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基于SNP芯片的荣昌猪全基因组选择信号分析
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作者 陈信佑 吴平先 +9 位作者 巫小倩 张廷焕 阿超 吴薛珊 石锐 刘澜 陈力 郭宗义 王金勇 刁淑琪 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5021-5029,共9页
【目的】基于荣昌猪的SNP芯片数据,使用选择信号分析筛选荣昌猪重要经济性状的候选基因,为地方猪遗传解析研究提供参考信息。【方法】本研究利用66K芯片对492头荣昌猪进行基因分型,使用PLINK v 1.90软件对基因型数据进行质控,通过selsca... 【目的】基于荣昌猪的SNP芯片数据,使用选择信号分析筛选荣昌猪重要经济性状的候选基因,为地方猪遗传解析研究提供参考信息。【方法】本研究利用66K芯片对492头荣昌猪进行基因分型,使用PLINK v 1.90软件对基因型数据进行质控,通过selscan软件的整合单倍型分数(integrated haplotype score,iHS)方法进行全基因组选择信号分析,对显著位点进行基因和数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)注释分析以及GO功能和KEGG通路富集分析,并整合PigGTEx数据库进行表达数量性状基因座(expression quantitative trait locus,eQTL)注释分析。【结果】荣昌猪基因型质控后剩余488个个体和60301个SNPs位点用于后续分析;群体结构分析显示,试验群体可分为4个亚群,无明显的群体分层,可用于后续分析;iHS共检测到1693个显著位点;显著位点生物学功能注释结果表明,HNF 4 A、FOXP 1、SLC 2 A 8和GALNT 15可能是影响荣昌猪日增重、体尺、繁殖及肉质性状的重要候选基因;QTL注释结果表明,荣昌猪的选择信号主要与肉品质和胴体性状相关;通过整合PigGTEx数据库进行eQTL注释发现,与显著位点rs1245720970(17_36433465)紧密连锁的rs322464023(17_36481691)是调控DNMT 3 B基因表达的eQTL位点。结合荣昌猪肉质表型发现,携带rs322464023位点AA基因型的个体在屠宰后24 h肉色亮度评分极显著高于AG和GG基因型(P<0.01),连锁位点rs1245720970的基因型对屠宰后24 h肉色亮度值的影响与之高度相似。【结论】本研究基于芯片数据检测了荣昌猪的选择信号,筛选出与荣昌猪日增重、体尺、繁殖及肉质性状的重要候选基因,并发现肌肉组织中显著位点rs1245720970与DNMT 3 B基因的eQTL位点rs322464023高度连锁。 展开更多
关键词 荣昌猪 选择信号 候选基因 表达数量性状基因座
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荣昌猪和杜洛克猪猪皮营养组成比较分析
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作者 李文娟 徐兰梦 +5 位作者 章杰 廖勤丰 李龙娇 张廷焕 郭宗义 何航 《肉类研究》 北大核心 2024年第5期21-26,共6页
采用国家标准方法分析荣昌猪和杜洛克猪猪皮的基础营养成分、氨基酸和脂肪酸,并对其进行营养评价。结果表明:荣昌猪和杜洛克猪猪皮基础营养成分差异不显著(P>0.05);2种猪皮均检出4种饱和脂肪酸(saturated fatty acid,SFA)和5种不饱... 采用国家标准方法分析荣昌猪和杜洛克猪猪皮的基础营养成分、氨基酸和脂肪酸,并对其进行营养评价。结果表明:荣昌猪和杜洛克猪猪皮基础营养成分差异不显著(P>0.05);2种猪皮均检出4种饱和脂肪酸(saturated fatty acid,SFA)和5种不饱和脂肪酸(unsaturated fatty acid,UFA)(包含3种单不饱和脂肪酸和2种多不饱和脂肪酸(polyunsaturated fatty acid,PUFA)),且荣昌猪猪皮豆蔻酸、棕榈酸和花生酸含量显著高于杜洛克猪猪皮(P<0.05),硬脂酸、二十碳一烯酸、亚油酸和亚麻酸含量则显著低于杜洛克猪猪皮(P<0.05);2种猪皮均鉴定出17种氨基酸,其中荣昌猪猪皮缬氨酸和亮氨酸含量显著高于杜洛克猪猪皮(P<0.05),酪氨酸含量显著低于杜洛克猪猪皮(P<0.05);此外,荣昌猪猪皮缬氨酸和亮氨酸氨基酸评分和化学评分、必需氨基酸与非必需氨基酸比值、必需氨基酸与氨基酸总量比值、高胆固醇血症指数、动脉粥样硬化指数及血栓形成指数显著高于杜洛克猪猪皮(P<0.05),并且必需氨基酸指数略高于杜洛克猪猪皮(P>0.05),而ΣPUFA、ΣUFA/ΣSFA、ΣPUFA/ΣSFA显著低于杜洛克猪猪皮(P<0.05)。综上,猪皮富含蛋白质和脂肪,可作为饲料蛋白质脂肪来源,根据其营养特点开发新型食品或作为营养补剂,但其氨基酸构成不合理,脂肪酸组成不平衡。相比之下,荣昌猪猪皮具有较高氨基酸营养价值,杜洛克猪猪皮具有较高脂肪酸营养价值。 展开更多
