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基于网络药理学和分子对接探讨蒺藜治疗白癜风的作用机制
被引量:
2
1
作者
彭怡
李伟佳
+7 位作者
黄巧
胡敏
潘素跃
王朴
戚嘉慧
江千帆
刘凌宇
何玉清
《皮肤性病诊疗学杂志》
2024年第3期180-189,共10页
目的基于网络药理学的方法,探讨蒺藜治疗白癜风的作用机制。方法将口服生物利用度(OB)和类药性(DL)这两项筛选标准分别设定为OB≥30%和DL≥0.18,使用Cytoscape 3.9.1软件,通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)、OMIM、Swiss Target ...
目的基于网络药理学的方法,探讨蒺藜治疗白癜风的作用机制。方法将口服生物利用度(OB)和类药性(DL)这两项筛选标准分别设定为OB≥30%和DL≥0.18,使用Cytoscape 3.9.1软件,通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)、OMIM、Swiss Target Prediction和GeneCards等多种主流数据库,筛选出蒺藜主要活性成分的作用靶点基因并构建“活性成分-作用靶点”网络,再将蒺藜主要活性成分的作用靶点基因与白癜风疾病靶点基因取交集,构建蒺藜治疗白癜风的“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络。将交集作用靶点分别导入至STRING平台用以构建蛋白质相互作用(PPI)网络,导入DAVID数据库用以进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用有机小分子生物活性数据库(PubChem)和蛋白质结构数据库(PBD)找出药物关键成分的小分子结构和疾病蛋白结构,设置受体与配体后对两者进行分子对接。结果筛选出12种活性成分,包括山奈酚、蒺藜酰胺、异鼠李素、谷甾醇等,该活性成分可能在对应的71个靶点上发挥功效。依赖PPI网络分析,挖掘出RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、雌激素受体1(ESR1)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、造血前列腺素D合酶(HPGDS)、胱天蛋白酶3(CASP3)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)等10个主要靶标。这些潜在的靶标参与细胞凋亡、肽基丝氨酸磷酸化、细胞对活性氧的响应等众多生物过程,其中包含多种信号通路,如细胞凋亡、肿瘤坏死因子信号通路、活性氧信号通路等。分子对接结果显示山奈酚、异鼠李素等主要活性成分与核心作用靶点AKT1、TNF、ESR1对接结合稳定,证明其核心成分可以通过结合多个核心蛋白,作用于关键靶点发挥调控作用。结论蒺藜可能通过调节炎症、细胞凋亡、免疫功能、氧化应激等多个途径,来发挥对白癜风的治疗功效。
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关键词
蒺藜
白癜风
网络药理学
炎症
细胞凋亡
氧化应激
作用机制
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职称材料
银屑病发病关键基因筛选、与免疫细胞浸润关系及有治疗潜力的中药预测
被引量:
1
2
作者
潘素跃
王朴
+7 位作者
黄巧
胡敏
彭怡
李伟佳
戚嘉慧
刘凌宇
江千帆
何玉清
《山东医药》
CAS
2023年第27期37-42,共6页
目的筛选银屑病发病关键基因,分析银屑病发病关键基因与免疫细胞浸润水平之间的关系,并筛选对银屑病有治疗潜力的中药,为研究银屑病的发病原因、发病机制提供参考。方法在GEO数据库检索银屑病基因芯片,筛选出银屑病差异共表达基因(DEGs)...
目的筛选银屑病发病关键基因,分析银屑病发病关键基因与免疫细胞浸润水平之间的关系,并筛选对银屑病有治疗潜力的中药,为研究银屑病的发病原因、发病机制提供参考。方法在GEO数据库检索银屑病基因芯片,筛选出银屑病差异共表达基因(DEGs);通过WGCNA包筛选出银屑病相关性最高的基因模块;将获取的银屑病DEG s与银屑病相关性最高的模块取交集,获得银屑病高度相关DEG s,并对其进行GO分析、KEGG分析。采用MCC、DEGREE、EPC和CLOSENESS算法从银屑病高度相关DEG s中筛选出与银屑病相关性更强的DEGs为银屑病发病关键基因。利用CIBERSORT反卷积法、Pearson相关分析银屑病发病关键基因与免疫浸润细胞比例的关系。通过将银屑病发病关键基因映射至COREMINE medical数据库,筛选出对银屑病有治疗潜力的中药。结果共筛选出348个DEG s。GO富集分析显示DEGs主要富集在对外部生物刺激的反应、线粒体蛋白复合体、内肽酶活性、丝氨酸型肽酶活性等方面;KEGG富集分析显示其主要涉及NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、P53信号通路、IL-17信号通路等与银屑病发病相关的信号通路。最终得到了PCNA、CXCL8、S100A9、CCNB1四个银屑病发病关键基因。银屑病发病关键基因PCNA和CCNB1与中性粒细胞和活化的树突状细胞均呈正相关性,S100A9和CXCL8与单核细胞均呈负相关性(P均<0.05)。有银屑病治疗潜力的中药为朴花、大黄等。结论银屑病的四个关键基因PCNA、CXCL8、S100A9、CCNB1均与免疫浸润细胞比例存在较强相关性;对银屑病具有治疗潜力的中药为厚朴花、大黄。
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关键词
银屑病
差异表达基因
免疫浸润细胞
中药材
反卷积法
生物信息学
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职称材料
题名
基于网络药理学和分子对接探讨蒺藜治疗白癜风的作用机制
被引量:
2
1
作者
彭怡
李伟佳
黄巧
胡敏
潘素跃
王朴
戚嘉慧
江千帆
刘凌宇
何玉清
机构
广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系
东莞市寮步医院
出处
《皮肤性病诊疗学杂志》
2024年第3期180-189,共10页
基金
国家自然科学基金(81773312)
