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题名2种药用獐牙菜叶绿体基因组密码子偏好性分析
被引量：6
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作者
张俊焱
曾阳
李锦萍
王虹雨
张瑞峰
刘力宽
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机构
青海师范大学生命科学学院
高原科学与可持续发展研究院
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出处
《中国中医药信息杂志》
CAS
CSCD
2022年第1期96-102,共7页
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基金
教育部“春晖计划”(Z2019070)
青海省自然科学基金(2019-ZJ-925)
青海省科技创新创业人才工程-药用植物资源综合利用与开发研究创新团队(2020-2023)
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文摘
目的研究川西獐牙菜Swertia mussotii Franch.和蒙自獐牙菜Swertia leducii Franch.叶绿体基因组密码子偏好性的使用模式。方法以川西獐牙菜、蒙自獐牙菜叶绿体基因组中各筛选到的52条蛋白质编码序列为研究对象,利用CodonW、CUSP、SPSS软件对其密码子的使用模式和偏好性进行分析。结果川西獐牙菜、蒙自獐牙菜的第3位密码子平均GC含量分别为29.02%、29.04%,表明叶绿体基因组内富含A/T碱基;有效密码子数(ENC)范围分别为35.75~55.75、37.65~55.78,表明多数密码子偏性较弱;相对同义密码子使用度(RSCU)分析显示,RSCU>1的密码子各有32个,其中29个以A、U结尾;中性绘图分析显示,GC3与GC12的相关性不显著,回归曲线斜率分别为-0.0958、0.2039,表明密码子偏好性主要受到自然选择的影响;ENC-plot分析发现,大部分基因落在曲线下方及周围,表明突变会影响密码子偏性的形成。此外,5个密码子被鉴定为川西獐牙菜和蒙自獐牙菜的最优密码子。结论川西獐牙菜、蒙自獐牙菜叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受自然选择和突变共同作用,使用模式较为相似但有一定差异,可能与适应环境的进化机制有关。
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关键词
川西獐牙菜
蒙自獐牙菜
叶绿体基因
密码子使用偏性
最优密码子
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Keywords
Swertia mussotii Franch.
Swertia leducii Franch.
chloroplast genome
condon usage bias
optimal codons
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分类号
R282.5
[医药卫生—中药学]
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