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马氏珠母贝Kelch-like基因的序列及其SNP位点分析
被引量:
3
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作者
杨创业
张丞澍
+7 位作者
黄静
郝瑞娟
师尚丽
黄荣莲
周芮
邱金玉
颜翼龙
邓岳文
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期386-393,共8页
为了探究马氏珠母贝Pinctada fucata martensii Kelch样基因(Kelch-like)的功能,对Kelch-like基因序列及其SNP位点进行了分析。结果表明:马氏珠母贝Kelch-like序列全长为2127 bp,其中,5′UTR为58 bp,3′UTR为44 bp,其开放式阅读框长度为...
为了探究马氏珠母贝Pinctada fucata martensii Kelch样基因(Kelch-like)的功能,对Kelch-like基因序列及其SNP位点进行了分析。结果表明:马氏珠母贝Kelch-like序列全长为2127 bp,其中,5′UTR为58 bp,3′UTR为44 bp,其开放式阅读框长度为2025 bp,可编码674个氨基酸;预测其Kelch-like氨基酸序列含有1个BTB结构域、1个BACK结构域和2个Kelch结构域;马氏珠母贝Kelch-like与美洲牡蛎Kelch-like氨基酸序列的一致性最高(35%),其次为虾夷扇贝(32.05%);马氏珠母贝Kelch-like氨基酸序列的BTB、BACK保守性较高,且Kelch具有保守的GG位点;Kelch-like基因在马氏珠母贝边缘膜组织的相对表达量显著高于其他组织(P<0.05),且贝壳损伤后6、12、120 h时该组织中的基因表达量显著上调(P<0.05);马氏珠母贝Kelch-like基因共有56个SNP位点,其中,31个SNP位点为中度多态,其余位点为低度多态;10个SNP位点形成了1个单倍块,为4种单倍型,其中单倍型AATCTGTCGG为优异单倍型,其壳质量性状显著大于单倍型AGCCTACCGA和单倍型AGCCTACTTA(P<0.05)。研究表明,马氏珠母贝Kelch-like可能参与贝壳棱柱层的形成,其单倍型AATCTGTCGG具有作为以壳质量为目标的育种标记的潜力,该结果对于选育具有优良经济性状的马氏珠母贝具有重要意义。
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关键词
马氏珠母贝
Kelch-like基因
序列分析
表达模式
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题名
马氏珠母贝Kelch-like基因的序列及其SNP位点分析
被引量:
3
1
作者
杨创业
张丞澍
黄静
郝瑞娟
师尚丽
黄荣莲
周芮
邱金玉
颜翼龙
邓岳文
机构
广东海洋大学水产学院
广东省珍珠养殖与加工工程技术研究中心
广东省海水养殖生物育种工程实验室
南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)
出处
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期386-393,共8页
基金
广东省基础与应用基础研究基金项目(2019A1515111026)
大学生创新创业训练计划项目(CXXL2020045)
+1 种基金
广东省教育厅科研项目(2019KQNCX043,2020ZDZX1045)
广东省农业农村厅项目(2020KJ146和粤财农[2020]4号)。
文摘
为了探究马氏珠母贝Pinctada fucata martensii Kelch样基因(Kelch-like)的功能,对Kelch-like基因序列及其SNP位点进行了分析。结果表明:马氏珠母贝Kelch-like序列全长为2127 bp,其中,5′UTR为58 bp,3′UTR为44 bp,其开放式阅读框长度为2025 bp,可编码674个氨基酸;预测其Kelch-like氨基酸序列含有1个BTB结构域、1个BACK结构域和2个Kelch结构域;马氏珠母贝Kelch-like与美洲牡蛎Kelch-like氨基酸序列的一致性最高(35%),其次为虾夷扇贝(32.05%);马氏珠母贝Kelch-like氨基酸序列的BTB、BACK保守性较高,且Kelch具有保守的GG位点;Kelch-like基因在马氏珠母贝边缘膜组织的相对表达量显著高于其他组织(P<0.05),且贝壳损伤后6、12、120 h时该组织中的基因表达量显著上调(P<0.05);马氏珠母贝Kelch-like基因共有56个SNP位点,其中,31个SNP位点为中度多态,其余位点为低度多态;10个SNP位点形成了1个单倍块,为4种单倍型,其中单倍型AATCTGTCGG为优异单倍型,其壳质量性状显著大于单倍型AGCCTACCGA和单倍型AGCCTACTTA(P<0.05)。研究表明,马氏珠母贝Kelch-like可能参与贝壳棱柱层的形成,其单倍型AATCTGTCGG具有作为以壳质量为目标的育种标记的潜力,该结果对于选育具有优良经济性状的马氏珠母贝具有重要意义。
关键词
马氏珠母贝
Kelch-like基因
序列分析
表达模式
Keywords
Pinctada fucata martensii
Kelch-like gene
sequence analysis
expression pattern
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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作者
出处
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被引量
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1
马氏珠母贝Kelch-like基因的序列及其SNP位点分析
杨创业
张丞澍
黄静
郝瑞娟
师尚丽
黄荣莲
周芮
邱金玉
颜翼龙
邓岳文
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
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