2，3，4－三苯甲酰化－1－β－氰基－D－吡喃木糖构象研究 被引量：2

1

作者 张亮仁 张礼和 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1996年第7期1086-1088,共3页

２，３，４－三苯甲酰化－１－β－氰基－Ｄ－吡喃木糖构象研究张亮仁，张礼和（北京医科大学天然药物及仿生药物国家重点实验室，北京，１０００８３）关键词吡喃木糖，分子模拟，构象，分子动力学计算碳核苷类化合物是人们广泛关注的... ２，３，４－三苯甲酰化－１－β－氰基－Ｄ－吡喃木糖构象研究张亮仁，张礼和（北京医科大学天然药物及仿生药物国家重点实验室，北京，１０００８３）关键词吡喃木糖，分子模拟，构象，分子动力学计算碳核苷类化合物是人们广泛关注的一类抗肿瘤抗病毒化合物［１～４］。... 展开更多

关键词 吡喃木糖 分子模拟 构象 三苯甲酰化氰基

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聚离子复合物单分子膜的聚集结构研究

2

作者 张亮仁 金道森 +1 位作者 大石祐司 梶山千里 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1993年第1期121-124,共4页

LB膜在非线性光学材料、生物传感器等众多领域有着诱人的应用前景,受到了广泛的关注.为了充分发挥LB 膜的功能,必须制备高度取向、无缺陷的LB 膜,因此充分把握LB膜的构成单元单分子膜的聚集结构显得十分重要.由于气液界面离子复合结构... LB膜在非线性光学材料、生物传感器等众多领域有着诱人的应用前景,受到了广泛的关注.为了充分发挥LB 膜的功能,必须制备高度取向、无缺陷的LB 膜,因此充分把握LB膜的构成单元单分子膜的聚集结构显得十分重要.由于气液界面离子复合结构的形成对单分子膜的聚集结构产生很大的影响,近年,有关这方面的工作越来越活跃. 展开更多

关键词 单分子膜 聚集结构 聚离子复合物

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烟酰胺腺嘌呤二核苷酸类CD38抑制剂的合成及生物活性评价 被引量：2

3

作者 陈哲 KWONG Anna Ka-Yee +3 位作者 杨振军 张亮仁 LEE Hon Cheung 张礼和 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1226-1232,共7页

分别以1,3,5-三苯甲酰基-α-D-核糖、3,5-二苯甲酰基-2-脱氧-2,2-二氟戊呋喃糖-1-酮和D-木糖为原料,经由烟酰胺核苷及烟酰胺核苷酸中间体,合成了系列糖环经氟原子取代的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)类CD38抑制剂.基于对CD38的水解抑制能... 分别以1,3,5-三苯甲酰基-α-D-核糖、3,5-二苯甲酰基-2-脱氧-2,2-二氟戊呋喃糖-1-酮和D-木糖为原料,经由烟酰胺核苷及烟酰胺核苷酸中间体,合成了系列糖环经氟原子取代的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)类CD38抑制剂.基于对CD38的水解抑制能力的考察,评价了所合成氟代NAD类似物的活性.结果表明,糖环上氟原子取代的数目和位置对抑制剂活性的影响十分明显,烟酰胺核苷的端基构型对活性的影响较大.2个化合物均显示出非常好的CD38抑制活性,其中化合物2a的抑制活性高出阳性对照物阿糖型氟代烟酰胺腺嘌呤二核苷酸2个数量级. 展开更多

关键词 烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 氟代NAD类似物 CD38抑制剂 生物活性

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基于结合位点的辅酶A结合蛋白家族的分类 被引量：1

4

作者 樊迪 刘振明 +1 位作者 金宏威 张亮仁 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第5期1223-1231,共9页

