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东海近岸带鱼(Trichiurus japonicus)线粒体控制区序列的群体遗传变异研究 被引量:6
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作者 吴仁协 张浩冉 +2 位作者 牛素芳 苗奔奔 翟云 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1318-1327,共10页
带鱼(Trichiurusjaponicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层经济鱼类,也是东海区最重要的海洋渔业捕捞对象。然而,目前的研究报道对东海近岸带鱼群体遗传变异特性认识不足,不利于其种群的遗传资源保护和管理。本研究利用线粒... 带鱼(Trichiurusjaponicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层经济鱼类,也是东海区最重要的海洋渔业捕捞对象。然而,目前的研究报道对东海近岸带鱼群体遗传变异特性认识不足,不利于其种群的遗传资源保护和管理。本研究利用线粒体控制区序列对东海近岸带鱼6个群体191个个体的遗传多样性、遗传分化和历史动态进行分析。在577 bp长的控制区序列中共检测到70个多态位点,定义了121个单倍型。群体总的单倍型多样性较高(0.9911),但总的核苷酸多样性较低(0.0092),群体间遗传多样性水平差异较小。单倍型遗传学关系、Fst值和分子方差分析结果均表明群体间的遗传分化不显著,存在广泛的基因交流。历史动态分析结果表明东海近岸带鱼群体在更新世中晚期可能经历了瓶颈效应和随后的群体快速扩张,这是导致群体遗传多样性较低的主要原因。带鱼较强的扩散能力、洄游行为、海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成东海近岸带鱼缺乏显著的系统地理种群结构的原因。研究结果提示,在线粒体DNA水平上,东海近岸带鱼群体是一个随机交配的种群,在遗传资源管理上可作为一个单元进行管理。 展开更多
关键词 带鱼 东海近岸 线粒体控制区 遗传变异 历史动态
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黄鳍棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的跨物种扩增 被引量:5
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作者 吴仁协 翟云 +4 位作者 肖瑶 牛素芳 张浩冉 黎晓 陈伟勇 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期356-364,共9页
采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,开发出47个高多态性的黄鳍棘鲷( Acanthopagrus latus )微卫星标记,其中二碱基重复位点17个,三至六碱基重复位点30个。各位点的等位基因数为2~27(均值为10),观测杂合度( Ho )和期望杂合度( He )... 采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,开发出47个高多态性的黄鳍棘鲷( Acanthopagrus latus )微卫星标记,其中二碱基重复位点17个,三至六碱基重复位点30个。各位点的等位基因数为2~27(均值为10),观测杂合度( Ho )和期望杂合度( He )分别为0.156~0.938(均值为0.682)和0.177~0.963(均值为0.741),多态信息含量( PIC )为0.166~0.946(均值为0.705)。经Bonferroni校正后,有43个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),其余4个位点偏离HWE。这些多态性微卫星标记为黄鳍棘鲷遗传资源研究提供新的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,共有31个黄鳍棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增。其中17个标记在太平洋棘鲷( Acanthopagrus pacificus )、黑棘鲷( Acanthopagrus schlegelii )和澳洲棘鲷( Acanthopagrus australis )中具有较好的通用性,这些标记可为棘鲷属( Acanthopagrus )的系统进化和种群遗传学分析提供新的标记来源;另有3个标记在二长棘梨齿鲷( Evynnis cardinalis )、真赤鲷( Pagrus major )、蓝点赤鲷( Pagrus caeruleostictus )及黄牙鲷( Dentex hypselosomus )中具有通用性。 展开更多
关键词 海洋生物学 黄鳍棘鲷 微卫星标记 SLAF-seq技术 跨物种扩增
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基于SLAF-seq技术的黑棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的通用性研究 被引量:4
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作者 吴仁协 肖瑶 +4 位作者 牛素芳 翟云 张浩冉 陈伟勇 黎晓 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期365-377,共13页
黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq... 黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq技术测序共获得22489个二至六碱基重复的黑棘鲷微卫星序列,短重复序列(二、三碱基)占总微卫星序列的90.8%,长重复序列(四至六碱基)占有9.2%。经过157对随机合成引物的多态性筛选,开发出49个高多态性的黑棘鲷微卫星标记,其中短重复序列位点有25个,长重复序列位点有24个。每个位点的等位基因数(Na)为2—20(均值为8.3),观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.097—0.938和0.122—0.922(均值分别为0.663和0.701),多态信息含量(PIC)为0.118—0.897(均值为0.655)。经Bonferroni校正后,有47个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),各位点间未检测到连锁不平衡现象,仅2个位点偏离HWE。结果表明,所开发的大部分微卫星标记具有高多态性,蕴含的遗传信息含量较为丰富,能够为黑棘鲷的种群遗传资源评估提供数量充足、类型多样的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,有43个黑棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增,其中28个标记在太平洋棘鲷(Acanthopagruspacificus)、黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)和澳洲棘鲷(Acanthopagrusaustralis)中具有较好的通用性,2个标记在平鲷(Rhabdosargussarba)、蓝点赤鲷(Pagruscaeruleostictus)、真赤鲷(Pagrusmajor)、二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis)及黄牙鲷(Dentex hypselosomus)中具有通用性。这些通用性标记可为阐明鲷科属、种间的系统进化关系和棘鲷属鱼类的群体遗传学分析提供新的标记来源和研究角度。 展开更多
关键词 黑棘鲷 SLAF-seq技术 微卫星标记 跨物种扩增
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高抗噪性的SFFT-DT快速捕获算法 被引量:2
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作者 张浩冉 徐颖 +1 位作者 罗瑞丹 毛亿 《信号处理》 CSCD 北大核心 2022年第2期347-354,共8页
针对稀疏快速傅里叶变换(Sparse Fast Fourier Transform,SFFT)并行码相位捕获算法抗噪性能较差的问题,提出了一种新的高抗噪性快速捕获算法。该算法依据伪码相关函数峰值唯一的特点,利用降采样快速傅里叶变换(Downsampling Fast Fourie... 针对稀疏快速傅里叶变换(Sparse Fast Fourier Transform,SFFT)并行码相位捕获算法抗噪性能较差的问题,提出了一种新的高抗噪性快速捕获算法。该算法依据伪码相关函数峰值唯一的特点,利用降采样快速傅里叶变换(Downsampling Fast Fourier Transform,DFFT)取代了SFFT并行码相位捕获算法中对噪声容忍能力较差的定位循环与估值循环过程来对伪码相位进行捕获,同时对算法参数进行了优化设计。理论分析及仿真结果表明,与已有的SFFT快速捕获算法相比,SFFT-DT(Combination of SFFT and DFFT)捕获算法的计算速度提升了约19%,抗噪性能提升了约5 dB。与经典的FFT捕获算法相比,当两者抗噪性能近似相同(捕获概率大于95%的前提下)时,本文算法计算量比其减少了约43%。 展开更多
关键词 快速捕获 稀疏快速傅里叶变换 降采样 哈希映射
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基于Cyt b基因序列的南海北部蓝圆鲹群体遗传多样性研究 被引量:8
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作者 牛素芳 吴仁协 +3 位作者 张丽艳 张浩冉 梁锐 李忠炉 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期263-273,共11页
