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巨龙竹叶绿体基因组密码子偏好性分析
被引量：
1
1
作者
曹建杰
辉朝茂
+4 位作者
向自乾
蔡霖
胡梦茹
张寻梦
刘蔚漪
《西南农业学报》
北大核心
2025年第4期673-682,共10页
【目的】探究巨龙竹(Dendrocalamus sinicus)叶绿体基因组密码子的使用模式及其影响因素,旨在为巨龙竹分子水平研究和物种保护等方面提供参考。【方法】在NCBI数据库中通过GenBank登录号MK962316.1下载相关序列,使用软件Codon W、CUSP、...
【目的】探究巨龙竹(Dendrocalamus sinicus)叶绿体基因组密码子的使用模式及其影响因素,旨在为巨龙竹分子水平研究和物种保护等方面提供参考。【方法】在NCBI数据库中通过GenBank登录号MK962316.1下载相关序列,使用软件Codon W、CUSP、SPSS和Excel等对巨龙竹52条基因组序列进行分析。【结果】巨龙竹叶绿体基因组的GC平均含量为39.4%,低于50%,呈GC_(1)(47.75%)>GC_(2)(39.55%)>GC_(3)(31.47%)的趋势,且分布不均匀,说明基因组偏好以A或U结尾,且第3位比第1位和第2位碱基更偏好使用A或U;ENC均值为50.51,占比为86.54%,CAI均值为0.167,CBI均值为-0.086,FOP均值为0.359,这表明密码子使用偏好性较弱。相关性分析显示,碱基组成对密码子使用偏好性影响显著,且第3位密码子碱基组成的影响最大。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot等绘图结果表明,影响巨龙竹密码子偏好性的多个因素中,主导因素是自然选择。确定了13个最优密码子(GCA、GCU、GAU、UUU、GGU、AAA、UUA、CAA、CGU、AGU、ACU、GUA、GUU),均以A或U结尾。【结论】巨龙竹叶绿体基因组密码子偏好性较弱,偏好使用A或U结尾,除主要受自然选择压力的影响外,还受到碱基组成和突变压力的影响;共筛选出13个最优密码子,可用于巨龙竹种质改良和遗传创新等领域研究。
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关键词
巨龙竹
叶绿体基因组
密码子偏好性
最优密码子
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职称材料
基于图像和YOLOv3的番茄果实表型参数计算及重量模拟
被引量：
1
2
作者
张寻梦
赵子皓
江晓东
《江苏农业科学》
北大核心
2023年第10期193-201,共9页
为了便捷准确地计算番茄果实长度、宽度和投影面积表型参数并模拟果实重量,以番茄粉冠F 1为试验材料,利用YOLOv3深度学习模型检测和裁切番茄果实图像,利用像素计算来分割番茄果实区域,将计算果实区域的6个特征参数输入线性回归模型、BP...
为了便捷准确地计算番茄果实长度、宽度和投影面积表型参数并模拟果实重量,以番茄粉冠F 1为试验材料,利用YOLOv3深度学习模型检测和裁切番茄果实图像,利用像素计算来分割番茄果实区域,将计算果实区域的6个特征参数输入线性回归模型、BP神经网络模型、支持向量机(SVM)模型中反演果实重量,以期从图像中获取番茄果实表型参数及重量模拟结果。结果表明,YOLOv3模型对番茄果实检测的平均精确度(AP)为90.06%;用果实长度、宽度、投影面积计算的平均相对误差分别为3.37%、5.65%、5.49%;用线性回归模型、BP神经网络模型、SVM模型模拟得到的果实重量的平均相对误差分别为44.68%、17.38%、6.45%。研究结果证实,从图像处理中获取番茄果实长度、宽度、投影面积表型参数是可行的,SVM模型对番茄果实重量的模拟精度较高。
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关键词
番茄
果实
表型参数
重量
YOLOv3模型
支持向量机模型
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职称材料
竹子组织培养研究进展
被引量：
1
3
作者
张寻梦
辉朝茂
+3 位作者
曹建杰
胡梦茹
蔡霖
向自乾
《绿色科技》
2024年第7期143-148,162,共7页
竹子由于其特殊的生物学特性,导致繁殖困难,成本较高,制约了竹产业发展,难以满足市场需求。目前最有效的解决方法是通过组织培养获得竹类植物再生,以实现快速繁殖和缩减成本,提高育种质量和获得具有杂种优势的优良植株,以及优良品种选...
