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Chapaev转座子与Transib转座子与RAG1基因起源与进化的关系 被引量:1
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作者 张化浩 熊敏 张小谷 《华中师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2016年第1期97-104,共8页
重组激活蛋白基因(recombination activating gene,RAG)是脊椎动物内特有的一类基因,在脊椎动物T细胞受体和免疫血球素基因的重排与重组过程中扮演着关键角色.基于V(D)J重组和DNA转座子重组机制的相似性,研究人员提出了"RAG转座子&... 重组激活蛋白基因(recombination activating gene,RAG)是脊椎动物内特有的一类基因,在脊椎动物T细胞受体和免疫血球素基因的重排与重组过程中扮演着关键角色.基于V(D)J重组和DNA转座子重组机制的相似性,研究人员提出了"RAG转座子"模型.本文通过序列比对,发现RAG1与Chapaev转座子整条序列(包括N端及C端)都有一定的相似性.基于它们的N端及C端分别构建系统发生树,结果显示RAG1的N末端可能起源于与Chapaev转座子关系更近的转座子,而RAG1的C末端可能起源于与Transib转座子关系更近的转座子.故此,本文提出了两种RAG1基因可能的起源模型,以期为RAG1基因的起源与进化研究提供一定参考. 展开更多
关键词 RAG1 Chapaev Transib 起源和进化
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真核生物转座子的水平转移研究进展
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作者 张化浩 张小谷 熊晓敏 《生物学杂志》 CAS CSCD 2016年第1期73-77,共5页
水平基因转移现象在原核生物中普遍存在,但在多细胞真核生物中的报道主要是关于转座子的水平转移。大量基因组测序结果表明转座子是真核生物体基因组的重要组成部分。转座子区别于基因最重要的特性是能在宿主基因组内移动和扩增,因此它... 水平基因转移现象在原核生物中普遍存在,但在多细胞真核生物中的报道主要是关于转座子的水平转移。大量基因组测序结果表明转座子是真核生物体基因组的重要组成部分。转座子区别于基因最重要的特性是能在宿主基因组内移动和扩增,因此它们可能更易于在不同物种间水平转移。水平转移是转座子避免在宿主基因组中由于遗传漂变、自然选择或者突变失活而最终灭绝的重要方式。另外,转座子的水平转移被认为是驱动基因组变异和生物革新的重要动力。鉴于此,全面地概括了转座子水平转移的鉴定方法、转移机制、转移的偏好性及其在新基因产生中的贡献。最后,还讨论了从全基因这个新视角研究真核生物转座子水平转移的迫切性、必要性和重要性。 展开更多
关键词 真核生物 转座子 水平转移
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丁香有效部位对LDL中脂类、蛋白氧化修饰及光谱学变化的抑制(英文) 被引量:10
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作者 杨琼玉 万严 +6 位作者 江慎华 郝澍 曾钧杰 张化浩 马海乐 曲文娟 沈勇根 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第1期312-320,共9页
LDL氧化修饰是致动脉粥样硬化的关键性因素。其中,在氧化修饰过程中LDL所含脂类、蛋白及其光谱学性质均会受到影响。前期研究结果发现丁香对LDL氧化修饰具有很强的抑制作用。但是,丁香是否是通过抑制脂类及蛋白氧化来实现,以及丁香是否... LDL氧化修饰是致动脉粥样硬化的关键性因素。其中,在氧化修饰过程中LDL所含脂类、蛋白及其光谱学性质均会受到影响。前期研究结果发现丁香对LDL氧化修饰具有很强的抑制作用。但是,丁香是否是通过抑制脂类及蛋白氧化来实现,以及丁香是否能抑制LDL氧化修饰后光谱学性质的改变,这些问题目前均不清楚。据此,运用紫外吸收光谱、荧光光谱等方法研究了丁香有效部位(effective fraction from clove,EFC)对LDL氧化修饰的抑制效果。研究结果表明,EFC能有效延缓脂质氧化过程中共轭二烯(CD)增殖及推后其达到最大值,并抑制胆固醇降解;也可抑制蛋白组分apoB100中Trp荧光猝灭及Lys氧化修饰和荧光光谱变化;同时也能抑制LDL中脂质与蛋白过氧化产物-脂褐素的生成;此外,该部位对LDL氧化修饰过程中紫外-可见光谱学特征的改变也有影响。论文将为丁香抗AS功能食品研发提供参考。 展开更多
关键词 丁香 有效部位 低密度脂蛋白 荧光光谱 紫外-可见光谱
