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基因条码在条斑紫菜(Pyropia yezoensis)不同品系间种质鉴定中的适用性
1
作者
曹殿嘉
严兴洪
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2016年第3期114-119,共6页
为寻找适宜的条斑紫菜(Pyropia yezoensis)品系间种质分子标记鉴定法,利用4种基因条码(RUBISCO Spacer、UPA、Cox2-3和ITS-5.8S)对产自中国和日本的6个条斑紫菜品系的亲缘关系进行了分析研究。结果显示,在6个条斑紫菜品系中,上述4种基...
为寻找适宜的条斑紫菜(Pyropia yezoensis)品系间种质分子标记鉴定法,利用4种基因条码(RUBISCO Spacer、UPA、Cox2-3和ITS-5.8S)对产自中国和日本的6个条斑紫菜品系的亲缘关系进行了分析研究。结果显示,在6个条斑紫菜品系中,上述4种基因条码的序列同源性较高,同源性为97.8%–100%,其中,RUBISCO Spacer序列的同源性为100%。UPA序列的同源性分析结果显示,在中国产的LS、B4、HT和TM18品系中,该序列完全相同,但与日本产的GT和ROS-2两个品系的序列有差异,该序列的同源性为99.2%。在6个品系中,Cox2-3和ITS-5.8S序列的同源性相对较低,分别为97.8%–99.2%和98.4%–99.8%。根据UPA、Cox2-3和ITS-5.8S基因条码通过邻接法构建的系统进化树显示,依据ITS-5.8S和UPA序列均能分别区分中国产的4个品系(LS、B4、HT和TM18)与日本产的两个品系(GT和ROS-2),分别形成两个大分支,其聚类结果与实际亲缘关系一致。但利用ITS-5.8S序列均能对中国产的4个品系和日本产的两个品系进行再区分,而利用UPA序列却无法对中国产的4个品系进行再区分,只能区分日本产的两个品系。使用Cox2-3序列则将GT、ROS-2、LS和TM18这4个品系聚成一个大分支,其聚类结果与实际亲缘关系不一致。上述结果说明,利用ITS-5.8S序列对本研究的6个条斑紫菜品系进行种质鉴定,效果最好。
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关键词
条斑紫菜
基因条码
品系
种质鉴定
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题名
基因条码在条斑紫菜(Pyropia yezoensis)不同品系间种质鉴定中的适用性
1
作者
曹殿嘉
严兴洪
机构
上海海洋大学水产与生命学院
上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室
出处
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2016年第3期114-119,共6页
基金
国家高科技研究发展计划(863计划)项目(2012AA10A411)
国家自然科学基金项目(31072208)
+7 种基金
国家海洋局公益专项(201105008
201105023)
国家农业科技成果转化资金项目(2013GB2C220537)
农业部公益性专项(200903030)
上海市科委重点科技攻关项目(10391901100)
上海高校水产学一流学科建设项目
福建省科技重大专项(2011NZ0001-1)
福建省省长专项基金(2014S1477-10)共同资助
文摘
为寻找适宜的条斑紫菜(Pyropia yezoensis)品系间种质分子标记鉴定法,利用4种基因条码(RUBISCO Spacer、UPA、Cox2-3和ITS-5.8S)对产自中国和日本的6个条斑紫菜品系的亲缘关系进行了分析研究。结果显示,在6个条斑紫菜品系中,上述4种基因条码的序列同源性较高,同源性为97.8%–100%,其中,RUBISCO Spacer序列的同源性为100%。UPA序列的同源性分析结果显示,在中国产的LS、B4、HT和TM18品系中,该序列完全相同,但与日本产的GT和ROS-2两个品系的序列有差异,该序列的同源性为99.2%。在6个品系中,Cox2-3和ITS-5.8S序列的同源性相对较低,分别为97.8%–99.2%和98.4%–99.8%。根据UPA、Cox2-3和ITS-5.8S基因条码通过邻接法构建的系统进化树显示,依据ITS-5.8S和UPA序列均能分别区分中国产的4个品系(LS、B4、HT和TM18)与日本产的两个品系(GT和ROS-2),分别形成两个大分支,其聚类结果与实际亲缘关系一致。但利用ITS-5.8S序列均能对中国产的4个品系和日本产的两个品系进行再区分,而利用UPA序列却无法对中国产的4个品系进行再区分,只能区分日本产的两个品系。使用Cox2-3序列则将GT、ROS-2、LS和TM18这4个品系聚成一个大分支,其聚类结果与实际亲缘关系不一致。上述结果说明,利用ITS-5.8S序列对本研究的6个条斑紫菜品系进行种质鉴定,效果最好。
关键词
条斑紫菜
基因条码
品系
种质鉴定
Keywords
Pyropia yezoensis
DNA barcodings
Strains
Germplasm identification
分类号
Q949.292.1 [生物学—植物学]
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题名
作者
出处
发文年
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1
基因条码在条斑紫菜(Pyropia yezoensis)不同品系间种质鉴定中的适用性
曹殿嘉
严兴洪
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2016
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