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生物信息学在三阴性乳腺癌miRNA生物标志物筛选中的应用
被引量：
4
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作者
谭琦
任立群
+4 位作者
张祎冰
王亚帝
谷泽慧
黄鹏
陈素贤
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期1098-1105,I0006,共9页
目的:通过医学癌症数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分析三阴性乳腺癌(TNBC)中差异表达微小RNA(miRNAs)并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点。方法:下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的...
目的:通过医学癌症数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分析三阴性乳腺癌(TNBC)中差异表达微小RNA(miRNAs)并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点。方法:下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的miRNAs表达数据,筛选乳腺癌与癌旁组织中差异表达的miRNAs;GEO数据库验证miRNAs在TNBC细胞 系的26种细胞株中的表达以及TNBC患者经过化疗前后血清中miRNAs的变化;通过基因本体(GO)功能注释及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集、蛋白质互作网络分析候选miRNAs的靶基因功能。结果:TCGA数据库,在乳腺癌组织中的miR-21-5p表达水平明显高于相邻癌旁组织(logFC=5.557,P<0.01);GEO数据库筛选,miR-21-5p在TNBC细胞 系中表达水平明显升高,在26种TNBC细胞株中超过20种细胞株相对表达水平>70000,TNBC患者 经联合化疗后miR-21-5p的表达水平明显降低(logFC=-5.07,P<0.01);GO分析,miR-21-5p主要在DNA复制、转录以及血管重构等方面发挥调控作用;KEGG富集分析,miR-21-5p主要通过促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和转化生长因子β(TGF-β)等通路影响TNBC的发生发展。结论:miR-21-5p在TNBC组织 中表达上调,在TNBC进展中发挥正调控作用,可能成为鉴定TNBC相关预后程度的关键生物学标志物。DUSP8等可能作为miR-21-5p的靶基因参与调控TNBC的发生发展。
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关键词
miR-21-5p
乳腺肿瘤
三阴性乳腺癌
生物信息学
靶基因
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职称材料
题名
生物信息学在三阴性乳腺癌miRNA生物标志物筛选中的应用
被引量：
4
1
作者
谭琦
任立群
张祎冰
王亚帝
谷泽慧
黄鹏
陈素贤
机构
锦州医科大学基础医学院病理学与病理生理学教研室
锦州医科大学附属第三医院病理科
吉林大学药学院实验药理与毒理学教研室
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期1098-1105,I0006,共9页
基金
辽宁省科技厅自然科学基金资助课题(2013022007)
文摘
目的:通过医学癌症数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分析三阴性乳腺癌(TNBC)中差异表达微小RNA(miRNAs)并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点。方法:下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的miRNAs表达数据,筛选乳腺癌与癌旁组织中差异表达的miRNAs;GEO数据库验证miRNAs在TNBC细胞 系的26种细胞株中的表达以及TNBC患者经过化疗前后血清中miRNAs的变化;通过基因本体(GO)功能注释及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集、蛋白质互作网络分析候选miRNAs的靶基因功能。结果:TCGA数据库,在乳腺癌组织中的miR-21-5p表达水平明显高于相邻癌旁组织(logFC=5.557,P<0.01);GEO数据库筛选,miR-21-5p在TNBC细胞 系中表达水平明显升高,在26种TNBC细胞株中超过20种细胞株相对表达水平>70000,TNBC患者 经联合化疗后miR-21-5p的表达水平明显降低(logFC=-5.07,P<0.01);GO分析,miR-21-5p主要在DNA复制、转录以及血管重构等方面发挥调控作用;KEGG富集分析,miR-21-5p主要通过促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和转化生长因子β(TGF-β)等通路影响TNBC的发生发展。结论:miR-21-5p在TNBC组织 中表达上调,在TNBC进展中发挥正调控作用,可能成为鉴定TNBC相关预后程度的关键生物学标志物。DUSP8等可能作为miR-21-5p的靶基因参与调控TNBC的发生发展。
关键词
miR-21-5p
乳腺肿瘤
三阴性乳腺癌
生物信息学
靶基因
Keywords
miR-21-5p
breast neoplasms
triple negative breast cancer
bioinformatics
target genes
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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1
生物信息学在三阴性乳腺癌miRNA生物标志物筛选中的应用
谭琦
任立群
张祎冰
王亚帝
谷泽慧
黄鹏
陈素贤
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019
4
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