竹子由于其特殊的生物学特性,导致繁殖困难,成本较高,制约了竹产业发展,难以满足市场需求。目前最有效的解决方法是通过组织培养获得竹类植物再生,以实现快速繁殖和缩减成本,提高育种质量和获得具有杂种优势的优良植株,以及优良品种选育和突变体筛选。结果表明:目前竹子的组培最有效的方法是通过胚培养、以芽繁芽、愈伤组织培养3种方式。尽管成功构建了一些竹种的组培快繁高效再生技术体系,但仍有很多问题亟待解决,存在材料褐化、玻璃化和污染,散生竹的组织培养在离体快速繁殖和植株再生体系的建立方面没有取得突破性进展,难以建立高效稳定的快繁与再生体系,悬浮培养与原生质体培养体系有待进一步完善,竹子开花的不稳定性导致种胚材料有限等问题,极大限制了竹类植物组织培养的研究。对此,建立与不同竹类相对应的组织培养快繁技术体系是目前迫切需要解决的问题,只有这样才可以有效地保护与开发利用。随着竹子试管苗开花诱导、组培技术研究的进一步深入,竹子生物技术育种面临的难题将会有突破性、实质性的进展,对竹产业的发展及生态、经济、社会效益也将进一步提高。
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关键词
竹子
组织培养
快速繁殖
再生体
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职称材料
题名
巨龙竹叶绿体基因组密码子偏好性分析
被引量：
1
1
作者
曹建杰
辉朝茂
向自乾
蔡霖
胡梦茹
张寻梦
刘蔚漪
机构
西南林业大学竹藤科学研究院
国家林业和草原局丛生竹工程技术中心
出处
《西南农业学报》
北大核心
2025年第4期673-682,共10页
基金
国家重点研发计划项目(2021YFD2200501)
云南省基础研究项目(202201AT070053)
+1 种基金
云南省农业联合专项项目(202301BD070001-123)
昌宁、澜沧农民院士科技服务站项目。
文摘
【目的】探究巨龙竹(Dendrocalamus sinicus)叶绿体基因组密码子的使用模式及其影响因素,旨在为巨龙竹分子水平研究和物种保护等方面提供参考。【方法】在NCBI数据库中通过GenBank登录号MK962316.1下载相关序列,使用软件Codon W、CUSP、SPSS和Excel等对巨龙竹52条基因组序列进行分析。【结果】巨龙竹叶绿体基因组的GC平均含量为39.4%,低于50%,呈GC_(1)(47.75%)>GC_(2)(39.55%)>GC_(3)(31.47%)的趋势,且分布不均匀,说明基因组偏好以A或U结尾,且第3位比第1位和第2位碱基更偏好使用A或U;ENC均值为50.51,占比为86.54%,CAI均值为0.167,CBI均值为-0.086,FOP均值为0.359,这表明密码子使用偏好性较弱。相关性分析显示,碱基组成对密码子使用偏好性影响显著,且第3位密码子碱基组成的影响最大。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot等绘图结果表明,影响巨龙竹密码子偏好性的多个因素中,主导因素是自然选择。确定了13个最优密码子(GCA、GCU、GAU、UUU、GGU、AAA、UUA、CAA、CGU、AGU、ACU、GUA、GUU),均以A或U结尾。【结论】巨龙竹叶绿体基因组密码子偏好性较弱,偏好使用A或U结尾,除主要受自然选择压力的影响外,还受到碱基组成和突变压力的影响;共筛选出13个最优密码子,可用于巨龙竹种质改良和遗传创新等领域研究。
关键词
巨龙竹
叶绿体基因组
密码子偏好性
最优密码子
Keywords
Dendrocalamus sinicus
Chloroplast genome
Codon usage bias
Optimal codons
分类号
S795 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
基于图像和YOLOv3的番茄果实表型参数计算及重量模拟
被引量：
1
2
作者
张寻梦
赵子皓
江晓东
机构
南京信息工程大学气象灾害预报预警与评估协同创新中心
江苏省农业气象重点实验室
