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基于RNA-Seq识别山羊肉品质候选基因
被引量：
14
1
作者
孟宪然
杜琛
+4 位作者
王静
付绍印
郑竹清
张文广
李金泉
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第8期1300-1307,共8页
通过研究不同年龄和不同性别绒山羊背最长肌之间的差异表达基因,筛选影响绒山羊肉品质的候选基因。本研究基于RNA-Seq技术对4个绒山羊背最长肌的转录组进行高通量测序,在测序评估的基础上,对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析...
通过研究不同年龄和不同性别绒山羊背最长肌之间的差异表达基因,筛选影响绒山羊肉品质的候选基因。本研究基于RNA-Seq技术对4个绒山羊背最长肌的转录组进行高通量测序,在测序评估的基础上,对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。本研究通过CLC Genomics Workbench 6.0软件共找到263个候选基因,其中包含123个高表达有利基因和140个高表达有害基因。GO功能注释结果显示,高表达有利基因主要与骨骼肌的生长发育、细胞器的形成和蛋白结合功能有关;高表达有害基因主要与脂质代谢、细胞骨架以及结合功能有关。利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与糖酵解/糖异生、丝裂原活化蛋白激酶、凝血-补体级联反应和色氨酸代谢等通路中。结合其他家畜基因组学研究,ADIPOQ、PDK4和CD36可能作为参与肉品质重要的候选基因。该结果为绒山羊肉品质的改善以及候选基因的研究提供了理论依据。
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关键词
绒山羊
背最长肌
肉品质
RNA-SEQ
候选基因
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职称材料
绒山羊肌内脂肪细胞成熟前后比较转录组分析
被引量：
14
2
作者
杜琛
付绍印
+6 位作者
高鸿雁
郑竹清
孟宪然
阿娜
萨仁
张文广
李金泉
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第5期714-721,共8页
为了研究绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后差异表达的基因和主要信号转导通路,从而进一步筛选出与脂肪沉积相关的基因。本研究通过利用Illumina MiSeq对绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后转录组进行高通量测序,并用测序评估,基因功能注释,鉴定...
为了研究绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后差异表达的基因和主要信号转导通路,从而进一步筛选出与脂肪沉积相关的基因。本研究通过利用Illumina MiSeq对绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后转录组进行高通量测序,并用测序评估,基因功能注释,鉴定基因的可变剪接等生物信息学方法进行分析。组装后共获得93 930个contigs,N50为1 586nt,通过CLCGenomicsworkbench6软件找到差异基因78个(Fold Change>4,FDR<0.01)。这些差异基因基于GO功能注释可分为骨骼肌发育、胞外区、胰岛素样生长因子结合等46个分支,利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与吞噬体、I型糖尿病、风湿性关节炎等通路中。本研究中分析绒山羊肌内脂肪细胞中4种主要可变剪接类型,为A3SS(Alternative 3′splice site)、A5SS(Alternative 5′splice site)、SE(Exon skipping)和RI((Intron retention),其中A3SS最为普遍。高通量RNA-seq提供了全部转录本信息,获得了在肌内脂肪细胞增殖分化过程中有重要功能的基因,其中上调基因在与胰岛素样生长因子结合和糖尿病的代谢通路中有着重要的作用,为人们进一步研究绒山羊脂肪沉积的功能基因组学及优化山羊肉品质奠定基础。
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关键词
绒山羊
肌内脂肪细胞
高通量测序
可变剪接
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职称材料
题名
基于RNA-Seq识别山羊肉品质候选基因
被引量：
14
1
作者
孟宪然
杜琛
王静
付绍印
郑竹清
张文广
李金泉
机构
内蒙古农业大学动物科学学院动物遗传育种与繁殖自治区重点实验室
内蒙古医科大学附属医院妇产科生殖医学中心
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第8期1300-1307,共8页