关键词 猪皮 脂肪酸 氨基酸 营养评价
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合川黑猪保种群遗传结构及选择信号分析 被引量:5
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作者 龙熙 陈力 +6 位作者 吴平先 张廷焕 潘红梅 张亮 王金勇 郭宗义 柴捷 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1854-1867,共14页
旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号,以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片,对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测;计算群体的有效含量、... 旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号,以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片,对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测;计算群体的有效含量、多态信息含量、多态标记比例、期望杂合度、观测杂合度、有效等位基因数以及最小等位基因频率,分析保种群体的遗传多样性;利用Plink软件构建状态同源(identity by state,IBS)矩阵和分析每个样本的连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵,分析合川黑猪保种群的亲缘关系;利用Mega X(V10.0)软件进行群体聚类分析,研究合川黑猪保种群的家系结构;运用Tajima’s D和iHS方法分析合川黑猪群体基因组上受选择的信号区域,挖掘潜在的候选基因。结果表明,合川黑猪保种群体的群体有效含量、平均多态信息含量、多态标记比例、平均有效等位基因数、最小等位基因频率分别为4.2、0.156、0.534、1.38、0.141,说明合川黑猪保种群体的遗传多样性较丰富;群体的平均期望杂合度为0.255,平均观测杂合度为0.271,观测杂合度稍高于期望杂合度,说明该保种群体出现了分化;平均IBS遗传距离为0.1992±0.0429,其中公猪的为0.1767±0.0484,IBS遗传距离和基于G矩阵的亲缘关系分析结果均表明,部分个体之间呈现较近的亲缘关系;合川黑猪保种群体内共发现2246个ROH片段,长度在1~10 Mb之间的ROH数量占比最多,为79.12%,含40~50个ROH的个体数量占比最多,为48.28%,群体平均近交系数为0.175;现有合川黑猪群体包含7个含公猪的家系和1个不含公猪的家系,各家系个体的数量差异较大;利用Tajima’s D方法检测到显著选择信号区域192个,涉及193个候选基因,iHS方法检测到显著选择信号区域303个,涉及331个候选基因。两种方法同时检测到的候选基因有5个,其中HVCN 1与精子的活力和低温耐受相关,TRAF 3IP1和PER 2与机体免疫功能相关。综上所述,合川黑猪保种群体遗传多样性较丰富,但部分个体间存在较大的近交风险,各家系中个体数量的差异明显,个别家系内公猪个体数量少,存在血统流失风险。此外,在适应性进化过程中,合川黑猪繁殖和免疫性状相关的基因受到了一定程度的选择作用。 展开更多
关键词 合川黑猪 50K SNP芯片 遗传多样性 遗传结构 选择信号
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基于SNP芯片的盆周山地猪保种群体保种效果评估 被引量:6
4
作者 龙熙 柴捷 +5 位作者 陈力 潘红梅 张亮 陈四清 郭宗义 张廷焕 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2022年第S01期358-365,共8页
