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基于转录组数据挖掘外源褪黑激素影响水貂卵巢发育的分子机制
1
作者
高娅薇
彭弟
+3 位作者
孙朝阳
晏子越
崔凯
马泽芳
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期607-618,共12页
旨在探究外源褪黑激素(melatonin,MLT)影响水貂卵巢发育的分子机制。本研究随机选取相同饲养条件下、体重相似的200只3月龄健康白色雌性水貂,均分为试验组和对照组。试验组埋植1粒含MLT 18 mg·粒-1的埋植剂,对照组埋植1粒不含MLT...
旨在探究外源褪黑激素(melatonin,MLT)影响水貂卵巢发育的分子机制。本研究随机选取相同饲养条件下、体重相似的200只3月龄健康白色雌性水貂,均分为试验组和对照组。试验组埋植1粒含MLT 18 mg·粒-1的埋植剂,对照组埋植1粒不含MLT的空粒,当水貂处于准备配种期时随机采集试验组和对照组各4只水貂的卵巢,然后采用Trizol法进行总RNA提取,构建cDNA文库,并利用Illumina平台测序后进行生物信息学分析,对差异表达基因进行GO功能分类和KEGG通路注释,寻找MLT调控卵巢发育的相关候选基因和代谢通路。为进一步验证测序数据的可靠性,随机选取6个差异表达基因进行qPCR验证。转录组结果显示,试验组和对照组的SNPs位点均在120000个以上,且均主要出现在基因区,两组的SNP突变类型均为转换型多于颠换型和杂合型;试验组与对照组相比,差异表达基因发生SE事件的数量最多;本试验共获得9631个新基因,其中有1323个、1317个新基因分别注释到TrEMBL和NR数据库,注释比例明显高于其他数据。试验组与对照组相比共发现206个差异表达基因(其中有36个未被注释的基因),69个为上调基因,137个为下调基因;GO功能富集显示,共计7个差异表达基因富集于生殖过程;KEGG通路富集结果显示,共计7个差异表达基因富集于5条与繁殖相关的通路。综合GO功能分类和KEGG通路注释结果分析,共筛选得到4个与MLT影响卵巢发育相关的候选基因,均为上调基因,分别是KRT19、GSTT1、ALAS 1和NR 4A1。本研究通过对MLT埋植和未埋植MLT的准备配种期水貂卵巢进行转录组学分析,挖掘出MLT可能通过调节KRT19、GSTT1、ALAS1、NR 4A1等基因促进卵巢发育,研究结果对水貂的育种工作提供了理论基础。
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关键词
水貂
褪黑激素
转录组
卵巢发育
差异表达基因
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题名
基于转录组数据挖掘外源褪黑激素影响水貂卵巢发育的分子机制
1
作者
高娅薇
彭弟
孙朝阳
晏子越
崔凯
马泽芳
机构
青岛农业大学动物科技学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期607-618,共12页
基金
山东省现代农业产业技术体系特种经济动物创新团队项目(SDAIT-21-01)
特种家畜遗传资源普查技术支持与服务项目(19211008)。
文摘
旨在探究外源褪黑激素(melatonin,MLT)影响水貂卵巢发育的分子机制。本研究随机选取相同饲养条件下、体重相似的200只3月龄健康白色雌性水貂,均分为试验组和对照组。试验组埋植1粒含MLT 18 mg·粒-1的埋植剂,对照组埋植1粒不含MLT的空粒,当水貂处于准备配种期时随机采集试验组和对照组各4只水貂的卵巢,然后采用Trizol法进行总RNA提取,构建cDNA文库,并利用Illumina平台测序后进行生物信息学分析,对差异表达基因进行GO功能分类和KEGG通路注释,寻找MLT调控卵巢发育的相关候选基因和代谢通路。为进一步验证测序数据的可靠性,随机选取6个差异表达基因进行qPCR验证。转录组结果显示,试验组和对照组的SNPs位点均在120000个以上,且均主要出现在基因区,两组的SNP突变类型均为转换型多于颠换型和杂合型;试验组与对照组相比,差异表达基因发生SE事件的数量最多;本试验共获得9631个新基因,其中有1323个、1317个新基因分别注释到TrEMBL和NR数据库,注释比例明显高于其他数据。试验组与对照组相比共发现206个差异表达基因(其中有36个未被注释的基因),69个为上调基因,137个为下调基因;GO功能富集显示,共计7个差异表达基因富集于生殖过程;KEGG通路富集结果显示,共计7个差异表达基因富集于5条与繁殖相关的通路。综合GO功能分类和KEGG通路注释结果分析,共筛选得到4个与MLT影响卵巢发育相关的候选基因,均为上调基因,分别是KRT19、GSTT1、ALAS 1和NR 4A1。本研究通过对MLT埋植和未埋植MLT的准备配种期水貂卵巢进行转录组学分析,挖掘出MLT可能通过调节KRT19、GSTT1、ALAS1、NR 4A1等基因促进卵巢发育,研究结果对水貂的育种工作提供了理论基础。
关键词
水貂
褪黑激素
转录组
卵巢发育
差异表达基因
Keywords
mink
melatonin
transcriptome
ovarian development
differentially expressed genes
分类号
S814 [农业科学—畜牧学]
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作者
出处
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1
基于转录组数据挖掘外源褪黑激素影响水貂卵巢发育的分子机制
高娅薇
彭弟
孙朝阳
晏子越
崔凯
马泽芳
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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