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2023年第10期193-201,共9页
基金
国家重点研发计划(编号:2019YFD1002202)。
文摘
为了便捷准确地计算番茄果实长度、宽度和投影面积表型参数并模拟果实重量,以番茄粉冠F 1为试验材料,利用YOLOv3深度学习模型检测和裁切番茄果实图像,利用像素计算来分割番茄果实区域,将计算果实区域的6个特征参数输入线性回归模型、BP神经网络模型、支持向量机(SVM)模型中反演果实重量,以期从图像中获取番茄果实表型参数及重量模拟结果。结果表明,YOLOv3模型对番茄果实检测的平均精确度(AP)为90.06%;用果实长度、宽度、投影面积计算的平均相对误差分别为3.37%、5.65%、5.49%;用线性回归模型、BP神经网络模型、SVM模型模拟得到的果实重量的平均相对误差分别为44.68%、17.38%、6.45%。研究结果证实,从图像处理中获取番茄果实长度、宽度、投影面积表型参数是可行的,SVM模型对番茄果实重量的模拟精度较高。
关键词
番茄
果实
表型参数
重量
YOLOv3模型
支持向量机模型
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
S126 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
竹子组织培养研究进展
被引量：
1
3
作者
张寻梦
辉朝茂
曹建杰
胡梦茹
蔡霖
向自乾
机构
西南林业大学林学院
出处
《绿色科技》
2024年第7期143-148,162,共7页
文摘
竹子由于其特殊的生物学特性,导致繁殖困难,成本较高,制约了竹产业发展,难以满足市场需求。目前最有效的解决方法是通过组织培养获得竹类植物再生,以实现快速繁殖和缩减成本,提高育种质量和获得具有杂种优势的优良植株,以及优良品种选育和突变体筛选。结果表明:目前竹子的组培最有效的方法是通过胚培养、以芽繁芽、愈伤组织培养3种方式。尽管成功构建了一些竹种的组培快繁高效再生技术体系,但仍有很多问题亟待解决,存在材料褐化、玻璃化和污染,散生竹的组织培养在离体快速繁殖和植株再生体系的建立方面没有取得突破性进展,难以建立高效稳定的快繁与再生体系,悬浮培养与原生质体培养体系有待进一步完善,竹子开花的不稳定性导致种胚材料有限等问题,极大限制了竹类植物组织培养的研究。对此,建立与不同竹类相对应的组织培养快繁技术体系是目前迫切需要解决的问题,只有这样才可以有效地保护与开发利用。随着竹子试管苗开花诱导、组培技术研究的进一步深入,竹子生物技术育种面临的难题将会有突破性、实质性的进展,对竹产业的发展及生态、经济、社会效益也将进一步提高。
关键词
竹子
组织培养
快速繁殖
再生体
Keywords
bamboo
tissue culture
rapid propagation
regeneration system
分类号
S795 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
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被引量
操作
1
巨龙竹叶绿体基因组密码子偏好性分析
曹建杰
辉朝茂
向自乾
蔡霖
胡梦茹
张寻梦
刘蔚漪
《西南农业学报》
北大核心
2025
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于图像和YOLOv3的番茄果实表型参数计算及重量模拟
张寻梦
赵子皓
江晓东
《江苏农业科学》
北大核心
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
竹子组织培养研究进展
张寻梦
辉朝茂
曹建杰
胡梦茹
蔡霖
向自乾
《绿色科技》
2024
1
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职称材料
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