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基于lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的骨关节炎关键基因筛选与分析及中药预测
1
作者
孔德隆
陈彦华
+2 位作者
弭德扬
张浩杰
陈高鹏
《现代中医药》
CAS
2024年第4期109-118,共10页
目的 通过构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络揭示骨关节炎的关键基因,并预测其潜在治疗药物。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库获取骨关节炎(Osteoarthritis, OA)和正常骨关节样品差异表达的lncRNA和mRNA,...
目的 通过构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络揭示骨关节炎的关键基因,并预测其潜在治疗药物。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库获取骨关节炎(Osteoarthritis, OA)和正常骨关节样品差异表达的lncRNA和mRNA,并通过miRDB、miRTarBase、TargetScan数据库预测miRNA,并整合lncRNA-miRNA与miRNA-mRNA表达谱的相互作用,以构建ceRNA网络。将miRNA预测靶基因与差异表达mRNA取交集,构建PPI网络图,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用Coremine Medical数据库筛选核心靶点预测得到的中药。结果 共鉴定出339个DEmRNA和476个lncRNA。在ceRNA网络中总共获得了4个差异的lncRNA-miRNA相互作用和39个失调的miRNA-mRNA相互作用,包括4个DElncRNA,20个miRNA和39个DEmRNA。PPI网络图鉴定出VEGFA、DDIT4、MMP2、SESN1、VCAN等10个靶点可能是调控骨关节炎的核心靶点。随后的富集分析表明,这些mRNA在OA的发展过程中调节了生物代谢、细胞外基质的组织和免疫反应等生物过程,并丰富了HIF-1信号通路和PI3K-Akt信号通路。预测得到丹参、郁金、姜黄、黄芪、白花蛇舌草等中药可能是治疗OA的潜在药物。结论 这项研究为OA中与lncRNA相关的ceRNA网络提供了新颖的见解,丹参、郁金、姜黄、白花蛇舌草可能是治疗OA潜在药物。
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关键词
lncRNA-miRNA-mRNA
骨关节炎
关键基因
药物预测
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题名
基于lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的骨关节炎关键基因筛选与分析及中药预测
1
作者
孔德隆
陈彦华
弭德扬
张浩杰
陈高鹏
机构
山东中医药大学
山东中医药大学附属医院
济南市章丘区中医医院
出处
《现代中医药》
CAS
2024年第4期109-118,共10页
基金
山东省中医药科技发展计划项目(2019-0113)
山东省中医药科技项目(2020Q016)。
文摘
目的 通过构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络揭示骨关节炎的关键基因,并预测其潜在治疗药物。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库获取骨关节炎(Osteoarthritis, OA)和正常骨关节样品差异表达的lncRNA和mRNA,并通过miRDB、miRTarBase、TargetScan数据库预测miRNA,并整合lncRNA-miRNA与miRNA-mRNA表达谱的相互作用,以构建ceRNA网络。将miRNA预测靶基因与差异表达mRNA取交集,构建PPI网络图,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用Coremine Medical数据库筛选核心靶点预测得到的中药。结果 共鉴定出339个DEmRNA和476个lncRNA。在ceRNA网络中总共获得了4个差异的lncRNA-miRNA相互作用和39个失调的miRNA-mRNA相互作用,包括4个DElncRNA,20个miRNA和39个DEmRNA。PPI网络图鉴定出VEGFA、DDIT4、MMP2、SESN1、VCAN等10个靶点可能是调控骨关节炎的核心靶点。随后的富集分析表明,这些mRNA在OA的发展过程中调节了生物代谢、细胞外基质的组织和免疫反应等生物过程,并丰富了HIF-1信号通路和PI3K-Akt信号通路。预测得到丹参、郁金、姜黄、黄芪、白花蛇舌草等中药可能是治疗OA的潜在药物。结论 这项研究为OA中与lncRNA相关的ceRNA网络提供了新颖的见解,丹参、郁金、姜黄、白花蛇舌草可能是治疗OA潜在药物。
关键词
lncRNA-miRNA-mRNA
骨关节炎
关键基因
药物预测
分类号
R274.9 [医药卫生—中西医结合]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的骨关节炎关键基因筛选与分析及中药预测
孔德隆
陈彦华
弭德扬
张浩杰
陈高鹏
《现代中医药》
CAS
2024
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