CDC42、MAP3K1、NCOA1、RAP1B、AGO4、RUNX1、HIF1A、PHC3。对10个Hub基因进行富集分析,在生物过程中涉及到VEGFR信号通路、Ras蛋白信号转导、肌细胞分化的正向调节以及与免疫相关的白细胞介素12分泌的正向调节等;在细胞成分中主要与细胞质、胞液等相关;在分子功能中主要有细分化调控、血管内皮生长因子受体信号通路、髓样细胞分化调控等功能。KEGG分析显示Hub基因主要富集于白细胞跨内皮细胞迁移、有丝分裂原活化蛋白激酶信号通路等。最后通过qRT-PCR和免疫组化实验得出MAPK11和CDC42在DFU组织中的表达水平均明显升高(P<0.05)。结论 糖尿病足和健康人组织DNA的5hmC修饰具有差异,MAPK11和CDC42可能成为DFU潜在的治疗靶点。
关键词
糖尿病足
5-羟甲基胞嘧啶
有丝分裂原活化蛋白激酶14
有丝分裂原活化蛋白激酶11
细胞分裂周期因子42
Keywords
Diabetic foot
5-hydroxymethylcytosine
MAPK14
MAPK11
CDC42
分类号
R587.1 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
“我以我绿荐轩辕”
2
作者
李念东
机构
新疆山川秀丽生物有限公司
出处
《林业经济》
CSSCI
北大核心
2003年第2期58-60,共3页
文摘
那一抹令人心醉的绿色 2002年9月,恰逢'一年好景君须记,最是橙黄橘绿时'.大庆市政府代表团从祖国的东北角来到西北边陲的乌鲁木齐.此行的一个主要考察点就是新疆山川秀丽生物有限公司董事长兼总经理唐天成所引种培育的天香2000速生草和它即将'引爆'的一场绿色革命.
关键词
新疆山川秀丽生物有限公司
唐天成
天香2000速生草
畜牧业
分类号
F326.2 [经济管理—产业经济]
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职称材料
题名
德州市农作物病虫害专业化防控体系建设探讨
3
作者
张淑华
战德亮
李念东
王昭
机构
山东省德州市农业保护与技术推广中心
山东农业大学植物保护学院
出处
《现代农业科技》
2020年第18期123-124,共2页
文摘
在介绍农作物病虫害专业化防控体系建设必要性的基础上,提出主要研究内容、技术路线、具体措施,并对具体应用效果进行了测定,以期为农作物病虫害的统防统治提供参考。
关键词
农作物病虫害
统防统治
必要性
技术路线
具体措施
山东德州
分类号
S477 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于高通量测序技术探究糖尿病足与健康人组织DNA中的5-羟甲基胞嘧啶变化
马睿瑶
赵景会
储金林
铁璐
李念东
李琳琳
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2022
1
在线阅读
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职称材料
2
“我以我绿荐轩辕”
李念东
《林业经济》
CSSCI
北大核心
2003
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
德州市农作物病虫害专业化防控体系建设探讨
张淑华
战德亮
李念东
王昭
《现代农业科技》
2020
0
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职称材料
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