发展了一种基于分子相互识别的蛋白质分类方法,应用数据挖掘策略与统计学聚类,根据辅酶A(coenzyme-A,CoA)结合蛋白的结合模式特征数据,通过对比和分析多种分类方法对该体系的分类准确度,对这类体内重要的蛋白进行了分类方法学研究,选择... 发展了一种基于分子相互识别的蛋白质分类方法,应用数据挖掘策略与统计学聚类,根据辅酶A(coenzyme-A,CoA)结合蛋白的结合模式特征数据,通过对比和分析多种分类方法对该体系的分类准确度,对这类体内重要的蛋白进行了分类方法学研究,选择了最优的两步聚类法.本研究工作设计和建立了一个分类参数,可以简洁有效地评价出各个结合特征的显著性与重要性,并以此为依据从所有特征中筛选出决定性的特征变量.研究结果所得到的CoA结合蛋白的三个分类,都具有显著的氢键与疏水结合特征;CoA可以与多个生物活性关键氨基酸残基形成氢键作用.这些相互作用的共性及分类上的差异,说明了配体与不同受体相互作用过程中结合模式上的细微差别,对于以CoA结合蛋白为靶点的选择性调控分子设计具有重要的参考意义与指导作用. 展开更多

关键词 辅酶A 蛋白质分类 结合模式 聚类分析 泛酰巯基乙胺链

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2-(4-氨酰基-2-噻唑基)-1,4-脱水-L-木糖醇及其氟代衍生物的构象研究

5

作者 张虎翼 张亮仁 +3 位作者 马灵台 张礼和 崔育新 刘雪辉 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1998年第11期1767-1770,共4页

计算机分子模拟方法研究了２－（４－氨酰基－２－噻唑基）－１，４－脱水－Ｌ－木糖醇及其氟代衍生物的糖基构象．计算结果显示，６个碳核苷类似物的糖基构象均为Ｓ型．核磁共振谱和晶体Ｘ射线衍射结果与计算结果相吻合．

关键词 构象 NMR 晶体 X射线分析 异碳核苷 核苷

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二酮酸类HIV-1整合酶抑制剂的定量构效关系 被引量：4

6

作者 石雅玮 刘振明 +2 位作者 金宏威 张亮仁 张礼和 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1393-1398,共6页

应用遗传函数分析法（GFA）和分子场分析法（MFA）对一系列二酮酸类整合酶抑制剂分别进行了二维和三维定量构效关系研究,并对随机选择的5个化合物组成的测试集进行了预测,外在预测的rpred^2值分别达到0.987和0.759,表明模型具有良好的... 应用遗传函数分析法（GFA）和分子场分析法（MFA）对一系列二酮酸类整合酶抑制剂分别进行了二维和三维定量构效关系研究,并对随机选择的5个化合物组成的测试集进行了预测,外在预测的rpred^2值分别达到0.987和0.759,表明模型具有良好的预测能力,同时利用药效团分析的方法,验证了QSAR（quantitave structure- activity relationship）模型,并概括了疏水作用对抑制剂活性的重要影响.研究结果表明,电性描述符（Apol）对活性有重要影响,意味着抑制剂与金属离子的螯合作用,同时空间和结构因素特别是疏水作用也对活性有重要作用.利用这些规律进行了分子设计,在理论上获得了一些具有较高抑制剂活性的新的二酮酸类衍生物,并期待实验证实. 展开更多

关键词 HIV-1整合酶抑制剂 二酮酸 遗传函数分析法 分子场分析法 药效团

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A_1腺苷受体的同源模建及其结构验证 被引量：4

7

作者 柯艳蓉 金宏威 +1 位作者 刘振明 张亮仁 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第10期2833-2839,共7页

采用同源模建的方法构建了A1腺苷受体的三维结构,并与拮抗剂分子DPCPX对接,将得到的复合物结构进行5 ns的分子动力学模拟,以最后2 ns的平均结构和平衡后抽取的11帧构象共12个蛋白结构为研究对象,用包含52个活性分子和1000个诱饵分子的... 采用同源模建的方法构建了A1腺苷受体的三维结构,并与拮抗剂分子DPCPX对接,将得到的复合物结构进行5 ns的分子动力学模拟,以最后2 ns的平均结构和平衡后抽取的11帧构象共12个蛋白结构为研究对象,用包含52个活性分子和1000个诱饵分子的测试库,分别通过DOCK、VINA和GOLD三种对接软件进行评价,最终得出合理的蛋白质模型.根据top10%的富集因子(EF)和ROC曲线下面积(AU-ROC)的计算结果,我们认为GOLD是最适合A1腺苷受体的对接软件,而12个蛋白质结构中F5和Favg的三维结构模型比较合理,可以作为进一步大规模虚拟筛选的模型. 展开更多

