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牙鲆感染迟钝爱德华氏菌的miRNA转录组分析
被引量：
2
1
作者
山亚男
郑津辉
高虹
《天津师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022年第2期37-45,共9页
为了探究牙鲆感染迟钝爱德华氏菌过程中miRNA的分子调控机制,以牙鲆头肾组织为研究材料,分析其感染迟钝爱德华氏菌后miRNA的差异表达情况.利用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对感染迟钝爱德华氏菌3 h、6 h以及未感染的牙鲆头肾组织...
为了探究牙鲆感染迟钝爱德华氏菌过程中miRNA的分子调控机制,以牙鲆头肾组织为研究材料,分析其感染迟钝爱德华氏菌后miRNA的差异表达情况.利用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对感染迟钝爱德华氏菌3 h、6 h以及未感染的牙鲆头肾组织的RNA进行转录组测序,并对数据进行生物信息学分析.将测序结果与斑马鱼miRBase数据库进行比对,共鉴定出牙鲆成熟miRNA 537个.将感染组与对照组数据进行比对,得到12个感染组(3 h)差异显著表达的miRNA(2个显著上调,10个显著下调);32个感染组(6 h)差异显著表达的miRNA(20个显著上调,12个显著下调).对感染组差异显著表达的miRNA的靶基因进行GO seq分析,结果显示,感染组(3 h)的富集通路有2793条(P<0.05),包括2021个生物过程、315个细胞组分和457个分子功能;感染组(6 h)的富集通路有3048条(P<0.05),包括2235个生物过程、342个细胞组分和471个分子功能.KEGG分析结果显示,感染组(3 h)中获得71个富集通路(P<0.05),包括31个有机系统、17个环境信息处理、6个细胞过程、13个人类疾病和4个代谢通路;感染组(6 h)中获得69个富集通路(P<0.05),包括33个有机系统、18个环境信息处理、6个细胞过程、10个人类疾病和2个代谢通路.选取6个差异表达miRNA进行实时荧光定量PCR验证,结果显示,荧光定量结果与转录组测序结果趋势一致.总的来看,在牙鲆感染迟钝爱德华氏菌过程中,差异表达miRNA的靶基因参与的信号通路大部分跟生物过程以及细胞组分中的膜成分有关,生物过程中候选靶基因富集程度最高的GO条目是生物调节,富集程度较高的通路大多跟免疫调节以及分裂分化等生物学过程有关.
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关键词
迟钝爱德华氏菌
牙鲆
MIRNA
转录组
高通量
差异表达miRNA
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职称材料
题名
牙鲆感染迟钝爱德华氏菌的miRNA转录组分析
被引量：
2
1
作者
山亚男
郑津辉
高虹
机构
天津师范大学生命科学学院
天津师范大学天津市动植物抗性重点实验室
出处
《天津师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022年第2期37-45,共9页
基金
天津市自然科学基金重点资助项目(19JCZDJC34300,14JCZDJC34200).
文摘
为了探究牙鲆感染迟钝爱德华氏菌过程中miRNA的分子调控机制,以牙鲆头肾组织为研究材料,分析其感染迟钝爱德华氏菌后miRNA的差异表达情况.利用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对感染迟钝爱德华氏菌3 h、6 h以及未感染的牙鲆头肾组织的RNA进行转录组测序,并对数据进行生物信息学分析.将测序结果与斑马鱼miRBase数据库进行比对,共鉴定出牙鲆成熟miRNA 537个.将感染组与对照组数据进行比对,得到12个感染组(3 h)差异显著表达的miRNA(2个显著上调,10个显著下调);32个感染组(6 h)差异显著表达的miRNA(20个显著上调,12个显著下调).对感染组差异显著表达的miRNA的靶基因进行GO seq分析,结果显示,感染组(3 h)的富集通路有2793条(P<0.05),包括2021个生物过程、315个细胞组分和457个分子功能;感染组(6 h)的富集通路有3048条(P<0.05),包括2235个生物过程、342个细胞组分和471个分子功能.KEGG分析结果显示,感染组(3 h)中获得71个富集通路(P<0.05),包括31个有机系统、17个环境信息处理、6个细胞过程、13个人类疾病和4个代谢通路;感染组(6 h)中获得69个富集通路(P<0.05),包括33个有机系统、18个环境信息处理、6个细胞过程、10个人类疾病和2个代谢通路.选取6个差异表达miRNA进行实时荧光定量PCR验证,结果显示,荧光定量结果与转录组测序结果趋势一致.总的来看,在牙鲆感染迟钝爱德华氏菌过程中,差异表达miRNA的靶基因参与的信号通路大部分跟生物过程以及细胞组分中的膜成分有关,生物过程中候选靶基因富集程度最高的GO条目是生物调节,富集程度较高的通路大多跟免疫调节以及分裂分化等生物学过程有关.
关键词
迟钝爱德华氏菌
牙鲆
MIRNA
转录组
高通量
差异表达miRNA
Keywords
Edwardsiella tarda
Paralichthys olivaceus
miRNA
transcriptome
high throughput
differentially expressed miRNAs
分类号
S943 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
牙鲆感染迟钝爱德华氏菌的miRNA转录组分析
山亚男
郑津辉
高虹
《天津师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022
2
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