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喀喇昆仑-帕米尔地区山羊群体遗传多样性及系统发育分析
1
作者
黄翔辉
张天能
+1 位作者
尔孜古·木沙
王玉涛
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期2533-2544,共12页
【目的】明确喀喇昆仑-帕米尔地区山羊群体遗传多样性及系统发育情况,为山羊种质资源保存、发掘和利用提供理论依据。【方法】以分布于喀喇昆仑-帕米尔地区的山羊为研究对象,对其线粒体(mtDNA)非编码序列置换环(D-loop)区和细胞色素b(Cy...
【目的】明确喀喇昆仑-帕米尔地区山羊群体遗传多样性及系统发育情况,为山羊种质资源保存、发掘和利用提供理论依据。【方法】以分布于喀喇昆仑-帕米尔地区的山羊为研究对象,对其线粒体(mtDNA)非编码序列置换环(D-loop)区和细胞色素b(Cytb)基因序列进行PCR扩增并测序。利用Mega 7.0.26软件分析碱基组成,结合从GenBank中下载的山羊mtDNA D-loop区序列和Cytb基因序列绘制系统发育树,使用DNASP 5.10软件统计单倍型分布并进行中性检验,通过Network 10.2软件构建单倍型中介网络图。【结果】喀喇昆仑-帕米尔地区山羊mtDNA D-loop区序列和Cytb基因序列AT含量分别为60.1%和58.7%,AT含量均高于GC含量,具有碱基组成偏好性。D-loop区序列和Cytb基因分别存在163和84个SNPs位点,分别定义40、30种单倍型,单倍型多样性(Hd)分别为0.985和0.883,核苷酸多样性(Pi)分别为0.01570和0.00425。mtDNA D-loop区和Cytb基因的中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值均<0,显著偏离中性,核苷酸错配分布图呈现3个峰。系统发育树分析表明喀喇昆仑-帕米尔地区山羊包含4个支系,分别为A、B、C、G。【结论】喀喇昆仑-帕米尔地区山羊至少经历过3次群体扩张事件,遗传多样性丰富,西亚地区的山羊对其存在基因渗入,同域的北山羊对其没有遗传贡献。
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关键词
山羊
喀喇昆仑-帕米尔地区
D-LOOP区
CYTB基因
遗传多样性
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题名
喀喇昆仑-帕米尔地区山羊群体遗传多样性及系统发育分析
1
作者
黄翔辉
张天能
尔孜古·木沙
王玉涛
机构
喀什大学生命与地理科学学院
新疆帕米尔高原生物资源与生态重点实验室
新疆哈密市伊吾县畜牧工作服务中心
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期2533-2544,共12页
基金
中国科学院“西部之光”人才培养计划项目(2018-XBQNXZ-A1-002)
喀什地区科技计划项目(ks2023021)。
文摘
【目的】明确喀喇昆仑-帕米尔地区山羊群体遗传多样性及系统发育情况,为山羊种质资源保存、发掘和利用提供理论依据。【方法】以分布于喀喇昆仑-帕米尔地区的山羊为研究对象,对其线粒体(mtDNA)非编码序列置换环(D-loop)区和细胞色素b(Cytb)基因序列进行PCR扩增并测序。利用Mega 7.0.26软件分析碱基组成,结合从GenBank中下载的山羊mtDNA D-loop区序列和Cytb基因序列绘制系统发育树,使用DNASP 5.10软件统计单倍型分布并进行中性检验,通过Network 10.2软件构建单倍型中介网络图。【结果】喀喇昆仑-帕米尔地区山羊mtDNA D-loop区序列和Cytb基因序列AT含量分别为60.1%和58.7%,AT含量均高于GC含量,具有碱基组成偏好性。D-loop区序列和Cytb基因分别存在163和84个SNPs位点,分别定义40、30种单倍型,单倍型多样性(Hd)分别为0.985和0.883,核苷酸多样性(Pi)分别为0.01570和0.00425。mtDNA D-loop区和Cytb基因的中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值均<0,显著偏离中性,核苷酸错配分布图呈现3个峰。系统发育树分析表明喀喇昆仑-帕米尔地区山羊包含4个支系,分别为A、B、C、G。【结论】喀喇昆仑-帕米尔地区山羊至少经历过3次群体扩张事件,遗传多样性丰富,西亚地区的山羊对其存在基因渗入,同域的北山羊对其没有遗传贡献。
关键词
山羊
喀喇昆仑-帕米尔地区
D-LOOP区
CYTB基因
遗传多样性
Keywords
goats
Karakoram-Pamir region
D-loop region
Cytb gene
genetic diversity
分类号
S823.8 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
喀喇昆仑-帕米尔地区山羊群体遗传多样性及系统发育分析
黄翔辉
张天能
尔孜古·木沙
王玉涛
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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