关键词 分子动力学模拟 A1腺苷受体 同源模建 GOLD 虚拟筛选

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人类腺苷受体A_3亚型拮抗剂的构效关系分析 被引量：3

8

作者 乔康 曾凌晓 +2 位作者 金宏威 刘振明 张亮仁 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1509-1519,共11页

构建人类腺苷受体A3亚型药效团模型和三维蛋白结构模型用于作用模式研究.以18个来源于文献具有腺苷受体A3亚型拮抗活性的化合物作为训练集,使用HypoGen方法构建药效团模型.通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类腺苷受体A3亚型的三维... 构建人类腺苷受体A3亚型药效团模型和三维蛋白结构模型用于作用模式研究.以18个来源于文献具有腺苷受体A3亚型拮抗活性的化合物作为训练集,使用HypoGen方法构建药效团模型.通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类腺苷受体A3亚型的三维蛋白模型,并利用PROCHECK方法评估该模型的合理性,对所得的结构使用分子对接程序进行作用模式分析,药效团模型和同源模建结果相互匹配较好.使用新药效团模型对MDL药物数据库(MDDR)中包含的约120000个化合物进行虚拟筛选,得到了8个候选化合物,用于进一步的生物学评价和活性测定.本工作对于人类腺苷受体A3亚型拮抗剂的设计和抗哮喘药物的研发具有一定的理论指导和应用价值. 展开更多

关键词 药效团模型 同源模建 分子对接 虚拟筛选 人类腺苷受体A3亚型 拮抗剂

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Combretastatins类微管蛋白抑制剂的定量构效关系与结合模式 被引量：2

9

作者 田然 季宇彬 +3 位作者 刘振明 金宏威 张亮仁 林文翰 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第11期2150-2155,共6页

以Combretastatins的B环改造化合物为研究对象,采用遗传函数分析方法进行了二维定量构效关系研究.研究结果表明,Apol,PMI-mag,Dipole-mag,Hbond donor和RadOfGyration等描述符对该系列抑制剂活性的贡献最大.采用比较分子场分析方法(CoM... 以Combretastatins的B环改造化合物为研究对象,采用遗传函数分析方法进行了二维定量构效关系研究.研究结果表明,Apol,PMI-mag,Dipole-mag,Hbond donor和RadOfGyration等描述符对该系列抑制剂活性的贡献最大.采用比较分子场分析方法(CoMFA)和比较分子相似因子分析方法(CoMSIA)进行了三维定量构效关系研究,建立的CoMFA和CoMSIA模型的交叉验证相关系数q2分别为0.630和0.634,具有较强的预测能力.利用CoMFA和CoMSIA模型的三维等势图解析了Combretastatins类化合物的构效关系,阐明了B环上各取代基对抑制微管蛋白聚合活性的影响,同时应用分子对接方法分析并验证了定量构效关系模型. 展开更多

关键词 Combretastatins类化合物 定量构效关系 遗传函数分析 比较分子场分析 比较分子相似因子分析

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海绵中提取的异臭椿萜类化合物作用靶标的识别 被引量：1

10

作者 田然 刘振明 +2 位作者 金宏威 张亮仁 林文翰 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第5期1214-1222,共9页

采取了包括化学结构相似性学习、靶标聚类分析以及反向对接筛选等多种方法在内的综合性策略,尝试对中国南海海绵中提取得到的异臭椿萜类化合物进行生物学活性和作用靶标的预测.结果表明:这类化合物具有治疗心肌缺血和抗肿瘤的潜在生物... 采取了包括化学结构相似性学习、靶标聚类分析以及反向对接筛选等多种方法在内的综合性策略,尝试对中国南海海绵中提取得到的异臭椿萜类化合物进行生物学活性和作用靶标的预测.结果表明:这类化合物具有治疗心肌缺血和抗肿瘤的潜在生物学活性;表皮细胞生长因子受体(EGFR),焦点(局部)粘着斑激酶(FAK),胰岛素样生长因子1受体(IGF1-R),c-Src激酶以及血管表皮生长因子受体2(VEGF-R2)是这类化合物可能的作用靶标.IC50值从0.41g·m-3(0.41μg·mL-1)到9.8g·m-3(9.8μg·mL-1)不等.活性数据显示这些海绵提取的海洋天然产物可作为先导化合物,通过进一步的优化获得新的药物.同时还讨论了化合物与预测靶标的结合模式,结果显示四个化合物都与相应的受体有较好的结合. 展开更多