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丁香有效部位对低密度脂蛋白弱氧化修饰的抑制效果 被引量:6
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作者 江慎华 万严 +3 位作者 杨琼玉 黄泽勇 张化浩 马海乐 《农业机械学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第6期242-249,共8页
低密度脂蛋白(LDL)弱氧化修饰是形成动脉粥样硬化(AS)的关键因素。为了研究丁香有效部位(EFC)对LDL弱氧化修饰的抑制效果,采用Fe^(2+)体外诱导LDL弱氧化,通过测定脂质过氧化产物共轭二烯(CD)、硫代巴比妥酸反应物(TBARS)的产生、LDL紫... 低密度脂蛋白(LDL)弱氧化修饰是形成动脉粥样硬化(AS)的关键因素。为了研究丁香有效部位(EFC)对LDL弱氧化修饰的抑制效果,采用Fe^(2+)体外诱导LDL弱氧化,通过测定脂质过氧化产物共轭二烯(CD)、硫代巴比妥酸反应物(TBARS)的产生、LDL紫外可见光谱及载脂蛋白B-100(apo B-100)中赖氨酸(Lys)游离氨基、色氨酸(Trp)活性的衰减程度反映抑制效果。结果表明,在LDL弱氧化过程中,对脂质过氧化保护方面,EFC(2.5μg/m L)能有效延缓增殖阶段CD产生,其延缓效果强于0.5μg/m L阳性对照。EFC(50μg/m L)能延缓LDL降解阶段TBARS生成,延缓效果强于10μg/m L BHT;相应质量浓度(1.25μg/m L、1.5μg/m L)的EFC能减缓LDL因为氧化而改变的紫外可见光谱。对蛋白(apo B-100)氧化保护方面,EFC(5μg/m L)能显著抑制Lys中游离氨基活性衰减(P<0.05),其抑制效果与1.25μg/m L BHT无显著性差异;EFC(1μg/m L)能保护apo B-100中Trp免受破坏。结果表明EFC能有效抑制LDL弱氧化,为后续相关功能食品研发提供了参考。 展开更多
关键词 丁香 低密度脂蛋白 弱氧化 氧化修饰
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真核生物转座子鉴定和分类计算方法 被引量:4
5
作者 许红恩 张化浩 +4 位作者 韩民锦 沈以红 黄先智 向仲怀 张泽 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1009-1019,共11页
重复序列是真核生物基因组的重要组成成分,根据其序列特征及在基因组中的存在形式,可以进一步分为串联重复、片段重复和散在重复。其中,散在重复大多起源于转座子。根据转座介质的不同,转座子又可分为DNA和逆转录转座子。转座子的转座... 重复序列是真核生物基因组的重要组成成分,根据其序列特征及在基因组中的存在形式,可以进一步分为串联重复、片段重复和散在重复。其中,散在重复大多起源于转座子。根据转座介质的不同,转座子又可分为DNA和逆转录转座子。转座子的转座和扩增对基因的进化和基因组的稳定具有显著的影响;同时与其他类型的重复序列相比,转座子的结构和分类更为复杂多样,使得对转座子的鉴定和分类更为复杂和困难。鉴于此,文章简要概括了转座子的功能及分类,总结了真核生物转座子鉴定、分类和注释的3个步骤:(1)重复序列库的构建;(2)重复序列的校正和分类;(3)基因组注释。着重介绍了每一步骤所采用的不同计算方法,比较了不同方法的优缺点。只有把多种方法结合起来使用才能实现全基因组转座子的精确鉴定、分类和注释,这将为转座子的全基因组鉴定和分类提供借鉴意义。 展开更多
关键词 真核生物 重复序列 转座子 鉴定 分类
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家蚕LTR逆转录转座子的鉴定、分类及系统发育分析
6
作者 许红恩 韩民锦 +3 位作者 张化浩 沈以红 向仲怀 张泽 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1211-1222,共12页
转座子是真核生物基因组的重要组成成分。为了研究家蚕Bombyx mori长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)逆转录转座子的分类及进化,本研究采用denovo预测和同源性搜索相结合的方法,在家蚕基因组中共鉴定出了38个LTR逆转录转座子家... 转座子是真核生物基因组的重要组成成分。为了研究家蚕Bombyx mori长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)逆转录转座子的分类及进化,本研究采用denovo预测和同源性搜索相结合的方法,在家蚕基因组中共鉴定出了38个LTR逆转录转座子家族,序列长度占整个基因组的0.64%,远小于先前预测的11.8%,其中有6个家族为本研究的新发现。