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利用全基因组选择信号方法鉴别影响猪肉滴水损失的候选基因
被引量：
6
1
作者
陶伟
侯黎明
+9 位作者
王彬彬
刘航
李开军
尹彦镇
郭皓
牛培培
张总平
李强
黄瑞华
李平华
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期1373-1383,共11页
旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss,DL)表...
旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss,DL)表型,计算群体滴水损失估计育种值(estimated breeding value,EBV),选择其中EBV极高(N=48)和极低(N=48)各10%的个体进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index,Fst)和基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score,iHS)方法对苏淮猪进行全基因组选择信号检测,选择|iHS|值在前5%,同时Fst值≥0.15的SNP位点作为受选择的位点,接着对受选择SNP上、下游各50 kb的区域进行基因注释,并对所有基因进行KEGG和GO富集分析,鉴别与猪滴水损失相关的候选基因。通过对芯片分型数据质控后,96个样本的51705个有效SNPs用于后续分析。通过Fst和iHS选择信号合并分析,共筛选出175个受选择的SNPs,主要位于1、6、7、11号染色体上,其中仅有27个SNPs位于已报道的影响猪滴水损失的QTL区域上。对受选择SNP位点附近区域进行基因注释显示,175个SNPs涉及到73个基因,其中多个基因被报道与肌肉发育以及细胞氧化应激等功能相关,包括PACRG、EZR、MRTFA、LCP1和VKORC1L1基因,这5个基因都是新发现的功能上与猪滴水损失有关的候选基因。选择3个位于功能候选基因上,同时又位于QTL区域内的SNPs进行苏淮猪全群分型,并与滴水损失进行关联性分析。结果发现,位于MRTFA基因上的rs340037952位点与苏淮猪群体滴水损失存在显著关联(P<0.05),位于VKORC1L1基因上的rs320624660与苏淮猪群体滴水损失存在极显著关联(P<0.01)。本研究通过选择信号分析找到175个受选择的SNPs,基因功能注释鉴别到5个影响滴水损失的候选基因,还分别在MRTFA和VKORC1L1基因上鉴别到与苏淮猪群体的滴水损失存在显著关联的位点:rs340037952和rs320624660,为后续猪滴水损失性状的选育提供了前期基础。
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关键词
猪
滴水损失
选择信号
FST
IHS
候选基因
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职称材料
题名
利用全基因组选择信号方法鉴别影响猪肉滴水损失的候选基因
被引量：
6
1
作者
陶伟
侯黎明
王彬彬
刘航
李开军
尹彦镇
郭皓
牛培培
张总平
李强
黄瑞华
李平华
机构
南京农业大学养猪研究所
南京农业大学淮安研究院
淮安市淮阴新淮种猪场
江苏现代农业(生猪)产业体系集成创新中心
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期1373-1383,共11页
基金
国家自然科学基金(U1904115)
农业品种改良提升专项(19210387)
+1 种基金
江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201732)
2017年度“淮上英才计划”创新创业领军人才项目。
文摘
旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss,DL)表型,计算群体滴水损失估计育种值(estimated breeding value,EBV),选择其中EBV极高(N=48)和极低(N=48)各10%的个体进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index,Fst)和基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score,iHS)方法对苏淮猪进行全基因组选择信号检测,选择|iHS|值在前5%,同时Fst值≥0.15的SNP位点作为受选择的位点,接着对受选择SNP上、下游各50 kb的区域进行基因注释,并对所有基因进行KEGG和GO富集分析,鉴别与猪滴水损失相关的候选基因。通过对芯片分型数据质控后,96个样本的51705个有效SNPs用于后续分析。通过Fst和iHS选择信号合并分析,共筛选出175个受选择的SNPs,主要位于1、6、7、11号染色体上,其中仅有27个SNPs位于已报道的影响猪滴水损失的QTL区域上。对受选择SNP位点附近区域进行基因注释显示,175个SNPs涉及到73个基因,其中多个基因被报道与肌肉发育以及细胞氧化应激等功能相关,包括PACRG、EZR、MRTFA、LCP1和VKORC1L1基因,这5个基因都是新发现的功能上与猪滴水损失有关的候选基因。选择3个位于功能候选基因上,同时又位于QTL区域内的SNPs进行苏淮猪全群分型,并与滴水损失进行关联性分析。结果发现,位于MRTFA基因上的rs340037952位点与苏淮猪群体滴水损失存在显著关联(P<0.05),位于VKORC1L1基因上的rs320624660与苏淮猪群体滴水损失存在极显著关联(P<0.01)。本研究通过选择信号分析找到175个受选择的SNPs,基因功能注释鉴别到5个影响滴水损失的候选基因,还分别在MRTFA和VKORC1L1基因上鉴别到与苏淮猪群体的滴水损失存在显著关联的位点:rs340037952和rs320624660,为后续猪滴水损失性状的选育提供了前期基础。
关键词
猪
滴水损失
选择信号
FST
IHS
候选基因
Keywords
pig
drip loss
selection signals
Fst
iHS
candidate genes
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用全基因组选择信号方法鉴别影响猪肉滴水损失的候选基因
陶伟
侯黎明
王彬彬
刘航
李开军
尹彦镇
郭皓
牛培培
张总平
李强
黄瑞华
李平华
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
6
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