为了更好地保护和利用盆周山地猪这一遗传资源,利用猪50K SNP芯片,对盆周山地猪保种群内所含的152头健康种猪进行了SNP检测,利用Plink软件计算群体的多态性标记比例、期望杂合度、观测杂合度,SNeP(V1.1)软件计算有效群体含量;利用Plink... 为了更好地保护和利用盆周山地猪这一遗传资源,利用猪50K SNP芯片,对盆周山地猪保种群内所含的152头健康种猪进行了SNP检测,利用Plink软件计算群体的多态性标记比例、期望杂合度、观测杂合度,SNeP(V1.1)软件计算有效群体含量;利用Plink软件构建状态同源(IBS)矩阵,Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵;利用Mega X(V10.0)分析盆周山地猪保种群家系结构;利用Plink软件计算每个样本的连续性纯合片段(ROH)个数和长度,并计算基于ROH的近交系数。结果表明,整个盆周山地猪保种群体的多态性标记比例为0.6601,有效群体含量为7.4头;群体期望杂合度为0.2892、观测杂合度为0.2947;群体平均IBS遗传距离为(0.2341±0.0273),公猪的平均IBS距离为(0.2280±0.0335);现有群体大致可分为5个包含公猪的家系和1个不含公猪的家系,家系A和D的公猪数量相对较少;在盆周山地猪保种群中共发现ROH片段3737个,含21~25个ROH的个体数量占比最多(32.24%),ROH长度在100~200 Mb的个体数量占比最多(42.11%),群体平均近交系数为0.085。综上所述,盆周山地猪保种群体遗传多样性较丰富,但部分个体间存在较大的近交风险,群体家系较少,个别家系内公猪个体数量少,存在血统流失风险。 展开更多
关键词 盆周山地猪 50K SNP芯片 保种群体 遗传结构 保种效果
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低温嫩化过程中猪肉质构和感官性状的变化 被引量:7
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作者 张廷焕 陈磊 +2 位作者 潘红梅 王金勇 帅素容 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2014年第19期89-92,共4页
以商品肉猪背最长肌为研究对象,在低温(4℃)条件下进行了24h(1d)、72h(3d)、144h(6d)3个时间段的嫩化处理,利用Warner Bratzler剪切力测定、质构剖面分析(TPA)和感官评定,分析了各处理组样品质构和感官性状随嫩化时间迁移... 以商品肉猪背最长肌为研究对象,在低温(4℃)条件下进行了24h(1d)、72h(3d)、144h(6d)3个时间段的嫩化处理,利用Warner Bratzler剪切力测定、质构剖面分析(TPA)和感官评定,分析了各处理组样品质构和感官性状随嫩化时间迁移的变化。结果表明感官评定的硬度、弹性、多汁性随着嫩化时间增加持续显著下降(P〈0.05);剪切力测定的硬度、最大剪切力、平均剪切力仅在嫩化前期(1~3d)有显著下降(P〈0.05);TPA分析的弹性和粘性在前期(1—3d)有显著的增加(P〈0.05),硬度和咀嚼性在后期(3-6d)有显著的下降(P〈0.05),回复性在持续嫩化6d后显著的增加(P〈0.05),粘着性没有随嫩化时间增加而变化(P〈0.05)。本实验结合仪器和感官两种测定方法,分析了猪肉质构和感官性状在不同嫩化时间的变化趋势,为优化猪肉的嫩化成熟工艺提供了科学依据。 展开更多
关键词 低温嫩化 猪肉 质构性状 感官性状
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湿热环境对生长育肥猪生长性能的影响 被引量:7
6
作者 柴捷 张廷焕 +2 位作者 王金勇 郭宗义 龙熙 《家畜生态学报》 北大核心 2022年第3期25-29,共5页
研究湿热环境中温度、湿度以及温度湿度复合效应对生长育肥猪生长性能的影响,试验在夏季高温高湿气候条件下将生长育肥猪由(32±1.7)kg饲喂至(97±2.1)kg,将135头生长育肥猪分为9组,分别在7、8、9月初(各3组)开始进行饲喂,尽可... 研究湿热环境中温度、湿度以及温度湿度复合效应对生长育肥猪生长性能的影响,试验在夏季高温高湿气候条件下将生长育肥猪由(32±1.7)kg饲喂至(97±2.1)kg,将135头生长育肥猪分为9组,分别在7、8、9月初(各3组)开始进行饲喂,尽可能涵盖不同体重猪在不同温度和湿度区间下生产性能的变化,使用Osbern全自动种猪性能测定系统实时监测猪采食量及体重变化,同时监测室内外环境温湿度变化情况。结果表明:(1)高温(>27℃)显著影响(P<0.05)不同体重区间生长育肥猪的料重比和日增重,温度越高,生长育肥猪的日增重(ADG)越低,料重比(F/G)越高;(2)湿度对不同体重区间生长育肥猪的料重比和日增重影响并不显著(P>0.05),但总体来说随着湿度的增加生长育肥猪的料重比呈增大的趋势,平均日增重呈减小的趋势;(3)温湿指数(THI)结果显示,当THI>72时会显著(P<0.05)影响不同体重区间生长育肥猪的料重比和日增重,THI指数越高,生长育肥猪的日增重越低,料重比越高。试验结果说明,高温高湿环境中温度高于27℃会显著影响生长育肥猪生长性能的发挥,同样相对湿度高于80%也会影响生长育肥猪生长性能的发挥,而THI指数高于72时,生长育肥猪生长性能会受到抑制。 展开更多
关键词 湿热环境 生长育肥猪 日增重 料重比 温湿指数
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猪EIF2S3基因启动子的克隆、活性及转录调控元件分析 被引量:4
7