38个家族中,26个家族有表达序列标签(expression sequencetag,EST)证据,表明这些家族具有潜在的活性。对有EST证据的6个家族和没有EST证据的5个家族用RT-PCR进行了组织表达谱实验,结果表明这11个家族在一些组织中有表达,这进一步证实了这些家族具有转录活性,基于此我们推测家蚕中大部分的LTR逆转录转座子家族很可能具有潜在活性。对转座子的插入时间进行估计,结果表明绝大部分元件都是最近1百万年内插入到家蚕基因组中的。我们还比较了黑腹果蝇Drosophila melanogaster、冈比亚按蚊Anopheles gambiae和家蚕B.mori中Ty3/Gypsy超家族分支的差异,结果表明不同枝在不同昆虫中有着不同的扩张。家蚕中LTR逆转录转座子的鉴定和系统分析有助于我们理解逆转录转座子在昆虫进化中的作用。 展开更多
关键词 家蚕 基因组 转座元件 LTR逆转录转座子 系统发育分析 组织表达谱
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鄱阳湖流域蒙古鲌群体形态差异研究 被引量:5
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作者 张化浩 谢桢桢 +1 位作者 胡良雄 张小谷 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2018年第6期33-39,共7页
运用传统形态度量、框架结构形态度量和几何形态学等3种鱼类形态分析方法,结合多变量判别分析、聚类分析和几何形态变形网格图分析,以丹江口水库野生群体作对照,对鄱阳湖流域5个野生群体(南北港群体、新妙湖群体、青岚湖群体、庐山西海... 运用传统形态度量、框架结构形态度量和几何形态学等3种鱼类形态分析方法,结合多变量判别分析、聚类分析和几何形态变形网格图分析,以丹江口水库野生群体作对照,对鄱阳湖流域5个野生群体(南北港群体、新妙湖群体、青岚湖群体、庐山西海群体和章江群体)和1个南昌市养殖群体,共499尾蒙古鲌(Culter mongolicus)样本的形态差异进行了研究。结果显示:通过判别分析,在3种形态分析方法中,几何形态学方法判别正确率最高,达93. 99%。聚类分析显示,南昌市人工繁育养殖群体相对独立,其次为丹江口水库野生群体,鄱阳湖流域5个野生群体聚类在一起,表明南昌市养殖群体与野生群体体侧形态有较大差异,鄱阳湖流域野生群体与丹江口水库野生群体有一定的差异,鄱阳湖流域各地理群体间形态差异相对较小。几何形态变形网格图显示,鄱阳湖野生群体与丹江口水库野生群体、南昌养殖群体间的差异主要在体高和头部区域(特别是颏部),鄱阳湖流域各地理群体形态差异主要在头部(特别是颊部)、躯干部的近背鳍区域和腹部腹缘区域。结合栖息环境条件分析,鄱阳湖流域蒙古鲌各地理群体生活水体小环境的较大差异可能是导致其形态差异的原因。 展开更多
关键词 形态差异 群体 蒙古鲌(Culter mongolicus) 鄱阳湖流域
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丁香非油类成分对LDL的氧化修饰抑制作用 被引量:6
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作者 张小霞 刘龙秀 +8 位作者 江慎华 熊依宁 郝澍 张化浩 金洪光 张良慧 曲文娟 马海乐 沈勇根 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第22期75-81,106,共8页
为研究丁香非油类成分(NCC)对低密度脂蛋白(Low density lipoprotein,LDL)的氧化抑制作用,本文采用有机溶剂萃取法分离制备得到NCC,建立Cu^(2+)-LDL氧化体系,通过测定生化及荧光指标来确定NCC抑制LDL氧化修饰有效部位及其量效关系。结... 为研究丁香非油类成分(NCC)对低密度脂蛋白(Low density lipoprotein,LDL)的氧化抑制作用,本文采用有机溶剂萃取法分离制备得到NCC,建立Cu^(2+)-LDL氧化体系,通过测定生化及荧光指标来确定NCC抑制LDL氧化修饰有效部位及其量效关系。结果显示:NCC各极性相能有效抑制LDL氧化修饰过程TBARS生成、Trp荧光淬灭、氧化产生的活性醛修饰赖氨酸(Lys)和荧光产物产生。在NCC中,乙酸乙酯相(EAF)对LDL氧化抑制作用最强,为有效部位;进一步发现,EAF对LDL氧化修饰抑制作用与浓度(5、10、15μg/mL)成正相关;三维荧光光谱表征也得到相同结果。本文为后续对丁香组成分析和功能食品研发奠定基础。 展开更多
关键词 丁香 非油类成分 低密度脂蛋白 氧化修饰 三维荧光光谱