广东省“扬帆计划引进紧缺拔尖”人才项目(201433005)
广东省东莞市社会发展科技重点项目(20211800905552)。
文摘
目的基于网络药理学的方法,探讨蒺藜治疗白癜风的作用机制。方法将口服生物利用度(OB)和类药性(DL)这两项筛选标准分别设定为OB≥30%和DL≥0.18,使用Cytoscape 3.9.1软件,通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)、OMIM、Swiss Target Prediction和GeneCards等多种主流数据库,筛选出蒺藜主要活性成分的作用靶点基因并构建“活性成分-作用靶点”网络,再将蒺藜主要活性成分的作用靶点基因与白癜风疾病靶点基因取交集,构建蒺藜治疗白癜风的“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络。将交集作用靶点分别导入至STRING平台用以构建蛋白质相互作用(PPI)网络,导入DAVID数据库用以进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用有机小分子生物活性数据库(PubChem)和蛋白质结构数据库(PBD)找出药物关键成分的小分子结构和疾病蛋白结构,设置受体与配体后对两者进行分子对接。结果筛选出12种活性成分,包括山奈酚、蒺藜酰胺、异鼠李素、谷甾醇等,该活性成分可能在对应的71个靶点上发挥功效。依赖PPI网络分析,挖掘出RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、雌激素受体1(ESR1)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、造血前列腺素D合酶(HPGDS)、胱天蛋白酶3(CASP3)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)等10个主要靶标。这些潜在的靶标参与细胞凋亡、肽基丝氨酸磷酸化、细胞对活性氧的响应等众多生物过程,其中包含多种信号通路,如细胞凋亡、肿瘤坏死因子信号通路、活性氧信号通路等。分子对接结果显示山奈酚、异鼠李素等主要活性成分与核心作用靶点AKT1、TNF、ESR1对接结合稳定,证明其核心成分可以通过结合多个核心蛋白,作用于关键靶点发挥调控作用。结论蒺藜可能通过调节炎症、细胞凋亡、免疫功能、氧化应激等多个途径,来发挥对白癜风的治疗功效。
关键词
蒺藜
白癜风
网络药理学
炎症
细胞凋亡
氧化应激
作用机制
Keywords
Tribulus terrestris
vitiligo
network pharmacology
inflammation
cell apoptosis
oxidative stress
action mechanism
分类号
R285 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
银屑病发病关键基因筛选、与免疫细胞浸润关系及有治疗潜力的中药预测
被引量:
1
2
作者
潘素跃
王朴
黄巧
胡敏
彭怡
李伟佳
戚嘉慧
刘凌宇
江千帆
何玉清
机构
广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广东医科大学医学系统生物学研究所
东莞市寮步医院皮肤科
出处
《山东医药》
CAS
2023年第27期37-42,共6页
基金
国家自然科学基金(81773312)
广东省“扬帆计划引进紧缺拔尖”人才项目(201433005)
东莞市社会发展重点项目(20211800905552)。
文摘
目的筛选银屑病发病关键基因,分析银屑病发病关键基因与免疫细胞浸润水平之间的关系,并筛选对银屑病有治疗潜力的中药,为研究银屑病的发病原因、发病机制提供参考。方法在GEO数据库检索银屑病基因芯片,筛选出银屑病差异共表达基因(DEGs);通过WGCNA包筛选出银屑病相关性最高的基因模块;将获取的银屑病DEG s与银屑病相关性最高的模块取交集,获得银屑病高度相关DEG s,并对其进行GO分析、KEGG分析。采用MCC、DEGREE、EPC和CLOSENESS算法从银屑病高度相关DEG s中筛选出与银屑病相关性更强的DEGs为银屑病发病关键基因。利用CIBERSORT反卷积法、Pearson相关分析银屑病发病关键基因与免疫浸润细胞比例的关系。通过将银屑病发病关键基因映射至COREMINE medical数据库,筛选出对银屑病有治疗潜力的中药。结果共筛选出348个DEG s。GO富集分析显示DEGs主要富集在对外部生物刺激的反应、线粒体蛋白复合体、内肽酶活性、丝氨酸型肽酶活性等方面;KEGG富集分析显示其主要涉及NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、P53信号通路、IL-17信号通路等与银屑病发病相关的信号通路。最终得到了PCNA、CXCL8、S100A9、CCNB1四个银屑病发病关键基因。银屑病发病关键基因PCNA和CCNB1与中性粒细胞和活化的树突状细胞均呈正相关性,S100A9和CXCL8与单核细胞均呈负相关性(P均<0.05)。有银屑病治疗潜力的中药为朴花、大黄等。结论银屑病的四个关键基因PCNA、CXCL8、S100A9、CCNB1均与免疫浸润细胞比例存在较强相关性;对银屑病具有治疗潜力的中药为厚朴花、大黄。
关键词
银屑病
差异表达基因
免疫浸润细胞
中药材
反卷积法
生物信息学
Keywords
psoriasis
differentially expressed genes
immune infiltrating cells
traditional Chinese medicine
de⁃convolution
bioinformatics
分类号
R758.63 [医药卫生—皮肤病学与性病学]
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操作
1
基于网络药理学和分子对接探讨蒺藜治疗白癜风的作用机制
彭怡
李伟佳
黄巧
胡敏
潘素跃
王朴
戚嘉慧
江千帆
刘凌宇
何玉清
《皮肤性病诊疗学杂志》
2024
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
银屑病发病关键基因筛选、与免疫细胞浸润关系及有治疗潜力的中药预测
潘素跃
王朴
黄巧
胡敏
彭怡
李伟佳
戚嘉慧
刘凌宇
江千帆
何玉清
《山东医药》
CAS
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