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HIV-1逆转录酶的分子对接及运动功能相关性分析
被引量：
1
1
作者
杜文义
胡建平
+3 位作者
左柯
梁立
刘嵬
苟小军
《原子与分子物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第6期963-972,共10页
目的研究逆转录酶的运动性和生理功能的关系,以及N-乙酰基-β-芳基-1,2-二脱氢乙胺类衍生化合物与其的分子识别,方法采用高斯网络模型和各向异性网络模型研究了p66和p66-DNA的运动模式差异,并用分子对接方法研究化合物与逆转录酶的识别...
目的研究逆转录酶的运动性和生理功能的关系,以及N-乙酰基-β-芳基-1,2-二脱氢乙胺类衍生化合物与其的分子识别,方法采用高斯网络模型和各向异性网络模型研究了p66和p66-DNA的运动模式差异,并用分子对接方法研究化合物与逆转录酶的识别.结果 DNA的结合对p66各区域的运动方向影响不大,但其运动的幅度大大降低.分子对接结果发现Y115和M184的疏水结构在识别的过程中起到重要作用.结论基于各个区域的运动方向分析,推测手指区和RNase H区的开合运动可能是逆转录酶发挥逆转录功能的重要原因.并且,N-乙酰基-β-芳基-1。
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关键词
HIV-1逆转录酶
高斯网络模型
各向异性网络模型
分子对接
新药设计
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职称材料
羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究
2
作者
杜文义
胡建平
+3 位作者
左柯
刘嵬
梁立
代田洋
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期551-559,共9页
为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用Auto Dock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟。...
为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用Auto Dock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟。基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力,通过分析氢键以及构象的变化,发现氨基酸残基N155与D64之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的DDE基序结构稳定的关键。另外,氨基酸残基Y143所在的loop区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体-配体识别的过程中具有重要的作用。
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关键词
羟基异吲哚酮类衍生物
分子对接
分子动力学模拟
HIV-1整合酶
构象分析
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职称材料
题名
HIV-1逆转录酶的分子对接及运动功能相关性分析
被引量：
1
1
作者
杜文义
胡建平
左柯
梁立
刘嵬
苟小军
机构
成都大学药食同源植物资源开发重点实验室
乐山师范学院化学学院
出处
《原子与分子物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第6期963-972,共10页
基金
国家自然科学基金(11247018
11147175)
+1 种基金
四川省教育厅科研重点项目(12ZA066)
乐山市科技计划项目(14SZD018)
文摘
目的研究逆转录酶的运动性和生理功能的关系,以及N-乙酰基-β-芳基-1,2-二脱氢乙胺类衍生化合物与其的分子识别,方法采用高斯网络模型和各向异性网络模型研究了p66和p66-DNA的运动模式差异,并用分子对接方法研究化合物与逆转录酶的识别.结果 DNA的结合对p66各区域的运动方向影响不大,但其运动的幅度大大降低.分子对接结果发现Y115和M184的疏水结构在识别的过程中起到重要作用.结论基于各个区域的运动方向分析,推测手指区和RNase H区的开合运动可能是逆转录酶发挥逆转录功能的重要原因.并且,N-乙酰基-β-芳基-1。
关键词
HIV-1逆转录酶
高斯网络模型
各向异性网络模型
分子对接
新药设计
Keywords
HIV-1 reverse transcriptase
Gaussian network model
Anisotropic network model
Molecular docking
New drug design
分类号
O64 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究
2
作者
杜文义
胡建平
左柯
刘嵬
梁立
代田洋
机构
成都大学
乐山师范学院化学学院
出处
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期551-559,共9页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.11247018,No.11147175)
四川省教育厅科研重点项目资助项目(No.12ZA066)
乐山市科技计划资助项目(No.14SZD018)~~
文摘
为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用Auto Dock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟。基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力,通过分析氢键以及构象的变化,发现氨基酸残基N155与D64之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的DDE基序结构稳定的关键。另外,氨基酸残基Y143所在的loop区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体-配体识别的过程中具有重要的作用。
关键词
羟基异吲哚酮类衍生物
分子对接
分子动力学模拟
HIV-1整合酶
构象分析
Keywords
hydroxy isoindol ketone derivatives
molecular docking
molecular dynamics simulation
HIV-1 inte- grase
conformation analysis
分类号
R91 [医药卫生—药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
HIV-1逆转录酶的分子对接及运动功能相关性分析
杜文义
胡建平
左柯
梁立
刘嵬
苟小军
《原子与分子物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究
杜文义
胡建平
左柯
刘嵬
梁立
代田洋
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
0
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
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