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基于光谱学技术对丁香油与乙酸乙酯相抑制LDL非酶糖基化、氧化修饰能力的比较 被引量:4
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作者 谢志勇 谢丽琴 +7 位作者 江慎华 曲文娟 张小霞 张化浩 郝澍 张良慧 马海乐 沈勇根 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期518-527,共10页
低密度脂蛋白(LDL)非酶糖基化和氧化修饰均是导致动脉粥样硬化(AS)的关键因素。前人发现,丁香可有效抑制牛血清白蛋白(BSA)、高密度脂蛋白(HDL)糖基化修饰,丁香乙酸乙酯相(EAEC)和丁香油(CBO)均具有很强的抗氧化活性。为了确定丁香抑制... 低密度脂蛋白(LDL)非酶糖基化和氧化修饰均是导致动脉粥样硬化(AS)的关键因素。前人发现,丁香可有效抑制牛血清白蛋白(BSA)、高密度脂蛋白(HDL)糖基化修饰,丁香乙酸乙酯相(EAEC)和丁香油(CBO)均具有很强的抗氧化活性。为了确定丁香抑制LDL糖基化及氧化所对应的最有效成分,在前人研究基础上采用光谱学技术对EAEC和CBO抑制LDL糖基化及氧化功能进行了比较。首先建立LDL-葡萄糖糖基化孵育体系,通过测定糖基化早期、中期和末期产物及三维荧光光谱的变化比较CBO和EAEC抑制LDL糖基化修饰的效果。其次,建立LDL-CuSO4氧化孵育体系,通过测定荧光指标和三维荧光光谱、紫外可见波长扫描来比较两者抑制LDL氧化修饰效果。结果发现,EAEC和CBO对LDL糖基化修饰过程中产生的早期产物(Amadori产物)、中期产物(二羰基化合物)及终末期产物(戊糖素和AGEs)均具有很强的抑制效果,且EAEC的抑制效果均强于CBO;三维荧光光谱表征得到相同的结果。在LDL氧化修饰比较中,CBO对色氨酸(Trp)荧光猝灭、总荧光产物及脂褐素的生成、赖氨酸(Lys)修饰的抑制效果均显著强于非油成分的EAEC;三维荧光光谱表征也得到相同的结果;紫外、可见全波长扫描反映CBO比EAEC对共轭二烯(CD)生成及光谱红移的抑制效果更强。研究结果为后续锁定重点成分分离、纯化及研发丁香抗LDL糖基化及氧化功能食品提供参考。 展开更多
关键词 丁香 乙酸乙酯相 丁香油 低密度脂蛋白 抗氧化 抗糖基化 三维荧光光谱
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4种鲌的星耳石形态度量学比较 被引量:2
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作者 谢桢桢 张化浩 +1 位作者 胡良雄 张小谷 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期82-90,共9页
对来自9个采样点的鲌属(Culter)翘嘴鲌(C.alburnus)、蒙古鲌(C.mongolicus)、达氏鲌(C.dabryi)和近红鲌属(Ancherythroculter)黑尾近红鲌(A.nigrocauda)共810尾个体星耳石的8个特征值进行形态度量,运用Statistica软件作鲌类鱼体生长与... 对来自9个采样点的鲌属(Culter)翘嘴鲌(C.alburnus)、蒙古鲌(C.mongolicus)、达氏鲌(C.dabryi)和近红鲌属(Ancherythroculter)黑尾近红鲌(A.nigrocauda)共810尾个体星耳石的8个特征值进行形态度量,运用Statistica软件作鲌类鱼体生长与耳石生长的回归分析、形态特征值及6个形态因子和6个形态指数的多变量统计分析。结果显示:(1)4种鲌耳石形态存在极显著差异。(2)幂函数回归方程相对于直线回归方程能更好地表述鲌体生长及耳石生长关系;鲌类体质量与耳石质量、体长与耳石直径的回归方程近于线性回归关系,体质量与耳石直径、与体长回归方程幂值分别近于3.5、3,而耳石质量与耳石直径回归方程幂值近于2。耳石质量增长速度与体质量增长速度相近,但耳石质量相对耳石长度的增长速度较体质量相对体长或耳石长度的增长速度要慢。(3)鲌耳石形态度量特征值判别函数分析判别正确率达71.11%,对识别影响较大的特征值为耳石宽、耳石面积、耳石长、基叶长等;通过4种鲌耳石形态因子和形态指数的主成分分析,对识别影响较大的形态因子为F2、F1、F6、F5和形态指数为形态系数、充实度、椭圆率等。(4)采用鲌类群体耳石形态度量特征值判别分析和聚类分析,均能较好地区分翘嘴鲌3个长江群体(太湖、鄱阳湖、丹江口水库)与漓江群体、蒙古鲌鄱阳湖5个群体(新妙湖、南北港、青岚湖、庐山西海、章江),其群体聚类距离与群体间的地理距离相关联。本研究结果说明,星耳石形态度量分析能为鲌类物种或群体间关联性分析提供依据。 展开更多
关键词 鲌类 星耳石 形态度量 回归分析 多变量分析
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