关键词 海洋天然产物 异臭椿三萜类化合物 PASS程序 反向虚拟筛选 靶标识别 抗肿瘤活性

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分子对接打分修正及在内皮脂肪酶选择性抑制剂筛选中的应用（英文） 被引量：1

11

作者 罗棋耀 王紫鋆 +2 位作者 金宏威 刘振明 张亮仁 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第10期2606-2619,共14页

内皮脂肪酶(EL)是脂代谢调控甘油三酯脂酶家族的新成员,其功能主要为水解富含磷脂的高密度脂蛋白(HDL),对其进行选择性抑制而不影响其同源蛋白脂蛋白脂肪酶(LPL)能够提高血浆中HDLc的浓度水平,有利于预防及治疗动脉粥样硬化疾病。目前... 内皮脂肪酶(EL)是脂代谢调控甘油三酯脂酶家族的新成员,其功能主要为水解富含磷脂的高密度脂蛋白(HDL),对其进行选择性抑制而不影响其同源蛋白脂蛋白脂肪酶(LPL)能够提高血浆中HDLc的浓度水平,有利于预防及治疗动脉粥样硬化疾病。目前分子对接中的打分函数对大分子及大蛋白口袋具有偏向性,使得基于分子对接的虚拟筛选成功率普遍不高。本文中,我们将E L和LPL分别与Specs小分子库进行了分子对接,分析了对接打分与重原子数及接触面积的关系,发现对接打分与重原子数及接触面积之间有极高的相关性,即存在重原子数的叠加效应(重原子数越大,打分越好的趋势)。我们建立了基于重原子数和接触面积的EL、LPL对接打分标准曲线,利用此标准曲线进行对接打分的修正,并用已知抑制剂和生成的decoy分子作为验证集进行了验证。随后,我们应用此打分修正策略对传统中药库(TCMD)进行了基于分子对接的虚拟筛选,发现经过打分修正后的分子排名与重原子数之间的分布更为均衡,同时我们对E L打分较高、LPL打分较低且类药性较好的分子进行了结合模式的分析,为高活性高选择性E L抑制剂的发现奠定了基础。 展开更多

关键词 内皮脂肪酶 脂蛋白脂肪酶 选择性抑制剂 分子对接 打分修正 标准曲线

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以烯丙基作为核苷中糖羟基保护基的研究 被引量：1

12

作者 周英 张亮仁 张礼和 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1998年第5期728-731,共4页

对烯丙基作为核苷糖环上羟基保护基进行了研究．烯丙基可用于核糖羟基的保护，用ＰｄＣｌ２可脱除核苷糖环上烯丙基，保护及脱保护都很简便．ＰｄＣｌ２还可脱除核苷糖环５－ＯＨ常用的保护基对甲氧基三苯甲基及二对甲氧基三苯甲基．... 对烯丙基作为核苷糖环上羟基保护基进行了研究．烯丙基可用于核糖羟基的保护，用ＰｄＣｌ２可脱除核苷糖环上烯丙基，保护及脱保护都很简便．ＰｄＣｌ２还可脱除核苷糖环５－ＯＨ常用的保护基对甲氧基三苯甲基及二对甲氧基三苯甲基．控制适当的条件，ＰｄＣｌ２既能够选择性地脱除对甲氧基三苯甲基或二对甲氧基三苯甲基，又可同时脱除保护糖环羟基的烯丙基． 展开更多

关键词 烯丙基 核苷糖 羟基保护 保护 核糖羟基

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异核苷低聚核苷酸的合成及其酶促稳定性 被引量：1

13

作者 于宏武 张亮仁 +1 位作者 马灵台 张礼和 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1997年第7期1103-1106,共4页

用磷酸三酯法在溶液中合成了两个带有3’－（S）-胸腺嘧啶基-4’－（R）一羟基-5’－（S）-羟甲基四氢呋喃的三脱氧核苷酸3和4．与三脱氧核苷酸（2）相比，化合物3和4对核酸酶SI具有更大的稳定性．

关键词 酶促稳定性 异核 低聚 核苷酸 合成

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基于结构和药效团特征的人类腺苷受体拮抗剂选择性比较

14

作者 曾凌晓 李欣然 +2 位作者 金宏威 刘振明 张亮仁 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1584-1596,共13页

