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基于全基因组关联分析和代谢组学筛选奶牛体细胞数性状关键基因
1
作者
罗忠泽
张宁玥
+2 位作者
李瑞瑞
马云
李新海
《山东农业科学》
北大核心
2025年第3期158-165,共8页
体细胞数性状是奶牛生产及育种中的重要经济性状之一,筛选该性状相关的重要功能基因、挖掘关键分子标记,对奶牛体细胞数性状的遗传改良具有重要意义。本研究通过全基因组关联分析(GWAS)和代谢组学联合分析筛选影响体细胞数性状的重要基...
体细胞数性状是奶牛生产及育种中的重要经济性状之一,筛选该性状相关的重要功能基因、挖掘关键分子标记,对奶牛体细胞数性状的遗传改良具有重要意义。本研究通过全基因组关联分析(GWAS)和代谢组学联合分析筛选影响体细胞数性状的重要基因及关键代谢物。首先,使用Illumina Bovine 50K SNP芯片鉴定2709头荷斯坦奶牛的基因型,利用奶牛体细胞数性状的基因组估计育种值(genomic estimated breeding value,GEBV)进行GWAS,筛选到NPFFR2、ZNF831、SLC4A4、SLMO2、SKAP1和CBX1六个候选基因;KEGG通路分析发现,候选基因主要富集在神经活性配体与受体的相互作用、胰腺分泌、胆汁分泌、近端小管碳酸氢盐再生和Rap1信号通路等生物过程。其次,选择高体细胞数(Hscc)和低体细胞数(Lscc)两种极端表型的奶牛,基于液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)进行血浆代谢组学分析,筛选出71种血浆显著差异代谢物;相较于Hscc组,Lscc组有皮质醇、醛固酮和桂皮酸乙酯等57种差异代谢物表达量上调,牛磺脱氧胆酸、相酸等14种差异代谢物表达量下调;KEGG富集分析发现显著差异代谢物主要在醛固酮调节的钠重吸收、胆汁分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐代谢、酮体的合成与降解等通路显著富集。GWAS与代谢组学联合分析表明,胆汁分泌是调控体细胞数性状的重要通路,影响胆汁分泌过程的SLC4A4基因与胆汁分泌代谢物皮质醇可作为影响奶牛体细胞数性状的关键基因和代谢物。本研究结果可为奶牛体细胞数性状的遗传改良提供重要候选基因和分子标记。
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关键词
奶牛体细胞数
SLC4A4基因
全基因组关联分析
代谢组学分析
血浆差异代谢物
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职称材料
基于不同因子筛选指标的丹江口入库月径流预报研究
2
作者
张宁玥
陈元芳
刘勇
《水电能源科学》
北大核心
2024年第5期39-42,共4页
鉴于筛选识别适宜的预报因子对于提升中长期径流预报精度的重要性,以丹江口入库月径流预报为例,选择Pearson、Kendall、Spearman相关系数及随机森林因子重要性作为因子筛选指标,利用多元回归和随机森林模型,开展基于不同因子筛选指标的...
鉴于筛选识别适宜的预报因子对于提升中长期径流预报精度的重要性,以丹江口入库月径流预报为例,选择Pearson、Kendall、Spearman相关系数及随机森林因子重要性作为因子筛选指标,利用多元回归和随机森林模型,开展基于不同因子筛选指标的丹江口入库月径流预报研究。结果表明,大气环流仍是研究流域降水及产汇流的重要影响因素,部分月份径流与前期海温关系较密切;Spearman相关系数筛选下的随机森林模型全年平均预报效果最优,全年平均合格率为72.02%,因子重要性筛选下的随机森林模型在主汛期效果更优,主汛期平均合格率为69.64%;综合预报因子下的随机森林模型精度有一定的提升,全年平均合格率为75.00%,主汛期平均合格率为71.43%,在全年内不同月份的预报效果更稳定,测试期内12个月合格率的标准差下降较显著。
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关键词
月径流预报
因子筛选指标
随机森林
多元回归
丹江口水库
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职称材料
B7-H4单抗3C8的纯化及对肿瘤免疫逃逸的阻断作用研究
3
作者
陈亚莉
李安琪
+1 位作者
张宁玥
章良
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期461-468,共8页
采用Protein G亲和色谱及DEAE阴离子交换柱色谱分离纯化精制鼠源性B7-H4单克隆抗体3C8,结合流式检测可与B7-H4/293T转基因细胞株结合的目标抗体组分,获得了纯化的鼠源性B7-H4单克隆抗体3C8。反相柱色谱检测其纯度为93%,SDS-PAGE凝胶电...
