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全基因组选择信号解析剑白香猪和从江香猪的遗传差异 被引量:2
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作者 袁巍 毕欢 +4 位作者 张雨丹 张依裕 顾晓龙 杨红文 陈伟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期3631-3641,共11页
旨在通过全基因组选择信号分析揭示剑白香猪和从江香猪的遗传差异,提高对从江香猪和剑白香猪种群的保护状况、遗传多样性、群体结构和和适应性进化的认识。本研究随机选取2岁龄从江香猪和剑白香猪各5头,并分为两组。通过全基因组重测序... 旨在通过全基因组选择信号分析揭示剑白香猪和从江香猪的遗传差异,提高对从江香猪和剑白香猪种群的保护状况、遗传多样性、群体结构和和适应性进化的认识。本研究随机选取2岁龄从江香猪和剑白香猪各5头,并分为两组。通过全基因组重测序对从江香猪和剑白香猪测序,将测序数据利用bwa软件比对到猪参考基因组Sscrofa 11.1上,随后使用GATK软件进行变异检测和SNP、INDEL过滤提取。同时,利用Plink和SNeP软件进行群体遗传多样性分析,包括群体有效大小、多态位点比例、观测杂合度、期望杂合度。使用vcftools软件分析群体选择信号,并通过KEGG和GO分析受选择区域基因。经过SNP和INDEL分析,发现从江香猪和剑白香猪群体共有的SNPs位点数为16158002个,从江香猪特有的为6863992个,剑白香猪特有的为4275660个;共有的INDEls位点数为3275375个,从江香猪特有的为1674081个,剑白香猪特有的为1114248个。从采样起算,从江香猪和剑白香猪的群体在13代前的有效大小均为18头。其中,从江香猪的多态性位点比例更高,达到了0.8757,而二者群体的观测杂合度均高于期望杂合度。剑白香猪和从江香猪的核苷酸多样性均小于0.5%,群体内选择检验Tajima’s D值均大于0,ROD值为0.5531,Fst值为0.7362。KEGG和GO富集分析表明,剑白香猪和从江香猪的遗传差异涉及多种通路和基因功能。包括涉及轴突引导、ECM与受体的相互作用、局部粘附、PI3K-Akt信号通路、硫辛酸代谢、cGMP-PKG信号通路、MAPK信号传导途径、核苷酸切除修复、阿佩林信号通路、心律失常性右室心肌病等通路。剑白香猪和从江香猪群体之间存在一定的群体多态性损失,群体分歧度较高,两亚群间存在明显的种群分化,并且二者基因组内存在大量的中等频率等位基因,需要提高从江香猪和剑白香猪群体内的遗传多样性,减少外来血缘引入导致纯种度降低的风险。 展开更多
关键词 全基因组 选择信号 香猪 遗传差异
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敲降TYRP1基因对香猪表皮黑素细胞黑色素生成的影响 被引量:1
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作者 毕欢 覃海 +3 位作者 袁巍 张雨丹 张依裕 陈伟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期4143-4153,共11页
旨在探究酪氨酸相关蛋白酶1(tyrosinase related protein 1,TYRP1)对香猪原代表皮黑素细胞黑色素生成的影响。本研究选用具有“两头乌”毛色特征的3月龄健康香猪3头,每头猪采取头部黑色皮肤组织和背部白色皮肤组织。通过HE染色观察不同... 旨在探究酪氨酸相关蛋白酶1(tyrosinase related protein 1,TYRP1)对香猪原代表皮黑素细胞黑色素生成的影响。本研究选用具有“两头乌”毛色特征的3月龄健康香猪3头,每头猪采取头部黑色皮肤组织和背部白色皮肤组织。通过HE染色观察不同颜色香猪皮肤的毛囊结构及黑素细胞的分布特征;体外培养香猪原代表皮黑素细胞并通过多巴(L-Dopa)染色、实时荧光定量PCR和Western Blot方法进行鉴定;根据TYRP1基因序列构建5条siRNA,采用实时荧光定量PCR筛选出干扰效率最高的siRNA进行转染。成功干扰黑素细胞内TYRP1的表达后,分别通过实时荧光定量PCR、Western Blot、黑色素含量检测方法对黑素细胞内TYR、TYRP1及TYRP2的mRNA与蛋白相对表达量、细胞内总黑色素含量进行检测。结果显示,在香猪黑色和白色皮肤中都观察到完整的毛囊结构,黑素细胞主要分布在香猪黑色被毛皮肤中的毛囊外根鞘部位以及表皮。在MelM培养基作用下,黑素细胞生长旺盛,细胞形态、生长曲线、多巴染色、实时荧光定量PCR及Western Blot结果均表明培养的黑素细胞维持正常的生物学特性。敲降TYRP1后下调香猪表皮黑素细胞中黑色素生成相关基因TYR、TYRP1和TYRP2的mRNA和蛋白的表达,同时对黑色素的形成具有抑制作用。TYRP1基因能够影响香猪表皮黑素细胞黑色素的生成,研究结果可为探索TYRP1基因对香猪黑色素沉积的分子机制提供试验参考和基础数据。 展开更多
关键词 TYRP1 黑素细胞 SIRNA HE染色 多巴染色 黑色素
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以呼吸道病变首诊的弥漫大B细胞淋巴瘤的诊治 被引量:2