作者 龙熙 柴捷 +3 位作者 赵久刚 蓝静 郭宗义 张廷焕 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第A01期38-44,共7页
旨在初步分析猪EIF2S3基因的启动子活性以及转录调控元件。利用生物信息学分析、PCR扩增、基因克隆、细胞转染、双荧光素酶活性分析等方法,获得了EIF2S3基因启动子区域的序列特征,构建了不同片段长度的EIF2S3基因启动子区的双荧光素酶... 旨在初步分析猪EIF2S3基因的启动子活性以及转录调控元件。利用生物信息学分析、PCR扩增、基因克隆、细胞转染、双荧光素酶活性分析等方法,获得了EIF2S3基因启动子区域的序列特征,构建了不同片段长度的EIF2S3基因启动子区的双荧光素酶报告基因载体并分析了其荧光素酶活性,进而确定了EIF2S3基因的核心启动子区域以及关键的调控区域,最后还预测了关键调控区域的转录因子及其结合位点。结果表明,EIF2S3基因候选启动子区包含3个核心启动子以及2个Cp G岛;-706~+200 bp为EIF2S3基因的核心启动子区域,-706~-253 bp为EIF2S3基因启动子的关键调控区域,且发挥正向调节作用,而-1 563~-706 bp不存在任何对EIF2S3基因启动子活性有影响的调控元件; EIF2S3基因启动子的关键调控区域包含440个转录因子结合位点,且多个转录因子在此区域均有多个结合位点,如SP1、KLF4、Myo D1、Myo G、NFKB1。为进一步研究猪EIF2S3基因的表达机制奠定了基础。 展开更多
关键词 EIF2S3 启动子 转录活性 转录因子
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不同的制样温度、方向和剪切速度对猪肉剪切力测定的影响 被引量:5
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作者 张廷焕 陈磊 +2 位作者 潘红梅 王金勇 邱进杰 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期138-141,146,共5页
嫩度是猪肉食用品质的重要影响因素,但目前嫩度评估常用的剪切力缺乏一套标准化的评定方法。本文旨在研究样品不同制样方向(肌肉方向、肌纤维方向)、不同水浴温度(72、80℃)和不同剪切速度(1、2和3 mm/s)对猪肉最大剪切力、硬度和平均... 嫩度是猪肉食用品质的重要影响因素,但目前嫩度评估常用的剪切力缺乏一套标准化的评定方法。本文旨在研究样品不同制样方向(肌肉方向、肌纤维方向)、不同水浴温度(72、80℃)和不同剪切速度(1、2和3 mm/s)对猪肉最大剪切力、硬度和平均剪切力的影响。结果表明:不同的制样方向、水浴温度和剪切速度对剪切力测定影响较大,而且肉样预处理最佳的水浴温度为72℃,最佳的剪切速度为2 mm/s,最佳的制样方向为平行于肌纤维方向。本文结果可为制定标准化的猪肉嫩度评定方法提供理论依据。 展开更多
关键词 剪切力 水浴温度 剪切速度 制样方向
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湿热环境中温度和风速对妊娠母猪血清生化指标的影响 被引量:3
9
作者 柴捷 陈磊 +4 位作者 郭宗义 王金勇 张廷焕 龙熙 蒲红州 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期673-678,共6页
【目的】本研究旨在研究湿热环境中不同温度和风速对妊娠母猪的相关生化指标的影响。【方法】本实验选取年龄、体重相近、身体健康的妊娠母猪共20头,饲养于水帘风机猪舍,分别测定不同风速区间、温度中猪只的皮质醇(Cortistatin,CORT),... 【目的】本研究旨在研究湿热环境中不同温度和风速对妊娠母猪的相关生化指标的影响。【方法】本实验选取年龄、体重相近、身体健康的妊娠母猪共20头,饲养于水帘风机猪舍,分别测定不同风速区间、温度中猪只的皮质醇(Cortistatin,CORT),丙二醛(Malondialdehyde,MDA),热应激蛋白70(Heat Shock Protein 70,HSP70)水平。【结果】风速、温度以及二者的互作效应能显著影响妊娠母猪血清中CORT的浓度(P<0.05);血清中MDA和HSP70的浓度受到环境参数的显著影响,当温度超过等热区时,随着温度升高,血清中MDA和HSP70浓度显著升高(P<0.05),风速对这二者的影响不显著(P>0.05)。【结论】该实验结果显示,在我国西南地区,湿热环境会影响猪只体内的生化指标,造成一定的热应激,合理的增强圈舍风速,降低舍内温度能够一定程度的降低妊娠母猪的热应激。 展开更多
关键词 湿热环境 温度 风速 生化指标 应激
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猪MITF-M的转录调控分析 被引量:3