采用Protein G亲和色谱及DEAE阴离子交换柱色谱分离纯化精制鼠源性B7-H4单克隆抗体3C8,结合流式检测可与B7-H4/293T转基因细胞株结合的目标抗体组分,获得了纯化的鼠源性B7-H4单克隆抗体3C8。反相柱色谱检测其纯度为93%,SDS-PAGE凝胶电泳鉴定证明经过两步柱色谱,目标抗体的纯度大大提高。流式细胞术检测发现3C8只与B7-H4/293T转基因细胞株结合,不与Mock/293T细胞结合,并且3C8也不与B7家族其他成员的转基因细胞株结合。激光共聚焦实验显示3C8可特异性染色B7-H4/293T转基因细胞,Western blot实验发现,以3C8作为一抗,B7-H4/293T转基因细胞有阳性条带而Mock/293T细胞没有条带。用3C8作为一抗进行免疫组化,结果显示,前列腺癌和肾癌组织特异性高表达B7-H4分子,而前列腺癌旁组织和肾癌癌旁组织B7-H4呈阴性表达。T细胞体外实验显示,B7-H4-Ig可特异性与活化T细胞结合,但3C8可阻断这种结合作用,并可逆转T细胞增殖抑制作用及T细胞因子分泌抑制作用。
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关键词
单克隆抗体3C8
B7-H4
纯化
负性共刺激
免疫逃逸
阻断作用
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职称材料
题名
基于全基因组关联分析和代谢组学筛选奶牛体细胞数性状关键基因
1
作者
罗忠泽
张宁玥
李瑞瑞
马云
李新海
机构
宁夏大学动物科技学院
出处
《山东农业科学》
北大核心
2025年第3期158-165,共8页
基金
中央引导地方科技发展专项(YDZX2022153)
现代农业(奶牛)产业技术体系建设项目(CARS-36)
宁夏回族自治区重点研发计划项目(2021BEF01001,2022BBF02017)。
文摘
体细胞数性状是奶牛生产及育种中的重要经济性状之一,筛选该性状相关的重要功能基因、挖掘关键分子标记,对奶牛体细胞数性状的遗传改良具有重要意义。本研究通过全基因组关联分析(GWAS)和代谢组学联合分析筛选影响体细胞数性状的重要基因及关键代谢物。首先,使用Illumina Bovine 50K SNP芯片鉴定2709头荷斯坦奶牛的基因型,利用奶牛体细胞数性状的基因组估计育种值(genomic estimated breeding value,GEBV)进行GWAS,筛选到NPFFR2、ZNF831、SLC4A4、SLMO2、SKAP1和CBX1六个候选基因;KEGG通路分析发现,候选基因主要富集在神经活性配体与受体的相互作用、胰腺分泌、胆汁分泌、近端小管碳酸氢盐再生和Rap1信号通路等生物过程。其次,选择高体细胞数(Hscc)和低体细胞数(Lscc)两种极端表型的奶牛,基于液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)进行血浆代谢组学分析,筛选出71种血浆显著差异代谢物;相较于Hscc组,Lscc组有皮质醇、醛固酮和桂皮酸乙酯等57种差异代谢物表达量上调,牛磺脱氧胆酸、相酸等14种差异代谢物表达量下调;KEGG富集分析发现显著差异代谢物主要在醛固酮调节的钠重吸收、胆汁分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐代谢、酮体的合成与降解等通路显著富集。GWAS与代谢组学联合分析表明,胆汁分泌是调控体细胞数性状的重要通路,影响胆汁分泌过程的SLC4A4基因与胆汁分泌代谢物皮质醇可作为影响奶牛体细胞数性状的关键基因和代谢物。本研究结果可为奶牛体细胞数性状的遗传改良提供重要候选基因和分子标记。
关键词
奶牛体细胞数
SLC4A4基因
全基因组关联分析
代谢组学分析
血浆差异代谢物
Keywords
Somatic cell count in dairy cow
SLC4A4 gene
Genome-wide association study
Metabolomics analysis
Plasma differential metabolites
分类号
S823.91 [农业科学—畜牧学]
Q781 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于不同因子筛选指标的丹江口入库月径流预报研究
2
作者
张宁玥
陈元芳
刘勇
机构
河海大学水文水资源学院
南京水利科学研究院水灾害防御全国重点实验室
出处
《水电能源科学》
北大核心
