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梅EST-SSR特征及其对红叶李的可转移性研究
被引量：
2
1
作者
弓清秀
聂秋枫
+10 位作者
马永硕
王浩
邢越
张恒月
赵蓓蓓
李迎春
辛海波
冯慧
王茂良
丛日晨
徐佳
《北京农学院学报》
2017年第2期1-5,共5页
【目的】分析梅EST-SSR特征及其对红叶李的可转移性。【方法】从National Center for Biotechnology Information(NCBI)下载4 589条梅表达序列标签(Expressed Sequence Tag;EST),去除无效碱基后进行拼接和简单重复序列(Simple Sequence ...
【目的】分析梅EST-SSR特征及其对红叶李的可转移性。【方法】从National Center for Biotechnology Information(NCBI)下载4 589条梅表达序列标签(Expressed Sequence Tag;EST),去除无效碱基后进行拼接和简单重复序列(Simple Sequence Repeat)位点查找;设计引物进行PCR扩增。【结果】获得4 392条unigene,长度为2 420.422kb;搜索到776个SSR位点,分布在650条EST上,出现频率为14.8%。随机设计了15对引物,以4个红叶李品种基因组DNA为模板,进行了PCR扩增,有9对引物可以扩增到清晰稳定的产物,6对多态性引物共检测出20个位点,平均每对引物可以扩增出3.3条多态性片段,平均多态性信息含量(PIC)为0.8。【结论】SSR位点在梅EST序列上分布频率较高,梅EST-SSR在红叶李中具有较高的多态性,可用于红叶李亲缘关系分析和遗传图谱构建等方面的研究。
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关键词
梅
红叶李
表达序列标签
简单重复序列
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职称材料
题名
梅EST-SSR特征及其对红叶李的可转移性研究
被引量：
2
1
作者
弓清秀
聂秋枫
马永硕
王浩
邢越
张恒月
赵蓓蓓
李迎春
辛海波
冯慧
王茂良
丛日晨
徐佳
机构
北京市园林科学研究院
北京市黄垡苗圃
出处
《北京农学院学报》
2017年第2期1-5,共5页
基金
北京市园林科学研究院北京市重点实验室开放课题(2016Z16)
文摘
【目的】分析梅EST-SSR特征及其对红叶李的可转移性。【方法】从National Center for Biotechnology Information(NCBI)下载4 589条梅表达序列标签(Expressed Sequence Tag;EST),去除无效碱基后进行拼接和简单重复序列(Simple Sequence Repeat)位点查找;设计引物进行PCR扩增。【结果】获得4 392条unigene,长度为2 420.422kb;搜索到776个SSR位点,分布在650条EST上,出现频率为14.8%。随机设计了15对引物,以4个红叶李品种基因组DNA为模板,进行了PCR扩增,有9对引物可以扩增到清晰稳定的产物,6对多态性引物共检测出20个位点,平均每对引物可以扩增出3.3条多态性片段,平均多态性信息含量(PIC)为0.8。【结论】SSR位点在梅EST序列上分布频率较高,梅EST-SSR在红叶李中具有较高的多态性,可用于红叶李亲缘关系分析和遗传图谱构建等方面的研究。
关键词
梅
红叶李
表达序列标签
简单重复序列
Keywords
Prunus mume
Prunus cerasifera
expressed sequence tag
simple sequence repeat
分类号
S662.4 [农业科学—果树学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
梅EST-SSR特征及其对红叶李的可转移性研究
弓清秀
聂秋枫
马永硕
王浩
邢越
张恒月
赵蓓蓓
李迎春
辛海波
冯慧
王茂良
丛日晨
徐佳
《北京农学院学报》
2017
2
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