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作者 张廷焕 柴捷 +1 位作者 陈磊 龙熙 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2349-2358,共10页
旨在研究猪MITF-M(microphthalmia associated transcription factor M)转录调控区域活性以及验证重要转录因子。以猪DNA为模板,利用PCR扩增获得MITF-M转录调控区,基因克隆得到5′端缺失重组载体,运用双荧光素酶报告基因试验进行转录活... 旨在研究猪MITF-M(microphthalmia associated transcription factor M)转录调控区域活性以及验证重要转录因子。以猪DNA为模板,利用PCR扩增获得MITF-M转录调控区,基因克隆得到5′端缺失重组载体,运用双荧光素酶报告基因试验进行转录活性分析,再通过干扰RNA试验验证重要转录因子。本试验成功克隆得到MITF-M 6 414bp的转录调控区域;构建了9个调控区5′端缺失重组载体;鉴定出MITF-M转录调控区内3个转录活性显著变化区域(P<0.001),分别是位于-1 140~-1 397和-5 429~-6 036bp的正调控区域、-2 470~-3 753bp的负调控区域;发现了转录因子KLF4显著负向调控MITF-M的转录活性(P<0.01)。结果提示,转录因子KLF4抑制MITF-M的转录活性,调控黑色素细胞色素的合成与沉积,从而影响猪毛色的表型。本试验为进一步研究猪MITF-M基因的表达机制奠定了基础,对深入研究猪毛色变化的表达调控机理具有重要意义。 展开更多
关键词 MITF-M 转录活性 KLF4
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猪EIF2S3基因克隆测序及其组织表达谱分析 被引量:1
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作者 龙熙 张廷焕 +5 位作者 赵久刚 蓝静 柴捷 郭宗义 王金勇 张亮 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期2062-2069,共8页
【目的】克隆猪EIF2S3基因mRNA全长,并进行生物信息学分析及检测其在猪各组织中的表达特征,为研究真核翻译起始因子2(eIF2)蛋白γ亚基的生物学功能打下基础。【方法】以荣昌猪胸腺mRNA为模板,采用RCAE-PCR克隆EIF2S3基因的m RNA全长序列... 【目的】克隆猪EIF2S3基因mRNA全长,并进行生物信息学分析及检测其在猪各组织中的表达特征,为研究真核翻译起始因子2(eIF2)蛋白γ亚基的生物学功能打下基础。【方法】以荣昌猪胸腺mRNA为模板,采用RCAE-PCR克隆EIF2S3基因的m RNA全长序列,在线完成各种生物信息学分析后,利用实时荧光定量PCR分析猪EIF2S3基因的组织表达特征。【结果】猪EIF2S3基因mRNA全长1813 bp,其中蛋白质编码区(CDS)长1419 bp,5'UTR区、3'UTR区分别长14和380 bp,编码472个氨基酸。EIF2S3蛋白分子量51.1 kD,理论等电点(pI)8.62,包含58个带正电的氨基酸和52个带负电的氨基酸,其前体蛋白靠近N端区域有一个强疏水区;EIF2S3蛋白的空间结构由α-螺旋、β-折叠、延伸及无规则卷曲构成。EIF2S3蛋白氨基酸序列与狗和大白鼠的相似性最高(99.6%),其次是马、猫、牛、羊和人类(99.4%),与斑马鱼的相似性最低(96.6%)。EIF2S3基因在猪的心脏、胸腺和淋巴组织中表达量较高,在脾脏和肌肉中呈中度表达,在肾脏中的表达量较低,而在肝脏中基本不表达。【结论】猪EIF2S3基因全长1813 bp,在核酸和氨基酸水平上与其他物种的EIF2S3基因高度同源,尤其与狗和大白鼠的遗传距离最近;其在猪心脏、胸腺和淋巴组织中的表达量较高,在肝脏中基本不表达,据此推测EIF2S3参与合成的蛋白更多地参与心脏泵血和免疫相关功能,基本不发挥能量代谢功能。 展开更多
关键词 真核翻译起始因子2(eIF2) EIF2S3基因 克隆 序列分析 组织表达谱
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猪miR-378种子序列的多态性对其功能以及胴体性状的影响 被引量:2
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作者 张廷焕 张利娟 +1 位作者 陈四清 郭宗义 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期154-162,共9页
