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几条热点DNA条形码序列对海南大戟科植物鉴定能力比较
被引量：
2
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作者
徐腊红
陆籽豪
+1 位作者
唐历波
李栎
《广东农业科学》
CAS
2019年第9期27-33,共7页
【目的】比较ITS2、ITS、psbA-trnH、rbcL、matK序列对海南大戟科植物的鉴定能力。【方法】利用PCR测序法对供试样本目的片段进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,利用MEGA 6.0进行相关数据分析,利用TAXON DNA软件分析序...
【目的】比较ITS2、ITS、psbA-trnH、rbcL、matK序列对海南大戟科植物的鉴定能力。【方法】利用PCR测序法对供试样本目的片段进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,利用MEGA 6.0进行相关数据分析,利用TAXON DNA软件分析序列种内、种间变异并作barcoding gap分析。【结果】5条候选序列的序列获得率分别为86.96%、76.81%、89.86%、79.71%、49.28%;ITS2序列的变异系数和信息位点系数最大;ITS2序列存在明显的barcoding gap,种间与种内变异分布呈两边分开的趋势。ITS序列虽存在barcoding gap,但种内变异和种间变异有较多的重叠区;psbA-trnH和matK序列barcoding gap均不明显,同时种内变异和种间变异有较多的重叠区;rbcL序列虽barcoding gap不明显,但种内变异和种间变异重叠比例较小。【结论】ITS2条形码序列对海南大戟科植物鉴定能力强,rbcL序列不能作为单独的条形码鉴定物种,但可以作为ITS2的补充条形码。
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关键词
大戟科
DNA条形码
ITS2
RBCL
鉴定
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题名
几条热点DNA条形码序列对海南大戟科植物鉴定能力比较
被引量：
2
1
作者
徐腊红
陆籽豪
唐历波
李栎
机构
德克萨斯农工大学
海南医学院高等职业教育学院
海南医学院基础医学与生命科学学院
出处
《广东农业科学》
CAS
2019年第9期27-33,共7页
基金
海南省自然科学基金(813190)
文摘
【目的】比较ITS2、ITS、psbA-trnH、rbcL、matK序列对海南大戟科植物的鉴定能力。【方法】利用PCR测序法对供试样本目的片段进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,利用MEGA 6.0进行相关数据分析,利用TAXON DNA软件分析序列种内、种间变异并作barcoding gap分析。【结果】5条候选序列的序列获得率分别为86.96%、76.81%、89.86%、79.71%、49.28%;ITS2序列的变异系数和信息位点系数最大;ITS2序列存在明显的barcoding gap,种间与种内变异分布呈两边分开的趋势。ITS序列虽存在barcoding gap,但种内变异和种间变异有较多的重叠区;psbA-trnH和matK序列barcoding gap均不明显,同时种内变异和种间变异有较多的重叠区;rbcL序列虽barcoding gap不明显,但种内变异和种间变异重叠比例较小。【结论】ITS2条形码序列对海南大戟科植物鉴定能力强,rbcL序列不能作为单独的条形码鉴定物种,但可以作为ITS2的补充条形码。
关键词
大戟科
DNA条形码
ITS2
RBCL
鉴定
Keywords
Euphorbiaceae
DNA barcoding
ITS2
rbcL
identification
分类号
S567 [农业科学—中草药栽培]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
几条热点DNA条形码序列对海南大戟科植物鉴定能力比较
徐腊红
陆籽豪
唐历波
李栎
《广东农业科学》
CAS
2019
2
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