腺苷受体是重要的治疗靶标,选择性腺苷受体拮抗剂具有广泛的临床应用前景.本文通过同源模建构建了腺苷A1、A2B和A3受体的结构,采用Ligand Scout 3.12软件分别构建了腺苷受体四种亚型的拮抗剂药效团模型.然后利用Schr?dinger程序中的Indu... 腺苷受体是重要的治疗靶标,选择性腺苷受体拮抗剂具有广泛的临床应用前景.本文通过同源模建构建了腺苷A1、A2B和A3受体的结构,采用Ligand Scout 3.12软件分别构建了腺苷受体四种亚型的拮抗剂药效团模型.然后利用Schr?dinger程序中的Induced Fit Docking模块完成受体-拮抗剂结合模式的预测,并与药效团结果进行比对.结果发现,由于结合口袋部位的残基在家族间高度保守,模建得到的各个亚型受体的初始结构活性口袋部位极为相似,无法用于亚型选择性拮抗剂的识别.而腺苷受体四种亚型拮抗剂药效团的药效特征与空间排布都不同,并与以前突变实验信息相吻合.研究结果说明,结合口袋部位的优化是模建中的关键步骤,基于配体的药效团模型所包含的一系列药效特征元素如氢键受体、氢键供体、疏水基团、芳环中心,可以很好地表征受体结合部位氢键、疏水空腔的位置及其方向.本文研究结果可以为进一步的优化同源模建结果,寻找新型的人类腺苷受体选择性拮抗剂提供理论依据. 展开更多

关键词 药效团 人类腺苷受体 拮抗剂 选择性

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一种确定反应中间态几何特征和能量的综合性方法(英文)

15

作者 郑铮 刘振明 张亮仁 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1439-1442,共4页

通过综合使用传统的过渡态优化算法、数学统计工具以及人工神经网络算法(ANN)找到一种不依赖于反应物起始构象而得到化学反应中过渡态结构和能量的方法.在两个反应物互相接近的过程中,每一步的几何构象都对应着一个系统能量值.本研究的... 通过综合使用传统的过渡态优化算法、数学统计工具以及人工神经网络算法(ANN)找到一种不依赖于反应物起始构象而得到化学反应中过渡态结构和能量的方法.在两个反应物互相接近的过程中,每一步的几何构象都对应着一个系统能量值.本研究的目的是尽可能地收集处在反应能量面上的这种能量点值.通过采用几何参数作为自变量对势能面进行模拟研究,得到了势能面上对应过渡态结构的一阶鞍点.采用乙醛负离子和甲醛作为反应物,对经典的醛醇缩合反应中的亲核进攻步骤进行了研究.对内禀反应坐标(IRC)路径的计算是从反应物的三组不同起始构象出发,最终获得了反应势能面上的96个点.本研究中的势能面采用人工神经网络算法进行模拟研究,并利用交叉验证方法评估得到的结果,避免了采用人工神经网络算法时过度拟合情况的发生. 展开更多

关键词 反应过渡态 反应物几何构象 人工神经网络 反应势能面 一阶鞍点 交叉验证

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环腺苷二磷酸核糖类似物的合成、表征及性质

16

作者 王佩 张艳 +2 位作者 杨振军 张亮仁 张礼和 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期314-318,共5页

通过次黄嘌呤N1-位取代及分子内环合等反应,合成了由带芳基支链的含氮链替代天然北区核糖结构的环腺苷二磷酸核糖(cADPR)类似物cIDPRN.该化合物与Jurkat T淋巴细胞在37℃下孵育18h后,经毛细管电泳分析,结果表明该化合物具有良好的稳定性... 通过次黄嘌呤N1-位取代及分子内环合等反应,合成了由带芳基支链的含氮链替代天然北区核糖结构的环腺苷二磷酸核糖(cADPR)类似物cIDPRN.该化合物与Jurkat T淋巴细胞在37℃下孵育18h后,经毛细管电泳分析,结果表明该化合物具有良好的稳定性.荧光分光光度计测定,结果表明,在有钙离子和无钙离子环境下,该化合物胞外给药后均能引起浓度依赖性的钙离子释放.由以上结果确定该化合物为具有膜透性的促细胞内钙释放激动剂. 展开更多

关键词 核苷酸 cADPR类似物 钙激动剂 稳定性

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