本研究旨在探索miR-378种子序列多态性对其结构、功能和猪胴体性状的影响。利用荣昌猪和亚洲野猪的单核苷酸多态性(SNP)进行群体遗传选择分析,预测miR-378种子序列的多态性对其结构的改变,统计不同猪种中等位基因频率;采用microRNA类似... 本研究旨在探索miR-378种子序列多态性对其结构、功能和猪胴体性状的影响。利用荣昌猪和亚洲野猪的单核苷酸多态性(SNP)进行群体遗传选择分析,预测miR-378种子序列的多态性对其结构的改变,统计不同猪种中等位基因频率;采用microRNA类似物验证种子序列多态性对miR-378在脂肪细胞中功能以及相关基因表达的影响;运用猪屠宰测定数据与miR-378基因型进行关联分析。结果发现,荣昌猪miR-378位点具有极强的受选择信号,miR-378-3p种子序列第5位出现了A>G的突变,在不同猪种中该位点等位基因频率不同,其中人工选择越强的猪种A等位基因频率越高;该突变会抑制miR-378在脂肪细胞中促进脂质生成的功能,同时会消除miR-378对脂肪分化相关基因(PGC-1α和PGC-1β)以及脂肪分解代谢相关基因(HSL、ATGL和CGI-58)的调控作用;而且该位点的基因型与猪胴体性状显著相关,GG型的背膘厚显著高于AG型和AA型,AA型眼肌面积显著高于GG型。本研究发现的miR-378种子序列这个多态性位点可作为猪生长、胴体性状辅助选择的分子标记应用于猪的育种实践中。 展开更多
关键词 miR-378 种子序列 多态性 脂质生成 背膘厚 眼肌面积
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荣昌猪、长白猪先天免疫候选基因筛选
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作者 龙熙 赵久刚 +3 位作者 柴捷 潘红梅 张亮 张廷焕 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2021年第S01期373-380,共8页
旨在探究影响荣昌猪和长白猪机体先天免疫功能的候选基因。以新生荣昌猪、长白猪胸腺为研究对象,利用RNA-seq分析荣昌猪、长白猪胸腺组织中的差异表达基因,同时对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并通过qRT-PCR验证RNA-seq结果的准确... 旨在探究影响荣昌猪和长白猪机体先天免疫功能的候选基因。以新生荣昌猪、长白猪胸腺为研究对象,利用RNA-seq分析荣昌猪、长白猪胸腺组织中的差异表达基因,同时对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并通过qRT-PCR验证RNA-seq结果的准确性。结果表明:在新生荣昌猪和长白猪胸腺中,差异倍数在2倍以上的基因共421个,其中,荣昌猪相对长白猪上调的有231个,下调的有190个。GO富集分析发现,这些差异表达基因主要富集在清道夫受体活性、G蛋白偶联受体结合、T细胞活化、细胞分泌调节、胞吐作用调节、SNARE复合物组装调节等生物学过程。KEGG通路分析发现,这些差异表达基因主要参与细胞因子-细胞因子受体互作、cAMP信号、代谢(磷脂酶D、半胱氨酸和蛋氨酸)及一些疾病(非洲锥形病、癌症)相关信号通路。6个差异表达基因的RT-qPCR结果表明,此次RNA-seq的结果准确可靠。综合差异表达基因、GO和KEGG信号通路结果发现,TMSB15A和STAB2、SAA1和HP分别是荣昌猪和长白猪胸腺先天免疫的候选基因。 展开更多
关键词 先天免疫 RNA-SEQ 候选基因 抗病
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猪STAB2基因启动子的克隆及转录活性分析
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作者 龙熙 张廷焕 +1 位作者 郭宗义 柴捷 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第S01期346-351,共6页
旨在克隆和分析猪STAB2基因启动子及其转录活性。利用基因克隆、双荧光素酶报告基因系统以及生物信息学分析等方法,克隆得到了STAB2基因转录起始位点上游1997 bp的候选启动子序列并对其序列特征进行了分析,同时,构建了不同长度的5′端... 旨在克隆和分析猪STAB2基因启动子及其转录活性。利用基因克隆、双荧光素酶报告基因系统以及生物信息学分析等方法,克隆得到了STAB2基因转录起始位点上游1997 bp的候选启动子序列并对其序列特征进行了分析,同时,构建了不同长度的5′端缺失的重组载体并利用双荧光素酶报告基因系统分析了其荧光素酶活性,进而确定了STAB2基因的核心启动子区域及关键调控区域,并对关键调控区域内的转录因子及其结合位点进行了分析。结果表明:STAB2基因的候选启动子区域内包含4个核心启动子和1个CpG岛;-309--39 bp为STAB2基因的关键调控区域,-1045--309 bp可能存在一个正向调控元件,而-1506--1045 bp可能存在一个负向调控元件;STAB2基因的关键调控区域内包含72个转录因子结合位点,部分转录因子在这一区域具有多个结合位点,如Arnt∶∶Ahr、ZNF354C、Klf4和KLF5,并且,转录因子结合位点之间也存在重合区。为进一步研究猪STAB2基因的表达调控机制以及其在调控猪抗病和肌肉品质中的功能提供了理论依据。 展开更多