基金
国家自然科学基金(30960246)
内蒙古自然科学基金(2010Zd11)
+1 种基金
"内蒙古自治区草原英才"与"内蒙古自治区高等学校创新团队发展计划"(NMGIRT1106)
国家绒毛用羊现代农业产业技术体系(CARS-40-05)
文摘
通过研究不同年龄和不同性别绒山羊背最长肌之间的差异表达基因,筛选影响绒山羊肉品质的候选基因。本研究基于RNA-Seq技术对4个绒山羊背最长肌的转录组进行高通量测序,在测序评估的基础上,对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。本研究通过CLC Genomics Workbench 6.0软件共找到263个候选基因,其中包含123个高表达有利基因和140个高表达有害基因。GO功能注释结果显示,高表达有利基因主要与骨骼肌的生长发育、细胞器的形成和蛋白结合功能有关;高表达有害基因主要与脂质代谢、细胞骨架以及结合功能有关。利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与糖酵解/糖异生、丝裂原活化蛋白激酶、凝血-补体级联反应和色氨酸代谢等通路中。结合其他家畜基因组学研究,ADIPOQ、PDK4和CD36可能作为参与肉品质重要的候选基因。该结果为绒山羊肉品质的改善以及候选基因的研究提供了理论依据。
关键词
绒山羊
背最长肌
肉品质
RNA-SEQ
候选基因
Keywords
cashmere goat
longissimus dorsi
meat quality
RNA-Seq
candidate gene
分类号
S827.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
绒山羊肌内脂肪细胞成熟前后比较转录组分析
被引量：
14
2
作者
杜琛
付绍印
高鸿雁
郑竹清
孟宪然
阿娜
萨仁
张文广
李金泉
机构
内蒙古农业大学动物科学学院动物育种与繁殖自治区重点实验室
赤峰市克什克腾旗农牧业局改良站
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第5期714-721,共8页
基金
国家自然科学基金(30960246)
内蒙古自然科学基金(2010Zd11)
+1 种基金
国家绒毛用羊现代农业产业技术体系(CARS-40-05)
国家公益性行业(农业)科研专项(201003019)
文摘
为了研究绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后差异表达的基因和主要信号转导通路,从而进一步筛选出与脂肪沉积相关的基因。本研究通过利用Illumina MiSeq对绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后转录组进行高通量测序,并用测序评估,基因功能注释,鉴定基因的可变剪接等生物信息学方法进行分析。组装后共获得93 930个contigs,N50为1 586nt,通过CLCGenomicsworkbench6软件找到差异基因78个(Fold Change>4,FDR<0.01)。这些差异基因基于GO功能注释可分为骨骼肌发育、胞外区、胰岛素样生长因子结合等46个分支,利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与吞噬体、I型糖尿病、风湿性关节炎等通路中。本研究中分析绒山羊肌内脂肪细胞中4种主要可变剪接类型,为A3SS(Alternative 3′splice site)、A5SS(Alternative 5′splice site)、SE(Exon skipping)和RI((Intron retention),其中A3SS最为普遍。高通量RNA-seq提供了全部转录本信息,获得了在肌内脂肪细胞增殖分化过程中有重要功能的基因,其中上调基因在与胰岛素样生长因子结合和糖尿病的代谢通路中有着重要的作用,为人们进一步研究绒山羊脂肪沉积的功能基因组学及优化山羊肉品质奠定基础。
关键词
绒山羊
肌内脂肪细胞
高通量测序
可变剪接
Keywords
Cashmere goat
intramuscular adipocytes
high-throughput sequencing
alternative splicing
分类号
S827 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RNA-Seq识别山羊肉品质候选基因
孟宪然
杜琛
王静
付绍印
郑竹清
张文广
李金泉
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
14
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
绒山羊肌内脂肪细胞成熟前后比较转录组分析
杜琛
付绍印
高鸿雁
郑竹清
孟宪然
阿娜
萨仁
张文广
李金泉
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
14
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职称材料
已选择
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