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作者 邹少洲 胡国栋 +5 位作者 蔡迎迎 吴春艳 李萍 方舒 张雨丹 关美萍 《分子影像学杂志》 2019年第4期457-460,共4页
弥漫大B细胞淋巴瘤是非霍奇金淋巴瘤的主要类型,原发于淋巴结外的器官和组织中,最常见部位为胃肠道,而以呼吸道症状首诊的相关报道较少。个案报道中以呼吸道症状首诊的弥漫大B细胞淋巴瘤多是肺部及纵膈原发的淋巴瘤。现报道1例以呼吸道... 弥漫大B细胞淋巴瘤是非霍奇金淋巴瘤的主要类型,原发于淋巴结外的器官和组织中,最常见部位为胃肠道,而以呼吸道症状首诊的相关报道较少。个案报道中以呼吸道症状首诊的弥漫大B细胞淋巴瘤多是肺部及纵膈原发的淋巴瘤。现报道1例以呼吸道病变首诊的弥漫大B淋巴瘤患者,并结合文献复习进行综合分析,旨在提高对弥漫大B细胞淋巴瘤的认识,从而避免延误治疗。 展开更多
关键词 弥漫大B细胞淋巴瘤 呼吸道病变 首诊
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基于高分辨率遥感影像的城市绿地信息提取方法 被引量:1
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作者 张雨丹 《数字通信世界》 2022年第9期139-141,共3页
城市绿地作为城市生态系统中一个极为重要的子系统,在城市建设中扮演着越来越重要的角色,所以掌握城市绿地的基本特性及类型是非常必要的。为此,应当注重利用高分辨率遥感技术来支持城市绿地信息提取,文章将结合具体的案例来分析和探讨... 城市绿地作为城市生态系统中一个极为重要的子系统,在城市建设中扮演着越来越重要的角色,所以掌握城市绿地的基本特性及类型是非常必要的。为此,应当注重利用高分辨率遥感技术来支持城市绿地信息提取,文章将结合具体的案例来分析和探讨基于高分辨率遥感影像的城市绿地信息提取方法。 展开更多
关键词 高分辨率遥感 影像 城市绿地 信息提取
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AlN微环谐振腔倍频程孤子光频梳(特邀)
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作者 涂慧镧 刘佳 +5 位作者 翁海中 张雨丹 戴江南 陆巧银 John F.Donegan 国伟华 《红外与激光工程》 EI CSCD 北大核心 2022年第5期79-85,共7页
基于光学微谐振腔的自参考耗散克尔孤子(Dissipative Kerr Solitons,DKSs)有广泛的应用,如频率合成器、相干通信、天文光谱仪校准、精密测量、光学时钟、双梳光谱学等。倍频程DKS已在氮化硅和铌酸锂微谐振腔中实现,笔者提出了一种在氮化... 基于光学微谐振腔的自参考耗散克尔孤子(Dissipative Kerr Solitons,DKSs)有广泛的应用,如频率合成器、相干通信、天文光谱仪校准、精密测量、光学时钟、双梳光谱学等。倍频程DKS已在氮化硅和铌酸锂微谐振腔中实现,笔者提出了一种在氮化铝(AlN)微环谐振腔中通过单一泵浦直接产生倍频程DKS的简单方案。通过将两个谐振频率相近的模式TE_(00)和TE_(10)分别作为泵浦谐振和辅助谐振模式,红失谐侧的辅助模式TE_(10)可以有效地平衡孤子形成过程中的热拖曳效应。慢速扫描泵浦光波长可获得稳定的倍频程展宽的孤子梳,带宽为1100~2300 nm,孤子存在范围最大为10.4 GHz(83 pm)。这是首次在AlN平台上获得倍频程展宽的克尔光孤子。该方案在单一泵浦源下就可以获得稳定的倍频程光孤子以及宽的孤子访问窗口,不同于其他方案需要额外引入复杂的控制手段和设备。 展开更多
关键词 微环谐振腔 四波混频 倍频程光频梳 光孤子
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基于文化可持续性理论的城市更新发展分析——以重庆市中心城区文化创意产业项目为例
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作者 江一豪 陈肇今 张雨丹 《城市建筑》 2023年第13期1-8,共8页
城市更新是城市化的必然环节,是实现国家高质量发展和国际社会未来可持续发展的重要途径。在当前阶段,文化对城市更新的作用不容忽视,文化可持续性逐渐成为可持续发展目标之一,并作为城市发展目标和要求。重庆市中心城区的文化创意产业... 城市更新是城市化的必然环节,是实现国家高质量发展和国际社会未来可持续发展的重要途径。在当前阶段,文化对城市更新的作用不容忽视,文化可持续性逐渐成为可持续发展目标之一,并作为城市发展目标和要求。重庆市中心城区的文化创意产业项目对基于文化可持续性理论的城市更新方式进行了探索,共表现为三种类型,展现了城市更新方式的优化。通过案例实证分析的方法,能够从文化可持续性的五个视角,以重庆市中心城区的文化创意产业项目为例进行分析,并评价了不同类型的城市更新,发现文化可持续性与城市更新的联系,最后做出总结,并针对基于文化可持续性理论的城市更新提出建议。 展开更多
关键词 文化可持续性 城市更新 文化创意产业
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