关键词 STAB2 启动子 克隆 转录活性
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序列变异对miR-378生物发生以及靶标关系的影响
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作者 张廷焕 郭宗义 +4 位作者 柴捷 潘红梅 张亮 陈磊 龙熙 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期205-214,共10页
本研究旨在探索序列变异对miR-378的结构、表达水平以及靶标关系的影响。利用PCR测序比对不同猪种miR-378的序列突变,预测突变对miR-378二级结构和自由能的改变;构建miR-378表达载体检测突变对其加工过程中各级产物表达水平的作用;运用T... 本研究旨在探索序列变异对miR-378的结构、表达水平以及靶标关系的影响。利用PCR测序比对不同猪种miR-378的序列突变,预测突变对miR-378二级结构和自由能的改变;构建miR-378表达载体检测突变对其加工过程中各级产物表达水平的作用;运用TargetScan和TargetRank对突变引起的靶标关系变化进行分析;采用microRNA pull-down技术验证突变对靶标关系的影响。结果发现,在荣昌猪和内江猪群体内pre-miR-378的+49和+68位均发生A>G的序列变异,且改变了pre-miR-378的二级结构和自由能;这两个位点突变后影响了pri-miR-378到pre-miR-378的加工过程,提升了pre-miR-378和成熟体miR-378的表达水平;同时+49/A>G的突变改变了miR-378的功能及其靶标关系,其中GDF6和RAB10分别为突变后获得和缺失的靶基因,而Runx1t1、Galnt3为不受突变影响的靶基因。本研究的结果强调了miRNAs序列变异的重要性及其对miRNAs生物发生和功能的显著影响。 展开更多
关键词 miR-378 序列变异 生物发生 靶基因
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非洲猪瘟病毒对猪肺泡巨噬细胞mRNAs和microRNAs表达模式的影响
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作者 张廷焕 柴捷 +2 位作者 陈力 龙熙 郭宗义 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2022年第S01期348-357,共10页
旨在探究非洲猪瘟(ASFV)病毒感染猪肺泡巨噬细胞后在体内的作用方式。以感染ASFV的猪肺泡巨噬细胞(PAMs)的mRNAs和microRNAs测序数据为基础,利用生物信息学软件对数据进行处理,得到了一批差异表达基因;利用基因功能富集和对应蛋白互作... 旨在探究非洲猪瘟(ASFV)病毒感染猪肺泡巨噬细胞后在体内的作用方式。以感染ASFV的猪肺泡巨噬细胞(PAMs)的mRNAs和microRNAs测序数据为基础,利用生物信息学软件对数据进行处理,得到了一批差异表达基因;利用基因功能富集和对应蛋白互作解析生物学通路;再利用mRNAs和microRNAs的互作方式确认重要的靶标关系。结果表明:ASFV改变了PAMs中1181个基因的表达量;主要调控宿主在能量代谢过程(如脂质分解、有机羟基化合物代谢、碳水化合物分解代谢、一元羧酸代谢),以及细胞周期过程(如有丝分裂细胞周期过程、细胞周期相变、细胞周期的正向调控);ASFV还引起了PAMs中25个microRNAs的差异表达,包括病毒相关的miR-27b-3p、miR-193a-3p、miR-132等;而miR-27b-3p作为表达丰度最高的差异microRNA,它与一些重要的差异基因(如PLK2、HSP90AA1等)存在着靶标关系,进而调控机体免疫和细胞周期相关通路。综上所述,ASFV感染PAMs后的作用方式包括破坏宿主在能量代谢和细胞周期方面的稳态,以及打破了机体microRNAs调节平衡;其中miR-27b-3p等小RNAs可以作为ASFV研究的靶向分子。 展开更多
关键词 ASFV 猪肺泡巨噬细胞 MRNAS MICRORNAS
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miR-378促进脂质生成相关靶基因鉴定
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作者 张廷焕 龙熙 +1 位作者 郭宗义 柴捷 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期80-87,共8页