2024年第5期39-42,共4页
基金
国家重点研发计划(2022YFC3202802,2021YFC3000102)。
文摘
鉴于筛选识别适宜的预报因子对于提升中长期径流预报精度的重要性,以丹江口入库月径流预报为例,选择Pearson、Kendall、Spearman相关系数及随机森林因子重要性作为因子筛选指标,利用多元回归和随机森林模型,开展基于不同因子筛选指标的丹江口入库月径流预报研究。结果表明,大气环流仍是研究流域降水及产汇流的重要影响因素,部分月份径流与前期海温关系较密切;Spearman相关系数筛选下的随机森林模型全年平均预报效果最优,全年平均合格率为72.02%,因子重要性筛选下的随机森林模型在主汛期效果更优,主汛期平均合格率为69.64%;综合预报因子下的随机森林模型精度有一定的提升,全年平均合格率为75.00%,主汛期平均合格率为71.43%,在全年内不同月份的预报效果更稳定,测试期内12个月合格率的标准差下降较显著。
关键词
月径流预报
因子筛选指标
随机森林
多元回归
丹江口水库
Keywords
monthly runoff forecasting
factor screening index
Random Forest
multiple regression
Danjiangkou Reservoir
分类号
TV121 [水利工程—水文学及水资源]
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职称材料
题名
B7-H4单抗3C8的纯化及对肿瘤免疫逃逸的阻断作用研究
3
作者
陈亚莉
李安琪
张宁玥
章良
机构
苏州大学药学院
出处
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期461-468,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.31370872)~~
文摘
采用Protein G亲和色谱及DEAE阴离子交换柱色谱分离纯化精制鼠源性B7-H4单克隆抗体3C8,结合流式检测可与B7-H4/293T转基因细胞株结合的目标抗体组分,获得了纯化的鼠源性B7-H4单克隆抗体3C8。反相柱色谱检测其纯度为93%,SDS-PAGE凝胶电泳鉴定证明经过两步柱色谱,目标抗体的纯度大大提高。流式细胞术检测发现3C8只与B7-H4/293T转基因细胞株结合,不与Mock/293T细胞结合,并且3C8也不与B7家族其他成员的转基因细胞株结合。激光共聚焦实验显示3C8可特异性染色B7-H4/293T转基因细胞,Western blot实验发现,以3C8作为一抗,B7-H4/293T转基因细胞有阳性条带而Mock/293T细胞没有条带。用3C8作为一抗进行免疫组化,结果显示,前列腺癌和肾癌组织特异性高表达B7-H4分子,而前列腺癌旁组织和肾癌癌旁组织B7-H4呈阴性表达。T细胞体外实验显示,B7-H4-Ig可特异性与活化T细胞结合,但3C8可阻断这种结合作用,并可逆转T细胞增殖抑制作用及T细胞因子分泌抑制作用。
关键词
单克隆抗体3C8
B7-H4
纯化
负性共刺激
免疫逃逸
阻断作用
Keywords
monoclonal antibody 3C8
B7-H4
purification
negative costimulation
immune evasion
blockade
分类号
R730.3 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于全基因组关联分析和代谢组学筛选奶牛体细胞数性状关键基因
罗忠泽
张宁玥
李瑞瑞
马云
李新海
《山东农业科学》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于不同因子筛选指标的丹江口入库月径流预报研究
张宁玥
陈元芳
刘勇
《水电能源科学》
北大核心
2024
0
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职称材料
3
B7-H4单抗3C8的纯化及对肿瘤免疫逃逸的阻断作用研究
陈亚莉
李安琪
张宁玥
章良
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
0
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职称材料
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