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狐狸MC1R基因编码区c. 40A>C和c. 41C>T相邻变异研究 被引量:2
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作者 徐桂利 张文香 +6 位作者 段玲欣 巩元芳 葛慕湘 刘谢荣 王书朋 果新苓 刘铮铸 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期2020-2026,共7页
为了检测狐狸MC1R基因多态性及其与毛色表型的相关性,本研究采集两个狐属12种毛色共计163只狐狸的皮肤组织样,利用PCR扩增和产物直接测序的方法获得狐狸MC1R基因1 054bp长的核苷酸序列,并进行了SNPs筛查。用PopGen32和SHEsis软件对突变... 为了检测狐狸MC1R基因多态性及其与毛色表型的相关性,本研究采集两个狐属12种毛色共计163只狐狸的皮肤组织样,利用PCR扩增和产物直接测序的方法获得狐狸MC1R基因1 054bp长的核苷酸序列,并进行了SNPs筛查。用PopGen32和SHEsis软件对突变位点进行了群体遗传学分析,用PANTHER软件评估了突变对基因产生的功能影响,用SPSS二元变量相关统计方法分析了多态位点与毛色表型间的相关性。结果表明,狐狸MC1R基因编码区40(c.40A>C)和41位点(c.41C>T)存在2个相邻错义突变,导致其编码的第14位氨基酸发生了变异:当第40位点为A时,氨基酸由苏氨酸(Thr)转变为异亮氨酸(Ile);当第40位点为C时,氨基酸由脯氨酸(Pro)转变为亮氨酸(Leu)。北极狐属狐在41位点基因型全部为TT型,而狐属狐大部分个体均为CC型,不存在TT型,推测该位点可能是区分狐狸属间的一个重要功能位点。PANTHER预测获知第41位点突变导致的氨基酸替换(p.Pro14Leu)对MC1R功能有显著影响。SPSS二元变量相关分析结果表明,41位点多态性与狐狸毛色表型存在显著低度相关性,推测狐狸MC1R基因编码区第41位点可能是参与其毛色形成的一个相对重要功能位点。 展开更多
关键词 狐狸 MC1R基因 40和41位点 多态性 毛色
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靶向食蟹猴NTCP基因的CRISPR/Cas9系统gRNA筛选 被引量:1
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作者 徐桂利 高新 +2 位作者 刘铮铸 巩元芳 宋海峰 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第10期2572-2577,共6页
本研究旨在通过CRISPR/Cas9体外酶切法及细胞水平上的PCR扩增测序筛选出靶向食蟹猴NTCP基因具有高敲除活性的gRNA。首先通过比对食蟹猴与人类NTCP氨基酸序列,选择差异位点,即第84—87位和第157—165位氨基酸作为基因靶点序列区;利用gRN... 本研究旨在通过CRISPR/Cas9体外酶切法及细胞水平上的PCR扩增测序筛选出靶向食蟹猴NTCP基因具有高敲除活性的gRNA。首先通过比对食蟹猴与人类NTCP氨基酸序列,选择差异位点,即第84—87位和第157—165位氨基酸作为基因靶点序列区;利用gRNA软件设计针对上述基因靶点序列的gRNA,每个靶点设计3~4条候选gRNA序列;然后利用gRNA体外检测试剂盒,筛选出靶向NTCP基因的体外敲除活性较高的两条gRNA序列:gRNA1.2和gRNA2.1。将gRNA1.2和gRNA2.1分别插入pLV hUbC-Cas9-T2A-GFP载体中,转染食蟹猴原代肝细胞。提取转染后细胞基因组DNA,通过PCR扩增NTCP基因并将其克隆到T载体中进行测序分析。结果表明,gRNA1.2和gRNA2.1均可使NTCP基因产生移码突变,但gRNA2.1比gRNA1.2具有更高的敲除活性。本研究为下一步编辑食蟹猴NTCP基因及研究其在乙型肝炎病毒(HBV)感染中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 gRNA 食蟹猴 NTCP基因 基因敲除
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狐狸Agouti基因SNPs筛查及其与毛色关联性分析 被引量:5
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作者 李英杰 刘铮铸 +7 位作者 巩元芳 徐桂利 张磊 唐家明 段玲欣 刘谢荣 郭秀玲 陆奇玉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1692-1696,共5页
旨在探究狐狸刺豚鼠基因(Agouti)多态性及其与狐狸被毛颜色之间的关系。本研究采用PCR和直接测序的方法对中国5个狐种58只狐狸的Agouti基因部分序列进行了SNPs筛查和单倍型分析。结果表明,在已测序的58只狐狸中首次发现6个SNPs(g.269G&g... 旨在探究狐狸刺豚鼠基因(Agouti)多态性及其与狐狸被毛颜色之间的关系。本研究采用PCR和直接测序的方法对中国5个狐种58只狐狸的Agouti基因部分序列进行了SNPs筛查和单倍型分析。结果表明,在已测序的58只狐狸中首次发现6个SNPs(g.269G>T、g.295C>T、g.325T>G、g.518G>A、g.608C>A和g.846G>A),它们全部存在于内含子2上。狐属的所有个体(25只)在6个位点全部为纯合子基因型,依次为GG、CC、TT、GG、CC和GG型,而北极狐属的所有个体(33只)在这6个位点则均为另一种纯合子基因型,依次为TT、TT、GG、AA、AA和AA型。6个SNPs形成两种单倍型:单倍型Ⅰ(H1:GCTGCG)和单倍型Ⅱ(H2:TTGAAA),分布频率分别为42.1%和57.9%。单倍型Ⅰ(H1)分布于狐属3个狐种的所有受试个体中,单倍型Ⅱ(H2)分布于北极狐属两个狐种的所有受试个体中。进一步分析没有发现6个SNPs及其单倍型与狐狸毛色的明显关联性,但推测它们是区分狐属和北极狐属的重要功能位点和重要单倍型。 展开更多
关键词 狐狸 Agouti基因 SNPS 单倍型 毛色
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银黑狐MC1R基因核心启动子区的鉴定 被引量:2
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作者 刘华云 张磊 +5 位作者 徐桂利 张天浩 谢遇春 段玲欣 刘铮铸 巩元芳 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第7期2442-2450,共9页
【目的】确定银黑狐黑素皮质激素受体1(melanocortin 1 receptor,MC1R)基因的核心启动子区,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。【方法】以银黑狐基因组DNA为模板,PCR扩增获得MC1R基因5′-UTR区序列,利用3个在线生物学软件综合预... 【目的】确定银黑狐黑素皮质激素受体1(melanocortin 1 receptor,MC1R)基因的核心启动子区,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。【方法】以银黑狐基因组DNA为模板,PCR扩增获得MC1R基因5′-UTR区序列,利用3个在线生物学软件综合预测MC1R基因启动子活性区;PCR扩增获得该基因5′-UTR区不同长度的缺失片段,并克隆至pMD19-T载体,将重组质粒转染至黑色素B16细胞中,利用双荧光素酶检测技术对10个缺失片段进行荧光素酶活性检测。【结果】成功获得银黑狐MC1R基因5′-UTR区序列,软件预测显示-596/+73 bp可能为启动子活性区。双荧光素酶活性检测发现,构建的10个缺失片段的荧光素酶表达载体均具有启动子活性,其中pGL3-MC1RP8(-520/+73 bp)有较强的活性,提示其为核心启动子区,与软件预测结果基本一致。【结论】试验确定了银黑狐MC1R基因的核心启动子区为―520/+73 bp,为深入研究该基因的毛色调控机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 银黑狐 MC1R基因 启动子 核心区
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