为了解南海北部蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)的群体遗传变异特征,本研究利用线粒体DNA Cyt b基因部分序列对9个群体共203个个体进行群体遗传多样性和遗传结构分析.结果显示:在722 bp长的Cyt b部分序列中,共检测出52个多态位点,定义25个... 为了解南海北部蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)的群体遗传变异特征,本研究利用线粒体DNA Cyt b基因部分序列对9个群体共203个个体进行群体遗传多样性和遗传结构分析.结果显示:在722 bp长的Cyt b部分序列中,共检测出52个多态位点,定义25个单倍型;群体的单倍型多样性(h)为0.577±0.036,核苷酸多样性(π)为0.001 55±0.001 12,整体遗传多样性呈中等偏低水平,其中雷州半岛和海南岛以东5个群体的遗传多样性水平明显高于以西的4个北部湾群体.单倍型系统发育树和网络图均未表现出与地理位置相对应的谱系结构,单倍型网络图呈以主体单倍型为中心的星状结构.群体间的Fst值为-0.077~0.018,且统计检验均不显著(p>0.05).分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部来源于群体内个体间.Tajima's D值和Fu's Fs值均为显著负值,核苷酸不配对分布呈明显的单峰分布.南海北部蓝圆鲹群体约在29 000a前可能发生过扩张事件,导致遗传多样性呈现高h、低π模式;9个群体间的遗传分化并不显著,符合是一个随机交配种群的假设,但9个群体的遗传多样性水平却表现出明显的地理趋势,提示将南海北部蓝圆鲹作为单一种群进行渔业管理需持谨慎态度. 展开更多
关键词 海洋生物学 蓝圆鲹 南海北部 遗传多样性 CYT B基因序列
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微波协同离子液体催化合成柠檬酸三丁酯工艺及其性能 被引量:3
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作者 黄飞 戴璐 +4 位作者 王溪溪 张浩冉 吴琳 余锐 魏先文 《工程塑料应用》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期129-135,共7页
制备了七种绿色高效离子液体催化剂,采用微波协同离子液体催化合成了增塑剂柠檬酸三丁酯。通过单因素实验和正交试验对催化剂种类、催化剂用量、柠檬酸与正丁醇物质的量比、微波功率、微波时间和反应温度进行探究,对比了各实验因素对合... 制备了七种绿色高效离子液体催化剂,采用微波协同离子液体催化合成了增塑剂柠檬酸三丁酯。通过单因素实验和正交试验对催化剂种类、催化剂用量、柠檬酸与正丁醇物质的量比、微波功率、微波时间和反应温度进行探究,对比了各实验因素对合成柠檬酸三丁酯产率的影响。经过实验优化筛选,实验结果表明:以离子液体[HSO3-pMIM]HSO4为催化剂,其用量为柠檬酸质量的3.5%,柠檬酸和丁醇物质的量比为1:4,微波功率为450 W,微波时间为5 min,反应温度为120℃时,柠檬酸三丁酯产率可达99.3%。该催化剂经过10次循环使用,柠檬酸三丁酯的产率仍可达到97%以上,具有较好的催化活性和稳定性。增塑性能测试表明,柠檬酸三丁酯的拉伸强度、压缩强度、弯曲强度和拉伸剪切强度等均优于邻苯二甲酸二丁酯,可以很好的替代邻苯二甲酸酯类增塑剂。 展开更多
关键词 柠檬酸 正丁醇 柠檬酸三丁酯 离子液体[HSO3-pMIM]HSO4 微波辐射
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基于SLAF-seq技术开发蓝圆鲹微卫星标记及跨物种扩增检测 被引量:6
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作者 翟云 吴仁协 +3 位作者 牛素芳 周玲莉 邱琦 张浩冉 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期426-434,共9页
采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术开发蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)微卫星标记,从获得的1 450个四至六碱基重复微卫星位点中随机挑选93个位点进行引物合成和多态性检测,最终开发出31个多态性微卫星标记.群体遗传学检测结果表明,31... 采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术开发蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)微卫星标记,从获得的1 450个四至六碱基重复微卫星位点中随机挑选93个位点进行引物合成和多态性检测,最终开发出31个多态性微卫星标记.群体遗传学检测结果表明,31个位点的等位基因数为4~29(均值13.48),观测杂合度(Ho)为0.281~0.875(均值0.650),期望杂合度(He)为0.557~0.958(均值0.838),多态信息含量值(PIC)为0.456~0.939(均值0.803),表明所开发的31个微卫星位点均具有较高的多态性.Hardy-Weinberg平衡检测表明,17个位点符合HWE("哈迪-温伯格"平衡),且各位点间不存在连锁不平衡现象.跨物种扩增结果显示,分别有27、20、20、18、9个微卫星标记在颌圆鲹(Decapterus macarellus)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、竹荚鱼(Trachurus japonicus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中具有较好的通用性.本研究开发的多态性长碱基重复微卫星标记可为蓝圆鲹渔业资源的科学管理和保护提供有力的遗传学评估手段,亦可为圆鲹属和鲹科鱼类系统进化研究提供新的分析手段. 展开更多
关键词 海洋生物学 蓝圆鲹 微卫星标记 SLAF-seq 跨物种扩增
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