旨为验证miR-378在脂肪细胞中的功能,及其脂质相关靶基因的筛选和鉴定。利用miR-378类似物转染3T3-L1细胞,验证miR-378在脂肪细胞中的功能;根据靶标位点的保守性以及促脂功能确定miR-378潜在靶基因;采用microRNA pulldown技术验证miR-37... 旨为验证miR-378在脂肪细胞中的功能,及其脂质相关靶基因的筛选和鉴定。利用miR-378类似物转染3T3-L1细胞,验证miR-378在脂肪细胞中的功能;根据靶标位点的保守性以及促脂功能确定miR-378潜在靶基因;采用microRNA pulldown技术验证miR-378与靶基因的靶标关系;运用双荧光素报告基因实验确定miR-378与靶基因的结合位点。结果发现,miR-378可以通过增加脂质合成和减少脂质分解两条途经来促进脂肪细胞中脂质生成,确定了miR-378与Runx1t1、Galnt3、和RAB10的靶标关系以及结合的靶位点。 展开更多
关键词 miR-378 脂质生成 microRNA pulldown 靶基因 靶位点
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生猪无抗养殖研究进展 被引量:2
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作者 张廷焕 郭宗义 《畜禽业》 2016年第4期28-29,共2页
多年来,在规模化养猪生产过程中,使用抗生素类饲料添加剂是预防猪病和促进猪只生长的主要手段。但是,因抗生素的大量和长期使用而带来的药物残留问题、病原菌的耐药性问题以及猪肉安全问题等,越来越困扰着百姓的生活。2000年丹麦率先实... 多年来,在规模化养猪生产过程中,使用抗生素类饲料添加剂是预防猪病和促进猪只生长的主要手段。但是,因抗生素的大量和长期使用而带来的药物残留问题、病原菌的耐药性问题以及猪肉安全问题等,越来越困扰着百姓的生活。2000年丹麦率先实施"无抗养猪",顾名思义,即为不含抗生素的生猪养殖。养殖过程中以不含抗生素的饲料为原料,生猪屠宰时也检测不到抗生素, 展开更多
关键词 生猪养殖 抗生素类饲料添加剂 规模化养猪 生产过程 残留问题 安全问题 养殖过程 生猪屠宰
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荣昌猪初产繁殖性状的全基因组关联研究 被引量:12
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作者 吴平先 陈力 +5 位作者 龙熙 柴捷 张廷焕 徐顺来 郭宗义 王金勇 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期103-112,共10页
旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因,为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型,经过质量控制和基因型填充后,保留35 046个SNPs用于分析。采用主成分分析... 旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因,为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型,经过质量控制和基因型填充后,保留35 046个SNPs用于分析。采用主成分分析法研究群体结构,利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将出生年、出生月作为固定效应,将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示,在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP;在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs, 3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180 bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重,1个显著的SNP(SSC1:279 214 647 bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数,暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能,确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重的重要候选基因,MSH3和CBLB基因为影响荣昌猪死胎数的重要候选基因。以上结果为荣昌猪繁殖性状提供了重要的遗传变异位点和候选基因,也为荣昌猪繁殖性状的基因组选择提供了重要的理论基础。 展开更多
关键词 荣昌猪 全基因组关联分析 产仔数 死胎数 初生窝重
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